BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944481
Length=2578
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G34260.1 | Symbols: FUC95A | 1,2-alpha-L-fucosidases | chr4:... 4194 0.0
> AT4G34260.1 | Symbols: FUC95A | 1,2-alpha-L-fucosidases | chr4:16398028-16401810
FORWARD LENGTH=2853
Length=2853
Score = 4194 bits (2271), Expect = 0.0
Identities = 2461/2554 (96%), Gaps = 7/2554 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 CAATGGCGGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCAGCTTTCTTCTGCTTCTTCTAAGTA 81
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 101 CAATGGCGGAGAAGTCGAGCTTCTTCGTTCATTTCAGCTGTCTTCTGCTTCTTCTAACTA 160
Query 82 TCATAACAACATGTGTCGATGGAGTGAGGGATCCGGTGAGG-C--GTTCATCGGAGAGGA 138
|||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||| |
Sbjct 161 TCATAATAACATGTGGAGAGGGAGTGAGGAATCCGGTGAGGCCAAGATCATCGGAGAGAA 220
Query 139 GAGCATTGATGGACGGCCAAGATCTCTCGAGGCCATTGAAGCTGACATTTGGTGGGCCTT 198
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 221 GAGCATTGATGGACGGCCAAGATCTCTCGAGGCCATTGAAGCTGACATTTGGTGGGCCTT 280
Query 199 CTCGGAATTGGACTGACGCTATTCCCATCGGAAATGGCCGTCTCGGAGCCACGATCTGGG 258
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 281 CTCGTAATTGGACTGACGCTATTCCCATCGGTAATGGCCGTCTCGGAGCCACGATCTGGG 340
Query 259 GCGGCGTCTCCTCTGAGACTCTCAACATCAATGAGGACACAATTTGGACTGGAGTACCAG 318
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 GCGGCGTCTCCTCTGAGATTCTCAACATCAATGAGGACACAATTTGGACTGGAGTACCAG 400
Query 319 CAGACTACACAAACCCGAATGCCCCGGAAGCATTAGCACAAGTAAGGAGGCTTGTTGATG 378
|||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 401 CAGACTACACGAACCAGAAGGCCCCTGAAGCATTAGCAGAAGTGAGGAGGCTTGTTGATG 460
Query 379 AGAA-AAATTATGCTGAAGCTACTTCAGAAGCTGTCAAATTATCAGGCCAACCTTCTGAT 437
| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 461 A-AAGAAACTATGCTGAAGCTACTTCAGAAGCTGTCAAATTATCAGGCCAGCCTTCTGAT 519
Query 438 GTTTACCAGCTAGTGGGAGATTTGAATTTAGAGTTTGACAGTTCACATCGTAAGTACACT 497
||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 520 GTTTACCAGATTGTGGGAGATTTGAATTTAGAGTTTGACAGTTCGCATCGGAAGTACACT 579
Query 498 CAAGCCTCTTATCGCCGTGAACTCGACTTGGAAACTGCAGTAGCTAAAGTAAGCTACTCA 557
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 580 CAAGCCTCTTATCGCCGTGAACTCGACTTGGAAACTGCTGTAGCTAAAGTAAGTTACTCG 639
Query 558 GTTGGGGCTGTGGACTTCTCAAGGGAGTTTTTCGCTTCTAATCCGGATCAAGTTATTGTA 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 640 GTTGGGGCTGTGGACTTCTCAAGGGAGTTTTTCGCTTCTAATCCGGATCAAGTAATAATA 699
Query 618 GCCAAGATCTATGCAAGCAAACCGGGATC-TCTGTCTTTTAAGGTGTCTTTTGACAGCGA 676
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 700 GCCAAGATCTATGCAAGCAAACCGGGATCAT-TGTCTTTTAAGGTGTCTTTTGACAGCGA 758
Query 677 GTTGCACCATCATTCAGAGACAAATCCCAAGGCTAATCAGATTTTGATGCGGGGAAGCTG 736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 759 GTTGCACCATCATTCAGAGACAAATCCCAAGGCTAATCAGATTTTGATGCGGGGAAGTTG 818
Query 737 TCGCCCCAAGCGACTTCCTGTGAACTTAAAGAAAAGTATCAACGCGACAAATATACCGTA 796
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 819 TCGCCCCAAGCGACTTCCTGTGAACTTGAAGAAAAGTATCAACGCGACAAATATACCGTA 878
Query 797 TGATGACCACAAAGGATTGCAGTTTGCTTCGATTCTTGAAGTGAGAGTCAGTAATGGTGG 856
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 879 TGATGATCACAAAGGATTGCAGTTTGCTTCGATTCTTGAAGTGAGAGTCAGCAACGGTGG 938
Query 857 CTCTGTGTCTTCCTTAGGTGGCAAGAAACTAAGTGTTGAAAAAGCAGACTGGGCGGTTCT 916
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 939 CTCTGTGTCTTCCTTAGGTGGCAAGAAACTAAGTGTTGAAAAGGCAGACTGGGCGGTTCT 998
Query 917 GCTTCTGGCGGCTTCATCTAACTTTGACGGGCCATTTACTATGCCCGTTGATTCTAAGAG 976
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 999 GCTTCTGGCGGCTTCATCTAACTTTGATGGGCCATTTACTATGCCTGTTGATTCTAAGAT 1058
Query 977 AGACCCTGCAAAGGAATGTGCTAACAGAATCAGCTCAGTCCAGAAATACTCGTACTCTGA 1036
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1059 AGACCCTGCAAAGGAATGCGTTAACAGAATCAGCTCAGTCCAGAAATACTCGTACTCTGA 1118
Query 1037 TCTTTATGCTCGTCATTTGGGTGACTATCAGAAACTTTTCAATCGGGTCTCTTTGCAACT 1096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||
Sbjct 1119 TCTTTATGCTCGTCATTTGGGTGACTATCAGAAACTTTTCAACCGGGTCTCTTTACACCT 1178
Query 1097 TTCCGGTAGCTCAGGAAATAAAACTGTGCAACAAGCTGCTTCAACTGCTGAAAGGGTGCG 1156
||| || |||||| |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 TTCTGGAAGCTCAACAAATGAAACTGTGCAACAGGCAACTTCAACTGCTGAAAGGGTGCG 1238
Query 1157 ATCATTTAAAACCAATGAAGACCCTGCATTGGTGGAACTTCTATTCCAATATGGTCGATA 1216
||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1239 ATCATTTAAAACCGATCAAGACCCTTCATTGGTGGAACTTCTATTCCAATATGGTCGATA 1298
Query 1217 CCTGCTAATATCTTCCTCAAGACCCGGAACTCAGGTGGCTAACTTGCAGGGCATATGGAA 1276
|||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1299 CCTGCTTATATCTTCTTCAAGACCCGGGACTCAGGTGGCTAACTTGCAGGGTATATGGAA 1358
Query 1277 CAGGGACATTCAGCCACCATGGGATGGTGCTCCTCACCTGAACATTAATCTCCAGATGAA 1336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1359 CAGGGACATTCAGCCACCATGGGATGGTGCTCCTCACCTGAACATTAATCTGCAGATGAA 1418
Query 1337 CTATTGGCATTCTCTTCCTGGTAATATCCGGGAATGCCAGGAACCGTTGTTCGATTATAT 1396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1419 CTATTGGCATTCTCTTCCTGGTAATATCCGGGAATGTCAGGAACCATTGTTTGATTATAT 1478
Query 1397 GTCTGCTTTAGCAATTAATGGCCGCAAGACAGCACAAGTGAACTACGGAGCAAGTGGTTG 1456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 GTCTGCTTTAGCAATTAATGGCCGCAAGACAGCACAAGTGAACTACGGAGCAAGTGGTTG 1538
Query 1457 GGTGGCACATCAAGTATCAGACATATGGGCAAAAACTTCACCAGATAGAGGTGAGGCAGT 1516
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 GGTGGCACATCAAGTATCAGACATATGGGCAAAAACTTCACCAGATAGAGGTGAGGCAGT 1598
Query 1517 GTGGGCACTCTGGCCCATGGGTGGAGCTTGGCTCTGCACTCATGCATGGGAGCATTATAC 1576
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1599 GTGGGCACTCTGGCCCATGGGTGGAGCTTGGCTCTGCACTCATGCATGGGAGCATTATAC 1658
Query 1577 ATACACAATGGACAAGGAATTTCTTAAAAAGAAGGGATATCCATTGTTGGAAGGATGTAC 1636
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 ATACACAATGGACAAGGAATTTCTTAAAAAGAAAGGATATCCATTGTTGGAAGGATGTAC 1718
Query 1637 ATCGTTTCTTTTGGACTGGCTGATCAAAGATAAAGACGGATTTCTCCAGACCAATCCATC 1696
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 GTCGTTTCTTTTGGACTGGCTGATCAAAGGTAAAGATGGATTTCTCCAGACCAATCCATC 1778
Query 1697 GACTTCCCCTGAGCATATGTTTACTGCTCCCAATGGCAAACCTGCTAGTGTTAGCTACTC 1756
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 GACTTCCCCTGAGCATATGTTTACTGCTCCCATTGGCAAACCTGCTAGTGTTAGCTACTC 1838
Query 1757 ATCAACCATGGACATTGCCATTATAAAGGAAGTCTTTGCTGATATCGTTACCGCTTCAGA 1816
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1839 ATCAACCATGGACATTGCCATTATAAAGGAAGTCTTCGCTGATATCGTTTCAGCTTCAGA 1898
Query 1817 GATTTTGGGAAAAACAAATGATACTCTTCTTGGAAAAGTCATTGCTGCTCAAGCAAAACT 1876
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 GATTTTGGGAAAAACAAATGATACTCTTATTGGAAAAGTCATTGCTGCTCAAGCAAAACT 1958
Query 1877 TCCACCCACTAGAATATCAAAGGACGGTTCCATTATGGAATGGGCAGAAGACTTTGAGGA 1936
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 TCCACCCACTAGAATATCAAAGGACGGTTCCATTAGGGAATGGGCAGAAGACTTTGAGGA 2018
Query 1937 CCCAGAGGTACATCATAGACATGTTTCACATCTCTTTGGCCTCTTCCCGGGTCACACAAT 1996
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2019 CCCAGAGGTACATCATAGACATGTTTCACATCTCTTTGGCCTCTTCCCGGGTCACACAAT 2078
Query 1997 CACTGTTGAGAAGTCTCCAGAACTTGCTAAAGCTGTGGAAGCAACCCTTaaaaaaaGAGG 2056
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2079 CACTGTTGAGAAGTCTCCAGAACTTGCTAAAGCTGTGGAAGCAACTCTTAAAAAAAGAGG 2138
Query 2057 AGAGGAAGGACCAGGATGGTCAACCACCTGGAAAGCCGCCTTGTGGGCAAGGCTTCACAA 2116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 AGAGGAAGGACCAGGATGGTCAACCACCTGGAAAGCCGCCTTGTGGGCAAGGCTTCACAA 2198
Query 2117 TAGCGAGCACGCATATCGGATGGTTACACATATTTTTGATCTTGTGGATCCATTGAACGA 2176
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2199 TAGCGAGCACGCATATCGGATGGTTACACATATTTTTGATCTTGTGGATCCGTTGAACGA 2258
Query 2177 ACGTAACTATGAAGGAGGACTGTATAGTAACATGTTCACTGCACACCCGCCATTCCAGAT 2236
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2259 ACGTAACTATGAAGGAGGACTGTATAGTAACATGTTCACTGCACACCCGCCATTCCAGAT 2318
Query 2237 CGATGCTAATTTTGGATTCGCAGCAGCAGTAGCAGAAATGTTAGTGCAGAGCACGACGAA 2296
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2319 CGATGCTAATTTTGGATTCGCAGCAGCGGTAGCAGAAATGTTAGTGCAGAGCACTACGAA 2378
Query 2297 GGATCTGCATTTGCTCCCGGCACTTCCAGCAGATAAATGGCCTAACGGCATTGTGAAAGG 2356
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2379 GGATCTATATTTGCTCCCGGCACTTCCAGCAGATAAATGGCCTAACGGCATTGTGAATGG 2438
Query 2357 GCTAAGGGCAAGGGGAGGTGTGACGGTTAGTATAAAGTGGATGGAAGGGAACCTTGTGGA 2416
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2439 GCTAAGGGCAAGGGGCGGTGTGACGGTTAGTATAAAGTGGATGGAAGGGAACCTTGTGGA 2498
Query 2417 GTTTGGTCTTTGGTCGGAACAGATTGTTTCCACCAGAATAATATACAGAGGAATCTCTGC 2476
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2499 GTTTGGTCTTTGGTCGGAACAGATTGTTTCCACCAGAATAGTGTACAGAGGAATCTCTGC 2558
Query 2477 GGCTGCCGAATTGTTGCCAGGGAAAGTCTTTACTTTTGACAAGGATTTGAGATGCATTCG 2536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2559 GGCTGCCGAATTGTTGCCAGGGAAAGTCTTTACTTTTGACAAGGATTTGAGATGCATTCG 2618
Query 2537 GACCGAGAAGTTATAGAAGTAAGAGACGAAATCT 2570
|||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2619 GACCGACAAGTTATAGAAGTAAGAGACTCAATCT 2652
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127975871593
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5