BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943494
Length=1951
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G02390.1 | Symbols: APP, PARP1, ATPARP1, PP | poly(ADP-ribos... 3040 0.0
> AT4G02390.1 | Symbols: APP, PARP1, ATPARP1, PP | poly(ADP-ribose)
polymerase | chr4:1049957-1054065 FORWARD LENGTH=2166
Length=2166
Score = 3040 bits (1646), Expect = 0.0
Identities = 1851/1949 (95%), Gaps = 18/1949 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 AGAAGAAGACGAAAATGGCGAACAAGCTCAAAGTTGACGAACTCCGTTCAAAACTCGCCG 66
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 134 AGAAGAAGACGAAAATGGCGAACAAGCTCAAAGTCGACGAACTCCGTTTAAAACTCGCCG 193
Query 67 AGCGTGGACTCAGTACTACCGGAGTCAAAGCCGTTCTGGTGGAGAGGCTTGAAGAAGCTA 126
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 194 AGCGTGGACTCAGTACTACTGGAGTCAAAGCCGTTCTGGTGGAGAGGCTTGAAGAGGCTA 253
Query 127 TCGCAGAAGACACTAAGAAGGAAGAATCAAAGAGCAAGGGGAAAAGAAACCAAGATTCTT 186
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||
Sbjct 254 TCGCAGAAGACACTAAGAAGGAAGAATCAAAGAGCAAGAGGAAAAG-----AA-ATTCTT 307
Query 187 CGGATGATACTGAAGAATCGAACAAATTGATTGCAATTGGCGAATTTCGTGGAATGATTG 246
| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 308 CTAATGATACTTATGAATCGAACAAATTGATTGCAATTGGCGAATTTCGTGGGATGATTG 367
Query 247 TGAAGGAGTTGCGTGAAGAAGCTAATAAGAGAGGCTTAGATACAACGGGAACCAAAAAAG 306
||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 368 TGAAGGAATTGCGTGAGGAAGCTATTAAGAGAGGCTTAGATACAACAGGAACCAAAAAGG 427
Query 307 AACTTCTTGAGAGGCTTTGCAATGATGCCAATAACGATTCCAGTGCACCAGTCAAATCC- 365
| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 428 ATCTTCTTGAGAGGCTTTGCAATGATGCTAATAACGTTTCCAATGCACCAGTCAAATCCA 487
Query 366 -----GGGACAGATGGAGCTGAAGATGACAAAAATGGCTTTgaagaagaaaagaaagaag 420
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 GTAATGGGACAGATGAAGCTGAAGATGACAACAATGGCTTTGAAGAAGAAAAGAAAGAAG 547
Query 421 agaaaaTCGTAACCGCGACAAAGAAGGGTGCTGCGGTATTGGATCAATGGATTCCTGATG 480
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||
Sbjct 548 AGAAAATCGTAACCGCGACAAAGAAGGGTGCAGCGGTGTTAGATCAGTGGATTCCTGATG 607
Query 481 AGATAAAGAGCCAGTACCATGTTCTACAAAGGGGTGATGATGTTTATGATGCTATCTTAA 540
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 AGATAAAGAGTCAGTACCATGTTCTACAAAGGGGTGATGATGTTTATGATGCTATCTTAA 667
Query 541 ATCAGACAAATGTCAGGGATAATAATAACAAGTTCTTTGTCCTGCAAGTCCTAGAGTCGG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 668 ATCAGACAAATGTCAGGGATAATAATAACAAGTTCTTTGTCCTACAAGTCCTAGAGTCGG 727
Query 601 ATAGTAAAAAGACATACATGGTTTACACCAGATGGGGAAGAGTTGGTGTGAAAGGACAAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 ATAGTAAAAAGACATACATGGTTTACACCAGATGGGGAAGAGTTGGTGTGAAAGGACAAA 787
Query 661 GTAAGCTAGATGGGCCTTATGACTCATGGGATCGTGCAATAGAAATATTTACCAATAAGT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 788 GTAAGCTAGATGGGCCTTATGACTCATGGGATCGTGCGATAGAGATATTTACCAATAAGT 847
Query 721 TCTGTGACAAGACAAAGAATTATTGGTCTGACAGAAAGGAGTTTATCCCTCATCCCAAGG 780
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 848 TCAATGACAAGACAAAGAATTATTGGTCTGACAGAAAGGAGTTTATCCCACATCCCAAGT 907
Query 781 CCTATACATGGCTCGAAATGGATTACGGAAAAGAGGAAAATGATTCACCGGTCAAT---G 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 908 CCTATACATGGCTCGAAATGGATTACGGAAAAGAGGAAAATGATTCACCGGTCAATAATG 967
Query 838 ATATTCCTAGTTCATCTTCCGAAGTTAAACCTGAA-AATTCAAAACTTGATACTCAGGTT 896
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||||
Sbjct 968 ATATTCCGAGTTCATCTTCCGAAGTTAAACCTGAACAAT-CAAAACTAGATACTCGGGTT 1026
Query 897 GCCAAGTTCATCTCTCTTATATGTAATGTCAGCATGATGGCACAACATATGATGGAAATA 956
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1027 GCCAAGTTCATCTCTCTTATATGTAATGTCAGCATGATGGCACAGCATATGATGGAAATA 1086
Query 957 GGATATAATGCTAACAAATTGCCACTCGGCAAGATAAGCAAGTCGACAATTTCAAAGGGT 1016
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1087 GGATATAACGCTAACAAATTGCCACTCGGCAAGATAAGCAAGTCCACAATTTCAAAGGGT 1146
Query 1017 TATGAAGTTCTGAAGAGAATATCGGAGGTGATTGACCGGTTTGATAGAACGAGGCTTGAG 1076
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1147 TATGAAGTGCTGAAGAGAATATCGGAGGTGATTGATCGGTATGATAGAACGAGGCTTGAG 1206
Query 1077 GAACTGAGTGGAGAGTTCTATACTGTGATACCCCATGATTTTGGTTTTaaaaaaaTGAGT 1136
|||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1207 GAACTGAGTGGAGAGTTCTACACAGTGATACCTCATGATTTTGGTTTTAAGAAAATGAGC 1266
Query 1137 CAGTTTGTTATAGACACTCCTCAAAAATTGAAACAGAAAATAGAAATGGTTGAAGCATTA 1196
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1267 CAGTTTGTTATAGACACTCCTCAAAAGTTGAAACAGAAAATTGAAATGGTTGAAGCATTA 1326
Query 1197 GGTGAAATTGAACTCGCAACAAAGTTGTTGTCGGTCGACCCGGGATTGCAGGACGATCCT 1256
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1327 GGTGAGATTGAACTCGCAACAAAGTTGTTGTCCGTCGACCCGGGATTGCAGGATGATCCT 1386
Query 1257 TTATATTATCACTACCAGCAACTTAATTGTGGTTTGACGCCAGTAGGAGCCGATTCAGAG 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1387 TTATATTATCACTACCAGCAACTTAATTGTGGTTTGACGCCAGTAGGAAATGATTCAGAG 1446
Query 1317 GAGTTCTCTATGGTTGCTAGTTACATGGAGAACACTCATGCAAAGACGCATTCGGGATAC 1376
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1447 GAGTTCTCTATGGTTGCTAATTACATGGAGAACACTCATGCAAAGACGCATTCGGGATAT 1506
Query 1377 ACGGTTGAGATTGCTCAACTTTTTAGAGCTTCGAGAGCTGTTGAAGCTGATCGGTTCCAA 1436
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1507 ACGGTTGAGATTGCTCAACTATTTAGAGCTTCGAGAGCTGTTGAAGCTGATCGATTCCAA 1566
Query 1437 CAGTTTTCAAGTTCGAAGAACAGAATGCTACTCTGGCATGGGTCACGTCTCACTAATTGG 1496
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||
Sbjct 1567 CAGTTTTCAAGTTCGAAGAACAGGATGCTACTCTGGCACGGTTCACGTCTCACTAACTGG 1626
Query 1497 GCTGGTATATTATCTCAAGGCCTGCGAATAGCTCCTCCTGAAGCACCTGTAACTGGTTAC 1556
|||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1627 GCTGGTATTTTATCTCAAGGTCTGCGAATAGCTCCTCCTGAAGCGCCTGTAACTGGTTAC 1686
Query 1557 ATGTTTGGAAAAGGTGTTTACTTTGCTGATATGTTCTCCAAGAGCGCGAACTATTGCTAC 1616
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1687 ATGTTTGGAAAAGGGGTTTACTTTGCGGATATGTTCTCCAAGAGTGCGAACTATTGCTAT 1746
Query 1617 GCTAACACTGGTGCTAATGATGGCGTTCTGCTCCTCTGCGAGGTTGCTTTGGGAGACATG 1676
|| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GCCAACACTGGCGCTAATGATGGCGTTCTGCTCCTCTGCGAGGTTGCTTTGGGAGACATG 1806
Query 1677 AATGAACTTCTGTATTCAGATTATAATGCCGATAATTTACCCCCGGGAAAGCTTAGCACA 1736
|||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1807 AATGAACTTCTGTATTCAGATTATAACGCGGATAATCTACCCCCGGGAAAGCTAAGCACA 1866
Query 1737 AAAGGTGTGGGGAAAACAGCACCAAACCCATCAGAGGCTCAGACACTAGAAGACGGTGTT 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1867 AAAGGTGTGGGGAAAACAGCACCAAACCCATCAGAGGCTCAAACACTAGAAGACGGTGTT 1926
Query 1797 GTTGTTCCACTTGGCAAACCAGTGGAACGTTCATGCTCCAAGGGGATGTTGTTGTACAAC 1856
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1927 GTTGTTCCACTTGGCAAACCAGTGGAACGTTCATGCTCCAAGGGGATGTTGTTGTACAAC 1986
Query 1857 GAATATATTGTGTACAATGTGGAACAAATCAAGATGCGTTATGTGATCCAAGTCAAATTC 1916
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 GAATATATAGTCTACAATGTGGAACAAATCAAGATGCGTTATGTGATCCAAGTCAAATTC 2046
Query 1917 AACTACAAGCATTAAAACTTATGTA-ATT 1944
||||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 2047 AACTACAAGCACTAAAACTTATGTATATT 2075
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96636049125
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5