BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg943770
Length=3238
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:24... 5018 0.0
AT1G07810.1 | Symbols: ECA1, ATECA1, ACA3 | ER-type Ca2+-ATPase... 178 3e-43
> AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:2445470-2454645
FORWARD LENGTH=3787
Length=3787
Score = 5018 bits (2717), Expect = 0.0
Identities = 2998/3134 (96%), Gaps = 17/3134 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 108 ACATCGTCTGTCTCACAGACAGGTTCTTCTGGAGATGCAAAAGTTGGTCCCAATCTGAGC 167
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 430 ACATCGGCTGTCTCACAGATAGGTTCTTCTGGAGATACAAAAGTTGGTCTCAATCTGAGC 489
Query 168 AAAATTTTCGGAGGTGATTTGTTGGAAAAATTTTCGGTCGACAAATCAACTTATTGTCAT 227
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 490 AAAATTTTCGGAGGTAATTTGTTGGAAAAATTTTCGGTGGACAAATCGACTTATTGTCAT 549
Query 228 GCTCAGATCAGAGCCACTTTCTATCCAAAATTTGAGAACGAAAAAACTGACCAAGAGATA 287
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 550 GCTCAGATCAGAGCCACTTTCTATCCAAAATTTGAGAACGAAAAGACTGACCAAGAGATA 609
Query 288 AGAACAAGAATGATTGAGATGGTTA-CTAAAGGATTGGCAACACTGGAGGTTTCTCTTAA 346
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 610 AGAACAAGAATGATTGAGATGG-TATCTAAAGGATTGGCAACACTGGAGGTATCTCTTAA 668
Query 347 GCATTCAGGCTCTCTCTTTATGTACGCCGGTCACAAGGGGGGAGCATATGCAAAGAACAG 406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 GCATTCAGGCTCTCTCTTTATGTACGCCGGTCACAAGGGGGGAGCATATGCAAAGAACAG 728
Query 407 TTTTGGTAATATTTATACTGCCGTTGGTGTTTTTGTTCTTTCACGGATGTTCAGAGAGGC 466
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 729 TTTTGGTAATATTTATACTGCGGTTGGTGTTTTTGTTCTTTCACGGATGTTCAGGGAGGC 788
Query 467 TTGGGGAACTAAGTCTCTAGAGAAAGAAGCAGAGTTCAATGATTTTCTTGAGAAAAATCG 526
||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 789 TTGGGGAACTAAGGCTCCAAAGAAAGAAGCAGAGTTCAATGATTTTCTTGAGAAAAATCG 848
Query 527 CATGTGCATATCTATGGAACTGGTAACAGCTGTTCTTGGAGATCATGGTCAACGCCCACT 586
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 CATGTGCATATCTATGGAACTGGTAACCGCTGTTCTTGGAGATCATGGTCAACGCCCACT 908
Query 587 GGATGATTATGTGGTAGTGACGGCCGTTACCGAGTTAGGTAATGGTAAGCCCAAGTTCTA 646
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 909 GGATGATTATGTGGTAGTGACTGCTGTTACCGAGTTAGGTAATGGGAAGCCCCAGTTCTA 968
Query 647 TTCAACTTCCGGAATAATTGCATTTTGTCGGAAATGGCGTCTACCAACAAATCATGTTTG 706
||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 969 TTCAACTTCCGAAATAATTTCATTTTGCCGGAAATGGCGTCTACCCACAAATCATGTTTG 1028
Query 707 GCTGTTTTCCACAAGGAAATCAGTGACCTCTTTTTTCGCCGCATTTGATGCACTCTGTGA 766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||
Sbjct 1029 GCTGTTTTCCACAAGGAAATCAGTGACCTCTTTTTTCGCGGCGTTTGATGCACTGTGTGA 1088
Query 767 AGAAGGGATAGCAACCTCGGTCTGTAGGGCTCTTGATGAAGTAGCTGATATATCAGTCCC 826
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 AGAAGGGATAGCAACCTCGGTCTGTAGAGCTCTTGATGAAGTAGCTGATATATCAGTCCC 1148
Query 827 AGCCTCAAAGGACCATGTTAAGGTCCAGGGTGAGATATTAGAGGGTCTTGTAGCGCGTAT 886
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1149 AGCCTCAAAGGACCATGTTAAGGTGCAGGGTGAGATATTAGAGGGTCTTGTTGCTCGTAT 1208
Query 887 CGTGAGCAGTCAGAGCGCAAGAGATATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACC 946
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 CGTGAGCAGTCAGAGCTCAAGAGATATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACC 1268
Query 947 CTGTGATGGAGCTAATCTTGATCTGGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTGCTCATAG 1006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1269 CTGTGATGGAGCTAATCTTGATCTGGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTGCCCATAG 1328
Query 1007 ATCTAACGAGAAACAGCAAATGAGAGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCC 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 ATCTAACGAGAAACAGCAAATGAGAGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCC 1388
Query 1067 TAGTGACGTGGATTGGTTTGGAGATGAATCTCATCCGAAAAATGCTGACAAATCTGTTAT 1126
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1389 CAGTGACGTGGAATGGTTCGGAGATGAATCTCATCCGAAAAGTGCTGACAAATCTGTTAT 1448
Query 1127 AACAAAATTCCTGCAATCTCAGCCTACTGATTATTCAACTAGTAAATTACAGGAAATGGT 1186
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AACAAAATTCCTGCAATCTCAGCCTGCAGATTATTCAACTAGTAAATTACAGGAAATGGT 1508
Query 1187 ATGCTTGATGAAGGAAAAACGTCTTCCAGCCGCATTCAAATGTTACCATAATTTTCATAG 1246
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 ACGCTTGATGAAGGAAAAACGTCTTCCAGCCGCATTCAAGTGTTACCATAATTTTCATAG 1568
Query 1247 AGCTGACGACATATCACCTGATAACCTATTTTATAAATTGGTTGTTCATGTGCACAGCGA 1306
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1569 AGCTGAGGACATATCACCTGATAACCTTTTTTATAAATTGGTTGTCCATGTGCACAGCGA 1628
Query 1307 TTTAGGATTTAGGCGTTACCAAAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATA 1366
|| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 TTCAGGATTTAGGCGTTACCACAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATA 1688
Query 1367 TCGAGGTTTCTTTGTTGATATTAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGGGAGGGATCTGATGGC 1426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 TCGAGGTTTCTTTGTTGATATTAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGGGAGGGATCTGATGGC 1748
Query 1427 TCTGAAAAGCATTGATAATGCGGTCAAAGATGCCAGTGAAAATGATGGTCAACGAGAAAA 1486
|||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 1749 TCTGAAAAGCATTG---A-----T---A-ATGCCAGTGAAAATGATGGTCGAGGAGAAAA 1796
Query 1487 GGATGGTTTGGCTGATGGTGATGCTAACTTAATGATCAAATTAAAGTTTCTCACATACAA 1546
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1797 GGATGGTTTGGCTGATGATGATGCTAACTTAATGATTAAAATGAAGTTTCTCACATACAA 1856
Query 1547 ATTGAGAACCTTTTTGATCCGTAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGAAGGGCCAGCAGC 1606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 1857 GTTGAGAACCTTTTTGATCCGTAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGACGGGGCAGCAGC 1916
Query 1607 TTACAAAACCTACTATCTTAGACAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAA 1666
||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TTACAAAACTTACTACCTTAGGCAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAA 1976
Query 1667 AGAACTTACCAAGATGCTTGATGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGA 1726
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 AGAACTTTGCAAGATGCTTGATGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGA 2036
Query 1727 TCAGCTATCTTCATCAACATACTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCTTGGAGCAGTACGCGAA 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2037 TCAGCTATCTTCATCAACATACTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCCTGGAGCAGTACGCGAA 2096
Query 1787 GCGGAGCCCAATGAATCAGATTTTGATAGGGGCTGCTGGGAACCTAGTTAGAACTGAGGA 1846
|||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 ACGGAGCCCAAAGAACCATATTTTGATAGGGTCTGCTGGGAACCTAGTTAGAACTGAGGA 2156
Query 1847 CTTCTTGGCCATTGTGGACGGTGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAGAAAGAAGG 1906
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2157 CTTCTTGGCCATTGTTGACGGTGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAGAAACAAGG 2216
Query 1907 AGTGACACCAGCTACTCCTGAGCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTT 1966
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 AGTGACACCAGCTACTCCTGAGCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTT 2276
Query 1967 AATTGTATTCTTTCCAGGGATTCCTGGATGTGCTAAATCTGCACTTTGCAAGGAGTTATT 2026
|||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 AATTGTATTCTTTCCAGGAATTCCTGGATCTGCTAAATCTGCACTTTGCAAGGAGTTATT 2336
Query 2027 GAACGCCCCAGGAGGCTTTGGAGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGT 2086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GAACGCCCCAGGAGGCTTTGGAGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGT 2396
Query 2087 CAAAGGAAAATATTGGCCAAAGGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTAT 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CAAAGGAAAATATTGGCCAAAGGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTAT 2456
Query 2147 GTTGGCTGACAAAAATGCTCCAAATGAAGATGTCTGGAGACAGATTGAAGACATGTGTCG 2206
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2457 GTTGGCTGACAAAAATGCCCCAAATGAAGATGTCTGGAGACAGATTGAAGATATGTGTCG 2516
Query 2207 AAGAACTAGGGCTTCTGCAGTTCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCC 2266
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GAGAACTAGGGCTTCTGCAGTTCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCC 2576
Query 2267 ATATTCACTTGATGCCTTGGCTGTATTCATGTTCCGGGTACTTCAACGAGTTAACCATCC 2326
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 ATATTCACTTGATGCCTTGGCTGTATTCATGTTCCGTGTACTTCAACGAGTTAACCATCC 2636
Query 2327 GGGAAAGCTCGACAAGGAATCTTCAAATGCAGGCTATGTGCTATTGATGTTTTATCACCT 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 GGGAAAGCTCGACAAGGAATCTTCAAATGCAGGTTATGTGCTATTGATGTTTTATCACCT 2696
Query 2387 TTATGAGGGAAAGAACCGCAATGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCT 2446
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 TTATGAGGGAAAGAACCGTAATGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCT 2756
Query 2447 AATCAAGATGCCACTATTGAAATCAGACAGGACTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGT 2506
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 CATCAAGATGCCACTATTGAAATCAGACAGGACTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGT 2816
Query 2507 TCTTGAGGAGGGCATAAATTTGTTCAATCTCCACAGCAGAAGACATGGGAGACTCGAGTC 2566
||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2817 TCTTGAGGAGGGCATTGATTTGTTCAATCTCCATAGTAGAAGACATGGGAGACTCGAGTC 2876
Query 2567 GACAAAAGGAACATATGCAGCAGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTTT 2626
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2877 AACAAAAGGAACATATGCAGCGGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTCT 2936
Query 2627 AGTTGCGAATTCTGAGTATCTCAATTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTGTGGTTCATCT 2686
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2937 AGTTGCAAATTCTGAGTATCTCAGTTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTATGGTTCATCA 2996
Query 2687 AGTGCGAGAAGAGCTaaaaaaaaTCGCAAAGGGTGAATACAAGCCACCAAGTTCAGAGAA 2746
|||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2997 AGTGCGAGAAGAGCTAAAAACAATAGCGAAGGGTGATTACAAGCCACCAAGTTCGGAGAA 3056
Query 2747 AACAAAACATGGGTCTATTGTTTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAG 2806
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AAGAAAACACGGGTCTATTGTTTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAG 3116
Query 2807 TCTTCTTGAAAAGTTAGCCGCAGCAAACCCAACAATGAGATTTTTTCTAGAGGGCAAGAA 2866
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3117 TCTTCTTGAAAAGTTGGCTGCAGCAAACCCAACAATGAGATCTTTTCTAGAGGGAAAGAA 3176
Query 2867 AAAGACCATACAGGAAAAACTTGAACGGTCTCATGTGACGCTTGCCCACAAGAGAAGCCA 2926
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3177 AAAGAGCATACAGGAAAAACTTGAACGGTCTCACGTGACGCTCGCCCACAAGAGAAGCCA 3236
Query 2927 TGGCGTAGCAGCTGTAGCCAGCTATGGTCAGCACTTGAACAGAGAGATACCCGTAGAGCT 2986
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3237 TGGCGTAGCAACTGTAGCCAGCTATAGTCAGCACTTGAACAGAGAGGTACCCGTAGAGCT 3296
Query 2987 CACGGAGCTCATCTACAACGACAAGATGGCAGCTCTAACTGCCAATGTCGGATGTGTGGA 3046
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||| ||||||
Sbjct 3297 CACCGAGCTCATCTACAACGACAAGATGGCTGCTCTAACAGCCCATGTTGGATCTGTGGA 3356
Query 3047 CGGAGAGACGGTAGTCTCCAAGAACGAATGGCCACATGTTACGTTGTGGACTG-GAGAAG 3105
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||
Sbjct 3357 CGGAGAGACCGTAGTCTCCAAGAACGAATGGCCACATGTTACATTGTGGACAGCG-GAAG 3415
Query 3106 GCGTAACTGCGAAAGAGGCCAACACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGGAAGGCGAGCC 3165
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3416 GCGTTACTGCGAAAGAGGCCAACACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGAAAGGCGAGCC 3475
Query 3166 GCTTAGTGATAGATCCTCCGGTCTCAATCTCAGGTCCTCTGGAATTTTTCTGAATACTT- 3224
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3476 GCTTGGTGATAGATCCTCCGGTGTCAATCTCAGGTCCTCTGGAGTTTTTCTGAATACTTG 3535
Query 3225 ATGAAACATGGAAG 3238
|| |||||||||||
Sbjct 3536 ATTAAACATGGAAG 3549
> AT1G07810.1 | Symbols: ECA1, ATECA1, ACA3 | ER-type Ca2+-ATPase
1 | chr1:2416265-2420757 FORWARD LENGTH=3499
Length=3499
Score = 178 bits (96), Expect = 3e-43
Identities = 104/108 (96%), Gaps = 0/108 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGTTTTGCTACGAGTGGGAATTCATGGGGAAAGGATCAGAAGACCTTGTGGAGAAGGAAA 60
|||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 106 TGTTTTGCAACGAGTGAGAATTCATGGGGAAAGGATCAGAAGACCTTGTGAAGAAGGAAA 165
Query 61 GCTTAAATTCTACACCCGTAAATTCGGATACGTTTCCTGCTTGGGCTA 108
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 GCTTAAATTCTACACCTGTAAATTCGGATACGTTTCCTGCTTGGGCTA 213
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 161086053973
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5