BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941512
Length=2240
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G19620.1 | Symbols: EMB213, OEP80, ATOEP80, TOC75 | outer en... 3648 0.0
> AT5G19620.1 | Symbols: EMB213, OEP80, ATOEP80, TOC75 | outer
envelope protein of 80 kDa | chr5:6623204-6627846 FORWARD LENGTH=2523
Length=2523
Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0
Identities = 2158/2246 (96%), Gaps = 14/2246 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 CTCTCGAGTACGATTAACAATGCA-TGACCACCACCACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 60
||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 101 CTCCCGAGTACGATTAACAATGCATTG-TCA-CA--ACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 156
Query 61 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTTCCAAAG---AGCACTCTTTACTCACCAATCTCA 117
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 157 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTCCCAAAGAACAACACTCTTTACTCACCAATCTCC 216
Query 118 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCAGCTCTGTAATACTCGTCTCTCACTAAATCAAA 177
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 217 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCACCTCTCAAATACTCGTAACTCACTAAACCAAA 276
Query 178 TGTTCGAGTCGCTAAGGAATCGCCACA---CTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 234
|| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 277 TGCTCCAGTCGCTAAAGAATCGCCACACTCCTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 336
Query 235 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTCACTCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 294
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 337 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTAACCCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 396
Query 295 CATTGTCGCTTATCCAATCTACCCAATTGAATTGGTCGTCTGACTCAGGAGATGAGAATG 354
||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 397 CATTGTCTCTTATCCAATCCACCCAATTCAATT-G--GTCTGAATCAAGAGATGAGAACG 453
Query 355 TTGAGATTATCCGTGGACTAAACTTGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 414
|||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 454 TTGAGACAATCCGTGGACTAAGCTCGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 513
Query 415 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATATAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 474
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 514 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATACAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 573
Query 475 ACTCGGTGAGTCGAAACGCGGAGGAACGAGTTCTGATCAGTGAGGTTTTAGTAAGAACTA 534
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 574 ACTCGGTGAGTCGAAATGCGGAGGAACGAGTTCTGATTAGTGAGGTTTTAGTAAGAACGA 633
Query 535 AGGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 594
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 634 AAGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 693
Query 595 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTAACCATTCGTGAGGTACAAGAGGATGTGCATAGGATTA 654
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 694 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTGACTATTCGTGAGGTACAGGAGGATGTACATAGGATTA 753
Query 655 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACGCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 714
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 754 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACTCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 813
Query 715 GATTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 774
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 814 GGTTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 873
Query 775 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACAGGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 834
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACATGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 933
Query 835 ATATTAAGAGACTGGAGGAAGCTATTACATCCATCAATGGCTGGTACATGGAGCGTGGTC 894
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 934 ATATTAAGAGACTGGAAGAAGCTATTACATCCATCAATGGATGGTACATGGAGCGTGGTC 993
Query 895 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACACTTTCAGGAGGTATAGTAAGGCTTCAAGTTG 954
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 994 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACGCTTTCTGGAGGTATAGTAAGGCTTCAGGTTG 1053
Query 955 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1054 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1113
Query 1015 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTCACAACAAAGAAGGGACAGG 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1114 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTTACAACAAAGAAGGGACAGG 1173
Query 1075 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1174 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1233
Query 1135 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATACTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1194
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATAGTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1293
Query 1195 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1294 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1353
Query 1255 CAAGTGGCCCCCTATCAGGACTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1314
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1354 CAAGTGGCCCCCTATCAGGATTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1413
Query 1315 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCCTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1374
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCTTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1473
Query 1375 TAAACTACACAGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACATCCAGATCTATTATGG 1434
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1474 TAAACTACACTGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACGTCCAGATCTATTATGG 1533
Query 1435 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1494
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1534 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1593
Query 1495 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTATTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1554
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1594 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTGTTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1653
Query 1555 GTGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1654 ATGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1713
Query 1615 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACCGCAAGTGGTAAGACCCATGATGAGACCT 1674
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1714 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACTGCAAGTGGTAAGCCCCATGATGAGACCA 1773
Query 1675 TGCTAGCAAAACTTGAAAGTATTTATACTGGCTCAGGTGACCGAGGATCAACAATGTTTG 1734
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1774 TGCTAGCAAAACTTGAAAGCATTTATACTGGCTCAGGTGACCAAGGATCAACGATGTTTG 1833
Query 1735 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTACCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1794
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1834 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTGCCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1893
Query 1795 CTGGGCGTGCCAGAAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTTCTTTTTAGTCTGTCTG 1854
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1894 CTGGACGTGCCAGGAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTCCTTTTTAGTCTGTCTG 1953
Query 1855 GTGGACATGTGGTGGGAAACTTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 1914
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1954 GTGGACATGTGGTGGGAAAATTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 2013
Query 1915 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCGG 1974
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2014 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCAG 2073
Query 1975 GGGAGATGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCAGTCGAAGGCGTTATTTTTACAGATTATGGCA 2034
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2074 GGGAGCTGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCGGTCGAAGGCGTCATTTTTACAGATTATGGCA 2133
Query 2035 CTGATCTGGGATCAGGATCCACCGTACCAGGTGATCCTGCTGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2094
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2134 CTGATATGGGATCAGGATCCACCGTCCCAGGTGATCCTGCGGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2193
Query 2095 GAAGTGGTTATGGGTATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2154
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2194 GAAGCGGTTATGGATATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2253
Query 2155 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACACGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2214
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACATGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2313
Query 2215 ACTAAATTTTCTTGTTTCATTTTTAG 2240
||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2314 ACTAAATTTTCCTGTTTCTTTTTTAG 2339
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 111144006630
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5