BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941187
Length=2596
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G16860.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 4039 0.0
AT4G37170.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superf... 56.5 1e-06
> AT5G16860.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:5543834-5546386 FORWARD LENGTH=2553
Length=2553
Score = 4039 bits (2187), Expect = 0.0
Identities = 2436/2558 (95%), Gaps = 10/2558 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGATCCGCCGCCTTGTCA-CCCTCAGA-GCCGCCGCGAAATCACACCAGCACCTTAAAG 81
||||||||||||||| ||| ||| || | |||||||| ||||| |||||| || ||||||
Sbjct 1 ATGATCCGCCGCCTTCTCATCCC-CA-ACGCCGCCGCAAAATCTCACCAGTACATTAAAG 58
Query 82 TCTCTCTTTTCTCCACATCGGCGCTGGAGATAACGCCGCCGTTTATTCACAAATGCAAAA 141
||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TCTCTCTCTTCTCGACATCGGCGCCGGAGATAACACCGCCGTTTATTCACAAATGCAAAA 118
Query 142 CCATTTCTCAGGTCAAACTCATTCACCAGAAACTCCTCTCTTTCGGAATCCTAACCCTGA 201
|||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 119 CCATCTCTCAGGTCAAGCTTATTCACCAGAAACTCCTCTCTTTCGGAATCCTAACCTTGA 178
Query 202 ATCTCACTTCCCACCTCATCTCCACCTATACCTCCCTCGGTTGTTTATCTCATGCCGTAT 261
||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 179 ATCTCACTTCCCACCTCATTTCCACCTATATCTCCGTCGGTTGCTTATCTCATGCCGTAT 238
Query 262 CTCTCCTCCGTCGTTTTCCTCCTTCTGACGCTGGCGTCTACCATTGGAATTCACTCATTC 321
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 CTCTCCTCCGTCGTTTTCCTCCATCTGACGCTGGTGTCTACCATTGGAATTCACTCATTC 298
Query 322 GCAGCTACGGCAACAATGGCCGCGCCAATAAATGTCTCTCTTTGTTCTGCCTTATGCATT 381
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 299 GCAGCTACGGCGACAATGGCTGCGCCAATAAATGTCTCTATTTGTTCGGCCTTATGCATT 358
Query 382 CTCTGTCATGGACGCCGGACAATTACACATTCCCCTTCGTCTTCAAGGCTTGCGGCGAGG 441
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 CTCTGTCATGGACGCCGGATAATTACACATTCCCCTTCGTCTTCAAGGCTTGCGGCGAGA 418
Query 442 TCTCCTCCGTTCGTTGTGGAGACTCTGCTCACGCGCTTTCTCGGGTGACTGGATTTATGT 501
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 419 TATCCTCCGTTCGTTGTGGAGAATCTGCTCACGCGCTTTCTCTGGTAACTGGATTTATCT 478
Query 502 CCAATGTCTTTGTTGGGAATGCGCTCGTTGCTATGTATTCCCGTTGTGGTTCATTGAGTG 561
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 479 CCAATGTCTTTGTTGGGAATGCGCTTGTTGCTATGTATTCCCGTTGTCGTTCATTGAGTG 538
Query 562 ATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGCCTGTTTGGGATGTTGTATCGTGGAACTCTATAA 621
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGTCTGTTTGGGATGTTGTATCGTGGAACTCTATAA 598
Query 622 TAGAAAGTTATGCAAAGTTAGGCAAACCTAAGATGGCGCTTGAAATGTTTAGCAAGATGA 681
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 599 TAGAAAGTTATGCAAAGTTAGGCAAACCTAAGGTGGCGCTTGAAATGTTTAGCAGGATGA 658
Query 682 CCAATGAGTTCGGAT-TCAGACCTGATGATATTACCCTTGTGAATGTTCTTCCTCCTTGT 740
||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 CCAATGAATTCGGATGT-AGACCTGATAATATTACCCTTGTGAATGTTCTTCCTCCTTGT 717
Query 741 GCTTCCGTTGGAACTCGTTCACTAGGGAAGCAATTTCATGGTTTTGCAGTCACAAGTGAG 800
|||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GCTTCCCTAGGAACTCATTCACTAGGGAAGCAATTGCATTGTTTTGCAGTCACAAGTGAG 777
Query 801 ATGATACAGAATATGTTTGTAGGGAATTGCTTGGTGGATATGTATGCAAAGTTTGGGATG 860
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 778 ATGATACAGAATATGTTTGTAGGGAATTGCTTGGTGGATATGTATGCAAAGTGTGGGATG 837
Query 861 ATGGATGAGGCAAACACGGTGTTTTCTAACATGCCAGTGAAGGATGTAGTATCTTGGAAT 920
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 838 ATGGATGAGGCAAACACGGTGTTTTCGAACATGTCAGTGAAGGACGTAGTATCTTGGAAT 897
Query 921 GCTATGGTTGCTGGGTATTCCCAGATTGGAAGGTTTGAAGATGCTGTTAGGTTATTCGAG 980
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 898 GCTATGGTTGCTGGGTATTCACAGATTGGAAGGTTTGAAGATGCTGTTAGGTTATTTGAG 957
Query 981 AAGATGCAGGAAGAAAAAATGAAAATGGATGTTGTTACTTGGAGTGCTGCTATTTCAGGG 1040
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 AAGATGCAGGAAGAGAAAATAAAAATGGATGTTGTTACTTGGAGTGCTGCTATTTCAGGG 1017
Query 1041 TATGCTCAACGGGGCCTTGGATATGAAGCATTGGGTGTGTGTAGGCAGATGTTGTCTTCT 1100
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TATGCTCAACGGGGACTTGGATATGAAGCTTTGGGTGTGTGTAGGCAGATGTTGTCTTCT 1077
Query 1101 GGGATAAAACCAAATGAAGTCACGCTTATTTCGGTTCTTTCAGGTTGTGCTTCTGTTGGA 1160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GGGATAAAACCAAATGAAGTCACGCTTATTTCGGTTCTTTCGGGTTGTGCTTCTGTTGGA 1137
Query 1161 GCATTGATGCATGGTAAAGAGATTCATTGTTATGCCATCAAATATCCCATGGACTTGCGT 1220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1138 GCATTGATGCATGGTAAAGAGATTCATTGTTATGCCATCAAATATCCCATAGACTTGCGT 1197
Query 1221 AAGAACGGTCATGGTGATGAGAATATGGTCATCAATCAACTGATTGACATGTATGCTAAG 1280
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1198 AAGAACGGTCATGGTGATGAGAATATGGTAATCAATCAACTGATTGACATGTACGCTAAG 1257
Query 1281 TGCAAAAAGGTTGATA-TAGCACGTGCAATGTTTGATTCACTTTCCCCCAAGGAAAGGGA 1339
|||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TGCAAAAAGGTTGATACT-GCACGTGCTATGTTTGATTCACTTTCCCCCAAGGAAAGGGA 1316
Query 1340 TGTTGTGACTTGGACTGTGATGATCGGTGGATACTCCCAGCATGGGGATGCAAATAAAGC 1399
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1317 TGTTGTGACTTGGACTGTGATGATAGGTGGATACTCCCAGCACGGGGATGCAAATAAAGC 1376
Query 1400 TCTCGAACTTTTATCTGAGATGTTCGAGGAAGATTGCCAAACAAGACCAAATGCTTTTAC 1459
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 TCTCGAACTTTTATCTGAGATGTTTGAGGAAGATTGCCAAACAAGACCAAATGCTTTTAC 1436
Query 1460 CATATCATGTGCCCTTGTGGCATGTGCCAGTTTGGCTGCATTAAGCATCGGCAAGCAGAT 1519
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||
Sbjct 1437 CATATCATGTGCCCTCGTGGCATGTGCCAGTTTGGCTGCACTAAGAATTGGCAAGCAGAT 1496
Query 1520 TCATGCTTATGCATTGCGCAACCAGCAGAATGCAGTACCGCTGTTCGTATCAAACTGCCT 1579
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 TCATGCTTATGCGTTGCGCAACCAGCAGAATGCAGTACCGCTGTTCGTATCAAACTGTCT 1556
Query 1580 AATAGACATGTATGCAAAATGTGG-AGACATCGGTGATGCCCGGCTTGTATTTGACAACA 1638
|||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1557 AATAGACATGTATGCAAAATGTGGAAG-CATCAGTGATGCCCGCCTTGTATTTGACAATA 1615
Query 1639 TGATGGAGAAAAATGAAGTTACTTGGACATCTCTAATGACGGGTTATGGTATGCATGGTT 1698
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 TGATGGCGAAAAATGAAGTTACTTGGACATCTCTAATGACGGGTTATGGTATGCATGGTT 1675
Query 1699 ATGGAGAAGAAGCTCTTGGAATCTTTGAGGAGATGAGGAGAATAGGTTTTAAGCTTGATG 1758
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1676 ATGGAGAAGAAGCTCTTGGAATCTTTGATGAAATGAGGAGAATAGGTTTTAAGCTTGATG 1735
Query 1759 GTGTTACATTACTTGTTGTACTGTATGCTTGCAGTCATTCAGGAATGATCGATCAGGGCA 1818
|||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1736 GTGTTACATTACTTGTTGTATTATATGCTTGTAGTCATTCAGGAATGATTGATCAGGGCA 1795
Query 1819 TGGAGTATTTCAATAGAATGAAAACTGATTTTGGGGTTAGTCCTGGCCCGGAGCATTATG 1878
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1796 TGGAGTATTTCAATAGAATGAAAACTGTTTTTGGGGTTAGTCCTGGTCCGGAGCATTATG 1855
Query 1879 CATGCTTGGTTGACTTGTTAGGTCGTGCTGGCCGGTTGAATGCAGCTTTGCGTCTCATTG 1938
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CATGTTTGGTTGACTTGTTAGGTCGTGCTGGCCGGTTGAATGCAGCTTTGCGTCTCATTG 1915
Query 1939 AAGAAATGCCAATGGAGCCTCCTCCTGTGGTATGGGTTGCTTTGCTCAGTTGCTGTAGAA 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1916 AAGAAATGCCAATGGAGCCTCCTCCTGTGGTATGGGTTGCTTTTCTCAGTTGCTGCAGAA 1975
Query 1999 TCCACGGAAAAGTTGAACTGGGGGAGTATGCTGCTaaaaaaaTAACAGAACTAGCATCTA 2058
||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1976 TCCACGGAAAAGTTGAACTCGGGGAGTACGCTGCGGAAAAAATAACAGAATTAGCATCTA 2035
Query 2059 ATAACGATGGATCATATACATTGCTTTCAAATATGTATGCAAATGCAGGGCGTTGGAAAG 2118
|| | ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 ATCATGATGGATCATATACATTACTCTCAAATTTGTATGCAAATGCAGGGCGTTGGAAAG 2095
Query 2119 ATGTGACTAGGATCAGATCATTGATGAGACATAAAGGAATTaaaaaaaGACCTGGTTGTA 2178
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2096 ATGTGACTAGGATCAGATCATTGATGAGACATAAAGGAGTTAAGAAAAGACCTGGTTGTA 2155
Query 2179 GTTGGGTCGAAGGAATTAAAGGAACCACTACGTTCTTCGTGGGTGATAAAACTCATCCAC 2238
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GTTGGGTTGAAGGAATTAAAGGAACTACTACGTTCTTCGTGGGTGATAAAACTCATCCAC 2215
Query 2239 ATGCTAAGGAAATATACCAGGTCCTCTCAGATCATATGCAACGCATTAAGGACATTGGTT 2298
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2216 ACGCTAAGGAAATATACCAGGTCCTCTTAGATCACATGCAACGCATCAAGGACATTGGTT 2275
Query 2299 ATGTTCCTGAAACAGGTTTTGCTCTTCATGATGTAGACGATGAAGAGAAAGATGATCTTC 2358
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 ATGTTCCTGAAACAGGCTTTGCTCTTCATGATGTAGACGATGAAGAGAAAGATGATCTTC 2335
Query 2359 TTTTCGAGCATAGTGAGAAGTTAGCTCTTGCGTACGGTATTCTAACAACTCCTCAAGGTG 2418
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2336 TTTTCGAGCATAGTGAGAAGTTAGCTCTTGCATATGGTATTCTAACAACTCCGCAAGGTG 2395
Query 2419 CTGCTATCAGGATTACTAAGAATCTAAGGGTGTGTGGTGATTGCCATACCGCATTCACCT 2478
||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2396 CTGCTATCAGGATTACTAAGAATTTACGGGTATGTGGTGATTGCCATACAGCATTCACAT 2455
Query 2479 ACATGTCCAGAATCATTGATCATGAGATTATATTGAGGGACTCAAGTCGCTTCCATCATT 2538
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 ACATGTCCAGAATCATTGATCATGATATTATATTGAGGGACTCAAGTCGCTTCCATCATT 2515
Query 2539 TAAAAAATGGATTGTGTTCCTGCAAAGGTTACTGGTGA 2576
| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TCAAAAATGGATCGTGTTCATGCAAAGGTTACTGGTGA 2553
> AT4G37170.1 | Symbols: | Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily
protein | chr4:17498580-17500655 REVERSE LENGTH=2076
Length=2076
Score = 56.5 bits (30), Expect = 1e-06
Identities = 30/30 (100%), Gaps = 0/30 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 560 TGATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGCC 589
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 TGATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGCC 440
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 128878876567
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5