BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944382
Length=2455
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G35130.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like s... 3587 0.0
> AT4G35130.1 | Symbols: | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr4:16721084-16723498 REVERSE LENGTH=2415
Length=2415
Score = 3587 bits (1942), Expect = 0.0
Identities = 2273/2430 (94%), Gaps = 33/2430 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 ATGGCTGCGACTCTTCTGTCTCGTTGCTACCGTATCTACAATTGCGACGCGTGCAAGTGT 81
|||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTGCGACTCTGCTGTCTCAATGCTACCGTATCTACAATTCCGATGCGTGCAAGTGT 60
Query 82 GTTTCTTCCGAGAATCACCAGAC--C-----A-CG----GGGAAACGAAGTCTCGAATTC 129
|||||||| |||||||||||||| | | || ||||| |||| ||||||||||
Sbjct 61 GTTTCTTCTGAGAATCACCAGACGACGGGGAAGCGAAATGGGAATCGAAATCTCGAATTC 120
Query 130 GACTCAAG-ATTCTCGAAACCAGTTCGGCTAGCT-CTTCGAGACCGATACAAGGTAACTA 187
||||| | ||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GACTCGGGAATT-TCGAAACCAGCACGGCTAG-TACTTCGAGACCGATACAAGGTAACTA 178
Query 188 AGCAGCTCAATGATCCTGCGCTCACTCGGGCTTTACGTGGTTTCGCTGATTCTGGTCTCA 247
||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 179 AGCAGGTCAATGATCCTGCGCTGACTAGGGCTTTACGTGGTTTCGCTGATTCCCGTCTTA 238
Query 248 TGGAGGATGCACTCCAACTGTTCGATGAAATGAACAAAGCTGATACTTTTGTGTGGAATG 307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 239 TGGAGGATGCACTCCAACTGTTCGATGAAATGAACAAAGCTGATGCTTTTCTGTGGAATG 298
Query 308 TGATGATTAAAGGTTTCACTAGCTGTGGGTTATACTTTGAAGC-GCTTCAACTTTATTGC 366
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||| ||||| ||
Sbjct 299 TGATGATTAAAGGTTTCACTAGCTGTGGGTTGTACATTGAAGCAG-TTCAATTTTATAGC 357
Query 367 AGAATGGTATTTTCAGGGGTCAAAGCTGATTCCTTTACTTATCCTTTCGTGATTAAATCG 426
|||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGAATGGTGTTTGCAGGGGTCAAAGCTGATACCTTTACTTATCCTTTCGTGATTAAATCG 417
Query 427 GTTACAGGAATTTCGTCATTGGAAGAAGGGAAGAAGATTCACGCGATGGTGATCAAGCTT 486
||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 418 GTTGCGGGAATTTCCTCATTGGAAGAAGGGAAGAAGATTCATGCGATGGTGATTAAGCTT 477
Query 487 CGGTTTGTTTCAGATGTTTACGTCTGTAATTCTCTTATATCTTTGTACATGAAGCTTGGG 546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 478 GGGTTTGTTTCAGATGTTTACGTCTGTAATTCTCTTATATCTTTATACATGAAGCTTGGG 537
Query 547 TGTGCTTGGGATGCAGAGAAAGTGTTCGAAGAAATGCCTGAGAGAGACATTGTTTCGTGG 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 TGTGCTTGGGATGCAGAGAAAGTGTTCGAAGAAATGCCTGAGAGAGACATTGTTTCGTGG 597
Query 607 AATTCCATGATTTCTGGATATCTTGCGCTTGAAGATGGCTTTCGCTCGTTGATGCTATTT 666
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||
Sbjct 598 AATTCCATGATTTCTGGATATCTTGCGCTTGGAGATGGCTTTAGCTCGTTGATGCTGTTT 657
Query 667 AAAGAAATGCTGAAATTTGGGTTTAAGCCTGACAGGTTCAGTACCATGAGCGCTCTTGGT 726
|||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 658 AAAGAAATGCTGAAATGTGGGTTTAAACCGGACAGGTTCAGTACCATGAGTGCTCTTGGT 717
Query 727 GCTTGTTCTCATGTGTATAGTCCAAACATGGGAAAGGAGTTACATTGCCACGCTGTTCGA 786
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 718 GCTTGTTCTCATGTGTATAGTCCAAAAATGGGAAAAGAGATACATTGCCACGCTGTTCGA 777
Query 787 AGTAGAATTGAAACTGGTGATGTTATGGTAATGACATCAATCCTTGACATGTACAGTAAA 846
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 778 AGTAGGATTGAAACTGGTGATGTTATGGTAATGACATCAATTCTTGACATGTACAGTAAA 837
Query 847 TATGGTGAAGTGAGTTATGCAGAGAGAATATTTAAATGTATAATCCAGAGGAACATCGTA 906
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||
Sbjct 838 TATGGTGAAGTGAGTTATGCGGAGAGGATATTTAACGGTATGATCCAGAGGAACATCGTA 897
Query 907 GCTTGGAATGTTTTGATAGGATGTTATGCTAGAAACAGCCGAGTCACTGATGCGTTTC-T 965
|||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |
Sbjct 898 GCTTGGAACGTTATGATAGGGTGTTATGCTAGAAATGGCCGAGTCACTGATGC-TTTCCT 956
Query 966 CTGCTTTCAGAAAATGTCAGAGCAAAATGGGTTGCAGCCAGATGTTATTACATTGATCAA 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||
Sbjct 957 CTGCTTTCAGAAAATGTCAGAGCAAAATGGGTTGCAGCCAGATGTTATCACATCGATTAA 1016
Query 1026 TCTGCTTCCTGCTTGTGCAATCTTGGAGGGTCGAACAATTCACGGGTATGCTATGAGGAG 1085
|||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TCTGCTTCCTGCTTCTGCGATCTTAGAGGGTAGAACGATTCACGGGTATGCTATGAGGAG 1076
Query 1086 AGGCTTTCTTCCTCATATAGTATTGGATACTGCTCTGATTGATATGTATGGAGAATGGGG 1145
|||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1077 AGGCTTTCTTCCCCATATGGTATTGGAAACTGCTCTGATTGATATGTATGGAGAATGTGG 1136
Query 1146 GCAGTTAAAATCAGCTGAGGTTATATTTGATCGAATAGCTGAAAAGAATTTGATCTCATG 1205
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1137 GCAGTTAAAATCAGCTGAGGTTATATTTGATCGAATGGCTGAAAAGAATGTGATCTCATG 1196
Query 1206 GAACTCGATTATTGCTGCTTATGTGCAGAACGGGAAGAACTATTCAGCCTTGGAGCTATT 1265
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 GAACTCGATTATTGCTGCCTATGTGCAGAACGGGAAGAACTATTCAGCCTTGGAGCTATT 1256
Query 1266 TCAAAAACTCTGGGATTCATCGCTTCTACCTGATCCCACAACAATTGCTAGTATTCTACC 1325
|||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 TCAAGAGCTCTGGGATTCATCGCTTGTACCTGATTCCACAACAATTGCTAGTATTCTACC 1316
Query 1326 AGCTTATGCAGAATCTCTATCCTTGAGTGAAGGTAGACAAATTCATGCTTATATAGTTAA 1385
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1317 AGCTTATGCAGAATCTCTATCCTTGAGTGAAGGTAGAGAAATCCATGCTTATATTGTTAA 1376
Query 1386 GTCTAGATGCGGGTCAAACACTATCATCTTGAATTCACTCGTTCACATGTATGCCATGTG 1445
|||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GTCTAGATACTGGTCAAACACCATCATCTTGAATTCACTTGTTCACATGTATGCCATGTG 1436
Query 1446 TGGTGACCTTGAGGATGCAAGAAAATGTTTCAACCACGTCTTGTTAAAGGATGTTGTTTC 1505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1437 TGGTGACCTTGAGGATGCAAGAAAATGTTTCAACCACATCTTGTTAAAGGATGTTGTTTC 1496
Query 1506 ATGGAACAGCATCATCATGGCCTATGCAGTACACGGTTTTGGGAGAATTTCGGTTTGCTT 1565
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1497 ATGGAACAGCATCATCATGGCATATGCAGTACATGGTTTTGGGAGAATTTCGGTTTGGTT 1556
Query 1566 ATTCTCAGAGATGATTGCTTCTAAAGTAGATCCAAACAAGAGCACCTTTGCTTCACTATT 1625
|||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 ATTCTCTGAGATGATTGCTTCTAGAGTAAATCCAAACAAGAGCACCTTTGCTTCACTATT 1616
Query 1626 AGCAGCATGTAGCATTTCTGGTATGGTTGATGAAGGATGGGAATATTTCGAGTCGATGAA 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AGCAGCATGTAGCATTTCTGGTATGGTTGATGAAGGATGGGAATATTTCGAGTCGATGAA 1676
Query 1686 AAGAGAATACGGGATTGATCCTGGAATAGAGCATTATGGGTACATGCTGGATCTCATTGG 1745
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1677 AAGAGAATACGGGATAGATCCTGGAATAGAGCATTATGGGTGCATGCTGGATCTCATTGG 1736
Query 1746 CCGTACAGGAAACTTCAGCTCAGCCAAGAGATTCATTAGA-GAAATGCCATTTTTGCCAA 1804
||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| ||||||
Sbjct 1737 CCGTACAGGAAACTTCAGCGCAGCCAAGAGATTCCTT-GAAGAAATGCCATTTGTGCCAA 1795
Query 1805 CAGCTCGGATTTGGGGATCTTTGTTAAATGCAAGCAGAAACCATAACGATATAACCGTAG 1864
||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||| |||
Sbjct 1796 CAGCTAGGATTTGGGGATCGTTGTTAAACGCAAGCAGAAACCACAAGGACATAACCATAG 1855
Query 1865 CTGAATTCGCGGCAGAACAGATATTTAAGATGGAACACGATAACACGGGATGTTATGTCT 1924
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1856 CTGAATTTGCGGCAGAACAGATATTTAAGATGGAACACGATAACACGGGATGTTATGTCT 1915
Query 1925 TGCTTTTGAACATGTATGCAGAAGCTCGAAGATGGGAAGATGTAAATAGGATTAAGCTTC 1984
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1916 TGCTTTTGAACATGTATGCAGAAGCTGGAAGATGGGAAGATGTAAATAGGATTAAGCTTC 1975
Query 1985 TCATGGAGAGCAAAGGCATATCCAGAACATCAAGTCGCAGTACTGTTGAGGCGAAGAGCA 2044
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1976 TCATGGAGAGCAAAGGCATATCCAGAACATCAAGTCGCAGTACTGTTGAGGCGAAGGGCA 2035
Query 2045 AAACG-CATGTGTTAACAAACGGAGACAGATCCCACGTGGAGACAAACAAGATCTATGAA 2103
||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2036 AAA-GTCATGTGTTCACAAATGGAGACAGATCCCACGTGGCGACGAACAAGATCTATGAA 2094
Query 2104 GTCTTAGATATTGTCTCGAGGATGATTGGagaagaagaagaagaagaCAGTTATGTTCAC 2163
||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2095 GTCTTAGATGTCGTCTCGAGGATGGTTGGAGAAGAAGA---------CATTTATGTTCAC 2145
Query 2164 TATGTCTCGAAGTTGAGACGAGAGACTCTAGCTAAGAGCAGAAGCAATTCACCAAGAAGA 2223
| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 TGTGTCTCGAGGTTGAGACCAGAGACTCTAGTTAAGAGCAGAAGCAATTCACCAAGAAGA 2205
Query 2224 CATTCGGTAAGGCTCGCCACGTGTTTTGGATTGATCTCTACGGAAACGGGAAGAACAGTT 2283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2206 CATTCGGTAAGGCTCGCCACGTGTTTTGGATTGATCTCTACGGAAACGGGAAGAAGAGTT 2265
Query 2284 ACGGTGAGAAATAACACGAGAATCTGCAGAAAATGTCACGAGTTCTTGGAAAAAGCTTCG 2343
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 ACGGTGAGGAATAACACGAGAATCTGCAGAAAATGTCACGAGTTCTTGGAAAAAGCTTCG 2325
Query 2344 AAAATGACAAGAAGAGAGATAGTTGTTGGAGATTCAAAGATTTTTCATCACTTCTCCAAT 2403
| | |||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 AGATTGACGAGAAGAGAGATCGTTGTGGGAGATTCCAAGATTTTTCATCACTTCTCCAAT 2385
Query 2404 GGTCGCTGCTCGTGTGGAAATTACTGGTGA 2433
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 GGTCGCTGCTCGTGTGGAAATTACTGGTGA 2415
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121805337604
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5