BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943407
Length=2683
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G03090.1 | Symbols: | sequence-specific DNA binding;sequenc... 2824 0.0
> AT4G03090.1 | Symbols: | sequence-specific DNA binding;sequence-specific
DNA binding transcription factors | chr4:1366282-1371215
REVERSE LENGTH=3233
Length=3233
Score = 2824 bits (1529), Expect = 0.0
Identities = 1638/1692 (97%), Gaps = 2/1692 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTGCGTATATTAGTGACAATCATGGTTCGATTGTTGCAGCCTAAACACATGGTACAAG 60
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 258 TGTTGC--ATATTAGTGACAGTCATGGTTCGATTGTTGCAGCCTAAACACATGGTACAAG 315
Query 61 CTGTGAATGCTTTGCATTGGCGAAACTCTGTGGAATTTCATAAGCTGCTTAAAGATAATG 120
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 316 CTGTGAACGCTTTGCATTGGCGAAACTCTGTGGAATTTCATAAGCTGCTTAAAGATAATG 375
Query 121 GAGATTTCTCTATTTGCTTTAACTCTGATCAAGGGTTACCACAAAAGATTAGTGTTGAGA 180
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 376 GAGATTTCTCTATTTGCTTTAACTCTGAGCAAGTGTTACCACAAAAGATTAGTGTTGAGA 435
Query 181 AAATGGTGAAAATGTTACCTCGGCACCTCATTGCGGTGGTTATGACTCCTAATAAAGATG 240
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 436 AGATGGTGAAAATGTTACCTCGGCACCTCATTGCGGTGGTTATGACTCCTAATAAAGATG 495
Query 241 GAAAGTCTCGATATATATTGTGTGGGATCAGACTGTTGCAGACGTTGTGCGACTTAACAC 300
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 496 GAAAGTCTCGTTATATACTGTGTGGGATCAGACTGTTGCAGACGTTGTGTGACTTAACAC 555
Query 301 CTCGTAACGCGAAACTCGAGCAGGTCTTGCTTGACGATGTGAAATTATCAGCACAGATGA 360
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 556 CTCGTAATGCTAAACTCGAGCAGGTCTTGCTTGACGATGTGAAATTATCAGCACAGATGA 615
Query 361 TTGATCTGGTGATTATTGTGATAATAGCTCTTGGCCGTAACAGAAAGGAAAGCTGCAATT 420
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 616 TTGATCTGGTGATCCTTGTGATAATAGCTCTTGGCCGTAACAGAAAGGAAAGCTGTAATT 675
Query 421 CGAATAAAGAACCGTTACTAGAGGCTACACTGGTGGCTTCTTGTCTCCACCTGTTTCACG 480
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 CGAATAAAGAATCGTTACTAGAGGCTACATTGGTGGCTTCTTGTCTCCACCTGTTTCACG 735
Query 481 GGTTTATCTCTCCTAACTCCCAAGATCTTGTTCTCGTCTTGCTTGCCCACCCAAGGGTTG 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 736 GGTTTATCTCTCCTAACTCCCAAGATCTTGTTCTCGTCTTGCTTGCACACCCAAGGGTTG 795
Query 541 ATGTGTTTATAGACAGTGCTTTTGGAGCTGTCCTCAATGTTGTGATATCTTTGAAAGCAA 600
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 796 ATGTGTTTATAGACAGTGCTTTTGGAGCTGTTCTCAATGTTGTGATATCTTTGAAAGCGA 855
Query 601 AGTTGCTGTATCGACAAACTGACTCCCCAAAAAGGTTAGGTGCAAGTTCTGTAGAGGAGG 660
||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 856 AGTTGCTGTATAGACAAACTGACTCCCCAAAAAAGTTAGGCGCAAGTTCTGTAGAGGAGG 915
Query 661 TCAACTTCCACTGCCAACAAGCTGAAGCTGCTTTGCAGTTCCTTCATTCTCTCTGCCAAC 720
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 916 TTAACTTCCACTGCCAACAAGCTGAAGCTGCTTTGCAGTTCCTTCATTCTCTATGCCAAC 975
Query 721 ACAAACCGTTTAGAGACCGTGTCGCTAAAAACAAGGAGCTATGTGGAAAAGGTGGCGTTC 780
||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 ACAAACCCTTTAGAGAACGTGTCGCTAAAAACAAGGAGCTATGTGGAAAAGGTGGCGTTC 1035
Query 781 TTAGGCTAGCTCAATCCATACTATCACTAGCTATTACACCTGAATTTGTTGGAGCAACCA 840
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 TTAGGCTAGCTCAATCCATACTATCACTAACTATTACACCTGAATTTGTTGGAGCAACCG 1095
Query 841 TAACTATAGCTTCCACATCTAGAATGAAAGCAAAAGTCCTTTCAATTTTGCAGCATTTGT 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1096 TAACTATAGCTTCCACATCTAGAATGAAAGCAAAAGTTCTTTCAATTTTGCAGCATCTGT 1155
Query 901 TTGAGGCGGAAAGTGTCTCATTCCTTGACGAGGTTGCAAATGCAGGAAACTTGCAATTAG 960
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1156 TTGAAGCGGAAAGTGTCTCATTCCTTGACGAGGTTGCAAATGCAGGAAACTTGCATTTAG 1215
Query 961 CCAAAACTATTGCCTCAGAGGTTCTTAAATTACTGAGGCTTGGCCTTTCTAAAGCTTCCA 1020
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216 CCAAAACTGTTGCCTCAGAGGTTCTTAAATTATTGAGGCTTGGCCTTTCTAAAGCTTCCA 1275
Query 1021 TGGCTACTGCTTCTCCTGACTACCCGATGGGTTTTGTGCTACTTAACGCTATGCGCTTGG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276 TGGCTACTGCTTCTCCTGACTACCCGATGGGTTTTGTGCTACTTAACGCTATGCGCTTGG 1335
Query 1081 CTGACGTGCTCACGGATGACTCAAATTTTCGATCTTTTTTCACTGAACATTTTAGCATGG 1140
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 CTGACGTGCTCACTGATGACTCAAATTTTCGATCTTTTTTCACTGAACATTTTAGCATGG 1395
Query 1141 TTCTCAGTGCGGTATTTTGTCTCTCTCATGGAGATTTCTTGTCAATGTTGTGCTCTTCTG 1200
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1396 TTCTCAGCGCGGTATTTTGTCTCTCTCATGGAGATTTCTTGTCAATGTTGTGCTCTTCTG 1455
Query 1201 ATCTTTCTTCAAGGGAGGATGATGCGAATGTTGATTACGATCTGTTTAAGTCAGCCGGAT 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1456 ATCTTTCTTCAAGGGAGGATGATGCGAATGTTGATTATGATCTGTTTAAGTCAGCTGGAT 1515
Query 1261 GGGTTTTAAGTATATTTTCATCTTCTGGGCAATCAGTCACACCTCAATTCAAGCTCAGTT 1320
|| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 GGATTCTAAGTGTATTTTCATCTTCTGGGCAATCAGTCACACCTCAATTCAAGCTCAGTT 1575
Query 1321 TACAAAATAACCTTACCATGTCTTCATATGCACACCAACGAACATCCTTATTTATTAAAA 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 TACAAAATAACCTTACCATGTCTTCATATGCACATCAACGAACATCCTTATTTATTAAAA 1635
Query 1381 TGATCGCGAATCTTCACTGTTTCGTTCCCAACGTCTGCGAAGAACAGGATAGGAACCGTT 1440
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1636 TGATTGCGAATCTTCACTGTTTCGTTCCCAACGTGTGCCAAGAACAGGATAGGAACCGTT 1695
Query 1441 TCATTCAGAATGTTATGACTGGATTGCGAAAAGATCCTTCAAGCATATTGATTAAGATGT 1500
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 TCATTCAGAATGTTATGAGTGGATTGCGAAAAGATCCTTCAAGCATATTGATTAAGATGT 1755
Query 1501 TACCAGGCTCTTCATATACTCCGGTGGCACAGAGAGGCACTGGTGTTTGCAGAAACCTAG 1560
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 TACCAGGCTCTTCATATACTCCTGTGGCACAGAGAGGCACTGGTGTTTGCAGAAACCTAG 1815
Query 1561 GTTCTCTGTTGCGCCATGCAGAATCCTTGATCCCTAGTTCCCTCAATGAGGAAGATTTCC 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 1816 GTTCTCTGTTGCGCCATGCAGAATCCTTGATCCCTAGTTCCCTCAACGAGGAAGATTTTC 1875
Query 1621 TGCTTTTGAGGGTGTTTTGTGACCAGTTGCAACCGCTAATCCATTCCGAATTTGAGGAAA 1680
|||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1876 TGCTTTTGAGGGTGTTTTGTGACCAGTTACAGCCGTTAATCCATTCCGAGTTTGAGGAAA 1935
Query 1681 GTCAAGTACAGG 1692
||||||||||||
Sbjct 1936 GTCAAGTACAGG 1947
Score = 1310 bits (709), Expect = 0.0
Identities = 914/1007 (91%), Gaps = 37/1007 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1687 TACAGGATATTGAAGGTACGGGAGGGAACTTATCTGGTAAGCAGCAGAGAAAAGAGCTTC 1746
|||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| | ||| |||||||||||
Sbjct 2023 TACAAGATATTGAAGGTAGGGGCGGGAATTTATCTGGT-A--AGC---TAAAAGAGCTTC 2076
Query 1747 TGAATCTTAACAATGAGGAAGCTTCAGAGAATTGTGATGTCCGAGTTGAAGGTATGATAA 1806
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2077 TGAATCTTAACAATGAGGAAGCTTCAGAGGATTGTGATGTCCGAGTTGAAGGTGTGATGA 2136
Query 1807 AAAAGCAAGGCGTGAACGAGGAGGTGGACACAGTTGAACGGTTGAAAGAAAGCGATGCAG 1866
|||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2137 CAAAGCAAGGCGTGAACGAGGAGATAGACACAGTTGAAAGGTTGAAAGAGAGCGATGCAG 2196
Query 1867 ATGCGAGCAATCTTGAAACCAGTGGTTCAGATACAAGCTCTAACAGAGGGAAGGGTCTGG 1926
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2197 ATGCTAGCAATCTTGAAACCAGTGGTTCAGATACAAGCTCTAACAGAGGGAAGGGTCTGG 2256
Query 1927 TTGAAGATGGAGAGTTGGTTCAGAAAATGAGCAAGCGGTTTAAAGCCAGTGCGTCAGGAG 1986
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2257 TTGAAGAGGGAGAGTTGGTTCAGAATATGAGCAAGCGATTTAAAGGCAGTGCATCAGGAG 2316
Query 1987 AGGTGAAGGAGGATGAGAAATCTGAAACCTTACTTGTCTTTGAGAAGCAGAGGACGAAAC 2046
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 2317 AGGTGAAGGAGGATGAGAAATCTGAAACCTTCCTTGTCTTTGAGAAGCAGAAGAAGAAAC 2376
Query 2047 GGAAGCGTAGTATTATGAATGATGATCAAACGGGGATGATCGAGAAGGCACTTGCTGATG 2106
||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||| |||||||| |
Sbjct 2377 GGAAGCGTAGTATTATGAATGCTGATCAAATGGGGATGATTGAGAAGGCGCTTGCTGAAG 2436
Query 2107 AACCTGATATGCAGCGGAATTCAGCTTCGATACAGTTATGGGCTGAT-AAAT---T---A 2159
|||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| | |
Sbjct 2437 AACCTGATTTGCAGCGGAATTCAGCTTCGAGACAGTTATGGGCTGATAAAATAAGTCAAA 2496
Query 2160 A--G-TCAGAAG-T-TT--A--TT-----CT------CAGGCTGAATAACCGAAAAGCGA 2199
| | || || | | || | || || | |||||||||||||||||||||
Sbjct 2497 AGGGTTCGGAGGTTATTACATCTTCGCAGCTGAAAAACTGGCTGAATAACCGAAAAGCGA 2556
Query 2200 AACTAGCTCGAGCAAACAAGCAAACGGGGACAGTTCGTGATAATAACAGCTCAGGGGAAT 2259
||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2557 AACTAGCTCGAGCAAACAAGCAAACGGGGCCAGCTCATGATAATAACAGCTCAGGGG-AT 2615
Query 2260 -TACCGGAGAGCCCTGGAGATGAAAACACTTGGCAGCAGAAACCATCAACACCATTTAAA 2318
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2616 CTACCGGAGAGTCCTGGAGATGAAAACACTTGGCAGCAGAAACCATCAACACCAATTAAA 2675
Query 2319 GATCAGACTGCATCTA-TAACCCTGAAAACAGGAGAGAATCTGTTGAGATCATCGTCATC 2377
||||| |||| | | | ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2676 GATCAAACTGTAAC-AGAAACCCCGAAAACAGGAGAGAATCTGATGAGAACATCGTCATC 2734
Query 2378 ATCAGAAGAAGGGATAAAGCAAGGGCAACAAGTGAGGCTTATGGACGAGAGAGGAGACGA 2437
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2735 ATCAGAAGAAGGGATAAAGCAAGGGCAACAAGTGAGGCTTATGGATGAGAGAGGAGACGA 2794
Query 2438 GATCGGGAAAGGAATGGTGTTGAGAACAGACGGTGAATGGTACGGTTTAAGCCTGGAGAC 2497
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 2795 GATCGGGAAGGGAACAGTGTTGAGAACAGACGGTGAATGGAACGGTTTAAGCTTGGAGAC 2854
Query 2498 GAGACAGATTTGTGTAGTTGATGTAATGGAGCTTAGTGAGTCATATGATTGGAGCAAAAA 2557
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2855 AAGACAGATATGTGTAGTTGATGTAATGGAGCTTAGTGAGTCATATGATGGGAGCAAAAA 2914
Query 2558 GATGATCCCTTATGGATCTGATGATGTTGGTAGGACTTTCACAGAGGCGAATTCGAGGTT 2617
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2915 GATGATCCCTTATGGATCAGATGATGTTGGGAGGACTTTCACAGAGGCGAATTCAAGGTT 2974
Query 2618 TGGAGTTATGAGAGTGGCTTGGGATGTGAATAAGCTTCAGTATTAGA 2664
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2975 TGGAGTTATGAGAGTGGCTTGGGATGTGAATAAGCTTCAGTATTAGA 3021
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133243400608
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5