BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943625
Length=3098
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G01210.1 | Symbols: | glycosyl transferase family 1 protein... 3927 0.0
> AT4G01210.1 | Symbols: | glycosyl transferase family 1 protein
| chr4:507717-512782 REVERSE LENGTH=3537
Length=3537
Score = 3927 bits (2126), Expect = 0.0
Identities = 2331/2431 (96%), Gaps = 9/2431 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 GAGTTGCATGTAGAGAAATGGGTTCTCTGGAATCTGGGATTCCGACGAAGAGAGATAACG 63
|||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 404 GAGTTGCATGTATAGAAATGGGTTCTTTGGAATCTGGGATTCCGACGAAGCGAGATAACG 463
Query 64 GCGGCGGGAGAAGTGGAAGACAGCAGC-A-A-CTACAACTACAACAACAGTTCTTCTTGC 120
|||||| ||| ||||||||||||| | | | | ||| | ||| ||||||||||||||||
Sbjct 464 GCGGCGTAAGAGGTGGAAGACAGCAACAACAGCAACAGCAACAGCAACAGTTCTTCTTGC 523
Query 121 AGAGAAACAGATCGAGACTCTCCAGATTCTTTCTATTGAAGAGTTTTAATTACCTTCTAT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 524 AGAGAAACAGATCGAGACTCTCCAGATTCTTTCTATTGAAGAGTTTTAATTACCTCCTAT 583
Query 181 GGATTTCCT-CAATTTGTGTGTTCTTCTTCTTCGTTGTGCTGTTCCAGATGTTTTTACCA 239
|||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 584 GGATTT-CTATAATTTGTGTCTTCTTCTTCTTCGCTGTGCTGTTCCAGATGTTTTTGCCG 642
Query 240 GGTCTGGTGATTGATAAATCTGATAAACCATGGAATAGTAAGGAGATTTTGCCACCTGAT 299
||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 643 GGTTTGGTGATTGATAAATCGGATAAACCATGGATTAGTAAGGAGATTTTGCCACCTGAT 702
Query 300 TTGGTGGGTTTTAGAGAGAAAGGGTTTTTGGATTTCGGTGATGATGTTAGATTTGAGCCC 359
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 703 TTGGTTGGTTTTAGGGAGAAAGGGTTTTTGGATTTTGGTGATGATGTTAGAATTGAGCCC 762
Query 360 ACCAAGCTTCTGATGAAATTCCAGAGAGAGGCTAATGGTTTGAATTTCACATCATCTTCT 419
||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
Sbjct 763 ACCAAGCTTCTGATGAAATTCCAAAGAGATGCTCATGGTTTTAATTTTACATCTTCTTCT 822
Query 420 CTCAATACGACTCTGCAGCGTTTTGGATTCAGAAAGCCCAAGCTAGCTCTGGTTTTTGCC 479
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 823 CTCAATACCACTCTGCAGCGTTTTGGATTCAGAAAGCCTAAGCTAGCTCTGGTTTTTGGC 882
Query 480 GATTTGTTAGCTGATCCAGAACAGGTGTTAATGGTGTCTCTCTCCAAGGCACTTCAAGAG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 883 GATTTGTTAGCTGATCCAGAACAGGTGTTAATGGTGTCTCTCTCCAAGGCACTGCAAGAG 942
Query 540 ATTGGCTATGCAATTGAGGTTTACTCGCTTGAAGACGGTCCAGTGAATAGTATTTGGCGG 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 943 GTTGGCTATGCAATTGAGGTTTACTCGCTTGAAGATGGTCCAGTGAATAGTATTTGGCAG 1002
Query 600 AAAATGAGAGTTCCTGTCACAATACTCAAGACTAATCATGCATCGAGTTGTGTTATCGAC 659
|||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1003 AAAATGGGAGTTCCAGTCACAATACTCAAGCCTAATCAGGAATCGAGTTGTGTTATCGAC 1062
Query 660 TGGCTGTCCTATGATGGCATAATTGTGAACTCTCTCCGAGCTAAGAGTATGTTTACTTGC 719
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1063 TGGCTCTCCTATGATGGCATAATTGTGAACTCTCTCCGAGCTAGGAGTATGTTTACTTGC 1122
Query 720 TTCATGCAAGAACCTTTCAAATCTTTGCCTCTTATTTGGGTCATCAACGAAGAAACTCTT 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1123 TTCATGCAAGAACCTTTCAAATCTTTGCCTCTTATTTGGGTCATCAATGAAGAAACTCTT 1182
Query 780 GCTGTTCGGTCTAGACAGTACAACTCAACAGGGCAGACTGAACTCCTCACTGACTGGAAA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 GCTGTTCGGTCTAGACAGTACAACTCAACAGGGCAGACTGAACTCCTCACTGACTGGAAA 1242
Query 840 AAGATTTTTAGCCGGGCATCGGTCGTAGTCTTCCATAATTATCTCCTTCCGATACTCTAC 899
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 AAGATTTTCAGCCGGGCATCGGTTGTAGTCTTCCATAATTATCTCCTTCCGATACTCTAC 1302
Query 900 ACCGAGTTCGATGCTGGCAACTTCTATGTGATTCCCGGATCTCCTGAAGATGTATGGAAA 959
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1303 ACCGAGTTTGATGCTGGCAACTTCTATGTGATTCCCGGATCTCCTGAAGAAGTATGTAAA 1362
Query 960 GCAAAGAATCTGGAGTTTCCTCCACAGAAAAATGATGTGGTCATTTCCATTGTGGGAAGT 1019
||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 GCAAAGAATCTAGAGTTTCCTCCACAGAAAGATGATGTGGTCATTTCCATTGTGGGAAGT 1422
Query 1020 CAGTTCTTGTACAAGGGTCAATGGCTGGAACATGCCCTGCTTCTGCAAGCTCTACGGCCG 1079
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423 CAGTTCTTGTACAAGGGTCAATGGCTGGAACATGCCCTGCTTCTGCAAGCTCTACGGCCT 1482
Query 1080 TTATTTCCAGGCAATTACCTTGAAAGTGATACTTCCCATCTCAAGATCATTGTTTTAGGT 1139
|||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1483 TTATTTTCGGGCAATTACCTTGAAAGTGATAATTCCCATCTCAAGATCATAGTTTTAGGT 1542
Query 1140 GGAGAGTCAGCTTCCAACTACAGTGTAGCTATTGAGACAATTTCCCAGAACTTGACATAT 1199
|||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1543 GGAGAGACAGCGTCCAACTACAGCGTAGCTATTGAGACAATTTCCCAGAACTTGACATAT 1602
Query 1200 CCAAAAGATGCTGTGAAGCACGTAAGCGTCGCGGGGAATGTTGATAAGATACTTGAAAGT 1259
|||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1603 CCAAAAGAGGCTGTGAAGCACGTAAGAGTTGCGGGGAATGTTGATAAGATTCTTGAAAGT 1662
Query 1260 TCTGATCTTGTTATATATGGATCATTTCTTGAGGAGCAGTCTTTTCCAGAAATTTTGATG 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1663 TCTGATCTTGTTATATATGGATCATTTCTTGAGGAGCAGTCTTTTCCAGAAATTTTGATG 1722
Query 1320 AAGGCCATGTCCTTGGGAAAACCTATAGTTGCGCCAGACCTCTTCAACATTAGAAAACAT 1379
||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1723 AAGGCCATGTCCTTGGGGAAACCTATAGTTGCACCAGACCTCTTCAACATTAGAAAATAT 1782
Query 1380 GTTGACGACAGGGTTACTGGGTATCTCTTCCCCAAGCAGGATCTTAAGGTTCTATCGCAA 1439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1783 GTTGACGACAGGGTTACTGGGTATCTCTTCCCCAAGCAGAATCTTAAAGTTCTATCGCAA 1842
Query 1440 ATTGTGCTTGAAGTGATAACAGAAGGGAAAATATCTTCATTGGCTCAGAAGATTGCCATG 1499
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1843 GTTGTGCTTGAAGTGATAACAGAAGGGAAGATATCTCCATTGGCTCAGAAGATTGCCATG 1902
Query 1500 ATGGGGAAAACAACTGTTAAAAATATGATGGCTCGGGAAACCATAGAAGGTTATGCAGCT 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1903 ATGGGGAAAACAACTGTTAAAAATATGATGGCTCGGGAAACCATAGAAGGTTATGCAGCT 1962
Query 1560 CTACTAGATAATATGCTCAAGTTTTCTTCGGAAGTTGCTTCTCCTAAGGATGTACAAAAA 1619
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1963 CTACTAGAGAATATGCTCAAGTTTTCTTCGGAAGTTGCTTCTCCTAAGGATGTACAAAAA 2022
Query 1620 GTTCCTCCAGAACTGAGAGAAGAGTGGAGTTGGCATCCGTTTGAAGCTTTTCTGGATACA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2023 GTTCCTCCAGAACTGAGAGAAGAGTGGAGTTGGCATCCGTTTGAAGCTTTTATGGATACA 2082
Query 1680 TCG-CTAAATAATAGAACAGCAAGAAGTTATGAGTTTTTAGCGAAGGTTGAGGGGCATTG 1738
||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2083 TCGCCT-AATAATAGAATAGCAAGAAGTTATGAGTTCTTAGCGAAGGTTGAGGGGCATTG 2141
Query 1739 GAACCATACCCCAGGAGAAGCTATGAGATTTGGAGCTGTTAATGATGATTCGTTCGTGTA 1798
||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2142 GAATTATACCCCAGGAGAAGCTATGAAATTTGGAGCTGTTAATGATGATTCGTTCGTGTA 2201
Query 1799 TGAAATTTGGGAAGAAGAGAGATATCTTCAAATGATGAATAGTaaaaaaaGACGAGAAGA 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2202 TGAAATTTGGGAAGAAGAGAGATATCTTCAAATGATGAATAGTAAAAAAAGACGAGAAGA 2261
Query 1859 CGAGGAGCTGAAAAGCAGAGCCTTGCAGTATCGTGGGACATGGGAAGAAGTTTATAAAAG 1918
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2262 CGAGGAGCTGAAAAGCAGAGTCTTGCAGTATCGTGGGACATGGGAAGATGTATATAAAAG 2321
Query 1919 CGCCAAAAGGGCAGACCGAAGTAAGAATGATCTACATGAGAGGGATGAAGGGGAGCTGCT 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2322 CGCCAAAAGGGCAGACCGAAGTAAGAATGATCTACATGAGAGGGATGAAGGGGAGCTGCT 2381
Query 1979 AAGAACCGGTCAACCTTTATGCATATATGAACCCTATTTTGGTGAAGGAACCTGGTCGTT 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2382 AAGAACCGGTCAACCTTTATGCATATATGAACCCTATTTTGGTGAAGGAACCTGGTCGTT 2441
Query 2039 TCTACATCAATATCCCCTCTATCGGGGGGTCGGCCTGTCAGTTAAAGGACGGAGACCTAG 2098
|||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2442 TCTACATCAAGATCCCCTCTATCGTGGGGTTGGCCTGTCAGTTAAAGGACGTAGACCTAG 2501
Query 2099 GATGGATGATGTCGATGCATCATCACGTCTTCCGCTTTTCAACAATCCATACTATCGCGA 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2502 GATGGATGATGTCGATGCATCATCACGTCTTCCGCTTTTCAACAATCCGTACTATCGCGA 2561
Query 2159 TGCTCTTGGTGACTTTGGAGCATTTTTTGCAATCTCAAACAAGATTGATCGTTTACACAA 2218
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2562 TGCTCTTGGTGACTTTGGAGCTTTTTTTGCAATCTCAAACAAGATTGATCGGTTACACAA 2621
Query 2219 GAATTCATGGATTGGGTTTCAGTCCTGGAGAGCGACTGCCAGGAAGGAATCTTTATCCAA 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2622 GAATTCATGGATTGGGTTTCAGTCCTGGAGAGCGACTGCCAGGAAGGAATCTTTATCCAA 2681
Query 2279 GATTGCTGA-GAACGCATTACTTAATGCTATACAAACACGGAAACATGGAGATGCCTTAT 2337
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2682 GATTGCTGAAGA-CGCATTACTTAATGCTATACAAACACGAAAACACGGAGATGCCTTAT 2740
Query 2338 ATTTTTGGGTTCGCATGGACAAAGATCCCAGAAATCCTCTGCAGAAACCCTTTTGGTCGT 2397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2741 ATTTTTGGGTTCGCATGGACAAAGATCCCAGAAATCCTCTGCAGAAACCCTTTTGGTCGT 2800
Query 2398 TCTGTGATGCCATAAATGCTGGGAATTGCAG 2428
|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 TCTGTGATGCCATAAATGCTGGGAATTGCAG 2831
Score = 1136 bits (615), Expect = 0.0
Identities = 654/673 (97%), Gaps = 1/673 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2426 CAGTGTCAAGAACTTGGACTCACTGCCACCAATGCCCGAGGATGGGGATACATGGTCTGT 2485
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 CAGTATCAAGAACTTGGACTCATTGCCACCAATGCCCGAGGATGGGGATACATGGTCTGT 2924
Query 2486 GATGCAGAGCTGGGCATTGCCAACAAGATCCTTCTTAGAGTTTGTCATGTTCTCAAGGAT 2545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 GATGCAGAGCTGGGCATTGCCAACAAGATCCTTCTTAGAGTTTGTCATGTTCTCAAGGAT 2984
Query 2546 GTTTGTGGATTCACTGGATGCACAGATATATGAAGAGCATCATCGAACAAACCGTTGCTA 2605
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 GTTTGTGGATTCACTAGATGCACAGATATATGAAGAGCATCATCGAACAAACCGTTGCTA 3044
Query 2606 TCTGAGTTTAACCAAAGACAAGCATTGCTATTCGAGGGTACTAGAGCTTCTGGTGAACGT 2665
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 TCTGAGTTTAACCAAAGACAAGCATTGCTATTCGCGGGTACTAGAGCTTCTGGTGAACGT 3104
Query 2666 ATGGGCTTACCACAGTGCAAGACGCATTGTCTACATAGATCCTGGGACTGGTTTGATGGA 2725
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 3105 ATGGGCTTACCACAGTGCAAGACGCATTGTCTACATAGATCCTGAGACTGGTTTGATGCA 3164
Query 2726 GGAGCAACACAAACAGAAGAACCGGAGAGGGAAAATGTGGGTGAAGTGGTTCGATTACAC 2785
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 AGAGCAACACAAACAGAAGAACCGGCGAGGGAAAATGTGGGTGAAGTGGTTCGATTACAC 3224
Query 2786 AACTCTGAAAACAATGGACGAAGATTTAGCTGAAGAAGCAGACTCGGACCGTCGTGTGGG 2845
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 3225 AACTCTGAAAACAATGGACGAAGATCTAGCTGAAGAAGCCGACTCAGACCGTCGTGTGGG 3284
Query 2846 TCACTGGCTATGGCCATGGACTGGTGAGATCGTGTGGCGCGGTACATTagagaaagagaa 2905
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3285 TCACTGGCTATGGCCATGGACTGGCGAGATCGTGTGGCGCGGTACATTAGAGAAAGAGAA 3344
Query 2906 gcaaaagaagaatttagagaaagaggagaagaagaagaaaagtcgagataagcagactag 2965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||
Sbjct 3345 GCAAAAGAAGAATTTAGAGAAAGAGGAGAAGAAGAAGAAGAGTCGAGATAAGCTGAGTAG 3404
Query 2966 aatgagaagtagaaaTGGTCGTCAGAAAGTGATCGGAAAATATGTAAAACCCCCGCCTGA 3025
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3405 AATGAGAAGTAGAAGTGGTCGTCAGAAAGTGATCGGAAAATATGTAAAACCACCGCCTGA 3464
Query 3026 GAACGAAACTGTTACCGGAAATTCCACTTTGTTAAACGTAGTAGACGCATaaaa-aaaaC 3084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3465 GAACGAAACTGTTACCGGAAATTCCACTTTGTTAAATGTAGTAGACGCATAAAAGAAAAC 3524
Query 3085 AAATTAAAATTGC 3097
|||||||||||||
Sbjct 3525 AAATTAAAATTGC 3537
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 154062681953
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5