BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941643
Length=1631
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G20890.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein... 2625 0.0
> AT5G20890.1 | Symbols: | TCP-1/cpn60 chaperonin family protein
| chr5:7086653-7090081 REVERSE LENGTH=2126
Length=2126
Score = 2625 bits (1421), Expect = 0.0
Identities = 1567/1638 (96%), Gaps = 8/1638 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTCTTCTTCTTCCGCTCTTTCCGATGCCGATCGATAAGATCTTCAAAGATGATGCTAGT 60
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 152 CTTCTTCTTTTTCCGCTCTTCCCGATGCCGATCGATAAGATCTTCAAAGATGATGCTAGT 211
Query 61 GAAGAGAAGGGAGAACGTGCGAGGATGGCATCATTTGTTGGTGCAATGGCTATCAGTGAT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 212 GAAGAGAAGGGAGAACGTGCGAGGATGGCATCATTTGTTGGTGCAATGGCTATCAGTGAT 271
Query 121 CTGGTTAAGTCTACTTTAGGGCCAAAGGGCATGGATAAAATCTTACAATCTACTGGTAGA 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 272 CTGGTTAAGTCTACTTTAGGGCCAAAGGGCATGGATAAAATCTTGCAATCTACTGGTAGA 331
Query 181 GGTCATGCTGTCACTGTTACTAACGATGGTGCTACTATTCTCAAGTCACTTCACATAGAC 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 332 GGTCATGCGGTCACTGTTACTAACGATGGTGCTACTATTCTCAAGTCACTTCACATAGAC 391
Query 241 AACCCTGCAGCTAAAGTTCTTGTTGACATCTCGAAAGTTCAAGATGATGAGGTTGGTGAT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 AACCCTGCAGCTAAAGTTCTTGTTGACATCTCGAAAGTTCAAGATGATGAGGTTGGTGAT 451
Query 301 GGGACTACTTCTGTTGTTGTCTTGGCTGGCGAGCTTCTGAGGGAAGCAGAAAAGCTTGTT 360
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 452 GGAACTACCTCTGTTGTTGTCTTGGCCGGCGAGCTTCTGAGGGAAGCAGAAAAGCTTGTG 511
Query 361 GCTTCTAAGATTCACCCTATGACTATCATAGCAGGCTACAGAATGGCTTCGGAATGTGCT 420
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 512 GCTTCTAAGATTCACCCTATGACCATCATAGCAGGTTACAGAATGGCTTCGGAATGTGCT 571
Query 421 CGCGATGCTTTACTTAAAAGAGTAATTGATAACAAGGACAATGCAGAGAAGTTTAGGTCA 480
|| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 CGTAATGCTTTACTGAAAAGAGTCATTGATAACAAGGACAATGCAGAGAAGTTTAGGTCA 631
Query 481 GACTTGTTGAAGATTGCTATGACTACGCTATGCTCCAAAATTCTTTCACAGGACAAGGAA 540
||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 632 GACTTGTTGAAGATTGCGATGACTACTTTATGTTCCAAAATTCTCTCACAGGACAAGGAA 691
Query 541 CATTTTGCAGAAATGGCCGTAGATGCTGTTTTCAGGCTAAAGGGAAGCACAAACTTGGAA 600
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 692 CATTTTGCAGAAATGGCCGTGGATGCTGTTTTCAGGCTAAAGGGAAGCACAAACTTGGAA 751
Query 601 GCTATTCAGATCATCAAAAAACCTGGAGGGACCCTGAGGGATTCCTTTTTGGATGAAGGG 660
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 752 GCTATTCAGATCATCAAAAAACCTGGAGGGTCTCTGAAGGATTCGTTTTTGGATGAAGGG 811
Query 661 TTTATTCTTGACAAGAAGATAGGAATTGGGCAGCCGAAGCGCATAGAGAATGCAAAGATC 720
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 812 TTTATTCTTGACAAGAAAATAGGAATTGGGCAGCCTAAGCGCATAGAGAATGCAAATATC 871
Query 721 TTAGTTGCAAATACCGCTATGGATACCGATAAAGTGAAGATCTATGGTGCACGTGTCCGT 780
||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 872 TTAGTAGCTAATACTGCTATGGATACCGATAAAGTGAAGATTTACGGTGCACGTGTCCGT 931
Query 781 GTGGATTCCATGACCAAGGTTGCTGAGATTGAAGGGGCTGAGAAGGAAAAGATGAAAGAC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 932 GTGGATTCCATGACCAAGGTTGCTGAGATTGAAGGGGCTGAGAAGGAAAAAATGAAAGAC 991
Query 841 AAGGTGAAGAAGATCATAGCCCACGGAATCAACTGCTTTGTTAACAGGCAGTTGATCTAC 900
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 AAGGTGAAGAAGATCATAGGCCACGGAATCAACTGCTTTGTTAACAGGCAGTTGATCTAC 1051
Query 901 AATTTCCCCGAGGAACTCTTTGCAGATGCTGGTATTCTTGCAATTGAGCATGCTGACTTT 960
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1052 AATTTCCCTGAGGAACTCTTTGCTGATGCTGGTATACTTGCTATTGAGCATGCTGACTTT 1111
Query 961 GAGGGAATAGAGCGTCTTGGTTTGGTTACTGGTGGTGAAATTGCTTCGACCTTTGACAAC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 GAGGGAATAGAGCGTCTTGGTTTGGTTACTGGTGGTGAAATTGCTTCGACCTTTGACAAC 1171
Query 1021 CCAGAGTCTGTTAAGCTTGGTCATTGCAAGCTCATTGAAGAAATCATGATTGGTGAAGAC 1080
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 CCAGAGTCTGTTAAGCTTGGGCATTGCAAGCTTATAGAAGAAATCATGATTGGTGAAGAC 1231
Query 1081 AAGTTGATCCATTTCTCTGGTTGTGAAATGGGCCAGGCTTGTTCAATTGTCCTAAG-GGG 1139
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1232 AAGTTGATTCATTTCTCTGGTTGTGAAATGGGCCAGGCTTGTTCAATTGTCCTAAGAGGG 1291
Query 1140 TGCTAGTCACCATGTTCTAGATGAGGCTGAAAGATCACTCCATGACGCCTTATGTGTACT 1199
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1292 -GCCAGTCACCATGTCCTAGATGAGGCTGAAAGATCACTCCATGATGCCTTATGTGTACT 1350
Query 1200 CTCCCAAACAGTGAATGATACTAGAGTATTGCTTGGAGGTGGATGGCCAGAGATGGTGAT 1259
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 CTCTCAAACAGTGAATGATACTAGAGTTTTGCTTGGAGGTGGATGGCCAGAGATGGTGAT 1410
Query 1260 GGCAAAAGAAGTAGATGAGCTTGCAAGGAAAACTGCTGGCAAAAAGTCGCATGCTATTGA 1319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 1411 GGCAAAGGAAGTAGATGAGCTTGCAAGGAAAACTGCTGGCAAAAAATCTCATGCCATTGA 1470
Query 1320 AGCTTTCTCACGTGCTCTAGTGGCTATACCGACAACAATCGCTGACAACGCTGGTTTAGA 1379
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 AGCTTTCTCACGTGCTCTAGTTGCTATACCGACAACAATCGCTGACAACGCTGGTTTAGA 1530
Query 1380 CAGTGCAGAATTGGTTGCTCAGCTTCGTGCAGAGCATCATACTGAAGGGTGCAATGCTGG 1439
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||
Sbjct 1531 CAGTGCCGAATTGGTTGCTCAGCTTCGTGCAGAGCACCACACTGAAGGGTGTAACGCTGG 1590
Query 1440 GATCGATGTCATCTCTGGATCTGTGGGAGATATGGAAGAGAGAGGAATCTATGAAGCATT 1499
|||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 GATCGACGTCATCACTGGAGCTGTAGGAGATATGGAAGAGAGAGGAATCTATGAAGCATT 1650
Query 1500 CAAAGTGAAGCAAGCGGTTCTGCTTTCAGCGACAGAAGCATCTGAGATGATACTGCGAGT 1559
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1651 CAAAGTGAAGCAAGCGGTTCTGCTTTCAGCCACAGAAGCATCTGAGATGATATTGCGAGT 1710
Query 1560 GGATGAAATCATTACATGTGCTCCTAGGAGGAGAGAAGACAGGATGTGAAAAAC-CAA-A 1617
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1711 GGATGAAATCATTACATGTGCTCCTAGGAGGAGAGAAGACAGGATGTGAAAAACTCAACA 1770
Query 1618 CA--CA--TGAACGTGGT 1631
|| || ||||||||||
Sbjct 1771 CAAACACATGAACGTGGT 1788
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 80571874725
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5