BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944201
Length=2018
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G36760.1 | Symbols: ATAPP1, APP1 | aminopeptidase P1 | chr4:... 2481 0.0
> AT4G36760.1 | Symbols: ATAPP1, APP1 | aminopeptidase P1 | chr4:17326617-17330208
FORWARD LENGTH=2238
Length=2238
Score = 2481 bits (1343), Expect = 0.0
Identities = 1441/1488 (97%), Gaps = 7/1488 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 534 GAGTGTTGCTTGGCTATATAATATCCGTGGAACTGATGTCGCTTATTGTCCGGTTGTTCA 593
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 651 GAG-GTTGCTTGGCTATATAATATCCGTGGAACTGATGTTGCTTATTGTCCCGTTGTTCA 709
Query 594 TGCGTTTGCAATCCTTACAACCGATTCTGCGTTTCTCTATGTTGACAAAAAGAAAGTATC 653
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 710 TGCGTTTGCAATCCTTACCACCGACTCTGCGTTTCTCTATGTTGACAAAAAGAAAGTGTC 769
Query 654 CGATGAGGCAAACTCTTATTTCAATGGGCTCGGTGTAGAAGTCCGGGAATACACAGATGT 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 770 TGATGAGGCAAACTCTTATTTCAATGGGCTCGGTGTGGAAGTCCGGGAATACACAGATGT 829
Query 714 GATCTCAGATGTGGCCTTGCTTGCTTCGGATCGACTTATTTCTTCATTTGCCACTAAAAC 773
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 830 GATCTCAGATGTGGCCTTGCTTGCTTCGGATCGACTTATTTCTTCATTTGCCTCTAAAAC 889
Query 774 TGTTCAATC-TGAGACTACAAAGGATATGGAGATTGATTCTGACCAGCATGATCGGTTAT 832
||| ||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 890 TGTCCAA-CATGAGGCTGCAAAGGATATGGAGATTGATTCTGACCAGCCTGATCGGTTAT 948
Query 833 GGGTGGATCCTGCTTCGTGCTGCTATGCACTTTACTCCAAATTGGATGCCGAGAAGGTCC 892
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 949 GGGTGGATCCTGCTTCGTGCTGCTATGCACTTTACTCCAAATTGGATGCTGAGAAGGTCC 1008
Query 893 TTCTGCAGCCATCTCCTATATCCCTCTCAAAAGCCTTGAAGAACCCGGTTGAGCTCGAAG 952
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 TTCTGCAACCATCCCCTATATCCCTCTCAAAAGCCTTGAAGAACCCGGTTGAGCTCGAAG 1068
Query 953 GGATCAAGAACGCACATGTTCGTGATGGTGCTGCTGTTGTCCAGTACCTTGTCTGGCTCG 1012
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1069 GGATCAAGAATGCACATGTTCGTGATGGTGCTGCTGTTGTCCAGTACCTTGTTTGGCTCG 1128
Query 1013 ATAAACAGATGCAGGAGCTCTATGGAGCATCTGGATACTTCTTGGAAGCAGAGGCAAGCA 1072
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1129 ACAATCAGATGCAGGAGCTCTATGGAGCATCTGGATACTTCTTGGAAGCAGAGGCAAGCA 1188
Query 1073 AAAAGAAACCATCAGAGACCTCTAAGCTTACTGAAGTGACTGTGAGCGATAAGCTGGAAA 1132
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1189 AAAAGAAACCATCAGAAACCTCTAAGCTTACTGAAGTGACTGTGAGCGATAAGCTGGAAA 1248
Query 1133 GTCTCCGAGCTGCAAAAGAGCATTTTAGAGGTTTAAGCTTTCCTACTATATCATCGGTTG 1192
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 GTCTTCGAGCTTCAAAAGAGCATTTTAGAGGTTTAAGCTTTCCTACTATATCATCGGTTG 1308
Query 1193 GTTCAAACGCTGCTGTTATTCATTATTCACCAGAGCCAGAAGCTTGTGCCGAGATGGACC 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 GTTCAAACGCTGCTGTTATTCATTATTCACCAGAGCCAGAAGCTTGTGCCGAGATGGACC 1368
Query 1253 CCGACAAAATTTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACAACTGATATAA 1312
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 CCGACAAAATTTACTTATGTGATTCAGGAGCACAGTATCTCGATGGAACAACTGATATAA 1428
Query 1313 CCCGAACAGTTCACTTTGGAAAACCTTCAGCTCATGAAAAGGAATGCTATACTGCGGTCT 1372
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 CCCGAACGGTTCACTTTGGAAAACCTTCAGCTCATGAAAAGGAATGCTATACTGCGGTCT 1488
Query 1373 TCAAGGGTCATGTTGCACTAGGAAATGCTCGGTTTCCAAAGGGAACAAACGGTTATACAC 1432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1489 TCAAGGGTCATGTTGCACTAGGAAATGCTCGGTTTCCAAAGGGAACAAACGGCTATACAC 1548
Query 1433 TTGATATTCTTGCTCGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGGTTGGATTATCGACATGGTACTG 1492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 TTGATATTCTTGCTCGAGCTCCTTTGTGGAAGTATGGGTTGGATTATCGACATGGTACTG 1608
Query 1493 GTCATGGAGTTGGTTCTTACCTTTGTGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGAC 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GTCATGGAGTTGGTTCTTACCTTTGTGTTCATGAAGGACCTCACCAAGTTAGTTTCAGAC 1668
Query 1553 CGAGTGCTAGGAATGTACCTCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACT 1612
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 CGAGTGCCAGGAATGTACCTCTTCAAGCTACCATGACTGTAACAGATGAACCTGGTTACT 1728
Query 1613 ATGAAGACGGGAACTTTGGCATTAGGCTGGAGAATGTTCTTGTTGTCAATGACGCTGAGA 1672
||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729 ATGAAGACGGGAACTTTGGTATTAGGTTGGAGAATGTTCTTGTTGTCAATGACGCTGAGA 1788
Query 1673 CCGAATTCAATTTTGGCGACAAGGGCTACTTGCAATTCGAGCATATCACTTGGGCACCAT 1732
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 CTGAATTCAATTTTGGCGACAAGGGCTACTTGCAATTCGAGCATATCACTTGGGCACCAT 1848
Query 1733 ATCAAGTGAAACTTATCGATCTAGACGAGCTGACACGGGAAGAGATTGATTGGTTAAACA 1792
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1849 ATCAAGTGAAACTTATCGATCTAGACGAGTTGACACGGGAAGAGATTGACTGGTTAAACA 1908
Query 1793 CATACCATTCGAAATGCAAAGACATCTTGGCCCCATTCATGAACCAGACTGAAATGGAAT 1852
|||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 CATATCATTCGAAGTGCAAAGACATCTTAGCCCCATTTATGAACCAGACTGAAATGGAAT 1968
Query 1853 GGCTCAAGAAAGCTACCGAACCTGTAAGTGTATCGGCTTAATCCCCTCCCAGATTTCTCT 1912
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 GGCTCAAGAAAGCTACCGAACCTGTAAGTGTATCCGCTTGATCCCCTCCCAGATTTCTCT 2028
Query 1913 TTAATAGATGTTTATCAATGGCTT-TGTCACTTCTCTCACTAGTAAACCAAAAATATTCA 1971
| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2029 TAAATAGATGTTTATCAATGGCTCCT-TCACTTCTCTCACTAGTAAACCAAAAACATTCA 2087
Query 1972 AGTCATTACACAGATTATTTCCTTTAGTTT-GCATTCAAAGTTCATGT 2018
|||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2088 AGTCAT-ACACAGATTATTTTCTTTAGTTTTGCATTCAAAGTTCATGT 2134
Score = 900 bits (487), Expect = 0.0
Identities = 521/538 (97%), Gaps = 0/538 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CTCTCTTCCTTGAGGTCACTAATGGCCTCTCACTCTCCTCCTCTTGACGCTTTGGTTGTT 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 84 CTCTCTTCGTTGAGGTCACTAATGGCCTCTCACTCTCCTCCTCTTGATGCTTTGGTTGTT 143
Query 61 CCTTCCGAAGACTATCACCAGAGCGAGTATGTTTCTGCACGAGACAAACGCCGTGAGTTC 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 CCTTCCGAAGACTATCACCAGAGCGAGTATGTTTCTGCACGAGACAAACGCCGTGAGTTC 203
Query 121 GTGTCTGGATTCAGTGGAAGTGCAGGTTTGGCACTTATCACGAAGAACGAAGCAAGGCTT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 204 GTGTCTGGATTCAGTGGAAGTGCAGGTTTGGCACTTATCACGAAGAAGGAAGCAAGACTT 263
Query 181 TGGACTGATGGTCGATACTTCTTGCAAGCATTGCAACAGCTTAGCGATGAGTGGACATTA 240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 264 TGGACAGATGGTCGATACTTCTTGCAAGCATTGCAACAGCTTAGCGATGAGTGGACACTA 323
Query 241 ATGCGGATGGGAGAAGATCCTCTTGTTGAAGTTTGGATGTCAGATAATCTACCTGAAGAG 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 324 ATGCGGATGGGAGAAGATCCTCTTGTTGAAGTTTGGATGTCTGATAATCTACCTGAAGAG 383
Query 301 GCAAACATAGGTGTTGATTCATGGTGTGTCTCGGTAGACACTGCGAATAGATGGGGGAAA 360
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 384 GCAAATATAGGTGTTGATTCATGGTGTGTCTCGGTAGACACTGCGAATAGATGGGGGAAA 443
Query 361 TCTTTTGCCAAGAAGAATCAGAAACTAATCACCACAACAACTGATCTTGTGGACCAAGTT 420
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 444 TCGTTTGCCAAGAAGAATCAGAAACTAATCACCACAACTACTGATCTTGTGGATGAAGTT 503
Query 421 TGGAAGAGTCGTCCACCTTCTGAGATGAGTCCAGTTGTTGTTCATCCCTTGGAGTTTGCT 480
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 504 TGGAAGAGTCGTCCACCTTCTGAGATGAGTCCGGTTGTTGTTCATCCTTTGGAGTTTGCT 563
Query 481 GGCCGTTCTGTTTCCGATAAATTGGAAGATTTGAGGGCAAAGCTTAAGCAAGAGAGTG 538
||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 564 GGCCGTTCTGTTTCCCATAAATTCGAAGATTTGAGGGCAAAGCTTAAGCAAGAGGGTG 621
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 99999485640
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5