BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943674
Length=3520
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G00800.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 rep... 4318 0.0
> AT4G00800.1 | Symbols: | transducin family protein / WD-40 repeat
family protein | chr4:336945-345714 REVERSE LENGTH=6044
Length=6044
Score = 4318 bits (2338), Expect = 0.0
Identities = 2727/2908 (94%), Gaps = 53/2908 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 GAAGTCGCACATGGAACTCGATCTCGACTCGTTCCTCGTATCGGACTCAGATTCCGATTC 73
|||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 124 GAAGTCGCACATGGAACTTGATCTCGATTCGTTCCTCGTATCGGACTCAGACTCCGATTC 183
Query 74 CGATTTGGATTCTTCCTCCGTTCCTCACCGTACAGTCGACGAAATTCTCAACGCGTCAAG 133
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 184 CGATTTGGATTCTTCCTCCGTTCCTCACCGTACTGTCGACGAAATTCTCAACGCCTCCAG 243
Query 134 TTCTTCATCTCCTTCGTCTTCTCCTCC-TCCTTCACCGCCGTCAATTAACCGGCTGAAAC 192
||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 244 TTCTTCATCGGCTTCGTCTTCTCCTCCTTCC-TCACCACCGTCAATTAACCGGCGGAAAC 302
Query 193 AAGACGATCCGAATCGCCGCTTATCAGAAGCCCTTACTAACGTTGCCGTGGTGAGACCTG 252
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 303 AAGACGATCCGAATCGCCGCTTATCAGAAGCCCTTACTAACGTTGCTGTATTGAGACCTG 362
Query 253 AATCTGAATTACATCGCGGATTTCCTCCGACGCGGCGAAATTCGACATCTTCTTCTTCTT 312
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 363 AATCTGAATTGCATCGCGGATTTCCTCCGACGCGGCGAAATTCGACTTCTTCTTCTTCGT 422
Query 313 TGAGACAGTTGCCTTTGCCGTCGCTATTCGCAGGAGTAAGGTCGAATGTGAAGCCTGGTG 372
||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 TGAGACAGTTGCCTTTGCCTTCACTATTGGCAGGAGTAAGGTCGAATGTGAAGCCTGGTG 482
Query 373 CGGCGCTTGCGGCGGCTGTGGCTGCTTCTAGATTGGTTCCTACACCACACGCTGCTATTA 432
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 CTGCGCTTGCTGCGGCTGTGGCTGCTTCTAGATTGGTTCCTACACCACACGCTGCTATTA 542
Query 433 TCAAGTCAAGGAGAGCTAGCAGTGCGAGTAGCGAATTGCTGCAGCAGGTTTCAAATCAAG 492
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 543 TCAAGTCAAGGAGAGCTAGCAGTGCAAGTAGTGAATTGCTGCTGCAGGTTTCAAATCAAG 602
Query 493 AGGAAGAAGATCAGGAGGTACTTTCTTCTAATGGAGATTCTGTTGGAGTTGCTGCTGGAT 552
||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 AGGAAGATGATCACGAAGTACTTTCTTCTAATGGAGATTCTGTTGGAGTTGCTGCTGGAT 662
Query 553 CCGTTTCTGTTGATGATTTTCGTTCTTTCGGTGGAGAATCTCGGATGGAGGATGAGGATA 612
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 663 CCGTTTCTGCTGATGATTTTCGTTCTTTTGGTGGAGAATCTCTGCTGGAGGATGAGGATA 722
Query 613 ATGGAGTTGCTGGTGTGGCAAGTCAAGAAGACGAAGCTAAAGTAATGGAAGTTCAAGCTA 672
|||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 723 ATGGAGTTTCTGGTGTTGCAAGTCTAGAAGACGAAGCTAAAGTAAT-G--G----A---A 772
Query 673 GTCATATTACTGAGAGCTTAGTTGATACCCGTGATTA-TGAGGCAAACTCAAAGCCTGAC 731
| || | | ||| ||| || | | |||| ||| | | || ||| ||||||
Sbjct 773 G-----TT-C--A-AGC-TAG-TG--A----T-ATTACTGA-G--AGCTTAAACCCTGAC 811
Query 732 TTAGTCACTGCCTCCTCTGGTTTTGATGCTGAAGGAAACGTCTCTGCAGAGCAAGATGCG 791
|||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| |||
Sbjct 812 TTAGTCACTGTTTCCTCTGGTTTTGATTCTGAAGGAAACGTCTCTACAGAGAAAGAAGCG 871
Query 792 AAGACAACAACCGAAGCCGGAAATGCTGCTGTGGATGACGACAAAGATGAGACAATGTTA 851
|||| |||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 872 GAGACCACAATGGAAGCCGGAAATGCTGCTATTGATGACGACACAGATGAGACAATGTTA 931
Query 852 ATCGCTTCTTTGGTGGAGTCTTCAGAATCTCAACGTTTGAATGATTCTGAGGGGAAGTGC 911
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 932 GTCGCTTCTTTGGTAGAGTCTTCAGAATCTCAACATTTGACTGATTCTGAGGGGAAGTGC 991
Query 912 TATGATGCTAAGGTAAGCAATGATGAAGACTCAAGTGTTATAGATGTTAAGAGTGATAAA 971
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 992 GATGATGCTAAGGTAAGCAATGATGAGGAATCAAGTGTTGGAGATGTTAAGAGTGATAAA 1051
Query 972 TCAGATATAATTATACCGGATTCTAAAGAAGAGGGAGGTGATGCTTTTATCCCTGATGAT 1031
|||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1052 TCAGATATAATTATACCGGAATCTAAAAAAGAGGGAGGTGATGCTTTTATTCCTGATGAT 1111
Query 1032 GGAAGCTCGATGTCTGGCATTTCAGAGCTTGTAGAAGAAAGGATTGTTGAGTTGGAAAAC 1091
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 1112 GGAAGCTCAATGTCTGGCATTTCAGAGCTTGTAGAAGAGAGGATTGCTGAGTTGGAAAAT 1171
Query 1092 GAAAGGATGAGTAAAAGAGAGAAATTAAAATCGCAATCTTTTAGGAAGCAGCTTGTGTTG 1151
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1172 GAAAGGATGAGTAAAAGAGAGAGATTAAAATCGCAATCTTTTAGGAAGCAGCTTGTGCTG 1231
Query 1152 GCTGAAGAGTTTGAGAAGAAACAAGCATATACTGGTTTGCATTGGGAGGAAGGGGCTGCT 1211
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1232 GCTGAAGAGTTTGAGAAGAAACAAGCATATACTGGTTTGCATTGGGAGGAAGGGGCTGCT 1291
Query 1212 GCTCAGCCAATGAGACTTGAGGGTGTTAAGATCGGTTCGACGAATTTAGGTTACTTTGAT 1271
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 GCTCAGCCAATGAGACTTGAGGGTGTTAAGATCGGTTCCACGAATTTAGGTTACTTTGAT 1351
Query 1272 GTCGATGCTGACAATGTCATCAGCCGGACCATTTCATCGCAGGCATTTAAGCGAGACCAT 1331
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 GTTGATGCTGACAATGTCATCAGCCGGACCATTTCATCGCAGGCATTTAAGCGAGACCAT 1411
Query 1332 GGTTCTCCTCAGGTTTTGGCTGTTCATTTGAATTACATTGCAGTGGGTACGTCCAAGGGG 1391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1412 GGTTCTCCTCAGGTTTTGGCTGTTCATTTGAATTACATTGCAGTGGGTACGTCCAAAGGG 1471
Query 1392 GTCATTGTCGTTATACCAAGTAAATATTCCTCTGATAC-TGCAGATCAAATGGAATCAAA 1450
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 1472 GTCATTGTCGTTGTACCAAGTAAATATTCTTCTGAT-CATGCAGATCAAATGGAATCAAA 1530
Query 1451 GATGATTTGGCTTGGTTTACAAGGAGAGAGGTCCCAGTCCCCGGTTACCTCAGTTTGCTT 1510
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 GATGATTTGGCTTGGTTTACAAGGAGAAAGGTCCCAGTCCCCGGTTACCTCAGTTTGCTT 1590
Query 1511 CAATCAGATAGGGAGCCTCCTGCTAGCAGGTTATGGTGATGGACATGTTACAGTTTGGGA 1570
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 CAATCAGATAGGGAGCCTTCTGCTAGCAGGTTATGGTGATGGACATGTTACAGTTTGGGA 1650
Query 1571 CATGCAGAGAGCGTCGATAGCAAAAGTGATCACTGAACATACTGCACCAGTAGTATATGC 1630
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 CATGCAGAGAGCGTCGATAGCAAAAGTGATCACTGAACATACTGCACCAGTAGTATATGC 1710
Query 1631 CTTTTTTCTAGGCCGGGATTCTCAGGGTTCTCGC-ATATTTAAAGTTATTACAAGTGATA 1689
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 CTTTTTTCTAGGCCGGGATTCTCAGGGTTCTCGCCA-ATTTAAAGTTATTACAAGTGATA 1769
Query 1690 CTAAGGGTGTTGTTTTCAAACACACTTTTTCTTGGGCCCTGCTGTTGAACATGTATACAG 1749
|||||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| |
Sbjct 1770 CTAAGGGTGTTGTTTTTAAACACAGTTTTTCTTATGCTCGGCTGTTGAACATGTATACGG 1829
Query 1750 TGAAAACGCAGTGTCTCCTTGATGGACaaaaaaaTGGAACAGTCCTCTCGGCATCACCTT 1809
|| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 TGGAAACGCAGTGTCTTCTCGATGGACAAAAAAATGGAACAGTCCTCTCGGCATCACCTT 1889
Query 1810 TGCCTGATGAAATTTTTGGAAGCTCCTTGGCCTCTTCTAAGGGGGGTAACTCTGCAGTTC 1869
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 TGCCTGATGAAAATTTTGGAAGCTCCTTGGTGTCTTCTAAGGGGGGTAACTCTGCAGTTC 1949
Query 1870 CATCCAGCAGTATAAGTAGCATGATGGGAGGTGTTGTTGGGGTCGATTCGACTTGGAAGC 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1950 CATCCAGCAGTATAAGTAGCATGATGGGAGGTGTTGTTGGGGTTGGTTCGACTTGGAAGC 2009
Query 1930 TCTTTAATGAGGATTCAATTTCGGTGGAAGAAGGTGTTGTCATATTTGCCTCCTATCAAA 1989
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2010 TCTTTAATGAGGATTCAACTTCGGTGGAAGAAGGTGTTGTCATATTTGCCACCTATCAAA 2069
Query 1990 CTGGACTAGTGGTAAAGCTCATTCCAGATTTGGAGGTGTATGCACAACTTCCTCGGCCAG 2049
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2070 CTGGACTAGTGGTAAAGCTCATTCCAAATTTGGAGGTGTATGCACAACTTCCTAGGCCAG 2129
Query 2050 AAGGGGTTCGGGAGGGTTCCATGCCATACACTGCCTGGAAATGCTCAACAGGTAATTCTT 2109
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
Sbjct 2130 AAGGGGTTCGGGAAGGTTCCATGCCATACACTGCCTGGAGACGCTCAACAG--AA----- 2182
Query 2110 CTCCTGAAAATTATTCTAAGGAGGCAGAAGATAGGGTTTCTTTTCTTGTCATTGCCTGGG 2169
|| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2183 ------AA--TTATTCGAAGGAGGCAGAAGATAGGGTTTCTTTTCTTGTCATTGCCTGGG 2234
Query 2170 ATCGTAGAGTTCAGGTTGCCAAGTTGGTAAAATCAGACCTAAAGGAATATGCCAAATGGT 2229
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 ATCGTCGAGTTCAGGTTGCCAAGTTGGTAAAATCAGACATAAAGGAATATGCCAAATGGT 2294
Query 2230 CACTTGACAGTCCAGCTATTGGTGTGGTTTGGCTAGATGACCAGTTGCTGGTGATCCCAA 2289
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CACTTGACAGCCCAGCTATTGGTGTTGTTTGGCTAGATGACCAGTTGCTGGTGATCCCAA 2354
Query 2290 CTGTGACGGGGCATTTGTATCTGTTCACAAGAGATGGTGTGGTAATTCATCAGACAAACT 2349
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2355 CTGTGACGGGCCATTTGTATCTGTTCACAAGAGATGGTGTGGTAATTCACCAGACAAACT 2414
Query 2350 TTTTGGTGGCTGGTTCTTCAGGGAATGACCTAATTTCCTATCATACGTACTTTACGAATG 2409
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2415 TTTCAGTGGCTGGTTCTTCAGGGAATGACCTGATTTCCTATCATACGTACTTTACTAATG 2474
Query 2410 TCTTTGGAAATCCTGAGAAAGCTTATCACAACTCTATGGGTGTCAGAGGGGCTTCAGTAT 2469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2475 TCTTTGGAAATCCTGAGAAAGCTTATCACAACTCTATGGGTGTCAGAGGGGCTTCAGTGT 2534
Query 2470 ACATTCTCGGGACTGGGCATCTTGTTATCTCCAGACTTTTGCCGTGGAAGGAGCGGGTTG 2529
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2535 ACATTCTCGGGACTGCACATCTTGTTATCTCCAGACTTTTGCCGTGGAAGGAGCGGGTTG 2594
Query 2530 ATGTGTTAAGGAGAGGAGGTGACTGGATGGGTGCATTTAACATGGCAATGTCACTTTTTA 2589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2595 ATGTGTTAAGGAGAGGAGGTGACTGGATGGGTGCATTTAACATGGCAATGTCACTCTTCA 2654
Query 2590 ATGGTCAAGCTCATGGAGTTGTTGACCTCCCCAAAACTGTGGATGCTATAAGGGAAGCCA 2649
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2655 ATGGTCAAGCTCATGGAGTTGTTGACCTCCCCAAAACTGTGGATGCCATAAGGGAAGCCA 2714
Query 2650 TAGCACCCAGTTTAGCAGATTTGCTGCTTTCCTACGTAGATGAAGTATTTTCTTATATCT 2709
||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2715 TAGCACCCAGTTTAGCAGAGTTGCTACTTTCCTATGTAGATGAAGTATTTTCTTATATTT 2774
Query 2710 CAATAGCATTTTCCAATCAGATTGaaaaaaaTGGAGTGACTCATGAGCCAAGCAGTGGAA 2769
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 2775 CAATAGCATTTTCCAATCAGATTGAAAACAATGGAGTAACTCATGAGCCAAGTAGTGGAA 2834
Query 2770 CCAATAATGTCAATTTAGAGATAGAAGAACAATACAATCGTGTTGGTGGTGTTGCCGTTG 2829
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2835 TCAATAATGTCAATTTAGAGATAGAAGAACAATACAATCGTGTTGGTGGTGTTGCCGTTG 2894
Query 2830 AATTCTGTGTTCATATTAACAGGATGGATTTGCTCTTTGATGAAATATTTTCCAGATTTG 2889
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2895 AGTTCTGTGTTCATATTAACAGGATGGATTTGCTCTTTGATGAGATATTTTCCAGATTTG 2954
Query 2890 TGGCTGTACAACAAAGAGGTATATATTT 2917
| |||||||||||||||| || || |||
Sbjct 2955 TTGCTGTACAACAAAGAGATACATTTTT 2982
Score = 462 bits (250), Expect = 9e-129
Identities = 269/278 (97%), Gaps = 2/278 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 3124 GGGATATGCTTGGATCTCTTCCTCCAGAGATTATGCAAGCGCTGGTAGAACATTATAGCA 3183
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3009 GGGATATGCTCGGATCTCTTCCTCCAGAGATCATGCAAGCGCTGGTAGAACATTATAGTA 3068
Query 3184 GGAAAGGATGGCTACAAAGAATTGAGCAGTGTGTTCTT-CACATGGATATTTCTTCCTTA 3242
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 3069 GGAAAGGATGGCTACAAAGAATTGAGCAGTGTGTT-TTGCACATGGATATTTCTTCCTTG 3127
Query 3243 GATTTCAATCAGGTAGTCAGAATTTGCCGTGAGCATGGGCTTTATGGGGCCTTGCTCTAT 3302
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3128 GATTTCAATCAGGTAGTCAGAATTTGCCGTGAGCATGGGCTTTATGGGGCCTTGCTCTAT 3187
Query 3303 CTTTTCAACAAAGGGTTGGATGATTTCAGGTCACCTCTGGAGGAGCTCTTGATTGTATTA 3362
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 3188 CTTTTCAACAAAGGGTTGGATGATTTCAGGTCACCTCTGGAGGAACTCTTGATTGTCTTA 3247
Query 3363 CGGAACAGTGAGAAACAAAGGGCTATAGCCATTGGGTA 3400
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3248 CGGAACAGTGAGAAACAAAGGGCTACAGCCATTGGGTA 3285
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 175233131899
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5