BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg942040
Length=3077
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G24810.2 | Symbols: | ABC1 family protein | chr5:8516815-85... 4193 0.0
> AT5G24810.2 | Symbols: | ABC1 family protein | chr5:8516815-8522679
REVERSE LENGTH=3273
Length=3273
Score = 4193 bits (2270), Expect = 0.0
Identities = 2501/2614 (96%), Gaps = 10/2614 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 466 GTTTGTCGAACCATTGAAAGAGAATTAGGGCATTCCATGGATGTTTTGTTCACCGATTTT 525
||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GTTTGTCGAACTATTGAAAGAGAACTAGGGAATTCCATGGATGTTTTGTTCACCGATTTT 660
Query 526 GTCGACGAGCCTTTGGCAACTGCTTCGATAGCTCAGGTTCATCGTGCAACTCTAGCTAAC 585
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTTGACGAGCCTTTGGCAACTGCTTCGATAGCTCAGGTTCATCGTGCAACTCTAGCTAAC 720
Query 586 GGCCAGGATGTGGTTGTTAAAGTTCAGCATGATGGCATTAGAGCAATTATTTTGGAGGAC 645
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 721 GGGCAGGATGTGGTTGTTAAAGTTCAGCATGATGGCATTAGAGCGATTATTTTGGAGGAC 780
Query 646 TTAAAGAATGCAAAGTCCATTGTTGACTGGATTGCGTGGGCAGAGCCACAGTACAATTTT 705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 781 TTAAAGAATGCAAAGTCCATTGTTGACTGGATTGCGTGGGCGGAACCACAGTACAATTTT 840
Query 706 AACCCCATGATAGATGAATGGTGCAAGGAAGCTCCAAGAGAACTAGACTTCAATATTGAA 765
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AATCCCATGATAGATGAATGGTGCAAGGAAGCTCCAAGAGAACTAGACTTCAATATTGAA 900
Query 766 GCTGAAAATACTAGAGCTGTATCCAAGAATCTCGGGTGCAAGAAGACAAATGACAAAGTT 825
||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 901 GCTGAAAATACTAGAACAGTATCCGGGAATCTCGGGTGCAAGAAGACAAATGATGAAGTT 960
Query 826 AGAAGTGACAATCGGGTTGATGTTTTGATTCCAGATATAATTCAGTCGTCTGAGAGTGTC 885
||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AGAAGTGCCAATCGGGTTGATGTCTTGATTCCAGATATTATTCAGTCGTCTGAGAGTGTA 1020
Query 886 CTCATTCTTGAGTACATGGATGGAATTCGTTTGAATGATGTGGAATCTCTAGATGCTTCT 945
|||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1021 CTCATTCTGGAGTACATGGATGGAGTACGTTTGAATGATGTGGAATCTCTAGATGCTTTT 1080
Query 946 GGTGTGGATAAACAAAAGATCGTTGAAGAGATCACTAGGGCATATGCCCATCAGATATTT 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GGTGTGGATAAACAAAAGATCGTTGAAGAGATCACTCGTGCATATGCCCATCAGATATTT 1140
Query 1006 GTTGATGGATTTTTTAATGGCGACCCTCATCCAGGAAATTTTCTTGTTAGTAAGGAACCA 1065
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GTTGATGGGTTTTTTAATGGCGACCCTCATCCAGGAAATTTTCTTGTTAGTAAGGAACCA 1200
Query 1066 CAACATC-TACCTATTTTACTTGATTTCGGGCTTACAAAGAAAATCTCACACTCTTTGAA 1124
||||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1201 CAACATCGT-CCAATTTTACTTGATTTCGGGCTTTCAAAGAAAATCTCACACTCCTTGAA 1259
Query 1125 ACAAGCACTAGCCAAGATGTTTCTAGCATCGGCAGAGGGAGATCAAGTGGCGCTTTTGTC 1184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 ACAAGCACTAGCCAAGATGTTTCTAGCATCGGCAGAGGGAGATCAAGTGGCGCTTTTGTC 1319
Query 1185 TGCCTTTGCAGAAATGGGACTGAAGCTGCGGCTAGACATGCCAGATCAGGCAATGAGTGT 1244
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1320 TGCCTTTGCAGAAATGGGACTGAAGCTGCGGCTAGACATGCCAGATCAAGCAATGAGTGT 1379
Query 1245 GGCAGGGCTCTTCTTCCGATCTTCAACTCCATCAAACGAAGCTACGAAAACGTTAAAAAC 1304
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||
Sbjct 1380 GGCAGGTCTCTTCTTTCGATCTTCAACTCCATCAAGCGAGGCTATGAAAACGTTTAAAAC 1439
Query 1305 CCTGAACGATCAAAGAGTGCAAAATATGAAAGTTATACAGGAGAAGATGCAGCTCAACCA 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CCTGAACGATCAAAGAGTGCAAAATATGAAAGTTATACAGGAGAAGATGCAGCTCAACCA 1499
Query 1365 GAAAGAAGTTAAACGTTTCAATCCGATAGATGCATTTCCTGGCGATATTGTTATTTTTGC 1424
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1500 GAAAGAAGTTAAACGCTTCAATCCGATAGATGCATTTCCTGGTGATATTGTTATTTTTGC 1559
Query 1425 AAGGGTCATTAATCTACTCAGAGGACTTTCATCTACTATGAATGTTCGGATTGTTTATCT 1484
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GAGGGTCATTAATTTACTCAGAGGACTTTCATCTACTATGAATGTTCGGATTGTTTATCT 1619
Query 1485 GGATATCATGAGACCATTTGCCGAGTCTGTTTTGTTGGGGAGTATCAGTCGAGGACCAAC 1544
||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1620 GGACATCATGAGACCATTTGCCGAATCTGTTCTGTTAGGGAGTATTAGTCGAGGACCAAC 1679
Query 1545 TGTGGATGCTCATTGGATACATGACTCACCAATCCATTCTGATGTAGAGTCCAAAGTGAG 1604
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 TGTGGATGCTCATTGGATACATGACTCGCCAATCCATTCTGATGTAGAGTCCAAAGTGAG 1739
Query 1605 GAAGCTGCTTGCTGAACTTGGGAGTATCCAGAAAATACTTGGAATTCAGGTATGTGCATA 1664
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1740 GAAGCTGCTCGCTGAACTTGGGAGTATCCAGAAAATACTTGGAATTCAGGTGTGTGCATA 1799
Query 1665 TAAAGATGGGAAAGTCATTATTGACACTGCTGCTGGAGTGCTTGGAAGATATGACCCTCG 1724
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TAAAGATGGGAAAGTCATAATTGACACTGCTGCTGGAGTGCTTGGAAGATATGACCCTCG 1859
Query 1725 TCCAGTTCAACCCGATAGTTTATTTCCTGTTTTCTCTGTGACAAAGGGTGTCACTGCCGG 1784
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1860 TCCAGTTCAACCCGATAGTTTATTTCCTGTTTTCTCTGTGACAAAGGGTGTCACTGCTGG 1919
Query 1785 AATGATACATTGGCTTGTCGACAAAAGGAAACTCCAGCTCGACCAGACTGTGGCAAATAT 1844
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 AATGATACATTGGCTTGTTGACAAAAGGAAACTCCAGCTCGACCAGACTGTGGCAAATAT 1979
Query 1845 ATGGCCAGGGTTCGGATCAAATGGAAAAGATACCATAAAGGTCAATCATGTGCTTAACCA 1904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1980 GTGGCCAGGGTTCGGATCAAATGGAAAAGATACCATAAAGGTCCATCATGTGCTTAACCA 2039
Query 1905 TACATCTGGGATGCACAATGCCTTTGACCCTGTAGGAGAAAATCCTCTGCTTATTTGTGA 1964
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TACATCTGGGATGCAAAATTCCTTTGACCCTGTAGGAGAAAATCCTCTGCTTATTTGTGA 2099
Query 1965 CTGGGATGAATGTTTGAAACGGATTGCTAATTCATCACCTGAAACAGAGCCTGGCAATCA 2024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2100 CTGGGATGAATGTTTGAAACGGATTGCTAATTCATCACCTGAAACAGAGCCTGGCAGTCA 2159
Query 2025 GCAGTTCTATCACTATCTCACGTTTGGATGGCTATGTGGTGGAATCCTCGAGTATGCTTC 2084
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 GCAGTCCTATCACTATCTCACGTTTGGATGGCTATGTGGTGGAATCCTCGAGTATGCTTC 2219
Query 2085 AGGAAAGAAATTCCAGGAGATCCTTGAAGAGTCCATTGTTAAACCCCTAAAGATTGATGG 2144
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2220 TGGAAAGAAACTCCAGGAGATCCTTGAAGAGTCCATTGTTAAACCCCTAAATATTGATGG 2279
Query 2145 AGAACTGTACATTGGAATCCCCCCAGGTGTTGAATCTAGGCTTGCCACATTGACGTTGGA 2204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2280 AGAACTGTACATTGGAATCCCCCCAGGTGTTGAATCTAGGCTTGCCACATTGACGTTCGA 2339
Query 2205 CACCGATGAAATGAGCAAGCTTTCGTCCATTGCCAGTCAGCCTGAGCTTCCTTCCACATT 2264
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2340 CACTGATGAAATGAGCAAGCTTTCGTCCATTGCCAGCCAACCTGAGCTTCCTTCCACATT 2399
Query 2265 TCAGCCTGACAAGATCTTACAACTGGCAACCAACTTGCCAGTCTTATTTAACACATTGAA 2324
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 TCAGCCTGACAAGATCATACAAATGGCAACCAACTTGCCAGTCTTATTTAACACATTGAA 2459
Query 2325 TGTACGTAGAGCCATAATCCCTGCGGCTAATGGACATTGCTCTGCTCGTGCACTTGCACG 2384
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2460 TGTGCGCAGAGCCATAATCCCTGCGGCTAATGGACATTGCTCTGCTCGTGCACTTGCAAG 2519
Query 2385 GTACTATGCAACCCTAGCAGATGGTGGCCTAGTGCCACCTCCACATTCCTCTTTATCCCA 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2520 GTACTATGCAACCCTAGCAGATGGTGGCCTAGTGCCACCTCCACATTCCTCTTTATCCCA 2579
Query 2445 GCCACCACTAGGTAGCCACACCCATGTTCCGAAATTCACGCCGTCGAAAGACACAACGAA 2504
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||
Sbjct 2580 GCCACCACTAGGTAGCCACACCCATGTTCCGAAATTCACGTCGTTGAAAGACACAACAAA 2639
Query 2505 AAAGAGAAAGAGTAAGGAGATGGTAGCTACGGAAAAGCGTAAATCAAAAGATCATCAAGA 2564
||||| |||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2640 AAAGAAAAAGGGTAAGGAGATGGCAGCTACAGAAAAGGGTAAATCAAAAGATCATCAAGA 2699
Query 2565 GAGGAGGCTTTATGATGAGAAACAGTTTACCAGTGCTGGCAGCAG-AGGAGAGTCAAATA 2623
||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||||||||||
Sbjct 2700 GAGGAAGCTTTATGATGAGAAACAGTTTATGAGTGCTAGTAGCAGCAG-AGAGTCAAATA 2758
Query 2624 CAGAAAGTTTAGCTAGGCTAGTTGATACTAGCAGTTCTGCTGGCAAAACTGAGATCAATA 2683
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CAGAAAGTTTAGCCAGGCTAGTTGATACTAACAGTTCTGCTGGCAAAACTGAGATCAATA 2818
Query 2684 GCGATGATCATCAACATGATATTCATAATCTGTTTAGCAACCCGAGGATCCATGACGCTT 2743
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2819 GCGATGATCATCAACATGATATTCATAATATGTTTAGCAACCCGAGGATCCATGATGCTT 2878
Query 2744 TCATGGGTGATGGAGATTACAGTGGCTTAGTAGTGCCTGATGGGAAGTTTGGACTTGGTT 2803
||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2879 TCATGGGTGCTGGAGACTACAGTGGCTTAGTAGTGCCTGATGGAAAGTTTGGGCTTGGTT 2938
Query 2804 TTAAGCGCGTAATTTCTCAAGATGGGTCTCTGGTTGGCTTTGGACATTCGGGGATGGGAG 2863
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 2939 TTAAGCGCGCCATTTCTCAAGATGGGTCTCTGGTTGGCTTTGGACATTCAGGGTTAGGAG 2998
Query 2864 GATCAACAGGCTTCTGTGACATCAAAAACAGATTTTCCATTGCAGTAACACTGAACAAGA 2923
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 GATCAACAGGCTTCTGTGACATCAACAACAGATTTTCCATTGCAGTAACACTGAACAAGA 3058
Query 2924 TGTCTATGGGAGGTGTTACGGCTAATATTGTGAAGCTTGTTTGCTCGGAATTAAATATCC 2983
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059 TGTCTATGGGAGGTGTAACGGCTAATATTGTGAAGCTTGTTTGCTCGGAATTAAATATCC 3118
Query 2984 CATTGCCTAAGGACTTCTCCCTTTCAACTGATACGGGTCCAGATTCGCAGATGGGTACGC 3043
||||||||||||||||| | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3119 CATTGCCTAAGGACTTCGC------AACTGATATAGGTGCAGATTCGCAGATGGGTACGC 3172
Query 3044 CTCTAATCAACTAAGGTTGGTTTTCGACCTAAGT 3077
|||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3173 CTCTAATCAACTGAGGTTGGTTTTCGACGTAAGT 3206
Score = 743 bits (402), Expect = 0.0
Identities = 442/461 (96%), Gaps = 4/461 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 ATTTTATATATGCGGAATTCGCGATTTCGTGGAATCAATTCTGGCTCATTCCAGAATAAT 72
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 55 ATTTTATAAATGCGGAATTCGCGATTTCGTGGAATCAATTCTGGCTCTTTCCAGAATAAA 114
Query 73 CGGTGGTGGTCACTAGTGGTGGATTCTCTCTTATCGTTTTTCGTTAGAGTATCAGAAATT 132
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 115 CGGTGGTGGTCACTAGTGTTGGATTCTCTCTTATCGTTTTTCGTTAGACTATCAGAAATT 174
Query 133 ATCAAGAGACTT-TGTAATAAATTTGTATCAATGGGTTTGGGAAATATTTATAGAAGACG 191
||||||||| || | | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 175 ATCAAGAGA-TTCTTTCATAAATTTGTATCGATGGGTTTGGGAAACATTTATAGAAGACG 233
Query 192 AATGAAAGTCTTCTC-AGTAGCTATACTTATTTACCTCGATTATAAGGGTGTTCAACAAA 250
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 234 AATGAAAGTCTTCTCTA-TAGCTATACTTATTTACCTCGATTATAAGGGTGTTCAGCAAA 292
Query 251 AGGAGAAGTGGATTAAGAAGTCTAAAGTTCCTGCTTTATGGGATAAAGCTCATGATCGTA 310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 293 AGGAGAAGTGGATTAAGAAGTCTAAAGTTCCTGCTTTATGGGATAAAGCTCATGATCGTA 352
Query 311 ATGCCAAGAGGGTTTTGAATTTGATTGTGGAATTGGAAGGTTTATGGGTGAAACTTGGGC 370
|||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 353 ATGCTAAGCGGGTTTTGAATTTGATTGTGGAATTGGAAGGGTTATGGGTGAAACTTGGGC 412
Query 371 AGTATCTATCTACTCGTGCTGATGTTTTACCGCAGGCTTATATATCTCTTCTCACACAGT 430
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 413 AGTATCTATCTACTCGTGCTGATGTTTTACCTCAGGCTTATATATCTCTTCTCACTCAGT 472
Query 431 TGCAAGACTCGCTACCTCCTCGTCCGTTGCAGGAGGTTTGT 471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 TGCAAGACTCGCTACCTCCTCGTCCGTTGCAGGAGGTTTGT 513
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 153009176150
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5