BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941120
Length=3133
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16270.1 | Symbols: ATRAD21.3, SYN4 | sister chromatid cohes... 4972 0.0
> AT5G16270.1 | Symbols: ATRAD21.3, SYN4 | sister chromatid cohesion
1 protein 4 | chr5:5316299-5322696 FORWARD LENGTH=3689
Length=3689
Score = 4972 bits (2692), Expect = 0.0
Identities = 3002/3148 (95%), Gaps = 35/3148 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTGGTCTAGAGGACGAGGAATGTTTTATTCGCAGTTTATATTAGCTAAGAAAGGGCCAC 60
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 208 TTTGGTATAGAGGACGAGGAATGTTTTATTCGCAGTTTATATTAGCTAAGAAAGGGCCAC 267
Query 61 TTGGGACAATATGGATTGCTGCCCATTTGGAGAGGAAGCTTCGAAAGAATCAGGTCGCTG 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 TTGGGACAATATGGATTGCTGCCCATTTGGAGAGGAAGCTTCGAAAGAATCAGGTCGCTG 327
Query 121 ATACTGATATTGGAGTCTCCGTTGATTCTATTCTCTTTCCGGAAGCTCCTATTGCATTGC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 328 ATACTGATATTGGAGTCTCCGTTGATTCTATTCTCTTTCCGGAAGCTCCGATTGCATTGC 387
Query 181 GATTGTCTAGTCATCTTCTGCTCGGTGTTGTGCGTATATATTCGAGAAAGGTGAATTACC 240
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 388 GATTGTCTAGTCATCTTCTGCTTGGTGTTGTGCGTATATATTCGAGAAAGGTGAATTACC 447
Query 241 TCTTTGATGATTGCAGTGAGGCATTGCTTAAGGTAAAGCAAGCTTTTCGCTCTGCTGCTG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 TCTTTGATGATTGCAGTGAGGCATTGCTTAAGGTAAAGCAAGCTTTTCGCTCTGCTGCTG 507
Query 301 TTGACCTACCCCCTGAAGAATCTACAGCGCCATATCACTCAATTACGTTGCCTGAGACAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 508 TTGACCTACCCCCTGAAGAATCTACAGCGCCGTATCACTCTATTACGTTGCCAGAGACAT 567
Query 361 TTGATCTTGATGACTTTGAGCTTCCAGACAATGAGATCTTTCAGGGTAATTACGTCGATC 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 568 TTGATCTTGATGACTTTGAGCTTCCAGACAATGAGATCTTTCAGGGTAATTACGTTGATC 627
Query 421 ATCATGTTAGTACAAGAGAGCAGATCACCCTTCAGGATACCATGGATGGTGTTGTATACT 480
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 628 ATCATGTTAGTACAAAAGAGCAGATCACCCTTCAGGATACCATGGATGGCGTTGTATACT 687
Query 481 CAACGTCACAATTTGGATTAGATGAGCGATTTGGTGATGGCGACACTTCTCAAGCTGCTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 688 CAACGTCACAATTTGGATTAGATGAGCGATTTGGTGATGGCGACACTTCTCAAGCTGCTT 747
Query 541 TGGATCTTGATGAGGCAGTATTCCAGGATAAGGATGTTATTGGATCCGACGATGAGGGAG 600
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 TGGATCTTGATGAGGCAGTATTCCAGGACAAGGATGTTATTGGATCCGACGATGAGGGAG 807
Query 601 TTCCAGGTAATGATCACAATGCGTATCTGGATGCGGCAACACCCGGGATAAAGGATTCGA 660
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 808 TTCCAGGTATTGATCACAACGCGTATCTGGATGCGGCAGCACCCGGGATAAAGGATTCGA 867
Query 661 TGGAAGGAGTCTCTGAAGCCATGCCCAGGGATTTTAATGAAGAGCAGGTTGAAGATCTTG 720
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 868 TGGAAGGAGTCTCTGAAGCCATGCCCATGGATTTTAATGAAGAGCAGGTTGAAGATCTTG 927
Query 721 CTATGAATAATGAGTTCATCGAAGATGCTCAAGCTCCTCAAACTCCTGGATTAGTTGAGG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 CTATGAATAATGAGTTCATCGAAGATGCTCAAGCTCCTCAAACTCCTGGATTAGTTGAGG 987
Query 781 TGCCAAACTCGTCTAGTGTCAGAGAGCAGCTGGCATGCGATGATCACATGGAGGTAGAGG 840
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 988 TGCCAAACTCGTCTAGTGTGAGAGAGCAGATGGCATGCGATGATCACATGGACGTAGAGG 1047
Query 841 ATTTGAATGCAGAAGAAGGTAAAAAAG-CCTCTGGGGAGCTGGGTGCTAATGAGATGCAT 899
|| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1048 ATCTGAATGCAGAAGAAGGTATAAA-GTCCTCTGGGGAGCTGAATGCTAATGAGATGCCT 1106
Query 900 AAACGTGGGGAAGACCTATCTTCTGAATATAATGCCCCAGAATCAGCAGTTACTCCTGTG 959
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1107 AAACGTGGGGAAGACCTGTCTTCTGAATATAATGCCCCAGAATCAGCAGTTACTCCTGTG 1166
Query 960 GAGGTAGATAAGTCACAGATGGATAAAAATGTCAACACACAAAATGAGCCAGAGGAGGAG 1019
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1167 GAGGTAGATAAGTCACAGATAGATGAAAATGTCAACACACAAAATGAGCCGGAGGAGGAG 1226
Query 1020 AGGGCAGAGCATGTACATGTTACATCTCCATGTTGTTCTCACATCACCACCGAGATGGAG 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227 AGGGCAGAGCATGTACATGTTACATCTCCATGTTGTTCTCACATCACCACCGAGATGGAG 1286
Query 1080 GATCCTGGTCAAGTAATGACTGAGGCAGGAACTAATGTTAATAATGTTGTAACTGATAAG 1139
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || | |||||||
Sbjct 1287 GATCCTGGTCAAGTAATGAATGAGGCAGGAGCTAATGTT------GT---ACCTGATAAA 1337
Query 1140 TCCGATGCTGTTCCTCCACTTGAATCTTCTGGAGAAGAGAACCGAGATCATTTTGCCATT 1199
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1338 CCCGATGCTGTTCCTCCACTTGAAACCCCTGGAGAAGAGAACCGAGATCATTTTGCCATT 1397
Query 1200 GCCATTGAGGTCAATCAGGAAACAGATTCTAGTTTACAAGGAGATGAGCAAGCGTACAGT 1259
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 GCCACTGAGGTCAATCAGGAAACAGATTCTAGTTTACAAGGAGATGAGCAAGCGTACAGT 1457
Query 1260 AGATCAGATGGGCAGCTGAATAATGCACACGTAACTGATGAACAGTTGGGAAATTTGACT 1319
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 AGACCAGATGGGCAGCTGAATAATGCACACGAAACTGATGAACAGTTGGGAAATTTGACT 1517
Query 1320 GGATTTACTGATTCTGATTTGCCAGCACCTGAGAAGGTATTAGCTGCACCTAACAGACAG 1379
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1518 GGATTTACCGATTCTGATTTCCCTCCACCTGAGAAGGTATTAGCTGTACCTAACAGACAG 1577
Query 1380 GGGGATGGAAATGATTTCATGGTTGAATCTACGCCAGATAAAGAAGACCCTGGCACATGT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 GGGGATGGAAATGATTTCATGGTTGAATCTACACCAGATAAAGAAGACCCTGGCACATGT 1637
Query 1440 AATGATGATGCGGGGAATAATAACATAACTGGGAAAAAACGCACTTTTACTGAGAGCACA 1499
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1638 AATGATGATGCGGGGAATAATAACATTACTGGGAAAAAACGCACTTTTACTGAGAGCACA 1697
Query 1500 CTAACTGCAGAAAGTTTGAACTCTGTGGAGTCAGTTGGACTGATTCAGTCAAAGAGAACT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1698 CTAACTGCAGAAAGTTTGAACTCTGTGGAGTCAGTTGGACTGATTCAGTCAAAGAGAACT 1757
Query 1560 GCAGATTCTGTCCCTGATGACGATGATTTGTTGTCTTCTATCTTAGTTGGAAAGTCATCC 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758 GCAGATTCTGTCCCTGATGACGATGATTTGTTGTCTTCTATCTTAGTTGGAAAGTCATCC 1817
Query 1620 TTTCTGAAGATGAGGCCTACACCTGTGCTAGAACCAGCATCTACAAAACGGTTACGAGCT 1679
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1818 TTTCTGAAGATGAGGCCTACCCCTGTGCTTGAACCAGCAACTACAAAACGGTTACGATCT 1877
Query 1680 GCTCCCCGCTCTACTGCCACAAAGAGGAAGGTTTTAATGGATGACCCTATGGTCTTGCAT 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1878 GCTCCCCGCTCTACTGCCACAAAGAGGAAGGTTCTAATGGATGACCCTATGGTCTTGCAT 1937
Query 1740 GGCGACATTATACGTCAACAACTGACAAACACTGAAGATATACGCCGGGTGCGAAAGAAG 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1938 GGCGACATTATACGTCAACAACTGACAAACACTGAAGATATACGGCGCGTGCGAAAGAAG 1997
Query 1800 GCACCTTGCACCATTCCTGAGATCGTAATGCTTCAAAGGCAGGCTTTGGAGGATGGACTC 1859
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998 GCACCTTGCACCGTTCCTGAAATCGTAATGCTTCAAAGGCAGGCTTTGGAGGATGGACTC 2057
Query 1860 TTAAAGGAGCCAATATTCACGGGTATGTCAGTGGAATTAGTATCTCTGCACAATGAGCCG 1919
|| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2058 TTTAAGGAGCCAATATTTACTGGTATGTCAGTGGAATTAGTATCTCTGCACACTGAGCCG 2117
Query 1920 TATGATCTAAGAGGAATCATGATAATTGAGAATGATGACCGTCATGCTTCTGTTGGAGTG 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2118 TATGATCTAAGAGGAATCATGATAATTGAGAATGATGACCGTCATGCTTCTGTTGGAGCG 2177
Query 1980 GTGGAAGATAATGACTGTTCTGTTACAGCCGTGGAAGAAAA-----C----------TCT 2024
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||
Sbjct 2178 GTGGAAGATAATGAATGTTCTGTTACGGCCGTGGAAGAAAATAAAACGGAAGAAAGCTCT 2237
Query 2025 GCTCCTCAACCTCACCCAAATGATTCCGAGGAGCAACCTGGTACGGCTCATACTCACCCA 2084
| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 GATCCGCAAGCTCACCCAAATGATTGTGAGGAGCAACCTGGTACGGCTCATACTCACCCG 2297
Query 2085 CAGGAGGAACAAATCATAAACCAACAGGAAGAGATGAAAGATGATAATGAGCTTGCTGAA 2144
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2298 CAGGAGGAACAAACCATAAACCAACAGGAAGAGCTGAAAGATGATAATGAGCTTGCTGAA 2357
Query 2145 AAAATATCTGACTTGGAAGTTTTGAAGGACGGCAATGGAGCTGCTGATGAAGTGAATCTT 2204
||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2358 AAA-T--CTGACTTGGAGGTTTTGAAGGAAGGCAATGGAGCTGCTGATGAAGTAAATCTT 2414
Query 2205 GTAGTGAGTGACGATGTCAGTCAAATGCCGTCTGAGGAAAAACTCGACCGTGTAGAGGAT 2264
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 GTAGTGATTGACGATGTCAGTCAAATACCGTCTGAGGAAAAACTCGACCGTGTAGAGGAT 2474
Query 2265 TTACAGGTGGAAGAATCCCAGGAAAACCATGATGGAGAAGG-GGGTCAGGATGTTTGTGG 2323
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2475 TTACAGGTTGAAGAATCCCATGAAAACCATGATGGAGAAGGCGGG-CAGGATGTTTGTGC 2533
Query 2324 GGATCTTAATGAAAAAAGTGGCACTGACGTTATTGAAATTGCTGAAGGCGATATAGATAG 2383
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2534 GGATCCTAATGAAAAAAGTTGCACTGACGTTATTGAAATTGCTGAAGGCGATACAGATAT 2593
Query 2384 CAACCCCATTTTCAATGAG-TCGGACTTGAAAGTTGAAGATGAACTTCCACATGAAGATA 2442
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 CAACCCCATTTTCAATGAGAT-GGACTTGAAAGTTGAAGATGAACTTCCACATGAAGATG 2652
Query 2443 AGAAAACGGATGCATCAGCTGAAGTTAGCGAGATTGGGATAGACGATCAGACGCCATGCG 2502
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 2653 AGAAAACGGATGCATCAGCTGAAGTTAGCGAGCTTGGGAGAGACGATCAGACTCCATGCG 2712
Query 2503 ATAACACAGTTGGCTCTACTGAAACTGGATGCGTAGAAACTGGTGATTTGAGTAATATGG 2562
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2713 ATAACACAGTTGGGTCTACTGAAACTGGATGCCTAGAAGCTGGTGATTTGAGTAACATGG 2772
Query 2563 CTTTGGAAAATTGCAATGAACCTCTTGTGGAAGCGAATAATGATGGGTTGAATCCAGAGA 2622
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2773 CTTTGGAAAATTGCAATGAACCTCTGGTGGAAGCGAATAGTGATGGGTTGAATCCAGAGA 2832
Query 2623 TAGAGTCTTATAACAAATACGAACCTCATAATGAGATGTCTAATGAGGAGGCTTATATGC 2682
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2833 CAGAGTCTTATAACAAATACGAACCGCATAATGAGATGTCTAATGAGGAGGCGTCTATGC 2892
Query 2683 AAAGTGCACTAGATGGAGAACATACTTCTCGTGATGGTCTTATGGGAGACAATGATGAAA 2742
||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2893 AAAATGCATTAGATGGAGAGCATACTTCTCGTGATGGTCTTATGGGAGACAATGATGAAA 2952
Query 2743 TGGATACCATGGAAGTTGGACACGACACAG-AGTTTTTGAACGTGGATGATGATGAAGTA 2801
|||||||||||||| || ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2953 TGGATACCATGGAAAATGCACATGACACAGGA-TTTTTGAACGTCGATGATGATGAAGTA 3011
Query 2802 GATGAAGATCATGAGGACGATGACATACAATATGGTGACGAAACTCGTCTTCTAGAAAAC 2861
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3012 GATGAAGATCATGAGGAGGATGACATACAATATGATGATGAAACTCGTCTTCTAGAAAAC 3071
Query 2862 AGTGGATGGTCTTCTCGTACTAGGGCTGTGGCAAAGTATCTCCAGACGTTATTTGATAAA 2921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3072 AGTGGATGGTCTTCTCGTACTAGGGCTGTGGCAAAGTATCTCCAGACGTTATTTGATAAA 3131
Query 2922 GAAGCTGAGAATGGGAAGAATGTTCTTGTGGCAGACAAACTATTAGCTGGGAAAACCCGT 2981
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3132 GAAACCGAGAATGGGAAGAATGTTCTTGTGGCAGACAAACTTTTAGCTGGGAAAACCCGT 3191
Query 2982 AAAGAAGCATCGAGAATGTTTTTCGAAACCCTGGTTCTTAAAACAAGAGATTACATCCAA 3041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3192 AAAGAAGCATCGAGAATGTTTTTCGAAACCCTGGTTCTTAAAACAAGAGATTACATCCAA 3251
Query 3042 GTTGAACAAGCGAAGCCCTATGAAAGCATCATCATAAAACCGCGACCAAAACTCACCAAA 3101
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3252 GTCGAACAAGGGAAGCCCTATGAAAGCATCATCATAAAACCGCGACCAAAGCTCACCAAA 3311
Query 3102 TCCATCTTCTAGATGGAGAAGATCAGTC 3129
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3312 TCCATCTTCTAGATGGAGAAGATCAGTC 3339
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 155818524958
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5