BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg942216
Length=2419
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G26240.1 | Symbols: CLC-D, ATCLC-D | chloride channel D | ch... 4002 0.0
> AT5G26240.1 | Symbols: CLC-D, ATCLC-D | chloride channel D |
chr5:9189524-9194731 FORWARD LENGTH=2861
Length=2861
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2334/2416 (97%), Gaps = 5/2416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 ATCGAA--CTCGATCATGTTATCGAATCATCTCCAGAACGGGATCGAATCCGATAACCTA 65
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 ATCGAACTCTCGATCATGTTATCGAATCATCTCCAGAACGGGATCGAATCCGATAACCTA 143
Query 66 ATCTGGTCTCGTGTCCCTGAATCCGACGATCCTTCCACCGACGGTGTTACTCTACTCAAC 125
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 144 CTCTGGTCTCGTGTCCCTGAATCCGATGATACTTCCACCGACGATATTACTCTACTCAAC 203
Query 126 TCTCGCCGTGACGGTGACGGAGGTGTCGATAGTCTCGATTACGAAGTCATCGAGAATTAC 185
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 204 TCTCACCGTGACGGTGACGGAGGTGTCAATAGTCTCGATTACGAAGTCATCGAGAATTAC 263
Query 186 GCTTATAGAGAAGAACAAGCTCATCGAGGAAAGCTTTATGTTGGTTACTACGTTGCTGTC 245
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 264 GCTTATAGAGAAGAACAAGCTCATCGAGGAAAGCTTTATGTTGGTTACTACGTTGCTGTC 323
Query 246 AAATGGTTCTTCTCTTTACTCATCGGGATCGGAACTGGATTAGCTGCTGTGTTCATCAAT 305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 324 AAATGGTTCTTCTCTTTACTCATCGGGATCGGAACTGGATTAGCTGCTGTGTTCATCAAT 383
Query 306 CTCTCTGTTGAGAATTTCGCTGGATGGAAATTTGCTCTTACGTTTGCTATTATTCAGAAG 365
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 384 CTCTCTGTTGAGAATTTCGCTGGATGGAAATTTGCTCTTACTTTTGCTATTATTCAGAAG 443
Query 366 TCTTATTTCGCTGGGTTTATTGTTTATCTTCTCATCAATTTAGTCTTAGTGTTTTCTTCT 425
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 444 TCGTATTTTGCTGGGTTTATTGTTTATCTTCTCATCAATTTAGTCTTAGTGTTTTCTTCT 503
Query 426 GCGTATATCATTACGCAATTCGCTCCTGCTGCTGCTGGTTCTGGCATTCCTGAGATTAAG 485
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 504 GCGTATATTATTACTCAATTTGCTCCTGCTGCTGCTGGTTCTGGCATTCCTGAGATTAAG 563
Query 486 GGTTATCTCAATGGAATTGATATTCCCGGAACCTTGCTCTTTAGAACTCTCATAGGAAAG 545
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 564 GGTTATCTCAATGGAATTGATATTCCCGGCACCTTGCTCTTTAGAACTCTCATTGGAAAG 623
Query 546 ATATTTGGAAGCATTGGTTCTGTTGGGGGTGGTTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCTCTT 605
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 624 ATATTTGGAAGCATTGGTTCTGTTGGGGGTGGCTTAGCCTTGGGGAAAGAAGGTCCTCTT 683
Query 606 GTACATACAGGTGCCTGCATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACAAAATATCAT 665
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 684 GTGCATACAGGTGCCTGCATTGCATCGTTGCTTGGTCAGGGTGGATCTACGAAATATCAT 743
Query 666 TTGAATTCTAGATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGTCGTGATCTTGTCACT 725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 744 TTGAATTCTAGATGGCCGCAACTTTTTAAGAGTGATAGAGATCGGCGTGATCTTGTCACT 803
Query 726 TGTGGATGTGCAGCTGGAGTTGCTGCCGCTTTTAGAGCTCCAGTTGGAGGAGTGTTATTT 785
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 804 TGTGGATGTGCAGCTGGAGTTGCTGCTGCCTTTAGAGCCCCAGTTGGTGGAGTGTTATTT 863
Query 786 GCATTAGAGGAGGTCACATCATGGTGGAGAAGTCAACTTATGTGGCGTGTCTTTTTCACT 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 864 GCATTAGAGGAGGTCACATCATGGTGGAGAAGTCAACTTATGTGGCGTGTCTTTTTCACT 923
Query 846 TCCGCTATTGTGGCTGTTGTTGTGCGTACTGCCATGGGCTGGTGCAAGAGTGGAATATGT 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 924 TCCGCTATTGTGGCTGTTGTTGTGCGTACTGCCATGGGATGGTGCAAGAGTGGAATATGT 983
Query 906 GGACATTTTGGTGGAGGTGGTTTCATTATATGGGATGTATCAGATGGTCAAGATGACTAC 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 984 GGACATTTTGGTGGAGGTGGTTTCATTATATGGGATGTATCAGATGGTCAAGATGACTAC 1043
Query 966 TACTTCAAGGAGCTACTGCCAATGGCTGTAATAGGAGTTATCGGAGGCCTACTTGGGGCA 1025
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1044 TACTTCAAAGAGCTACTGCCAATGGCTGTAATAGGAGTTATCGGAGGGCTACTTGGGGCA 1103
Query 1026 TTATTTAACCAACTTACACTTTATATGACATCTTGGCGTCGGAACTCTTTGCACAAGAAA 1085
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104 TTATTTAACCAACTTACACTCTATATGACATCTTGGCGTCGGAACTCTTTGCACAAGAAA 1163
Query 1086 GGAAATCGAGTGAAGATAATTGAAGCATGCATCATCTCTTGTATAACTTCTGCAATCTCA 1145
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1164 GGAAATCGAGTGAAGATAATTGAAGCATGCATCATCTCTTGTATAACTTCAGCTATCTCA 1223
Query 1146 TTTGGGCTGCCACTCCTAAGAAAATGCAGTCCATGCCCTGAGTCAGTTCCTGACTCTGGT 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1224 TTTGGGCTGCCACTCCTAAGAAAATGCAGTCCATGCCCTGAATCAGTTCCTGACTCTGGT 1283
Query 1206 ATTGAATGTCCACGGCCTCCAGGAATGTATGGAAATTACGTAAATTTCTACTGCAAGACG 1265
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1284 ATTGAGTGTCCACGACCTCCAGGAATGTATGGAAATTATGTAAATTTCTTCTGCAAGACG 1343
Query 1266 GATAACGAATACAATGATCTCGCTACAATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCTATAAGG 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1344 GATAACGAATACAATGATCTCGCTACAATTTTCTTCAATACTCAGGATGATGCTATAAGG 1403
Query 1326 AATTTGTTCAGCGCTAAAACAATGCGAGAGTTCAGTGCTCAGAGTCTACTAACTTTTTTG 1385
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1404 AATTTGTTCAGCGCAAAAACAATGCGAGAGTTCAGTGCTCAGAGTCTACTAACTTTTCTG 1463
Query 1386 GTTATGTTTTACACATTAGCAGTGGTAACCTTTGGCACTGCTGTTCCCGCTGGCCAGTTT 1445
| |||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1464 GCTATGTTTTACACATTAGCTGTAGTGACCTTTGGCACTGCTGTTCCCGCCGGCCAGTTT 1523
Query 1446 GTTCCTGGAATAATGATAGGATCAACTTATGGGCGGCTTGTAGGCATGTTTGTGGTCAGG 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524 GTTCCTGGAATAATGATAGGATCAACTTATGGGCGCCTTGTAGGCATGTTTGTGGTCAGG 1583
Query 1506 TTTTACAAGAAGCTCAACATTGAGGAGGGAACTTATGCTTTACTGGGAGCTGCTTCATTT 1565
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1584 TTTTATAAGAAGCTCAACATTGAGGAGGGAACTTATGCTTTGCTGGGAGCTGCTTCATTT 1643
Query 1566 CTTGGAGGCTCGATGCGGATGACTGTATCATTATGTGTTATTATGGTTGAAATCACAAAT 1625
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1644 CTCGGAGGCTCGATGCGGATGACTGTATCTTTATGTGTTATCATGGTTGAAATCACAAAT 1703
Query 1626 AACCTGAAACTTCTGCCTCTTATAATGTTGGTTCTTCTCATCTCAAAGGCCGTCGGTGAT 1685
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704 AACCTGAAACTTCTGCCTCTTATAATGTTGGTACTTCTCATCTCAAAGGCCGTCGGTGAT 1763
Query 1686 GCTTTCAATGAAGGATTGTATGAAGTACAAGCACGCCTGAAGGGCATTCCGTTACTGGAA 1745
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1764 GCTTTCAATGAGGGATTATATGAAGTACAAGCACGCCTGAAGGGCATTCCGTTACTTGAA 1823
Query 1746 TCGAGACCCAAGTATCATATGCGTCAAATGATAGCAAAGGAAGCATGTCAAAGTCAGAAG 1805
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1824 TCGAGACCTAAGTATCACATGCGTCAAATGATAGCAAAGGAAGCGTGTCAAAGTCAGAAG 1883
Query 1806 GTAATCTCTTTACCTCGAGTTATCAGGGTTGCAGATGTTGCTTCAATTTTGGGCAGCAAT 1865
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884 GTAATCTCTTTACCTCGAGTTATCAGGGTCGCAGATGTTGCTTCAATTTTGGGCAGCAAT 1943
Query 1866 AAACACAATGGATTTCCGGTAATTGACCACACGAGAAGTGGTGAAACACTTGTCATCGGG 1925
||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1944 AAACATAATGGATTTCCTGTAATCGACCACACGAGAAGTGGTGAAACACTTGTCATAGGG 2003
Query 1926 TTGGTTCTTCGGAGTCACTTGCTTGTTCTCCTTCAATCTAAAGTCGATTTCCAACATAGT 1985
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2004 TTAGTCCTTCGGAGTCACTTGCTTGTTCTCCTTCAATCAAAAGTCGATTTCCAACATAGT 2063
Query 1986 CCTTTGCCCTGTGATCCAAGTGCCAG-ACATATCAGGCACAGTTTTAGCGAGTTTGCGAA 2044
|||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2064 CCTTTGCCTTGTGATCCAAGTGCCAGGA-ATATCAGGCACAGTTTTAGCGAGTTTGCTAA 2122
Query 2045 ACCTGTTTCATCGAAAGGGTTATGCATAGAAGATATACATTTAACTTCAGATGATTTAGA 2104
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 ACCTGTTTCATCGAAAGGGTTATGCATAGAAGATATACATTTAACTTCAGATGATTTAGA 2182
Query 2105 GATGTACATAGATCTTGCTCCGTTTTTGAATCCGTCTCCATATGTTGTTCCCGAAGACAT 2164
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2183 GATGTACATAGATCTTGCTCCATTTTTGAATCCGTCTCCATACGTTGTTCCCGAAGACAT 2242
Query 2165 GTCATTGACAAAGGTATACAATCTTTTCCGGCAACTTGGATTGCGACATCTATTCGTCGT 2224
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 2243 GTCCTTGACAAAGGTATACAATCTTTTCCGGCAACTTGGGTTGCGACATCTATTCGTTGT 2302
Query 2225 TCCCCGTCCTTCCCGTGTGATAGGCTTGATCACTAGAAAGGATTTGCTAATTGAGGAAAA 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2303 TCCCCGTCCTTCCCGTGTGATAGGCTTGATCACCAGAAAGGATTTACTGATTGAGGAAAA 2362
Query 2285 CGGGGAATCATCAGCAGTGGAACTCCAACAGTCAACTAGTGTAAGAGGTCGGTACAGTGA 2344
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2363 TGGGGAATCATCAGCAGTGGAACTCCAACAGTCAACTAGTGTAAGAGGTCGGTACAGTGA 2422
Query 2345 GTCAGCAACGCGGATGGACGCTGCACGTCCGCTTCTAGACGATCTTTTAGGTTAATAAAG 2404
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 GACAGCAACGCGGATGGACGCTGCACGACCGCTTCTAGACGATCTTTTAGGTTAATAAAA 2482
Query 2405 CAGTC-AAACATATAC 2419
||| | ||||||||||
Sbjct 2483 CAGACCAAACATATAC 2498
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120129904185
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5