BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg941965
Length=2284
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G24260.1 | Symbols: | prolyl oligopeptidase family protein ... 3648 0.0
> AT5G24260.1 | Symbols: | prolyl oligopeptidase family protein
| chr5:8234723-8238244 REVERSE LENGTH=2514
Length=2514
Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0
Identities = 2168/2264 (96%), Gaps = 2/2264 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AATCTAAAGGATCTCCCTTTATGGCGGATAAGGACGTTCCTTTCGCGGTTGAAGATATTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 112 AATCTAAAGGATCTCCCTTTATGGCGGATAAGGACGTTCCTTTTGGGGTTGAAGATATTG 171
Query 61 TTCAGACGCCTTTACCTGGTTATGTTGCCCCAACTGCAGTTAGCTTTAGTCCGGATGATT 120
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 172 TTCAGACGCCTTTACCTGGTTATGTAGCTCCAACTGCAGTTAGCTTTAGTCCTGATGATT 231
Query 121 CTTTGATCACTTACTTGTTTAGCCCTGAGAAGAATTTGAATAGGAGGGTGTATGCGTTTG 180
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 232 CTTTGATCACTTATTTGTTTAGCCCTGAAAAGAATTTGAAAAGGAGGGTGTATGCTTTTG 291
Query 181 ATGTGAATAAAGGTGAATCTAATTTGGTTTTTAGTCCTCCTGATGGTGGAGTTGATGAGA 240
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 ATGTCAATAAAGGGGAATCTAATTTGGTTTTTAGTCCTCCTGATGGTGGAGTTGATGAGA 351
Query 241 GTAACATTTCACCGGAAGAGAAGTTGAGAAGGGAGAGGTTGCGGGAGCGGGGATTAGGAG 300
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 352 GTAACATTTCACCTGAAGAGAAGTTGAGGAGGGAGAGGTTGCGGGAGCGTGGTTTAGGTG 411
Query 301 TAACTCGGTATGAATGGGTTAAGACTAACTCGAAGATGAGATTCATTGTTGTGCCTTTAC 360
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 412 TAACTCGGTATGAATGGGTCAAGACTAACTCAAAGATGAGATTCATTGTGGTTCCTTTAC 471
Query 361 CTGCCGGGGTGTATATGAAGGACCTTTCTTCATCACCAAATCCGGAGCTCATAGTTCCAA 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 CTGCCGGGGTGTATATGAAGGACCTTTCTTCATCACCAAATCCGGAGCTCATAGTTCCAA 531
Query 421 GTTCACCCACGTCTCCAATTATTGATCCACGTCTATCTCCTAATGGCTTATTTCTTGCAT 480
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GTTCACCCACTTCTCCAATTATTGATCCTCGTCTATCTCCTAATGGCTTATTTCTTGCAT 591
Query 481 ACGTAAGAGACTCCGAGTTGCATGTACTCAATTTGTTAAAAAACCAGACACAACAGTTAA 540
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 ACGTAAGAGAATCCGAGTTGCATGTCCTCAATTTGTTAAAAAACCAGACACAACAGTTAA 651
Query 541 CAACCGGTGCCAATGGAAGTACTTTGACTCATGGTCTTGCTGAGTACATAGCTCAGGAGG 600
| | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 CTAGCGGTGCCAATGGAAGTACTTTGAGTCATGGCCTTGCTGAGTACATAGCTCAGGAGG 711
Query 601 AGATGGATCGGAGAAATGGGTATTGGTGGTCATTAGATAGCAAGTTTATCGCCTATACAG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 AGATGGATCGGAGAAATGGGTATTGGTGGTCATTAGATAGCAAGTTTATCGCCTATACAG 771
Query 661 AAGTCGACTCCTCACAGATTCCTTTATTCAGAATAATGCATCAGGGAAAACGCTCGGTTG 720
|||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 772 AAGTTGACTCCTCACAGATTCCTTTGTTCAGAATAATGCATCAGGGAAAACGTTCGGTTG 831
Query 721 GTACAGAGGCGCAAGAAGATCATGCTTATCCTTTTGCAGGAGCTCTCAATTCTACACTTC 780
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GTTCAGAGGCGCAAGAAGATCATGCTTATCCTTTTGCAGGAGCTCTCAATTCTACACTTC 891
Query 781 GTCTCGGGGTAGTTTCTTCAGCTGGTGGTGGGAAGACGACTTGGATGAATCTTGTGTGCG 840
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 GTCTCGGGGTAGTTTCTTCAGCTGGTGGTGGAAAGACGACTTGGATGAATCTTGTGTGCG 951
Query 841 GAGGACGAACCAATACAGAGGAAGAGTATCTTGGTAGAGTCAATTGGTTGCCCGGGAATA 900
||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 952 GAGGAAGAGGCAATACAGAGGACGAGTATCTTGGTAGAGTCAACTGGCTGCCCGGGAATG 1011
Query 901 TTCTCACGGTGCAGGTTCTAAATAGGTCGCAGAGTAAACTGAAAATCATCAGCTTTGACA 960
| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 TCCTCATAGTGCAGGTTCTGAATAGGTCGCAGAGTAAACTGAAAATCATCAGCTTTGACA 1071
Query 961 TCAACACTGGTCAAGGAAACGTACTGTTGACGGAAGAATCTGATGCGTGGGTGACTTTAC 1020
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1072 TAAACACTGGTCAAGGAAACGTACTGTTGACGGAAGAATCCGACACGTGGGTGACTTTAC 1131
Query 1021 ATGACTGTTTTACCT-CTCTGGAGAAAGTCCCTTCGTCGAGAGGTTCAGGAGGATTCATT 1079
|||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 ATGACTGTTTTA-CTCCTCTGGAGAAAGTCCCTTCATCGAGAGGTTCAGGAGGATTCATT 1190
Query 1080 TGGGCCAGCGAGAGGACCGGTTTCAGACATTTGTATCTTTATGAGTCTGATGGGACATGC 1139
|||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1191 TGGGCCAGTGAGAGGACTGGTTTTAGACATTTGTATCTTTATGAGTCTGATGGGACATGC 1250
Query 1140 CTTGGAGCTATTACTAGCGGTGAATGGATGGTTGAGCAAATTGCTGGTGTAAATGAGCCG 1199
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 1251 CTTGGAGCTATTACTAGCGGTGAATGGATGGTTGAGCAAATAGCAGGTGTAAATGAGCCG 1310
Query 1200 ATGAGTCTGGTGTATTTCACTGGAACCCTTGATGGACCACTTGAGACTAATCTTTACTGC 1259
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311 ATGAGTCTGGTGTATTTCACAGGAACCCTTGATGGACCACTTGAGACTAATCTTTACTGC 1370
Query 1260 ACAAAATTGGAAGCTGGGAATGCCTCTCGGTGTCAACCGATGAGACTTACACATGGGAAA 1319
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1371 GCAAAATTGGAAGCTGGGAATACATCTCGGTGTCAACCCATGAGACTTACACATGGGAAA 1430
Query 1320 GGAAAACATATCGTTGTGGTCGATCACCAGATGAAGAACTTCGTTGACATTCATGATTCA 1379
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 GGAAAACATATCGTTGTGCTCGATCACCAGATGAAGAACTTCGTTGACATTCATGATTCA 1490
Query 1380 GTTGATTCGCCTCCGCGGGTTTCTCTTTGCTCTCTGAGCGACGGAACCGTACTCAAGATT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1491 GTTGATTCGCCTCCGCGGGTTTCTCTTTGCTCTCTGAGTGACGGAACTGTACTCAAGATT 1550
Query 1440 CTCTACGAGCAGACATCTCCTATACAGATACTGAAAAACCTTAAACTAGAGCCTCCAGAG 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 CTCTACGAGCAGACATCTCCTATACAGATACTGAAAAGCCTTAAACTAGAGCCTCCAGAG 1610
Query 1500 TTTGTTCAAATACAAGCGAATGACGGAAAGACAACGCTGTACGGCACGGTTTACAAACCC 1559
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1611 TTTGTTCAAATACAAGCAAATGACGGAAAGACAACACTGTATGGCGCGGTTTACAAACCC 1670
Query 1560 GACAGTTTGAAATTTGGTCCTCCTCCATATAAAACAATGATCAACGTTTATGGAGGTCCC 1619
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GACAGTTCGAAATTTGGTCCTCCTCCATATAAAACAATGATTAACGTTTATGGAGGTCCC 1730
Query 1620 AGCGTTCAGTTGGTCCATGATTCTTGGATTAATACAGTTGACATGAGGACACAGTACCTG 1679
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1731 AGCGTTCAGTTGGTCTATGATTCTTGGATTAATACAGTCGACATGAGGACACAGTATCTG 1790
Query 1680 AGAAGCAGAGGCATCTTAGTTTGGAAGCTTGATAACAGAGGAACTGCACGGCGTGGGTTG 1739
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1791 AGAAGCAGAGGCATCTTAGTTTGGAAGCTTGATAACAGAGGAACTGCACGGCGTGGGCTG 1850
Query 1740 AAATTTGAATCTTGGATGAAGCATAACTGTGGATATGTTGATGCAGAAGATCAAGTAACC 1799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 AAATTTGAATCTTGGATGAAGCATAACTGTGGATATGTTGATGCAGAAGATCAAGTAACT 1910
Query 1800 GGGGCCAAATGGCTAATCGAGCAAGGTCTGGCTAAACCGGACCACATTGGGGTGTATGGT 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1911 GGGGCCAAATGGCTAATCGAGCAAGGTCTGGCTAAACCAGACCACATTGGAGTGTATGGT 1970
Query 1860 TGGAGTTACGGTGGGTACCTTTCAGCTACACTCTTGACCCGATACCCTGAGATCTTTAAC 1919
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 TGGAGTTACGGTGGGTACCTTTCAGCTACACTCTTGACCCGATACCCTGAGATCTTTAAC 2030
Query 1920 TGCGCTGTCTCGGGTGCTCCTGTTACATCTTGGGATGGCTATGACTCATTCTACACCGAA 1979
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2031 TGCGCTGTCTCGGGTGCTCCTGTTACATCTTGGGATGGCTATGACTCGTTCTACACGGAG 2090
Query 1980 AAGTACATGGGCCTTCCCACGGAGGAGGAGCGCTACCTGAAGAGCTCGGTAATGCACCAT 2039
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 AAGTACATGGGTCTTCCCACGGAGGAGGAGCGCTACCTAAAGAGCTCGGTAATGCACCAT 2150
Query 2040 GTCGGAAACCTAACAGATAAGCAGAAGCTGATGTTAGTACACGGAATGATCGATGAGAAT 2099
||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2151 GTCGGGAACTTGACCGATAAGCAGAAGCTGATGTTAGTACACGGAATGATCGATGAGAAT 2210
Query 2100 GTGCATTTCAGACACACGGCTAGGCTCGTGAACGCGCTTGTCGAAGCAGGAAAGCGGTAT 2159
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 2211 GTGCATTTCAGACACACGGCTAGGCTTGTGAACGCGCTTGTTGAAGCGGGAAAGCGGTAC 2270
Query 2160 GAATTGTTGATATTTCCGGATGAACGGCATATGCCGCGGAAAAAGAAGGACCGGATATAT 2219
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 2271 GAGTTGTTGATATTTCCCGATGAACGGCATATGCCACGGAAGAAGAAAGACCGGATATAT 2330
Query 2220 ATGGAACAGAGGATTTGGGAGTTTATAGAGAAGAACTTATGAAG 2263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 ATGGAACAGAGGATTTGGGAGTTTATAGAGAAGAACTTATGAAG 2374
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113352830610
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5