BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944563
Length=2083
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33630.1 | Symbols: EX1 | Protein of unknown function (DUF35... 3354 0.0
> AT4G33630.1 | Symbols: EX1 | Protein of unknown function (DUF3506)
| chr4:16155503-16159578 FORWARD LENGTH=2516
Length=2516
Score = 3354 bits (1816), Expect = 0.0
Identities = 2005/2092 (96%), Gaps = 29/2092 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 10 TCTCTCCGGCGATGCCTTCCTTATCCACGCCGCCCTCCCAAAATCTCGCCTTCTCCCCCG 69
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 47 TCTCTCCGGCGATGCCTTCCTTATCCACCCCGCCGTCCCAAAATCTCGCCTTCTCCCCTG 106
Query 70 CAGCCTCTGCCACGTCATCCAGACTCACT--C-CCTCCAAAAGACCTTTTTACCCTCATC 126
| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 107 CCGCTTCTGCCACGTCATCCAGACTCACTCCCTCCTCCAAAAGATCTTTTTACCCTCATC 166
Query 127 GTCTCCCCGATCCCACCGCTCTCTGCCGCTGCTCCTCCTCCTCCTCCGGCAGCAATTCGT 186
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 167 GTCTCCCCGATCCCACCGCTCTCTGTCGCTG---CTCCTCCTCCTCCGGCAGCAATTCTT 223
Query 187 CTTCTTCCTCGTCCTCCGATGATAACCCTAGATGGGACTCCGCGATTCAGGATGTCCTCA 246
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 224 CCTCTTCCTCTTCCTCCGATGATAACCCTAGATGGGACTCTGCGATTCAGGATGTTCTCA 283
Query 247 AGGGCGCCATCAAAAGCTTCGATTCTGTCTTGAGCTGGTACACGACGACTCTGGATAAC- 305
|| ||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||| | ||||||||||||
Sbjct 284 AGAGCGCCATCAAACGCTTCGATTCGGTTTTGAGCTGGT--ACG-CTACTCTGGATAACG 340
Query 306 --GA---T--GC-TGGA---GAGAATGTCGAGAAGATTGATGATGATTGGGATTGGGACC 354
|| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 341 ATGATGGTGAGCAAGGATCGGAGAATGTCGAGAAGATTGATGATGATTGGGATTGGGACC 400
Query 355 GATGGAAGAAGCATTTCGAACAAGTTGATGACCAAGACCGTCTTCTCTCCGTCTTAAAGT 414
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 401 GTTGGAAGAAGCATTTCGATCAAGTTGATGACCAAGACCGTCTTCTCTCCGTCTTAAAGT 460
Query 415 CGCAATTGAATCGAGCCATTAAACGAGAAGACTATGAAGATGCTGCGAGGCTTAAGGTGG 474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 461 CGCAATTGAATCGAGCCATTAAACGAGAAGACTATGAAGATGCTGCGAGGCTAAAGGTGG 520
Query 475 CAATTGCAGCTACTGCTACTAATGATGCTGTTGGCAAAGTCATGTCCACTTTTTATAGAG 534
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 CAATTGCAGCTACTGCTACTAATGATGCTGTTGGCAAAGTCATGTCCACTTTTTATAGAG 580
Query 535 CTGTTCTAGAAGAGCGTTACAAGGATGCGGTATACTTGCGAGACAAAGCTGGTGCTGGGT 594
|| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 CTCTTCTAGAAGAGCGTTACAAGGATGCAGTATACTTGCGAGACAAAGCTGGTGCTGGGT 640
Query 595 TGGTAGGGTGGTGGTCTGGTATTTCGGAAGATGTCAAAGATCCTTTTGGTCTTATTGTTC 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 641 TGGTAGGGTGGTGGTCTGGTATTTCGGAAGATGTCAAAGATCCGTTTGGTCTTATTGTTC 700
Query 655 AAATTACTGCAGAGCATGGAAGATATGTGGCAAGAAGTTATAATCCTCGGCAACTTAGTA 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 701 AAATTACTGCAGAGCATGGAAGATATGTGGCAAGAAGTTATAATCCTCGGCAACTTAGTA 760
Query 715 CATCTGCTGCTGGTGCTCCTCTTTTTGAAATCTTTCTGACACTTGATGGAAAAGGGAACT 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 761 CATCTGCTGCTGGTGCTCCTCTTTTTGAAATCTTTCTGACACTTGATGGGAAAGGGAACT 820
Query 775 ACAAAAAGCAGGCTGTGTACTTAAAATGGAAGGAGATTTTCCCAGACGTACCTACTATGC 834
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 821 ACAAAAAGCAGGCTGTGTACTTAAAATGGAAGGAGATTTTTCCAGACGTACCAACTATGC 880
Query 835 CCTCCAGAACTTTGACTTCTGGTAGGTTTTTGACTTCACCTGGAAGGAAGGAAGATACGG 894
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 881 CCTCCAGAACTTTGACTCCTGGTAGGTTTTTGACTTCACCTGGAAGGAAGGAAGATACTG 940
Query 895 GTAATCTTACTGTTGAGAGTAGTGAAGATGAAGAGAGCGATAACTCAGATGATGATTCTG 954
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 GTAATCTTGCAGTTGAGAGTAGTGAAGATGAAGAGAGTGATAACTCAGATGATGATTCTG 1000
Query 955 ATCTTCTTGAGGAATCTTCTGGTTTCCAGAGTTTCCTGCGAGATATGATTCCTGGGGTCA 1014
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1001 ATCTCCTTGAGGAATCTTCTGGTTTCCAGAGTTTCCTGCGAGATATGATTCCCGGGGTCA 1060
Query 1015 AGGTCAAGGTTATGAAAGTAACTGCGCCTGGAAGGGTGGACAAGGATTTCATCTCAAAAG 1074
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1061 AGGTTAAGGTTATGAAAGTAACTGCGCCTGGAAGGGTGGATAAGGATTTCATCTCAAAAG 1120
Query 1075 TTATTGAGCAGATAGCTGATGAAGAAGACGAAGAGAACGATCTTGATATAGAAGATATAG 1134
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 TTATTGAGCAGATAGCTGATGAAGAAGATGAAGAGAACGATCTTGATATAGAAGATATAG 1180
Query 1135 ATGTGGAAGATGAAACTAAGGCTGAAATCGATGaaaaaaaTGCTGACATTGAATTGGAAT 1194
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 ATGTGGAAGATGACACTAAGGCTGAAATCGATGAAAAAAATGCTGACATTGAATTGGAAT 1240
Query 1195 CTGTGACGGATGAAATCATTGACAACAACGGAGGAAGAGAAATCGCAGTGAAATTTGTGA 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 CTGTGACGGATGAAATCATTGACAACAACGGAGGAAGGGAAATCGCAGTGAAATTTGTGA 1300
Query 1255 TAGGCGATATTGTTGATCGGCTTTCTGGAAACCAACCTATTAAAGAGTCACTTCGATCCC 1314
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 TAGGCGATATTGTTGATCGACTTTCTGGAAACCAACCTCTTAAAGAGTCACTTCGATCCC 1360
Query 1315 CTGCCAACCTGGAATCTGTGGAGAATTCTTCGTTTTATCTTCGGTTAGAGAAAGATTTAA 1374
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 CTGCCAATCTGGAATCTGTGGAGAATTCTTCGTTTTATCTTCGGTTAGAGAAAGATTTAA 1420
Query 1375 ACGTAAAAGAGTCTAAGGGTGTAGAAGG---TACACTAGTTGATGGAAAAGGTAGCCGCC 1431
|||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1421 ACGTTAAAGAGTCTAAGGGTGTAGAAGGTACTACACTAGTTGATGGGAAAGGTAGCCGCC 1480
Query 1432 AAAGTAGACGCAGGATTGATAACATTATGGTTGATTTGGCCAAATCAATTGAGAAAGAGA 1491
| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AGAGTAGACGTAGGATTGAAAACATTATGGGTGATTTGGCCAAATCAATTGAGAAAGAGA 1540
Query 1492 AGAAGATTTCTGTCAAGATGCTTAAGGATGTTGGGGAGCTATTAAGCCTCACTCTCAGCC 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1541 AGAAGATTTCTGTCAAGATGCTTAAGGATGTTGGGGAGCTATTAAGCCTCACTCTCAGCC 1600
Query 1552 AGGCTCAAAACCGTCAACAGTTGTCGGGTTTGACGAAATTTCGTCGCATTGATGTGACAC 1611
|||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 AGGCTCAAAACCGTCAACAGCTGTCGGGTTTGACAAAATTTCGTCGCATTGATGTGACAC 1660
Query 1612 CATCGCTAGATCCCCTAGACGGACTTTATATTGGCGCACATGGGCTGTATACATCAGAAG 1671
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1661 CATCACTAGATCCCCTAGACGGACTTTATATTGGCGCACATGGGCTATATACATCAGAAG 1720
Query 1672 TAATCCATTTAAAACGCAAATTTGGCCAGTGGAAAGGTGGAAAGGAGTCTAAGAAGCCAA 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 TAATCCATTTAAAACGCAAATTTGGCCAGTGGAAAGGTGGAAAGGAGTCTAAGAAGCCAA 1780
Query 1732 CAGATATTGAATTTTATGAATATGTTGAAGCTGTGAAATTAACTGGAGATCCTTATGTGC 1791
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1781 CAGATATCGAATTTTATGAATATGTTGAAGCTGTGAAATTAACTGGAGATCCGTATGTGC 1840
Query 1792 CTGCTGGGAAGGTTGCATTTCGGGCAAAGATTGGTAGACGTTATGAGCTCCCACATAAAG 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1841 CTGCTGGGAAGGTTGCATTTCGGGCAAAGATTGGTAGACGTTATGAGCTCCCACATAAAG 1900
Query 1852 GACTCATCCCCGAAGAATTTGGAGTGATTGCCAGATATAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTG 1911
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 GACTCATCCCCGAAGAATTTGGAGTGATTGCCAGATATAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTG 1960
Query 1912 ATCCTGGATTTCGTAATCCGAGATGGGTAGATGGCGAGCTTGTTATCCTCGATGGCAAGT 1971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1961 ATCCTGGATTTCGTAATCCGAGATGGGTAGATGGCGAGCTTGTTATCCTCGATGGCAAGT 2020
Query 1972 ATGTAAAAGGAGGACCAGTCGTTGGATTCGTGTATTGGGCACCTGAATATCACTTTGTGA 2031
|||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021 ATGTAAAAGGAGGACCTGTAGTTGGATTCGTCTATTGGGCACCTGAATATCACTTTGTGA 2080
Query 2032 TGTTCTTCAACCGCCTGAGGCTTCAAGACTAGTTTTCTTGTATTCTGCTCTA 2083
||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 2081 TGTTCTTCAACCGCCTGAGGCTTCAAGCCTAGTT-----GTATTCTGCTCTA 2127
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103262521065
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5