BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941855
Length=1425
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G23300.1 | Symbols: PYRD | pyrimidine d | chr5:7847587-78504... 2401 0.0
> AT5G23300.1 | Symbols: PYRD | pyrimidine d | chr5:7847587-7850404
REVERSE LENGTH=1749
Length=1749
Score = 2401 bits (1300), Expect = 0.0
Identities = 1383/1424 (97%), Gaps = 2/1424 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 3 GATTTAATCATCTTGA-CTAATGGCCGGAAGGGCTGCGACGTCGTCGGCGAAATGGGCGA 61
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 143 GATTTAATCATCTT-ACCTAATGGCCGGAAGGGCTGCGACGTCGTCGGCGAAATGGGCGA 201
Query 62 AAGAGTTTTTGTTCAGAAGAGTCTCGTCGAATCCTCTTGGAGCTACCCGAAACTGTTCTT 121
|||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 202 GAGAGTTTTTGTTCAGAAGGGTTTCGTCTAATCCTCTTGGAGCTACCCGTAACTGTTCTT 261
Query 122 CGGTTCCTGGAGCTTCTTCTGCACCTAAAGTTCCTCATTTTTCCAAGAAAGGAAGGATAT 181
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 262 CGGTTCCTGGAGCTTCTTCTGCACCGAAAGTCCCTCATTTTTCCAAGAGAGGAAGGATAT 321
Query 182 TGACAGGAGCTACCATTGGTCTGGCCATAGCTGGAGGAGCTTATGTGAGTACTGCAGATG 241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 322 TGACAGGAGCTACCATTGGTCTGGCCATAGCTGGAGGAGCTTATGTTAGTACTGCAGATG 381
Query 242 AAGCAACCTTCTGTGGGTGGCTATTCAACGCAACAAAGGTTGTGAATCCTTTCTTTGCTC 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 AAGCAACCTTCTGTGGGTGGCTATTCAACGCAACAAAGGTTGTGAATCCTTTCTTTGCTC 441
Query 302 TTCTGGATGCTGAGTTTGCACATAAGCTTGCTGTTTCGGCTGCGGCTCGTGGGTGGGTAC 361
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 442 TTCTGGATGCTGAGTTTGCGCATAAGCTGGCTGTTTCAGCTGCAGCTCGCGGGTGGGTAC 501
Query 362 CTAGAGAAAAGAGGCCTGATCCAGCAATCTTGGGACTTGAAGTTTGGGGAAGGAAATTCT 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 CTAGAGAAAAGAGGCCTGATCCAGCAATCTTGGGACTTGAAGTTTGGGGAAGGAAATTCT 561
Query 422 CAAACCCGATTGGGCTTGCTGCTGGATTTGACAAAAACGCTGAGGCTACCGAAGGACTGC 481
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 562 CAAACCCAATTGGGCTTGCTGCTGGATTTGACAAAAACGCTGAGGCTACTGAGGGACTGC 621
Query 482 TAGGAATGGGATTTGGATTTGTTGAGGTAGGCTCTGTAACTCCTGTTCCACAAGAAGGCA 541
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 TAGGGATGGGATTTGGCTTTGTTGAGGTAGGCTCTGTAACTCCTGTTCCACAAGAAGGCA 681
Query 542 ATCCGAAACCACGCATCTTCAGATTAAGCCAAGAAGGAGCTATTATCAATAGGTGTGGAT 601
||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 ATCCGAAACCACGTATCTTCAGACTAAGCCAAGAAGGAGCTATTATCAATAGGTGTGGAT 741
Query 602 TTAATAGCGAAGGGATTGTTGTCGTTGCAAAGCGGTTGGGTGCTCAACATGGTAAAAGAA 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TTAATAGCGAAGGGATTGTTGTCGTTGCAAAGCGGTTGGGTGCTCAACATGGTAAAAGAA 801
Query 662 TGTTGGCGGAAACATCAGGTACTTCGTCATCTCCAAGTGATGATGTAAAACCAGGGGGGA 721
||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 802 TGTTGGCTGAAACATCAGCTACTTCGTCATCTCCAAGTGATGATGTAAAACCAGGGGGAA 861
Query 722 AATCTGGACCTGGTATTCTTGGGGTCAACCTTGGAAAGAACAAGACGAGTGAGGATGCTG 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 AATCTGGACCTGGTATTCTTGGGGTCAACCTTGGAAAGAACAAGACGAGTGAGGATGCTG 921
Query 782 CTGCTGACTATGTCCAAGGAGTTCATAACTTATCCCAGTATGCTGATTACTTGGTGATCA 841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 922 CTGCTGACTATGTCCAAGGAGTTCATAACTTATCCCAGTATGCTGATTACTTGGTGATCA 981
Query 842 ATGTTTCATCACCCAATACTGCAGGGCTCCGCATGCTTCAGGGAAGGAAACAGTTGAAGG 901
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 982 ATGTTTCATCACCCAATACTGCAGGACTGCGCATGCTTCAAGGAAGGAAACAGTTGAAGG 1041
Query 902 ACCTTGTAAAGAAGGTTCAAGCTGCTCGGGATGAGATGCAATGGGGTGATGAAGGTCCTC 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 ACCTTGTAAAGAAGGTTCAAGCTGCTCGGGATGAGATGCAATGGGGTGATGAAGGTCCTC 1101
Query 962 CTCCTCTTCTTGTGAAGATTGCTCCTGATCTGTCCAGAGGAGAGCTTGAAGATATTGCAG 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CTCCTCTTCTTGTGAAGATTGCTCCTGATCTGTCCAGAGGAGAGCTTGAAGATATTGCAG 1161
Query 1022 CGGTGGCTCTTGCTTTGCACTTGGATGGGCTGATCATATCAAATACAACAGTCTCAAGGC 1081
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 CGGTGGCTCTTGCTCTGCACTTGGATGGGCTGATCATATCAAATACAACAGTCTCAAGGC 1221
Query 1082 CAGATCCTGTAAGCAACAACCCCGTGGCAACAGAAGCAGGTGGTTTGAGCGGGAAACCAC 1141
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1222 CTGATGCTGTAAGCAACAACCCCGTGGCAACAGAAACAGGTGGTTTGAGCGGGAAACCGC 1281
Query 1142 TCTTTCCTCTCTCCACCAACATGTTGAGAGATATGTACACTCTGACACGAGGAAAGATTC 1201
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1282 TCTTTGCTCTCTCCACCAACATGTTGAGAGATATGTACACTTTGACACGAGGAAAGATTC 1341
Query 1202 CATTGATAGGCTGTGGTGGGGTTAGTAGTGGTGAGGATGCTTACAAGAAAATAAGAGCCG 1261
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1342 CATTGATAGGCTGTGGCGGGGTTAGTAGTGGTGAGGATGCTTACAAGAAAATAAGAGCTG 1401
Query 1262 GAGCTACTCTTGTTCAGCTGTACACGGGATTTGCATATGGAGGACCTGCCCTCATCCCAC 1321
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 GAGCTACTCTTGTTCAGCTGTACACGGGATTTGCCTATGGAGGACCTGCCCTCATCCCAC 1461
Query 1322 AAATAAAGGAGGAACTGGTGAAATGCTTAGAAAGGGATGGCTTCAAGTCAATCCATGAAG 1381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1462 AAATAAAGGAGGAACTGGTGAAATGCTTAGAAAGGGATGGCTTCAAGTCGATCCATGAAG 1521
Query 1382 CAATTGGTGCGGATCACAGATGATAAAACTCAAAGAGCAATACG 1425
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CAATTGGTGCTGATCACAGATGATAAAACTCAAAGAGCAATACG 1565
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70230562455
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5