BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg942557
Length=2344
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G09020.1 | Symbols: ATISA3, ISA3 | isoamylase 3 | chr4:57840... 3683 0.0
> AT4G09020.1 | Symbols: ATISA3, ISA3 | isoamylase 3 | chr4:5784074-5789002
FORWARD LENGTH=2483
Length=2483
Score = 3683 bits (1994), Expect = 0.0
Identities = 2232/2346 (95%), Gaps = 20/2346 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATCATTGAAGCAACGAAGATATGCTTACTTCACcttcttcttcttcttcttctacattt 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
Sbjct 5 GATCGTTGAAGCAACGAAGATATGCTTACTTCA----C--CTTCTTCTTCTTCTACATAT 58
Query 61 gattcattctcttccaatttctctCCGGT-ACTCACTAATGCCTTCTCT-G--GCTTCAC 116
||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 59 GATCCATTCTCTTCCAATTTCTCTCC-GTCGCTCACTAATGCCTTCTCTAGTAGCTTCAC 117
Query 117 CATTCCCATGGGATTGAATTTGAGTAGGAAAGTGATCGGAGCTC-GAGTTTTCTCTCGGA 175
|||||||||||||||||| |||||||||| ||| | | |||||| || | |||||||| |
Sbjct 118 CATTCCCATGGGATTGAAATTGAGTAGGAGAGTCACCAGAGCTCGGA-TCTTCTCTCGTA 176
Query 176 AGGTTAAGGATCGTTCAACGCTTAAGCTTTCTTGTCGTCGTGCAAAAGAACGTGTGGTTG 235
|| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||| ||| | |||||||||||||
Sbjct 177 AGATTAAGGATCGTTCAACACTTAAGGTCACTTGTCGTCGCGCACACGAACGTGTGGTTG 236
Query 236 AGGAAGAAGCTTCTACAATGACGGAGACTAAGCAATTGTTCAAAGTTTCTACTGGTGAGG 295
|||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 237 AGGAAGAAGCATCTACAATGACGGAGAC---GAAATTGTTTAAAGTTTCTTCTGGTGAGG 293
Query 296 TATCTCCTCTTGGTGTGTCTCAAGTCGACAATGGAATCAATTTTGCTTTGTTTTCTCAGA 355
||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 TATCTCCTCTTGGTGTGTCACAAGTCGATAAGGGAATCAATTTTGCTTTGTTTTCTCAGA 353
Query 356 ATGCTACTTCTGTTACACTCTGCTTATCACT-TCCCCAAAGTGGTAAGGATGATTTGAAT 414
||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| | ||
Sbjct 354 ATGCTACTTCTGTCACACTCTGCTTATCACTAT-CCCAGAGTGGTAAGGATGATACGGAT 412
Query 415 GATGATGGTATGATTGAGTTGGTTTTGGATCCAAGTGTAAACAAGACTGGGGATACTTGG 474
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 413 GATGATGGTATGATAGAGTTGGTTTTGGATCCCAGTGTAAACAAGACTGGAGATACTTGG 472
Query 475 CACATTTGTGTTGAGGAGTTGCCTCTCAATAATGTTCTTTATGGTTACCGTGTTGATGGT 534
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 473 CACATTTGTGTTGAGGATTTGCCTCTCAATAATGTTCTCTATGGTTACCGTGTTGATGGT 532
Query 535 CCTGGAGAATGGCAACAAGGGCATCGGTTTGACCATAGTATTGTGCTTTTGGATCCCTAT 594
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 533 CCTGGAGAATGGCAACAAGGGCATCGGTTTGATCGTAGTATTTTGCTTTTGGATCCCTAT 592
Query 595 GCAAAGCTAGTTAAGGGTCGCAGCTCTTTTGGAGATAGTAGTCAAAAGTTTGCTCAATTT 654
|| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 593 GCTAAGCTAGTTAAAGGTCATAGTTCTTTTGGAGATAGTAGTCAGAAGTTTGCTCAATTT 652
Query 655 TATGGAACTTATGACTTTGAGAGCTCGCCATTTAACTGGGGAGATGACTACAAGTTCCCT 714
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 653 TATGGAACTTATGACTTTGAGAGCTCGCCATTTGACTGGGGAGATGACTACAAGTTTCCT 712
Query 715 AACATACCTGAGAAGGATCTTGTTATTTATGAAATGAATGTTCGTGCTTTTACTGCTGAT 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 AACATACCTGAGAAGGATCTTGTTATTTATGAAATGAATGTTCGTGCTTTTACTGCTGAT 772
Query 775 GAATCCAGTGGGATGGACCCAGCTATAGGGGGCAGTTACCTCGGTCTCATTGAGAAGATC 834
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 773 GAATCCAGTGGGATGGACCCAGCTATAGGAGGCAGTTACCTCGGTTTCATTGAGAAGATC 832
Query 835 CCACACCTTCAAGATCTGGGTATAAATGCAGTGGAGTTATTGCCAGTGTTTGAGTTTGAT 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 833 CCACACCTTCAAGATCTGGGTATAAATGCAGTGGAATTATTGCCAGTGTTTGAGTTTGAT 892
Query 895 GAACTGGAGCTTCAGAGGCGTCCTAACCCTAGGGATCACATGGTTAACACATGGGGTTAC 954
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 893 GAACTGGAGCTTCAGAGGCGTTCTAACCCTAGGGATCACATGGTTAACACATGGGGTTAC 952
Query 955 TCGACAATTAACTTTTTTGCTCCGATGAGCCGTTATGCTAGTGGTGAGGCAGACCC-AGT 1013
|||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |
Sbjct 953 TCGACAGTTAACTTTTTTGCTCCGATGAGCCGATATGCTAGTGGTGAGGGAGACCCTA-T 1011
Query 1014 TAAAGCTTCGAAAGAGCTTAAAGAAATGGTCAAAGCCTTACATTCTGCTGGTATAGAGGT 1073
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 TAAAGCTTCGAAAGAGTTTAAAGAAATGGTCAAAGCCTTGCATTCTGCTGGTATAGAGGT 1071
Query 1074 CATTTTGGACGTAGTTTATAATCATACCAACGAAGCAGATGACAAATACCCTTATACCAC 1133
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 CATTTTGGACGTAGTTTATAATCACACCAACGAAGCAGATGACAAATACCCTTATACCAC 1131
Query 1134 TTCATTTCGTGGCATAGACAATAAGGTTTATTACATGCTTGATCCAAACAACCAACTGCT 1193
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 TTCATTTCGTGGCATAGACAACAAGGTTTATTACATGCTTGATCCAAACAACCAACTGCT 1191
Query 1194 TAACTTTTCTGGCTGTGGGAATACACTGAACTGTAACAATCCCGTTGTTATGGAACTAAT 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1192 TAACTTTTCTGGCTGTGGGAATACACTGAACTGTAACCATCCAGTTGTTATGGAACTCAT 1251
Query 1254 ACTAGATAGCTTAAGGCACTGGGTCACTGAATATCATGTGGATGGTTTCCGATTTGATCT 1313
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1252 ACTTGATAGCTTAAGGCACTGGGTCACTGAATATCACGTGGATGGTTTCCGGTTTGATCT 1311
Query 1314 TGCTAGTGTGCTTTGCCGAGCAACAGATGGATCTCCACTCAGTGCTCCCCCACTCATTAG 1373
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1312 TGCTAGTGTGCTTTGCCGAGCAACAGATGGATCTCCACTCAGTGCTCCCCCACTGATAAG 1371
Query 1374 GGCAATTGCCAAGGATTCCGTTCTGTCAAGATGTAAAATAATTGCAGAGCCTTGGGATTG 1433
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GGCAATTGCCAAGGATTCTGTTCTGTCAAGATGTAAAATAATTGCAGAGCCTTGGGATTG 1431
Query 1434 TGGAGGATTATATCTAGTCGGGAAGTTTCCAAATTGGGATAGGTGGGCTGAGTGGAATGG 1493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 TGGAGGATTATATCTAGTCGGGAAGTTTCCAAATTGGGATAGGTGGGCTGAGTGGAATGG 1491
Query 1494 GATGTACCGGGATGATGTTAGAAGATTTATCAAGGGTGACATTGGTATGAAAGGAAGCTT 1553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1492 GATGTACCGGGATGATGTTAGAAGATTTATCAAGGGTGACAGTGGCATGAAAGGAAGCTT 1551
Query 1554 TGCTACTCGGGTTTCAGGATCTTCCGATCTTTACCAGGTTAACCAGCGGAAGCCTTACCA 1613
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1552 TGCTACTCGGGTTTCTGGATCTTCCGATCTTTACCAGGTTAACCAGAGGAAGCCTTACCA 1611
Query 1614 TGGTGTAAATTTTGTGATCGCACATGATGGATTCACATTGCGAGATCTTGTATCGTACAA 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 TGGTGTAAATTTTGTGATCGCACATGATGGATTCACATTGCGAGATCTTGTATCGTACAA 1671
Query 1674 CTTTAAGCACAATGAGGCCAATGGAGAAGGAGGAAATGATGGATGTAATGACAATCATAG 1733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 CTTTAAGCACAATGAGGCCAATGGAGAAGGAGGAAATGATGGATGTAATGACAATCATAG 1731
Query 1734 CTGGAACTGTGGTTTTGAAGGGGAAACTGATGATGCTCACATCAAGTCTTTACGTACTCG 1793
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1732 CTGGAACTGTGGTTTTGAAGGGGAAACTGGTGATGCTCACATCAAATCTTTACGTACTCG 1791
Query 1794 GCAAATGAAGAATTTTCATTTAGCTTTGATGATTTCTCAGGGAACACCAATGATGCTAAT 1853
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 GCAAATGAAGAACTTTCATTTAGCTTTGATGATTTCTCAGGGAACACCAATGATGCTAAT 1851
Query 1854 GGGAGACGAATATGGACATACGCGGTATGGTAACAACAATAGCTATGGACATGATACCGC 1913
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1852 GGGAGACGAATATGGACATACACGGTATGGTAACAACAATAGCTACGGACATGATACCTC 1911
Query 1914 TCTTAATAATTTCCAGTGGAAAGAGCTCGACGCAAAGAAGCAAAACCATTTCAGGttttt 1973
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1912 CCTTAACAATTTCCAGTGGAAAGAGCTCGACGCAAAGAAGCAGAACCATTTCAGGTTTTT 1971
Query 1974 ttCGGAGATGATCAAGTTTCGACATTCACACCATGTACTCAAGCATGAAAATTTCCTCAC 2033
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 CTCGGAGGTGATCAAGTTCCGACATTCACACCATGTACTCAAGCATGAAAATTTCCTCAC 2031
Query 2034 CCAAGGCGAGATTACATGGCATGAAGATAATTGGGACAACACTGAGAGCAAGTTCCTAGC 2093
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2032 CCAAGGTGAGATTACATGGCATGAAGATAATTGGGACAACAGTGAGAGCAAGTTCCTAGC 2091
Query 2094 TTTCACTCTCCATGACGGTGTAGGTGGCCGTGACATCTATGTGGCATTCAACGCCCACGA 2153
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 TTTCACTCTCCATGACGGTATAGGTGGCCGTGACATCTATGTGGCATTCAACGCCCACGA 2151
Query 2154 CTACTTTGTCAAGGCTCTGATTCCACAGCCGCCACCGGAAAAACAATGGTTCCGTGTGGC 2213
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2152 CTACTTTGTCAAGGCTCTGATTCCACAGCCACCACCGGGAAAACAATGGTTCCGTGTGGC 2211
Query 2214 TGACACAAACCTCGAGTCGCCGGATGATTTTGTGAGCGAAGGTGTGGCTGGCGTGGCTGA 2273
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2212 TGACACAAACCTCGAGTCGCCGGATGATTTTGTGAGGGAAGGTGTGGCCGGTGTGGCTGA 2271
Query 2274 TACCTACAACGTGGCTCCATTTTCTTCAATCCTTCTCCAGTCCAAGTAAGATAAGCACTC 2333
||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 TACCTACAATGTGGCCCCATTCTCTTCAATCCTTCTCCAGTCCAAGTAAGATAAGCACTC 2331
Query 2334 ACACGA 2339
||||||
Sbjct 2332 ACACGA 2337
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116364863310
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5