BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943471
Length=2902
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G02560.1 | Symbols: LD | Homeodomain-like superfamily protei... 4615 0.0
> AT4G02560.1 | Symbols: LD | Homeodomain-like superfamily protein
| chr4:1123490-1128421 REVERSE LENGTH=3197
Length=3197
Score = 4615 bits (2499), Expect = 0.0
Identities = 2770/2901 (95%), Gaps = 18/2901 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGAGTTTTCCGTCGGCGGCCATGGACGCGTTCAAGGAGGAGATAGAAATCGGGAGCTCGG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 150 CGAGTTTTCCGTCGGCGGCCATGGACGCGTTCAAGGAGGAGATAGAAATCGGGAGCTCGG 209
Query 61 TGGAGTCTTTAATGGAGCTATTGGATTCACAGAAGGTGCTTTTCCATAGCCAGATCGATC 120
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 210 TGGAGTCTTTAATGGAGCTATTGGATTCGCAGAAGGTGCTTTTTCATAGCCAGATCGATC 269
Query 121 AGCTCCAAGATGTCGTCGTTACGCAATGCAAACTTACGGGCGTTAATCCCCTTGCACAAG 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 270 AGCTCCAAGATGTCGTCGTTGCGCAATGCAAACTTACCGGCGTTAATCCCCTTGCGCAAG 329
Query 181 AAATGGCTGCTGGTGCTTTGTCCATTAAAATTGGAAAGCGGCCAAGAGACTTGTTGAATC 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 AAATGGCTGCTGGTGCTTTGTCCATTAAAATTGGAAAGCGGCCAAGAGACTTGTTGAATC 389
Query 241 CAAAAGCTGTTAAGTATCTACAAGCAGTTTTCGCAATTAAAGATGCTATTAGTAAGAGAG 300
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 390 CTAAGGCTGTTAAGTATCTACAAGCAGTTTTCGCAATTAAAGATGCTATTAGTAAGAGGG 449
Query 301 AATCTCGGGAGATAAGTGCTCTATTTGGCATCACAGTCGCCCAGGTTCGAGAATTTTTTG 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 AATCTCGGGAGATAAGTGCTTTATTTGGCATCACAGTCGCCCAGGTTCGAGAATTTTTTG 509
Query 361 TTACTCAAAAGACAAGAGTAAGGAAACAGGTAAGGCTTTCAAGGGAGAAGGTAATTATGT 420
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 510 TTACTCAAAAGACAAGAGTGAGGAAACAGGTGAGGCTTTCAAGGGAGAAAGTAGTTATGT 569
Query 421 CCAATACGCATGCTTTACAAGAAGATGGTGTTCTGGAAAATAGCAATGCCACAAATCATG 480
|||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 570 CCAATACGCATGCTTTACAAGATGATGGTGTTCCGGAAAATAACAATGCCACAAATCATG 629
Query 481 TTGATCCCGTTCCTTTGAATTCTACACATCCGGAGGCATGTTCAATAAGTTGGGGTGAAG 540
|||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 630 TTGAACCCGTTCCCTTGAACTCTATACATCCGGAGGCATGTTCTATAAGCTGGGGTGAAG 689
Query 541 GTGAAACAGTGGCATTTATGCCACCGGAGGATATTCCACCTGACATCAGTGATTCAGACA 600
|||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 690 GTGAAACAGTGGCACTTATTCCACCTGAAGATATTCCACCTGACATCAGCGATTCAGACA 749
Query 601 AATACTTTGTTGAGAATATATTTTCTCTGCTGCGTAAAGAGGAAACATTTTCAGGCCAGG 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 AATACTTTGTTGAGAATATATTTTCTCTGCTGCGTAAAGAGGAAACATTTTCAGGCCAGG 809
Query 661 TGAAATTAATGGAGTGGATCATGCAGATACAAGATGCTTCTGTGCTGATCTGGTTTTTAT 720
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 TGAAACTAATGGAGTGGATCATGCAGATACAAGATGCTTCTGTGCTGATCTGGTTTTTAT 869
Query 721 CAAAAGGAGGGGTTTTGATACTTACAACATGGTTGAGTCAAGCTGCTAGTGAAGAGCAAA 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 CAAAAGGAGGGGTTTTGATACTTACAACATGGTTAAGTCAAGCTGCTAGTGAAGAGCAAA 929
Query 781 CAAGTGTCTTACTTCTTATCCTGAAGGTTCTCTGTCATTTGCCTCTCCACAAAGCATCTC 840
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 930 CAAGTGTCTTACTTCTTATCCTGAAGGTTCTTTGTCATTTACCTCTCCACAAAGCATCTC 989
Query 841 CTGAAAATATGTCAGCCATACTACAAAGCGTTAATGGACTTCGTTTCTATAGGACGTCAG 900
||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 990 CTGAAAATATGTCTGCCATATTACAAAGCGTTAATGGACTTCGTTTCTATAGGATATCAG 1049
Query 901 ACATATCAAACAGGGCAAAAGGTTTGTTATCAAGGTGGACTAAGTTATTTGCGAAAATCC 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1050 ACATATCAAACAGGGCAAAAGGTTTGTTATCAAGGTGGACCAAGTTATTTGCGAAAATCC 1109
Query 961 AAGCTATGAAGAAACAAAATCGTAACAGTTCGCAAATTGATTCGCAGAGTCAATTGCTTC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 AAGCTATGAAGAAACAAAATCGTAACAGTTCGCAAATTGATTCGCAGAGTCAATTGCTTC 1169
Query 1021 TGAAACAGAGTATTGCTGAAATCATGGGTGATAGTAGCAATCCTGAAGATATTCTTAGTC 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1170 TGAAACAGAGTATTGCTGAAATCATGGGTGATAGTAGCAATCCTGAAGATATTCTTAGTC 1229
Query 1081 TCTCAAATGGAAGGTCAGAGAATGTCAGGAGGTTTGAATCGTCACAGGGTCCAAAACTGT 1140
|||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 TCTCAAATGGAAAGTCAGAGAATGTCAGGAGGATTGAATCGTCACAGGGTCCAAAACTGT 1289
Query 1141 TGCTTACTTCTGCAGATGATTCCACCAAGAAACAAATGCTTGGTTCAAATCCATCATATA 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1290 TGCTTACTTCTGCAGATGATTCCACCAAGAAACACATGCTTGGTTCAAATCCATCGTATA 1349
Query 1201 ACAAAGAACGCAGGAAAGTACAGATGGTGGAACAACCAGGTCAAAAAGCTGCTGGAAAGA 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1350 ACAAAGAACGCAGGAAAGTACAGATGGTGGAACAACCAGGCCAAAAAGCTGCTGGAAAGA 1409
Query 1261 GTCCTCAGACAGTAAGAATAGGAACTTCAGGTCGAAGCCGCCCTATGTCTGCTGATGATA 1320
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1410 GTCCGCAGACAGTAAGAATAGGAACTTCAGGTCGAAGCCGCCCAATGTCTGCTGATGATA 1469
Query 1321 TTCAGAAAGCAAAGATGCGTGCCCTTTATATGCAAAGCAAGAACAGTAAAAAGGATCCTT 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 TTCAGAAAGCAAAGATGCGTGCCCTTTATATGCAGAGCAAGAACAGTAAAAAGGATCCTT 1529
Query 1381 TACCAAGTGCTATTGGTGATTCGAGAG-CTGTAGTTCCTGAGAAGCCCTTGGCTCTTCAG 1439
|||||||||| ||||||||||||| | | || | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 TACCAAGTGCCATTGGTGATTCGAAAATC-GTTGCTCCTGAGAAGCCCTTGGCTCTTCAT 1588
Query 1440 TCCGCCAAGGATTCTCTACCTAGTCAGAACAATGAAGCTAAGTCTGAAGACACACCTGTA 1499
|| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1589 TCAGCCAAGGATTCTCCACCTATTCAGAACAATGAAGCTAAGACTGAAGACACACCTGTA 1648
Query 1500 CTTTC-AGCTGTTCAGCCCGTCAATGAACCTTTGG-CTGGTCAGGCCGTCAATGGAACTT 1557
|| || | |||||||||||||||||| | ||| || |||| ||||||||||| |||
Sbjct 1649 CTCTCGA-CTGTTCAGCCCGTCAATGGAT-TTTCAACTATTCAGCCCGTCAATGGACCTT 1706
Query 1558 TGGCTGGTCAGCCCGTCAATGGACCTTTGGCTGTTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGGTG 1617
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1707 CAGCTGTTCAGCCCGTCAATGGACCTTTGGCTGTTCAGCCTGTCAATGGACCTTCGGCTC 1766
Query 1618 GTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGCTGTAATTGTCCCGGTACAAGCTGATGAGATTAAAA 1677
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1767 TTCAGCCCGTCAATGGACCTTCGGCCGTAATTGTCCCGGTACAAGCTGATGAAATTAAAA 1826
Query 1678 AACCTTCAACACCTCCTAAAAGCATTTCTAGTAAGGTGGGAGTTATGATGAAAATGAGTT 1737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1827 AACCTTCAACACCTCCTAAAAGCATTTCTAGTAAGGTGGGAGTTATGATGAAAATGAGTT 1886
Query 1738 CACAAACTATTCTCAAGAATTGCAAGAGAAAACAGATTGATTGGCATGTACCACTAGGAA 1797
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1887 CACAAACTATTCTCAAGAATTGCAAGAGAAAACAGATTGATTGGCATGTACCACCAGGAA 1946
Query 1798 TGGAACTTGACGAACTCTGGAGAGTGGCCGCTGGTGGTAATAGCAAGGAGGCTGATGTTC 1857
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 TGGAACTTGACGAACTCTGGAGAGTAGCCGCTGGTGGTAATAGCAAGGAGGCTGATGTTC 2006
Query 1858 AGAGAAACAGAAACCGGCGAGAAAGAGAAACATTATATCAGTCTCTTCAAACTATACCGT 1917
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 AGAGAAACAGAAACCGGCGAGAAAGAGAAACAACATATCAGTCTCTTCAAACTATACCGT 2066
Query 1918 TGAACCCTAAGGAACCATGGGACAGGGAAATGGACTATGATGACAGTTTGACCCCTGAAA 1977
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2067 TGAACCCTAAAGAACCATGGGATAGGGAAATGGACTATGATGACAGTTTGACCCCTGAAA 2126
Query 1978 TTCCATCTCAACAGCCACCAGAAGAAAGTTTAACGGAACCACAGGATTCACTTGATGAAC 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 TTCCATCTCAACAGCCACCAGAAGAAAGTTTAACGGAACCACAGGATTCACTTGATGAAC 2186
Query 2038 GAAGAACTGCTGCTGGTGCTGCCACAACCTCTTCATCTCTAAGCAGTCCCGAACCTGATC 2097
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2187 GAAGAATTGCTGCTGGTGCTGCCACAACCTCTTCATCTCTAAGCAGTCCTGAACCTGATC 2246
Query 2098 TCGAGTTATTAGCTGCGTTACTTAAGAACCCAGATCTTGTTTATGCACTGACTTCGGGAA 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2247 TCGAGTTATTAGCTGCGTTACTTAAGAACCCAGATCTTGTTTATGCACTAACTTCGGGAA 2306
Query 2158 AGCCCAGTAATTTAGCCGGACAAGATATGATAAAACTTCTTGATGTGATTAAGACTGGTG 2217
| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 AACCCAGTAATTTAGCCGGCCAAGATATGGTAAAACTGCTTGATGTGATTAAGACTGGTG 2366
Query 2218 CACCACACTCAAGCAGTAGCTCAAATAAACAGGTTGAAGAAAGGGTCGAAGTTTCTCTTC 2277
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2367 CACCAAACTCAAGCAGTAGCTCAAATAAACAGGTTGAAGAAAGGGTCGAAGTTTCCCTTC 2426
Query 2278 CATCTCCCACTCCATCAACTAATCCTGGAATGAGTGGATGGGGACAAGAAGGGATTCGGA 2337
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427 CATCTCCCACTCCATCAACTAATCCTGGAATGAGTGGATGGGGACAAGAAGGGATTCGGA 2486
Query 2338 ATCCATTTTCAAGGCAAAACCAAGTTGGTGCTGCAGTTGCTAGATCGGGTGCTCAGCTTC 2397
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2487 ATCCATTTTCAAGGCAAAACCAAGTTGGTACTGCAGTTGCTAGATCGGGTACACAGCTTC 2546
Query 2398 GTGTTGCTTCAATGCAATGGCATCAAACAAATGAACAATCGATCCCACGACATGCTCCAT 2457
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2547 GTGTTGGTTCAATGCAATGGCATCAAACAAATGAACAATCAATCCCACGACATGCTCCAT 2606
Query 2458 CAGCATATAGTAACTCGATCACATTGGCTCACACAGAAAGAGAACAACAACAATATATGC 2517
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2607 CAGCATACAGTAACTCGATCACATTGGCTCACACAGAAAGAGAACAGCAACAATATATGC 2666
Query 2518 AACCAAAACTTAATCACAATTTACATCTTCAACAACAAGAAC--CAA----TCTCAACAA 2571
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||
Sbjct 2667 AACCAAAACTTCATCACAATTTACATTTTCAACAACAACAACAACAACCAATCTCAACAA 2726
Query 2572 CCTCGTATGCAGTTAGGGAACCGGTAGGACAAATGGGGACTGCTACATCGGGTTTATGGA 2631
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||| |||||
Sbjct 2727 CCTCGTATGCAGTTAGGGAACCAGTAGGACAAATGGGAACAGGTACATCGAGTTCATGGA 2786
Query 2632 GGTCCCAGCAGAGTCAGAACAGTTACTACTCACATCAAGAAAACGAGATTGCATCAGCTT 2691
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2787 GGAGTCAGCAGAGTCAGAACAGTTACTACTCACATCAAGAAAACGAGATTGCATCGGCTT 2846
Query 2692 CACAAGTTTCTTCATACCAAGGGAATAACCAGTACATGAGTAGTAATCCAGGATATGAAT 2751
|||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2847 CACAAGTTACTTCATACCAAGGGAATAGCCAGTACATGAGTAGCAATCCAGGATATGAAT 2906
Query 2752 CATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGTAGGAACCATCCTAACATGAGGGGACAACAACAAC 2811
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2907 CATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGTAGGAACCAGCTTAACATGAGGGGACAACAACAAC 2966
Query 2812 AACAAGCAGCATCAAGGAAACATGATTCTTCTACTCATCCTTATTGGAACCAAAACAAAA 2871
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2967 AA---GCA---TCAAGGAAACATGATTCTTCTACTCATCCATATTGGAACCAAAACAAAA 3020
Query 2872 GATGGCGTTAAACCATATATA 2892
|||||||||||||||||||||
Sbjct 3021 GATGGCGTTAAACCATATATA 3041
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 144229961125
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5