BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943440
Length=2378
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G02750.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3668 0.0
> AT4G02750.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:1221116-1223461 REVERSE LENGTH=2346
Length=2346
Score = 3668 bits (1986), Expect = 0.0
Identities = 2192/2294 (96%), Gaps = 4/2294 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 67 ACATCCTTGAATGGACTCAAACGAAGATACAACAACGCAAACAGTGCATCAAATTTCCAC 126
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || ||||| | ||||| |||
Sbjct 55 ACATCCTTGAATGGACTTAAACGAAGATGCAACAACGCACACGGTGCAGCTAATTTTCAC 114
Query 127 TCCTCGAAGAGCTCTACTCAAACCCAAATCCAGAAATCGCAGACCAAACCTCTCCCTAAA 186
|| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 115 TCGTTGAAGAGAGCTACACAAACCCAAATCCAGAAATCGCAGACCAAACCTCTCCTTAAA 174
Query 187 TCTGGAGACTCGGATATAAAAGAGTGGAACGTTGCTATAAGCAGCTACATGCGTACTGGA 246
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 TGTGGAGACTCGGATATAAAAGAGTGGAACGTTGCTATAAGCAGCTACATGCGTACTGGA 234
Query 247 AGGTGCAGCGAAGCGCTTCGTGTCTTCAAACGCATGCCTAGGTGGAGTTCCGTTTCTTAT 306
|| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 AGATGCAACGAAGCGCTTCGTGTCTTCAAACGCATGCCTAGGTGGAGTTCCGTTTCTTAT 294
Query 307 AACGCTATGATATCTGGGTATTTGAGAAATGGTGAGTTTGAACTCGCACGGATGTTGTTC 366
|||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||
Sbjct 295 AACGGTATGATTTCTGGTTATTTGAGAAACGGTGAGTTTGAACTCGCCCGGAAGTTGTTC 354
Query 367 GATGAAATGCCTGAACGAGATTTAGTTTCATGGAATGTGATGATTAAAGGGTATGTACGG 426
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GATGAAATGCCTGAACGAGATTTAGTTTCCTGGAATGTGATGATTAAAGGGTATGTACGG 414
Query 427 AACAGGAATCTTGGGAAAGCTAGGGAATTGTTTGAGAGAATGCCTGAGAGGGATGTTTGT 486
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 415 AACAGGAATCTTGGGAAAGCGAGGGAATTGTTTGAGATAATGCCTGAGAGAGATGTTTGT 474
Query 487 TCCTGGAATACGATTTTGTCGGGTTACGCTCAAAATGGGTGTGTTGATGATGCAAGAAGG 546
|| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 475 TCGTGGAATACCATGTTGTCGGGTTACGCTCAGAATGGTTGTGTTGATGATGCAAGGAGT 534
Query 547 GTTTTTGATCGAATGCCTGAGAAGAACGACGTTTCGTGGAATGCGTTGCTCTCTGCTTAT 606
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 535 GTTTTTGATCGAATGCCTGAGAAGAACGATGTATCGTGGAATGCATTGCTCTCTGCTTAT 594
Query 607 GTTCAGAATAGTAA-ATTGGAGGAGGCTTGTGTGTTGTTTGGGTCAAGGGAGAATTGGGC 665
|||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 595 GTTCAGAATAGTAAGA-TGGAGGAGGCTTGTATGTTGTTTAAGTCAAGAGAGAATTGGGC 653
Query 666 GTTGGTTTCGTGGAACTGCTTGCTTGGTGGGTTTGTTAAGAAGAAGAAGATTGTTGAGGC 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 654 GTTGGTTTCGTGGAACTGCTTGCTTGGTGGGTTTGTTAAGAAGAAAAAGATTGTTGAGGC 713
Query 726 AAGACAGTTTTTTGATAGTATGAAGGTGAGGGATGTGGTCTCATGGAATACGATCATCAC 785
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 714 AAGGCAGTTTTTTGATAGTATGAATGTGAGGGATGTGGTCTCATGGAATACGATCATCAC 773
Query 786 TTGTTATGCACAGAACGGGAAAATAGATGAGGCGCGGCAACTGTTTGATGAGTCTCCTGT 845
| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 774 TGGTTATGCACAGAGCGGGAAAATCGATGAGGCGCGGCAGCTATTTGATGAGTCTCCTGT 833
Query 846 TCAAGACGTCTTTACATGGACAGCAATAGTGTCAGGATACATACAAAACCGAATGGTGGA 905
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 834 TCAAGATGTCTTTACATGGACAGCAATGGTGTCAGGATATATACAAAACCGGATGGTGGA 893
Query 906 AGAAGCGAGAGAATTATTCGACAGAATGCCAGAGAGAAACGAAGTGTCATGGAATGCCAT 965
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 AGAAGCGAGAGAATTATTCGACAAAATGCCAGAGAGAAACGAAGTGTCATGGAATGCCAT 953
Query 966 GCTTGCAGGATATGTGCAGGGGC-AGAGAATGGAGATGGCAAAGGAATTGTTTGATGTTA 1024
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 GCTTGCAGGATATGTGCA-GGGCGAGAGAATGGAGATGGCAAAGGAATTGTTTGATGTTA 1012
Query 1025 TGCCTTGTAGAAATGTTAGTACATGGAACACGATGATAACTGGATATGCTCAGTGCGGCA 1084
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1013 TGCCTTGTAGAAATGTTAGTACATGGAACACGATGATAACTGGATATGCTCAGTGTGGGA 1072
Query 1085 AAATTTCTGAAGCTAAGAACCTTTTTGATAAAATGCCTAAGAGAGATCCGGTCTCTTGGG 1144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 AAATTTCTGAAGCTAAGAACCTTTTTGATAAAATGCCAAAGAGAGATCCGGTCTCTTGGG 1132
Query 1145 CAGCTATGATTGCAGGGTACTCGCAAAGCGGACACAGCTATGAAGCTCTGCGTTTGTTTG 1204
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
Sbjct 1133 CAGCTATGATTGCAGGGTATTCGCAAAGCGGACACAGCTTTGAAGCTCTTCGTTTGTTTG 1192
Query 1205 TACTAATGGAGAGAGAGGGAGGGAGATTGAATCGGTCTTCGTTTTCATCTGCTCTAAGCA 1264
||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 TACAAATGGAGAGGGAGGGAGGTAGATTGAATCGGTCTTCGTTTTCATCTGCTCTAAGCA 1252
Query 1265 CATGTGCAGACGTTGTTGCTCTCGAGCTTGGGAAGCAATTGCATGGACGATTGGTTAAAG 1324
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1253 CATGTGCAGACGTTGTTGCTCTCGAGCTCGGGAAGCAATTGCATGGACGATTAGTTAAAG 1312
Query 1325 GCGGGTATGAGACTGGGTGCTTTGTTGGGAATGCGCTTTTGTTGATGTATTGCAAATGTG 1384
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 GTGGGTATGAGACTGGGTGCTTTGTTGGGAATGCGCTTTTGTTGATGTATTGCAAATGTG 1372
Query 1385 GAAGCATAGAAGAAGCTAATGACTTGTTTAAGGAGATGGCTGGGAAGGACATTGTCTCTT 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1373 GAAGCATAGAAGAAGCTAATGACTTGTTTAAGGAGATGGCTGGGAAGGACATTGTCTCTT 1432
Query 1445 GGAACACAATGATTGCAGGTTATTCAAGGCACGGGTTTGGAGAAGAGGCTTTAAGGTTCT 1504
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1433 GGAACACAATGATTGCAGGTTACTCAAGGCACGGGTTCGGAGAAGTGGCTTTAAGGTTCT 1492
Query 1505 TCGAGTCGATGAAGAGAGAAGGACTGAAGCCAGATGATGCTACCATGGTTGCGGTATTAT 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 TCGAGTCGATGAAGAGAGAAGGACTGAAGCCAGATGATGCTACCATGGTTGCGGTATTAT 1552
Query 1565 CTGCGTGCAGTCACACAGGACTTGTTGATAAAGGCAGGCAATATTTCCATACGATGACTC 1624
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1553 CTGCATGCAGTCACACAGGACTTGTTGACAAAGGCAGGCAATATTTCTATACGATGACTC 1612
Query 1625 AAGACTATGGCGTAACGCCTAACTCACAACACTACGCTTGCATGGTCGATCTTCTCGGTC 1684
||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1613 AAGACTATGGCGTAATGCCTAACTCACAGCACTATGCTTGCATGGTTGATCTTCTTGGTC 1672
Query 1685 GAGCTGGGCTTCTAGAAGAAGCTCACAATCTAATGAAGAACATGCCCTTTGAGCCAGACG 1744
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 GAGCTGGGCTTCTAGAAGATGCTCACAATCTAATGAAGAACATGCCCTTTGAGCCAGACG 1732
Query 1745 CTGCAATTTGGGGAACTTTACTCGGTGCAAGCAGAGTCCATGGAAACACAGAGCTAGCTG 1804
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1733 CTGCAATTTGGGGAACTTTACTTGGTGCAAGCAGAGTTCATGGAAACACAGAGCTAGCCG 1792
Query 1805 AAACAGCTGCAGATAAGATTTTTGCAATGGAGCCTGAAAATTCCGGTATGTATGTTCTTC 1864
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 AAACAGCTGCAGATAAGATATTTGCAATGGAGCCTGAAAATTCCGGTATGTATGTTCTTC 1852
Query 1865 TCTCTAATCTATACGCTTCTTCTGGTCGATGGGGAGATGTAGGTAAACTACGAGTGAGAA 1924
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1853 TCTCTAATCTATACGCTTCTTCGGGTCGATGGGGAGATGTTGGTAAACTACGAGTGAGAA 1912
Query 1925 TGCGAGATAAAGGGGTGAAGAAAGTTCCAGGGTACAGTTGGATTGAGATTCAGAACAAGA 1984
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1913 TGCGGGATAAAGGGGTGAAGAAAGTTCCAGGGTACAGTTGGATTGAAATTCAGAACAAGA 1972
Query 1985 CTCATACTTTCTCGGTTGGGGATGAGTTTCATCCTGAGAAAGATGAGATCTTTGCGTTTT 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1973 CTCATACTTTCTCGGTTGGGGATGAGTTTCATCCTGAGAAAGACGAGATCTTTGCATTTT 2032
Query 2045 TGGAGGATTTAGATTTGAGAATGAAGAAAGCAGGGTATGTTTCCAAGACGAGTGTGGTAC 2104
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2033 TGGAGGAGCTGGATTTGAGAATGAAGAAAGCAGGGTATGTTTCAAAGACGAGTGTGGTTC 2092
Query 2105 TTCATGATGTGGAAGAAGAAGAGAAGGAGCGTATGGTTCGGTACCATAGCGAGAGACTGG 2164
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 TTCATGATGTGGAGGAAGAAGAGAAGGAGCGTATGGTTCGGTACCATAGCGAGAGACTGG 2152
Query 2165 CTGTAGCTTATGGGATAATGCGTGTGTCTTCGGGGAGACCGATCCGTGTGATAAAGAATC 2224
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 CTGTAGCTTATGGGATAATGCGTGTGTCTTCAGGGAGACCGATCCGTGTGATAAAGAATC 2212
Query 2225 TGCGTGTGTGTGAGGATTGTCACAATGCCATCAAGTATATGGCCAAAATCACAGGGAGAC 2284
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2213 TGCGTGTATGTGAGGATTGTCACAACGCCATCAAGTATATGGCCAGAATCACAGGGAGAC 2272
Query 2285 TGATTATTTTGAGGGATAATAACAGGTTTCACCATTTTAAGGATGGTTCATGTTCTTGTG 2344
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2273 TGATTATCTTGAGGGATAATAACAGGTTTCACCATTTTAAGGATGGTTCATGTTCTTGTG 2332
Query 2345 GAGACTACTGGTGA 2358
||||||||||||||
Sbjct 2333 GAGACTACTGGTGA 2346
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118071681840
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5