BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943470
Length=2258
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G02570.1 | Symbols: ATCUL1, CUL1, AXR6 | cullin 1 | chr4:112... 3650 0.0
> AT4G02570.1 | Symbols: ATCUL1, CUL1, AXR6 | cullin 1 | chr4:1128622-1133696
FORWARD LENGTH=2747
Length=2747
Score = 3650 bits (1976), Expect = 0.0
Identities = 2158/2249 (96%), Gaps = 0/2249 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTTGGAAAGTTGTTTGTCAACATGGAGCGCAAGACTATTGACTTGGAGCAAGGATGGGAC 60
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 249 CTTGAAAAGTTGTTTGTCAACATGGAGCGCAAGACTATTGACTTGGAGCAAGGATGGGAC 308
Query 61 TATATGCAGACTGGGATTACCAAGCTGAAACGGATTCTGGAAGGATTGCCTGAGCCAGCA 120
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 309 TATATGCAGACTGGAATTACTAAGCTGAAACGGATTCTGGAAGGATTGAATGAGCCAGCA 368
Query 121 TTTGACTCTGAGCAATATATGATGCTCTACACGACTATCTACAACATGTGCACCCAGAAA 180
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 369 TTTGACTCTGAGCAATATATGATGCTTTATACGACTATCTACAACATGTGCACCCAGAAA 428
Query 181 CCTCCTCATGATTACTCACAGCAGCTTTACGACAAGTACCGTGAAGCATTTGAGGAATAT 240
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 429 CCTCCTCATGATTACTCACAGCAGCTTTATGACAAGTATCGGGAAGCATTTGAGGAATAT 488
Query 241 ATTAACTCAACAGTTTTGCCTGCTTTGAGGGAGAAGCATGATGAATACATGCTGCGGGAG 300
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 489 ATTAACTCAACAGTTTTGCCTGCGTTGAGGGAGAAGCATGATGAGTTTATGCTGCGGGAG 548
Query 301 CTGGTTAAAAGATGGTCGAACCATAAAGTTATGGTTAGATGGCTATCCCGCTTCTTCTAC 360
|| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 CTATTTAAAAGATGGTCAAACCATAAAGTAATGGTCAGATGGCTATCCCGCTTCTTCTAC 608
Query 361 TATCTTGACCGTTACTTCATTGCTCGGAGATCACTTCCACCACTGAATGAAGTTGGCTTG 420
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 609 TACCTTGACCGTTACTTCATTGCTCGGAGATCACTTCCACCACTGAATGAAGTTGGCCTG 668
Query 421 ACATGCTTCCGTGACCTGGTTTATAATGAGTTGCATTCTAAGGTCAAAGAAGCTGTAATA 480
|||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 669 ACATGCTTCCGTGACCTGGTTTATAATGAGCTACATTCTAAGGTCAAACAAGCTGTAATA 728
Query 481 GCACTTGTTGATAAAGAACGGGAGGGCGAGCAGATTGATAGGGCTCTACTGAAAAACGTA 540
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 729 GCTCTTGTTGATAAAGAACGGGAGGGCGAGCAGATTGATAGGGCCCTGCTGAAAAACGTA 788
Query 541 TTAGATATCTATGTCGAGATTGGAATGGGACAGATGGAAAGATATGAAGAAGATTTTGAA 600
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 789 TTAGATATCTATGTAGAGATTGGAATGGGGCAGATGGAGAGGTATGAAGAAGATTTTGAA 848
Query 601 AGCTTCATGCTTCAGGATACATCATCTTACTATTCTCGCAAGGCATCAAGCTGGATTCAG 660
|||||||||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 AGCTTCATGCTTCAAGATACTTCTTCGTATTATTCTCGCAAGGCATCAAGCTGGATTCAG 908
Query 661 GAAGATTCTTGCCCTGATTACATGTTGAAGTCTGAAGAATGTCTAAAGAAGGAGAGGGAG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 909 GAAGATTCTTGCCCTGATTACATGTTGAAGTCTGAAGAATGTCTAAAGAAGGAGAGGGAG 968
Query 721 AGGGTGACTCACTACCTTCACTCAAGCAGTGAGCCAAAGCTGGTTGAGAAAGTACAACAT 780
|| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 969 AGAGTGGCTCACTACCTACACTCAAGCAGTGAGCCAAAGCTGGTTGAGAAAGTACAACAT 1028
Query 781 GAATTGCTGGTAGTGTATGCAAGTCAACTTCTAGAAAAAGAGCACTCAGGGTGCCGTGCA 840
||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1029 GAATTGCTGGTTGTGTTTGCAAGTCAGCTTCTAGAAAAAGAACACTCAGGGTGCCGTGCA 1088
Query 841 TTGCTAAGAGATGACAAGGTCGATGATCTCTCCAGGATGTACAGGCTTTACCATAAAATT 900
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 TTGCTAAGAGATGACAAGGTGGATGATCTCTCCAGGATGTACAGGCTTTACCATAAAATT 1148
Query 901 GTGCGAGGTTTGGAACCTGTTGCAAACATCTTTAAGCAGCATGTCACAGCAGAGGGTAAC 960
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TTGCGAGGCTTGGAACCTGTTGCAAACATCTTTAAGCAGCATGTCACAGCAGAGGGTAAC 1208
Query 961 ACTCTTGTCCAACAGGCCGAAGACACGGCTACAAATCAGGCTGCAAATACTGCTAGCGTC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1209 GCTCTTGTCCAACAGGCCGAAGACACGGCTACTAATCAGGTTGCAAATACTGCTAGCGTC 1268
Query 1021 CAGGAACAGGTTCTTATCAGAAAAGTGATTGAACTTCATGATAAATACATGGTATATGTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 CAGGAACAGGTTCTTATCAGAAAAGTGATTGAACTTCATGATAAATACATGGTATATGTC 1328
Query 1081 ACAGAATGTTTCCAGAACCACACCCTCTTCCATAAGGCTTTGAAAGAGGCATTTGAGATT 1140
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 ACCGAGTGTTTCCAGAACCACACCCTCTTCCATAAGGCTTTGAAAGAGGCATTTGAGATT 1388
Query 1141 TTCTGTAACAAAACGGTAGCTGGAAGTTCAAGTGCAGAACTACTTGCAACTTTTTGCGAC 1200
|| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1389 TTTTGTAACAAAACGGTTGCTGGAAGTTCAAGTGCAGAACTACTTGCAACATTTTGCGAC 1448
Query 1201 AATATTCTCAAGAAGGGGGGAAGTGAAAAACTGAGTGACGAAGCTATTGAAGATACACTT 1260
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 1449 AATATTCTCAAAAAGGGGGGAAGTGAAAAGCTGAGTGATGAAGCTATCGAAGATACGCTT 1508
Query 1261 GAGAAGGTGGTCAAATTGCTTGCATACATAAGTGACAAGGATCTTTTTGCTGAGTTCTAC 1320
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1509 GAGAAGGTTGTCAAATTGCTTGCATACATAAGTGACAAGGATCTTTTCGCTGAGTTCTAC 1568
Query 1321 AGGAAGAAGCTGGCCCGTAGGCTCTTATTTGATCGCAGTGCTAATGATGATCATGAGCGA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1569 AGGAAGAAGCTGGCCCGTAGGCTCTTATTTGATCGCAGTGCTAATGATGATCATGAGAGA 1628
Query 1381 AGTATCCTTACAAAACTCAAGCAACAATGTGGTGGACAGTTTACTTCTAAGATGGAGGGC 1440
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 AGTATCCTGACAAAGCTCAAGCAACAATGTGGTGGACAGTTTACTTCTAAGATGGAGGGC 1688
Query 1441 ATGGTGACGGATTTGACATTGGCTAGAGAAAACCAAAACAGTTTCGAGGATTATCTAGGC 1500
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 ATGGTGACGGATTTGACACTGGCAAGAGAAAACCAAAACAGTTTCGAGGATTATCTAGGC 1748
Query 1501 AATAACCCTGCTGCAAACCCTGGGATTGATTTGACTGTCACTGTTCTTACCACTGGTTTC 1560
| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 AGTAACCCTGCTGCAAACCCAGGGATTGACTTGACCGTCACTGTTCTTACCACTGGTTTC 1808
Query 1561 TGGCCTAGTTACAAATCATTTGACATAAATCTACCTAGTGAAATGATCAAGTGTGTTGAA 1620
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1809 TGGCCAAGTTACAAATCATTTGACATAAATCTACCCAGTGAAATGATCAAGTGTGTTGAA 1868
Query 1621 GTCTTCAAAGGGTTTTATGAAACGAAAACGAAACACAGGAAGCTTACCTGGATCTATTCA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1869 GTCTTCAAAGGGTTTTATGAAACGAAAACGAAACACAGGAAGCTTACGTGGATCTATTCA 1928
Query 1681 CTGGGAACTTGTCACATCAACGGGAAGTTTGACCAAAAGTCCATCGAGTTAATTGTGTCT 1740
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1929 CTGGGAACTTGTCACATAAACGGGAAGTTTGATCAAAAGGCCATCGAGTTAATAGTGTCT 1988
Query 1741 ACTTACCAGGCTGCTGTGCTTCTACTCTTCAACACAACTGACAAGTTAAATTACACTGAG 1800
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1989 ACTTACCAGGCTGCTGTGCTTCTACTCTTTAACACAACTGACAAGTTAAGTTACACTGAG 2048
Query 1801 ATCTTGGCTCAACTAAACCTAAGCCATGAAGATCTAGTTAGGTTGCTTCATTCCTTGTCA 1860
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 ATCTTGGCTCAACTGAACCTAAGCCATGAAGATCTAGTTAGGTTGCTTCATTCCTTGTCA 2108
Query 1861 TGTGCTAAGTACAAGATTCTCCTTAAGGAGCCAAGCACCAAGACTGTCTCCCAGACTGAT 1920
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2109 TGTGCTAAGTACAAGATACTCCTTAAGGAGCCAAACACCAAGACTGTCTCCCAGAATGAT 2168
Query 1921 GTCTTTGAGTTCAACTCCAAATTCACCGATAGGATGCGCAGAATCAAGATCCCTCTTCCC 1980
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2169 GCCTTTGAGTTCAACTCCAAATTCACCGATAGAATGCGCAGAATCAAGATCCCTCTTCCC 2228
Query 1981 CCAGTTGATGAAAGGAAGAAAGTCGTTGAAGATGTCGATAAAGACAGACGCTATGCAATT 2040
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 2229 CCAGTTGATGAAAGGAAGAAAGTCGTTGAAGATGTCGATAAAGACAGAAGATATGCAATT 2288
Query 2041 GATGCTGCCATTGTCAGGATCATGAAGAGCAGGAAAGTATTGGGACATCAACAGCTTGTT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2289 GATGCTGCCATTGTCAGGATCATGAAGAGCAGGAAAGTATTGGGACATCAACAACTTGTT 2348
Query 2101 TCTGAGTGTGTTGAGCAACTTAGCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAAAGCAATCAAGAAA 2160
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2349 TCTGAGTGTGTTGAGCAACTTAGCCGAATGTTCAAGCCTGATATCAAAGCGATCAAGAAG 2408
Query 2161 CGTATGGAGGATTTAATAACCAGAGATTATTTGGAGAGGGACAAGGAGAATCCTAACATG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2409 CGTATGGAGGATTTAATAACCAGAGATTATTTGGAGAGGGACAAGGAGAATCCTAACATG 2468
Query 2221 TTTAGGTACTTGGCTTAGGGCAAAACAAC 2249
||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2469 TTTAGGTACTTGGCTTAGGGCAAAAAAAC 2497
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112047616440
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5