BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941090
Length=1960
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16000.1 | Symbols: NIK1 | NSP-interacting kinase 1 | chr5:5... 3243 0.0
> AT5G16000.1 | Symbols: NIK1 | NSP-interacting kinase 1 | chr5:5224143-5227288
FORWARD LENGTH=2323
Length=2323
Score = 3243 bits (1756), Expect = 0.0
Identities = 1889/1955 (97%), Gaps = 1/1955 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TTCTCTCTGTTTCAACAATGGAGAGTACTATTGTTATGATGATGATGATAACAAGATCTT 65
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 106 TTC-CTCTGTTTCAACAATGGAGAGTACTATTGTTATGATGATGATGATAACAAGATCTT 164
Query 66 TATTTTGCTTCTTGGGATTTCTATGCCTTCTCAGCTCTTCTGTTGACGGATTGCTTTCTC 125
| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 165 TCTTTTGCTTCTTGGGATTTTTATGCCTTCTCTGCTCTTCTGTTCACGGATTGCTTTCTC 224
Query 126 CTAAAGGAATTAACTTTGAAGTGCAAGCTTTGATGGACATAAAAGCTTCATTACATGATC 185
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 CTAAAGGTGTTAACTTTGAAGTGCAAGCTTTGATGGACATAAAAGCTTCATTACATGATC 284
Query 186 CTCATGGTGTTCTTGATAATTGGGATAGAGATGCTGTTGATCCTTGTAGTTGGACAATGG 245
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 CTCATGGTGTTCTTGATAACTGGGATAGAGATGCTGTTGATCCTTGTAGTTGGACAATGG 344
Query 246 TCACTTGTTCTTCAGAAAACTTTGTCATTGGCTTGGGCACACCTAGTCAGAATTTATCTG 305
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 345 TCACTTGTTCTTCTGAAAACTTTGTCATTGGCTTAGGCACACCAAGTCAGAATTTATCTG 404
Query 306 GTACATTATCTCCAAGCATTACCAACTTAACAAATCTTCGGATTGTGCTGCTGCAGAACA 365
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 405 GTACACTATCTCCAAGCATTACCAACTTAACAAATCTTCGGATTGTGCTGTTGCAGAACA 464
Query 366 ACAACATAACAGGAAAAATTCCTACTGAGATTGGTCGGCTTACAAGGCTTGAGACTCTTG 425
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 465 ACAACATAAAAGGAAAAATTCCTGCTGAGATTGGTCGGCTTACGAGGCTTGAGACTCTTG 524
Query 426 ATCTCTCTGATAACTTCTTCCGCGGTGAAATTCCTTTTTCAGTAGGCTATCTACGAAGCC 485
|||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 525 ATCTTTCTGATAATTTCTTCCACGGTGAAATTCCTTTTTCAGTAGGCTATCTACAAAGCC 584
Query 486 TGCAATACCTGAGGCTAAACAACAATTCTCTCACTGGAGTTTTTCCTCTGTCACTATCTA 545
||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 585 TGCAATATCTGAGGCTTAACAACAATTCTCTCTCTGGAGTGTTTCCTCTGTCACTATCTA 644
Query 546 ATATGACTCAACTTGCATTTCTTGATTTATCATACAACAATCTTAGTGGTCCTGTCCCAA 605
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 645 ATATGACTCAACTTGCCTTTCTTGATTTATCATACAACAATCTTAGTGGTCCTGTTCCAA 704
Query 606 GATTTGCTGCAAAGACCTTTAGCATCGTTGGGAACCCGCTGATATGTCCAACGGGTACCG 665
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 GATTTGCTGCAAAGACGTTTAGCATCGTTGGGAACCCGCTGATATGTCCAACGGGTACCG 764
Query 666 AACCAGACTGCAATGGAACAACATTGATACCTATGTCTATGAACTTGAATCAAACTGGAG 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 AACCAGACTGCAATGGAACAACATTGATACCTATGTCTATGAACTTGAATCAAACTGGAG 824
Query 726 CTCCTTTATACACCGGTGGATCGAGGAATCACAAAATGGCAATCGCTGTTGGATCCAGCG 785
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 TTCCTTTATACGCCGGTGGATCGAGGAATCACAAAATGGCAATCGCTGTTGGATCCAGCG 884
Query 786 TTGGGACTGTATCATTGATCTTCATTGCTGTTGGTTTGTTTCTCTGGTGGAGACAAAGAC 845
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 TTGGGACTGTATCATTAATCTTCATTGCTGTTGGTTTGTTTCTCTGGTGGAGACAAAGAC 944
Query 846 ATAACCAAAACACATTCTTTGATGTTAAAGATGGGAATCATCATGAGGAAGTTTCACTTG 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 ATAACCAAAACACATTCTTTGATGTTAAAGATGGGAATCATCATGAGGAAGTTTCACTTG 1004
Query 906 GAAACCTGAGGAGATTCGGTTTCAGGGAGCTTCAGATCGCGACGAATAACTTCAGCAGTA 965
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1005 GAAACCTGAGGAGATTTGGTTTCAGGGAGCTTCAGATTGCGACCAATAACTTCAGCAGTA 1064
Query 966 AGAACTTATTGGGGAAAGGTGGCTATGGAAATGTATACAAAGGAGTACTTGGAGACAGTA 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1065 AGAACTTATTGGGGAAAGGTGGCTATGGAAATGTATACAAAGGAATACTTGGAGATAGTA 1124
Query 1026 CCGTGGTTGCAGTGAAAAGGCTTAAAGATGGAGGAGCATTAGGAGGAGAGATTCAGTTTC 1085
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1125 CAGTGGTTGCAGTGAAAAGGCTTAAAGATGGAGGAGCATTGGGAGGAGAGATTCAGTTTC 1184
Query 1086 AGACAGAAGTCGAAATGATCAGTTTAGCTGTTCATCGAAACCTCTTAAGACTCTATGGTT 1145
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1185 AGACAGAAGTTGAAATGATCAGTTTAGCTGTTCATCGAAATCTCTTAAGACTCTACGGTT 1244
Query 1146 TCTGCATCACGCAAACTGAGAAGCTTCTGGTTTATCCTTACATGTCTAATGGAAGTGTTG 1205
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1245 TCTGCATCACACAAACTGAGAAGCTTCTAGTTTATCCTTATATGTCTAATGGAAGCGTTG 1304
Query 1206 CATCTCGAATGAAAGCAAAACCGGTTCTGGACTGGAGCATAAGGAAGAGGATAGCCATAG 1265
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 CATCTCGAATGAAAGCAAAACCTGTTCTTGACTGGAGCATAAGGAAGAGGATAGCCATAG 1364
Query 1266 GAGCTGCAAGAGGTCTTGTGTATCTCCATGAGCAATGTGATCCGAAGATTATCCACCGCG 1325
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 GAGCTGCAAGAGGGCTTGTGTATCTCCATGAGCAATGTGATCCGAAGATTATCCACCGCG 1424
Query 1326 ATGTCAAAGCAGCGAATATACTTCTGGATGACTACTGTGAAGCTGTGGTTGGAGATTTCG 1385
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1425 ATGTCAAAGCAGCGAATATACTTCTTGATGACTACTGTGAAGCTGTGGTTGGCGATTTTG 1484
Query 1386 GTTTAGCTAAACTCTTGGATCATCAAGATTCTCATGTCACAACCGCGGTTAGAGGCACGG 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 GTTTAGCTAAACTCTTGGATCATCAAGATTCTCATGTGACAACCGCGGTTAGAGGCACGG 1544
Query 1446 TGGGTCACATTGCTCCAGAGTATCTCTCAACTGGTCAATCCTCTGAGAAAACCGATGTTT 1505
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1545 TGGGTCACATTGCTCCAGAGTATCTCTCAACTGGTCAATCCTCTGAGAAAACAGATGTTT 1604
Query 1506 TTGGGTTTGGGATTCTTCTTCTTGAGCTTGTAACCGGACAAAGAGCTCTTGAGTTTGGTA 1565
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1605 TTGGCTTCGGGATTCTTCTTCTTGAGCTTGTAACCGGACAAAGAGCTTTTGAGTTTGGTA 1664
Query 1566 AAGCGGCTAACCAGAAAGGCGCGATGCTTGACTGGGTGAAAAAGATTCATCAAGAGAAGA 1625
||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 AAGCGGCTAACCAGAAAGGTGTGATGCTTGATTGGGTTAAAAAGATTCATCAAGAGAAGA 1724
Query 1626 AACTTGAGCTACTTGTGGATAAAGAGCTGTTGAAGAAGAAGAGCTATGATGAGATTGAGT 1685
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1725 AACTTGAGCTACTTGTGGATAAAGAGTTGTTGAAGAAGAAGAGCTACGATGAGATTGAGT 1784
Query 1686 TAGACGAAATGGTAAGAGTAGCTTTGTTGTGCACACAGTATCTGCCAGGACATAGACCAA 1745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TAGACGAAATGGTAAGAGTAGCTTTGTTGTGCACACAGTACCTGCCAGGACATAGACCAA 1844
Query 1746 AAATGTCTGAAGTTGTTCGAATGCTGGAAGGAGATGGACTTGCAGAGAAATGGGAAGCTT 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 AAATGTCTGAAGTTGTTCGAATGCTGGAAGGAGATGGACTTGCAGAGAAATGGGAAGCTT 1904
Query 1806 CTCAAAGATCAGATAGTGTTTCAAAATGTAGCAACAGGATAAATGAATTGATGTCATCTT 1865
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 CTCAAAGATCAGACAGTGTTTCAAAATGTAGCAACAGGATAAATGAATTGATGTCATCTT 1964
Query 1866 CAGACAGATACTCTGATCTTACTGATGACTCTAGTTTACTTGTGCAAGCAATGGAGCTCT 1925
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1965 CAGACAGATACTCTGATCTTACCGATGACTCTAGTTTACTTGTGCAAGCAATGGAGCTCT 2024
Query 1926 CTGGTCCTAGATGAACTCTATACATGAATGTGAAG 1960
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2025 CTGGTCCTAGATGAAATCTATACATGAATCTGAAG 2059
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 97087854030
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5