BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944415
Length=3327
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G34830.1 | Symbols: MRL1 | Pentatricopeptide repeat (PPR) su... 5243 0.0
> AT4G34830.1 | Symbols: MRL1 | Pentatricopeptide repeat (PPR)
superfamily protein | chr4:16599605-16606027 REVERSE LENGTH=3674
Length=3674
Score = 5243 bits (2839), Expect = 0.0
Identities = 3177/3336 (95%), Gaps = 39/3336 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCTACCACCAG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 12 GTTTTCTCTCTAAGCCTCTCCAATGGAGGTTACCTCCACCACCTTCATCTCCACTACCAG 71
Query 61 ATCTTCTAAGTATCTCACCTTGACTTCTTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 120
||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 72 ATCTTCTAAATACCTTACCTTAACTTCGTACTCTCCGGTGATTCTTCCGGCTTCTACTCT 131
Query 121 CCGCCGTGATTTTCTCGGTTGTTGTCATAGTCTCCGACGTCCTTCTCCTCATCTTCGTAC 180
||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 132 CCGCCGTGATTTTCTTGGTTGTTGTCATAGTCT-C--CGTCCTTCTCCTCATCTTCGAAC 188
Query 181 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGCTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 240
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 189 TCGCGCCGGGAAACGCAATTCTCGTCGTTCTTCAATTCGATCGCCTCGTTTAGTTGTTAG 248
Query 241 AGCTTCTCTCGATTCTGGTTTGATTCTTGTTATTGTGGCTGTCACTGCCTTTTCCGCCAT 300
||||||| |||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || |||||
Sbjct 249 AGCTTCTATCGATTCTGGTTTGATTCTTATTGTTGTTGCTGTCACTGCGTTCTCTGCCAT 308
Query 301 TGCTTTCGCTTACTGCCAAAATACTTTCAGGAAGCGGAAAACTTCCGATGTGGTTGCAGC 360
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||
Sbjct 309 TGCTTTCGCTTATTGCCAAAGTACTTTCAGGAAGCGGAAATCTTCCGATGAGGTT---GC 365
Query 361 ATCTACTGGAACGATTCGTGGCGG-AAAAATCAGTACTGAGAATCGGCGGGAAAGTAAAC 419
| || | | ||| |||||| |||||| ||| |||||||||||| || | ||
Sbjct 366 A---AC--G---G-TTCATGGCGGAAAAAAT-AGTGCTGAGAATCGGC-GG---G--AA- 408
Query 420 ATTTAGATGGAGATGTTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGGAGGTTTCAGAAAGA 479
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 409 A-TT-CATGGAGATATTCATGAAGGCAATCCTGTGGAAATAAATGTAGGTTTCAGAAAGG 466
Query 480 TGGAGGAACAAAGTGTGAAGCTTTTGGAGGAAGAGGAGACTCATCAAATCCAGGAAATTG 539
| |||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||
Sbjct 467 TAGAGGAAGAAAGTGTGAATCTTTTGGAGGAAGAAAAGGCTCATCAAATCCATGAAGTTG 526
Query 540 CTGTGATGGAGTATGATTCATTTTCAGCTGAGGAGTCTCAGTTTGCTGTTGCCAGTGTCA 599
|||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 527 CTGTGATGGATTATGATTCAGTTTCAGCTGAGGATTCTCAGTTTGCTGTTGCTAGTGTGA 586
Query 600 GCACAGTTACCAAGGAACATACTTTAATAGATGAATCCCTTTCATCTTCTATTGTTAATG 659
||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 587 CCACAGTTGCCACGGCACATACCTTAATAGATGAATCCTTTTCATCTTCTATTGTTAATG 646
Query 660 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTAGAGT-TAAA-A-C------ACAAGTTGAAA 710
||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | | |||||||| ||
Sbjct 647 GGTCTGTTGCTTTGGAATCAGCTACCTTTGGAGTAAAAACACCTGAAAAACAAGTTGGAA 706
Query 711 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCTCAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 707 ATAGCGAAGATCAGAAGGGTTTGGAGCATGATTTTTCACAGGCAGTGGTGGGAATTCATT 766
Query 771 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 830
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 767 CGATTGCTTCTCCACAGGTGGTAGATGATACACGTGCTCTAGAGTATGAGTACAATGGTT 826
Query 831 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAATACAGCGTCTTTGCGGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 890
||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 827 TGCTCCAGAAGCCTCTCGAGTACAGCATCTTTGCCGAGAGTAAGAGAGAAGAGATTCACA 886
Query 891 CTTTTTATGGGTCTAAGCATTCATCAGCCAAGTCTTCAAGGTTACCAAGTCTAAAAGCAG 950
| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||| |
Sbjct 887 CATTCTATGGGTCTAATCATTCATCAGCCAAGTCATCACGGTTGCCAAGTCTTAAAGCCG 946
Query 951 TCTCTCCTAG-TGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTGCTGGACCACAAGAACAATGGA 1009
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 947 TCTCTCCT-GCTGTTACTTCTGCAACTAATAGTTTATTCCTGGACCACAAGAACAATGGA 1005
Query 1010 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACATAGTTCTGGTCAGGCTACTGCTGATGTTCAAGAA 1069
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 1006 GTAATTGATACTCAGTTCCCAGGACAGAGTTCTGGTCAGGCTACTGGTGATGTGCAAGAA 1065
Query 1070 GAAAAACTTGTGGCAAACGGTAACGGCGGTGTATCCCACATTAGGAAAGACGTTAAAGGA 1129
||||| ||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1066 GAAAACCTTGTGGCACACAGTAACGGTGGTGTATCCCACATTAGGAAAGATGTTAAAGGA 1125
Query 1130 GACTGGAAATTTCCAAATGATGGGACGCATGTGGGTCACCAAACTGATGAAAGCATGCCT 1189
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1126 GACTGGAAATTTCCAAGTGATGGGAAGCATGTGGGTCACCAAATTGATGAAAGCATGCCC 1185
Query 1190 CAGTTCCCTGCTCGAAACTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAAGTAAT 1249
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1186 CAGTTCCCTGCTCGAAATTTTGAGCTACATAATAGTAATGGACGTTCTCCAGAAACTAGT 1245
Query 1250 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATTAGCTTGCTCGAA 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1246 GATGCTTACAACCGTTTACTTAGAGATGGAAGGATAAAGGATTGCATAAGCTTGCTCGAA 1305
Query 1310 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1369
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 GATTTGGACCAAAGGGATCTATTGGACATGGACAAGATTTATCATGCGAGTTTCTTTAAA 1365
Query 1370 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1429
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 GCCTGCAAGAAGCAAAGGGCTGTCAAGGAAGCATTTCGCTTTACCAAGTTGATTCTAAAT 1425
Query 1430 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 CCAACCATGAGCACATTCAATATGTTAATGTCTGTCTGCGCAAGCTCCCAGGACATAGAA 1485
Query 1490 GGAGCTCGGGGAGTTTTGCGTCTGGTACAAGAGAGTGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1549
|||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 GGAGCTCGGGGAGTGTTACGTCTGGTACAAGAGAGCGGTATGACTGCTGATTGCAAACTT 1545
Query 1550 TACACAACTTTAATATCGAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1609
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 TACACAACTTTAATATCAAGTTGTGCTAAAAGTGGAAAAGTTGATGCAATGTTCGAGGTG 1605
Query 1610 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTCGGTGCACTTATT 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1606 TTCCACCAGATGTCAAATTCTGGAGTGGAAGCCAATCTTCACACATTTGGTGCACTTATT 1665
Query 1670 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCTTATGGAATTTTAAGG 1729
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1666 GATGGCTGTGCTAGAGCTGGACAAGTAGCTAAGGCATTTGGTGCGTATGGAATTTTAAGG 1725
Query 1730 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAACGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1789
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 TCTAAGAATGTTAAGCCAGACCGGGTTGTATTCAATGCCCTCATCTCTGCATGTGGTCAA 1785
Query 1790 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1849
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TCAGGAGCTGTCGACCGTGCTTTTGATGTGTTAGCTGAAATGAAGGCTGAGACGCACCCT 1845
Query 1850 ATAGACCCTGATCATATCACGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1909
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 ATAGACCCTGATCATATCTCGATCGGTGCATTGATGAAAGCATGCTGTAATGCTGGTCAG 1905
Query 1910 GTAGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1969
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 GTCGAACGAGCAAAAGAAGTTTACCAGATGATCCATAAATATGGAATCAGGGGTACTCCA 1965
Query 1970 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCATGT 2029
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1966 GAAGTGTATACCATTGCTGTGAATAGTTGCAGCAAGTCTGGGGACTGGGATTTTGCGTGT 2025
Query 2030 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTCAGTGCA 2089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2026 AGCATATACAAGGACATGAAAGAAAAAGACGTGACCCCTGACGAGGTGTTTTTTAGTGCA 2085
Query 2090 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2149
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2086 TTGATTGATGTTGCAGGACATGCAAAAATGTTAGACGAGGCTTTTGGCATTCTTCAGGAT 2145
Query 2150 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTGTATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2209
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 GCAAAATCTCAAGGGATACGTCTTGGAACTATATCATATAGCTCACTGATGGGAGCTTGT 2205
Query 2210 TGTAACGCGAAGGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTTAATCAAA 2269
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2206 TGTAACGCGAAAGATTGGAAGAAAGCACTGGAGCTCTATGAAAAAATCAAGTCAATCAAA 2265
Query 2270 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 CTTAGACCAACAATTTCAACAATGAATGCCCTTATAACTGCTTTGTGTGAAGGTAATCAA 2325
Query 2330 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTCGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2389
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2326 CTGCCCAAGGCTATGGAATATCTTGATGAGATAAAGACTTTAGGGTTAAAACCAAATACT 2385
Query 2390 ATTACTTACTCAATGCTCATGCTGGCAAGTGAAAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAG-TTT 2448
|| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2386 ATCACTTACTCTATGCTCATGCTGGCAAGTGAGAGAAAGGATGACTTTGAGGTAAGCTTT 2445
Query 2449 CAAGCTTCTTTCTCAAGCAAAAGAAGATGGAATATCACCAAACTTCATCATGTGCAGATG 2508
||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2446 -AAGCTCCTTTCTCAAGCAAAAGGAGATGGAGTATCACCAAACTTGATCATGTGCAGATG 2504
Query 2509 CATAACCAGCCTGTGTAAGCGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2568
|||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 CATAACCAGCCTATGCAAACGAAGGTTTGAGAAAGCTTGCGCTGGTGGTGAACCTGTTGT 2564
Query 2569 GTCCTTCAAATCAGGGCGACCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCCTTGATGGT 2628
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2565 GTCCTTCAAATCAGGGCGCCCTCAAATTGAAAATAAATGGACATCAATGGCTTTGATGGT 2624
Query 2629 TTACCGTGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2688
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 TTACCGCGAGACAATTTCAGGTGGAACGGTTCCTACTACAGAAGTAGTTTCACAAGTTTT 2684
Query 2689 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATATCGACTTTAGG 2748
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2685 GGGGTGCTTGCAACTTCCACATGATGCTGCTTTGCGGGATAGGCTGATTTCGACTTTAGG 2744
Query 2749 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 CATAAACATTTCTTCACAAAAACAACATAACATATTCCCACTAGTCGATGGATTTGGAGA 2804
Query 2809 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTACTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2868
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 GTATGATCCTCGTGCATTTTCACTGCTTGAGGAGGCTACTTCTCTTGGAGTTCTTCCTTC 2864
Query 2869 TGTGTCCTTTAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACAACAGAATTGCCGAAAAACGTAGC 2928
|||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2865 TGTGTCATTCAATAAAATTCCACTATTTTTTGACACGACAGAATTGCCGAAAAACGTTGC 2924
Query 2929 TGAGGTTTACCTCTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCAGCTGGTGCGAA 2988
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2925 TGAGGTTTACCTGTTAACCATCTTTAAAGGTCTTAAGCATCGCCTTGCTGCTGGTGCGAA 2984
Query 2989 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATGGAAGAGAAGGAAATTAGGAGTTCTGAAGG 3048
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2985 GATACCTCACATTAATTTGATCATTTCCATTCAAGAGAAGGAAATTAGGACTCCTGAAGG 3044
Query 3049 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 AGAGAAGACAATTGACCTTACAGGAAGGGTCGGACAGGAAATTGGTGCATTGTTGAGAAG 3104
Query 3109 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3168
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105 GTTAGATATACCATATCATAGAAAGGATTCAAGATTAAGAATCAATGGTGTTTCTTTGAA 3164
Query 3169 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTGGATTCGCCTTTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3228
||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 GAACTGGTTTCAACCAAAGCTCGATTCGCCATTCTCTGGTGGGAAACCAGGGGATTTAAG 3224
Query 3229 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 ATCATCGCAAGTACCATTAGGAAACCAAATCAGTCGTCAGCAACGCAGCATTCGACTAGG 3284
Query 3289 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3285 GAACCTGTCACTTGAGTGAGAAACTGAGAAGGCGTC 3320
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 165550911900
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5