BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941057
Length=3070
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G15700.2 | Symbols: | DNA/RNA polymerases superfamily prote... 4924 0.0
> AT5G15700.2 | Symbols: | DNA/RNA polymerases superfamily protein
| chr5:5115300-5121840 REVERSE LENGTH=3659
Length=3659
Score = 4924 bits (2666), Expect = 0.0
Identities = 2927/3046 (96%), Gaps = 46/3046 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCAATTTTTAAGTTCGATTGATGTCCAGTGCTCAAACCCCATTGTTCTTGGCAAATCAGA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 212 TCAATTTTTAAGTTCGATTGATGTCCAGTGCTCAAACCCCACTGTTCTTGGCAAATCAGA 271
Query 61 CTAAGGTATTCGATCACTTGATTCCATTGCATAAACCCTTTCTTTCTTCTCCGAACCCAG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 272 CTAAGGTATTCGATCACTTGATTCCATTGCATAAACCCTTTATTTCTTCTCCAAACCCAG 331
Query 121 TTTCCCAATCCTTCCCTATGTGGAGAAACATTGCTAAACAAGCAATTTTGAGGTCAGCTA 180
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 332 TTTCCCAATCCTTCCCCATGTGGAGAAACATTGCTAAACAAGCAATTTCGAGGTCAGCTG 391
Query 181 CTAGATCAAACGTCGGTTCCAAAACTCGTGGCTTTCTTGGGTCTTCTCCGGAG------- 233
|||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 392 CTAGATTAAACGTCAGTTCCCAAACTCGTGGCCTTCTTGTGTCTTCTCCGGAGTCTATTT 451
Query 234 TC-C-AAAAATTTGAGCTTTCGGTTTCCGGTGTTCGGTTCCATCTCGGGATCGCCATGTT 291
|| | ||||||||||||||||||||| | ||| | | | | |||||| ||||||
Sbjct 452 TCTCGAAAAATTTGAGCTTTCGGTTT-C------CGG-T-C-T-T-GGGATCACCATGTC 499
Query 292 AC-GAAATGGGTTTTCGTAGTTTAAGTGGGATCACGAGGCGAGATGAATTTTCCAAGAGC 350
|| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 500 ACGGAAA-GGGTTTTCGTTGTTTAAGTGGGATCACGAGGCGAGAGGAGTTTTCCAAGAGC 558
Query 351 GAGAGGTGCCTTAATGGGACTTTGGCTAGAGGGTACGCGAGTGTAGCCG-A-A-GAGGTC 407
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||
Sbjct 559 GAGAGGTGCCTTAGTGGGACTTTGGCTAGAGGGTACACGAGTGTAGCCGAAGAGGAGGTC 618
Query 408 TTATCAACAGATGTTGAGGAAGAGCCTGAGGTACATGAATTGTTGAAGgagatgaagaaa 467
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 619 TTATCAACAGATGTTGAGGAAGAGCCTGAGGTAGATGAATTGTTGAAGGAGATGAAGAAA 678
Query 468 gagaagaagagagagagTCATCGTTCGTGGAGGATGAAGAAGCAAGATCAATTTGGAATG 527
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 679 GAGAAGAAGAGAGAAAGTCATCGTTCGTGGCGGATGAAGAAGCAAGACCAATTTGGAATG 738
Query 528 GGTCGTACCAAGTTTCAGAATTTATGGAGAAGACAAGTTAAGATCGAGACTGAAGAATGG 587
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 739 GGTCGTACCAAGTTCCAGAATTTATGGAGAAGACAAGTTAAGATCGAGACTGAAGAATGG 798
Query 588 GAAAGAGCTGCTGCAGAGTACATGGAGCTTTTGACGGATATGTGTGAGCAAAAGCTTGCC 647
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 799 GAAAGAGCTGCTGCAGAGTACATGGAGCTTTTGACAGATATGTGTGAGCAAAAGCTTGCG 858
Query 648 CCTAATCTGCCTTATGTGAAGTCGTTGTTTCTGGGTTGGTTCGAACCATTACGAGATGCA 707
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 859 CCTAATCTGCCTTATGTGAAGTCTTTATTTCTGGGTTGGTTCGAACCATTAAGAGATGCA 918
Query 708 ATTGCTAAAGACCAGGAATTGTATAGATTAGGGAAGAGCAAAGCAACTTATGCACATTAC 767
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 ATTGCTAAAGACCAGGAGTTGTATAGATTAGGGAAGAGCAAAGCAACTTATGCACATTAC 978
Query 768 CTTGATCAGTTGCCTGCCGACAAGATATCTGTTATTACAATGCACAAGTTGATGGGGCAT 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 CTTGATCAGTTGCCTGCCGACAAGATATCTGTTATTACAATGCACAAGTTGATGGGGCAT 1038
Query 828 TTGATGACTGGTGGTGATAACGGTTGTGTTAAGGTTGTTCATGCTGCGTGTACAGTAGGC 887
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TTGATGACTGGTGGTGATAACGGTTGTGTTAAGGTTGTTCATGCTGCGTGTACAGTAGGC 1098
Query 888 GATTCCATTGAACAAGAGATAAGAATATGCACATTCTTGGATAAGACCAGGAAGAAAAAA 947
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 1099 GATGCCATTGAACAAGAGATAAGAATATGCACATTCTTGGAT---A--A-GAAGAAAAAA 1152
Query 948 GGGGATGACAATGAGGAGAGCGGGGAAGTTGAAAATGGAACTTCTATGAAGGAACAAGAT 1007
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 GGGGATGACAATGAGGAGAGTGGGGGAGTTGAAAATGAAACTTCTATGAAGGAACAAGAT 1212
Query 1008 AAGTTAAGAAAAAAGGTCAATGAGTTGATAAAGAAACAGAAGTTGTCAGCAGTTAGAAAG 1067
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 AAGTTAAGAAAAAAGGTCAATGAGTTGATAAAGAAACAGAAGTTGTCAGCAGTTAGAAAG 1272
Query 1068 ATCTTGCAGTCACATGACTATACAAAACCGTGGATCGCAGATGTTAGGGCTAAGGTTGGA 1127
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 ATCTTGCAGTCACATGACTATACGAAACCATGGATCGCAGATGTTAGGGCTAAGGTTGGA 1332
Query 1128 AGTCGTCTAATAGAGTTACTCGTAAGAACAGCTTATATACAGTCTCCAGCTGATCAGCAG 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 AGTCGTCTAATAGAGTTACTCGTAAGAACAGCTTATATACAGTCTCCAGCTGATCAGCAG 1392
Query 1188 GATAATGATCTGCCTGATGTCCGACCTGCATTTGTGCATACCTTC-A---A--G--A--T 1237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 1393 GATAATGATCTGCCTGATGTCCGACCTGCATTTGTGCATACCTTCAAGGTAGCGAAAGGA 1452
Query 1238 AGC--GAATTCTGGGAGAAAATATGGTGTAATCGAGTGTGACCCTTTGGTCCGAAAAGGC 1295
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1453 AGCATGAATTCTGGGAGAAAATATGGTGTAATCGAGTGTGACCCTTTGGTCCGCAAAGGC 1512
Query 1296 TTGGAAAAAAGTGGGAGATATGCAGTGATGCCATACATGCCAATGCTGGTTCCTCCTCTC 1355
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1513 TTGGAAAAAAGTGGGAGATATGCAGTGATGCCATACATGCCAATGCTGGTTCCTCCTCTC 1572
Query 1356 AAATGGTCGGGATACGACAAAGGTGCTTACTTGTTCTTAG-CGTCTTATATAATGAAAAC 1414
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1573 AAATGGTCGGGATATGACAAAGGTGCTTACTTGTTCTT-GACGTCTTATATAATGAAAAC 1631
Query 1415 TCATGGATCCAAGCAACAAAGAGAAGCACTTAAGAGCGCACCTAAAGGACAACTACAACC 1474
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1632 TCATGGAGCCAAGCAACAAAGAGAGGCACTTAAGAGCGCACCTAAAGGACAACTACAACC 1691
Query 1475 AGTCTTTGAGGCCCTGGATACGCTTGGAAGTACTAAATGGAGGGTAAATAAGCGAGTCTT 1534
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1692 AGTCTTTGAGGCCCTGGATACGCTTGGAAGTACTAAATGGAGAGTAAATAAGCGAGTCTT 1751
Query 1535 AACGGTTGTAGATAGGATATGGAGCAGTGGCGGATGTGCTGCTGATCTGGTGGATCGCAG 1594
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1752 AACGGTTGTAGATAGGATATGGAGCAGTGGCGGATGTGTTGCTGATATGGTGGATCGGAG 1811
Query 1595 CGATGTTCCTTTACCAGAAAAGCCTGATACTGAAGATGAGGGCATTCTTAAGAAATGGAA 1654
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1812 TGATGTTCCTTTACCAGAAAAGCCGGATACTGAAGATGAGGGCATTCTTAAGAAATGGAA 1871
Query 1655 GTGGGAAGTCAAATCTGCTAAAAAGGTGAACAGCGAGAGACATTCTCAGCGCTGTGACAC 1714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1872 GTGGGAAGTCAAATCTGCTAAAAAGGTGAACAGCGAGAGACATTCTCAGCGATGTGACAC 1931
Query 1715 AGAACTCAAGCTTTCGGTAGCACGGAAAATGAAAGATGAGGACGCTTTTTACTATCCCCA 1774
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1932 AGAACTCAAGCTTTCGGTAGCACGGAAAATGAAAGATGAGGAAGCTTTTTACTATCCCCA 1991
Query 1775 CAATATGGACTTCCGGGGACGTGCATATCCCATGCCCCCGCACTTAAATCATCTTGGCTC 1834
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1992 CAATATGGACTTCCGGGGTCGTGCATATCCCATGCCCCCACACTTAAATCATCTTGGCTC 2051
Query 1835 TGATTTGTGTCGGGGTGTTTTGGAGTTTGCTGAGGGAAGGCCTCTGGGAATTTCAGGCTT 1894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2052 TGATTTGTGTCGGGGTGTTTTGGAGTTTGCTGAGGGAAGGCCTATGGGAATTTCAGGCTT 2111
Query 1895 ACGCTGGCTAAAGATACACTTAGCAAACTTGTATGCTGGTGGTGTAGATAAGTTATCACT 1954
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2112 ACGCTGGCTGAAGATACACTTAGCAAACTTGTATGCTGGTGGTGTAGATAAGTTATCACT 2171
Query 1955 TGACGGACGGCTAGCTTTCACTGAAAATCACTTGGATGACATATTTGATTCGGCAGACAG 2014
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2172 TGATGGACGGCTAGCTTTCACTGAAAATCACTTGGATGACATATTTGATTCGGCAGACAG 2231
Query 2015 ACCACTTGAAGGAAGCAGATGGTGGCTGCAGGCTGAAGACCCATTTCAGTGCTTGGCTGT 2074
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2232 ACCACTTGAAGGAAGCAGATGGTGGCTGCAGGCTGAAGACCCATTTCAGTGCTTGGCTGT 2291
Query 2075 CTGCATAAATCTGACTGAAGCTCTGAGAAGCCCATCCCCAGAGACAGTTCTGTCACATAT 2134
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2292 CTGCATAAGTCTGACTGAAGCTCTGAGAAGCCCATCCCCAGAGACAGTTCTGTCACATAT 2351
Query 2135 TCCTATACATCAGGATGGTTCCTGCAATGGTTTACAGCATTATGCCGCTCTTGGGAGAGA 2194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2352 TCCTATACATCAGGATGGTTCCTGCAATGGTTTACAGCATTATGCCGCTCTTGGGAGAGA 2411
Query 2195 CACATTAGGAGCAGAAGCTGTTAATCTAGTTGCAGGTGAGAAGCCGGCAGATGTTTATTC 2254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2412 CACATTAGGAGCAGAAGCTGTTAATCTAGTTGCAGGTGAGAAGCCGGCAGATGTTTATTC 2471
Query 2255 AGGAATAGCTACCAGGGTTCTTGATATTATGCGCCGAGATGCAGACAGAGATCCTGAAGC 2314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2472 AGGAATAGCTACCAGGGTTCTTGATATTATGCGCCGAGATGCAGACAGAGATCCTGAAGT 2531
Query 2315 TTTTCCAGATGCATTGCGTGCAAGAAAATTACTTAACCAGGTGGATCGTAAGCTTGTAAA 2374
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 TTTTCCAGAGGCATTGCGTGCAAGAAAATTACTTAACCAGGTGGATCGTAAGCTTGTAAA 2591
Query 2375 GCAGACGGTTATGACATCAGTCTATGGTGTCACCTACATTGGCGCTCGGGATCAAATAAA 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2592 GCAGACGGTTATGACATCAGTCTATGGTGTCACCTACATTGGCGCTCGGGATCAAATAAA 2651
Query 2435 GAGAAGGTTGAAGGAACGAAGTGATTTTGGTGAGGAAAAGGAAATTTTTGGGGCTGCTTG 2494
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2652 GAGAAGGTTGAAGGAACGAAGTGATTTTGGTGATGAAAAAGAAGTTTTTGGGGCTGCTTG 2711
Query 2495 CTATGCAGCAAAGGTAACATTAGCTGCTATAGATGAGATGTTTCAAGCTGCACGCGCCAT 2554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2712 CTATGCAGCAAAGGTAACATTAGCTGCTATAGATGAGATGTTTCAAGCTGCACGCGCCAT 2771
Query 2555 CATGCGTTGGTTTGGTGATTGTGCGAAGATTATTGCTTTAGAAAATGAAACAGTTCGATG 2614
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2772 CATGCGTTGGTTTGGTGAATGTGCGAAGATTATTGCTTCAGAAAATGAAACAGTTCGATG 2831
Query 2615 GACAACCCCATTGGGTCTTCCTGTTGTACAACCTTACCACCAAATGGGAACAAAACTCGT 2674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2832 GACAACCCCATTGGGTCTTCCTGTTGTACAACCTTACCACCAAATGGGAACAAAACTCGT 2891
Query 2675 AAAGACATCCCTCCAGACCTTATCGCTTCAGCATGAAACTGATCAGGTCATTGTGAGGCG 2734
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2892 AAAGACATCCCTCCAGACCCTATCGCTTCAGCATGAAACTGATCAGGTCATTGTGAGGCG 2951
Query 2735 ACAAAGGACAGCTTTTCCTCCAAATTTTATTCACTCCCTGGATGGGTCTCATATGATGAT 2794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2952 ACAAAGGACAGCTTTTCCTCCAAATTTTATTCACTCCCTGGATGGGTCTCATATGATGAT 3011
Query 2795 GACTGCAGTTGCCTGCAAAAGAGCAGGCATGTGTTTTGCAGGAGTTCATGACTCTTTTTG 2854
|||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 GACTGCGGTTGCCTGTAAAAGAGCAGGCGTGTGTTTTGCAGGAGTTCATGACTCTTTTTG 3071
Query 2855 GACACATGCGTGTGATGTGGATAAATTAAACAGAATACTACGGGAAAAGTTTGTTGAGCT 2914
||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 GACGCATGCGTGTGATGTGGATAAACTAAACATAATACTACGGGAAAAGTTTGTTGAGCT 3131
Query 2915 GTACTCGCAACCGATACTAGAGAATTTGCTGGAGAGCTTTGAGCAATCGTTTCCGCATTT 2974
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3132 GTATTCACAACCGATACTAGAGAATTTGCTGGAGAGCTTTGAGCAATCGTTTCCTCATTT 3191
Query 2975 AGACTTTCCTCCTCTGCCTGAACGAGGAGATTTAGATTTAAAAGTG 3020
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3192 AGACTTTCCTCCTCTGCCAGAACGAGGAGATTTGGATTTAAAAGTG 3237
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 152658007549
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5