BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944576
Length=3041
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT2G47980.1 | Symbols: SCC3, ATSCC3 | sister-chromatid cohesion... 4621 0.0
> AT2G47980.1 | Symbols: SCC3, ATSCC3 | sister-chromatid cohesion
protein 3 | chr2:19631259-19636978 FORWARD LENGTH=3644
Length=3644
Score = 4621 bits (2502), Expect = 0.0
Identities = 2763/2891 (96%), Gaps = 9/2891 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 CGATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCATCCTCCTCCTCAACA 160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 308 CGATTTCCAGGAAACCCGTCCCAAGCCCAAGCGTAGTCGCACCCA---TCCTCCTCAACA 364
Query 161 GAATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTG 220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 GAATCTCATTGAGGTTGTCAAAGGCAACGGGGATCTTATTTCTAAAGCCGTCAAGATTTG 424
Query 221 GGTTGAAAGATATGAACACTCTCCCAGACTTGCCACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTT 280
|||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 GGTTGAAAGATATGAAGACTCTCCCAGCCTTGCTACCACTGAGCTCTTGTCAATGCTCTT 484
Query 281 TCAGGCTTGCGGTGCTAAACACTCCATCAAGGAAGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCCA 340
||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 485 TCAGGCTTGCGGTGCTAAATACTCCATCAAGGATGATCTGCTTGATGAGACTGATGTCGA 544
Query 341 TGATGTTGTCATTGCCTTTGTTAATAGTGATGA-AGCCGGGGAAGTTGAAGATTATCAGA 399
|||||||||| || || |||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 545 TGATGTTGTCGTTTCCCTTGTTAATCTTGCT-AGAGCCGGGGAACTCGAAGATTATCAGA 603
Query 400 GTTGGAGAAACAAGGCTCTCAACAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCTTTCTGGAATTATC 459
||| ||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 604 GTTCCAGAAAGAAGGAACTCAAGAACTTCAAAGAAAATCTTGTTTCCTTCTGGAATAATC 663
Query 460 TGATTATCGAGTGCCAACACGGGCCATTGTTTGATCA-ACTCTTGTTCGACAAGTGCATG 518
| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||
Sbjct 664 TCATTATCGAGTGCCAAAACGGACCATTGTTTGAT-AGAGTCTTGTTCGACAAGTGCATG 722
Query 519 GACTACATAATCGCACTGTCATGTACTCGACCTAGATTTTACCGTCAAACTGCCACGCTA 578
|||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 GACTACATTATCGCACTGTCATGTACTCCACCCAGAGTTTACCGTCAAACTGCCACGCTA 782
Query 579 ATGGGCCTCCAACTAGTTACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACGCACTCGGTTCACAGCGA 638
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 783 ATGGGCCTCCAACTAGTCACATCTTTCATTTCTGTTGCAAACACACTCGGTTCACAGCGA 842
Query 639 CAAACCACCCAAAGACAATTGAATGCTCAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGGCCTCGTGTG 698
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 843 GAAACCACCCAAAGACAATTGAATGCTGAAAGCAAGAAGAGAGCTGACGGCCCTCGTGTG 902
Query 699 GACTCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGGCATG 758
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 903 GACTCCCTCAACAAAAGGTTGTCTGTTACTCATGAACAGATAACTACACTGGAGGACATG 962
Query 759 ATGCGAAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATT 818
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATGCGCAAAATTTTCACTGGGTTGTTTGTACACCGATATCGAGATATTGATAACGATATT 1022
Query 819 CGGATGTCATGCATTCAGTCTCTCGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTA 878
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 CGGATGTCATGCATTCAGTCTCTGGGCATTTGGATTTTGTCTTATCCTTCTCTTTTCTTA 1082
Query 879 CAAGATCTGTACTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAACGCTGGAGTGAGG 938
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1083 CAAGATCTGTATTTAAAATATCTTGGATGGACGCTTAATGACAAAAATGCTGGAGTGAGG 1142
Query 939 AAAGCTTCTCTATTGGCATTGCGAAGACTTTATGAAACGGATGAAAACGTCCCCACGCTT 998
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 1143 AAAGCTTCTCTATTGGCATTGCAAAAACTTTATGAAATGGATGAAAACGTCCCCACTCTT 1202
Query 999 GGTCTATTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCAAGATGGGTGTTGATGTTGATATG 1058
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 1203 GGTCTTTTCACTCAGAGATTTTCCAATCGAATGATCGAGATGGCTGATGATGTTGATATG 1262
Query 1059 TCTGCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACAACAGCTGATACCT 1118
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1263 TCTGCAGCTGTATGTGCTATAGGGCTTGTAAAGCAACTGCTAAGACACCAGCTGATACCT 1322
Query 1119 GATGATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGT 1178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GATGATGACCTAGGCCCTTTGTACGATTTGCTTATTGATCAACCTCAAGAAATCAGACGT 1382
Query 1179 GCGATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCACACAGAAGTTTAACACTTCTCCGTCC 1238
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1383 GCGATAGGAGAGTTAGTGTATGACCACTTGATCGCACAGAAGTTTAACAGTTCTCCGTCC 1442
Query 1239 AGTCTTACAGGTCCTGGTGATTTTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATA 1298
||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AGTCTTACAGGTCATGATGATTCTTCCTCTGAGATCCATATCTTCAGAATGTTACAAATA 1502
Query 1299 TTACGGGAGTTCTCCACAGATACGATTATAAGTGTTTATGTAATTGATGGTGTTTGGGAG 1358
||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1503 TTACGGGAGTTCTCCACAGATCCGATTTTATGTGTATATGTAATTGATGATGTTTGGGAG 1562
Query 1359 TACATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCT 1418
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 TACATGAAGGCCATGAAGGACTGGAAGTGTATCATCTCTATGCTTTTGGATCAGAATCCT 1622
Query 1419 CAAACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGATTGTGTCA 1478
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1623 CGAACTGGGTCTACTACTGACGAGGACTCGACAAACTTGATCAGACTTCTGTTTGTGTCA 1682
Query 1479 ATCAGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGACAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCAC 1538
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 ATCAGAAAGGCTGTCGGGGAGAAGATAATTCCTTCAACGGATAATCGAAAGCAGTATCAC 1742
Query 1539 ACTAAAGCTCAGCGAGAAATGTTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACGGCGGCCATGATG 1598
| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1743 AGTAAAGCTCAGCGAGAAATATTTGAAAACAACAGGAAAGACATAACTGTGGCCATGATG 1802
Query 1599 AAGAATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCGTCTTTG 1658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1803 AAGAATTATCCACAGCTTCTACGTAAATTCATGGCTGACAAAGCAAAAGTGTCATCTTTG 1862
Query 1659 GTTGAGATTATTATGTTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGT 1718
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1863 GTCGAGATTATTATATTTATGAAACTTGAGCTCTATTCTCTTAAAAGACAGGAGCAGAGT 1922
Query 1719 TTTAAGGCTGCCGTCCGACTCATAATTGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAAAAAGAAGCA 1778
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1923 TTTAAAGCTGCCGTCCGACTCATAAAGGATGCTTTTTTCAAACACGGGGAGAAGGAAGCA 1982
Query 1779 CTAAGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAA 1838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 CTAAGATCTTGCGTCAAGGCTATAACATTTTGTGCGTCAGAAAGTAAAGGGGAGCTTCAA 2042
Query 1839 GATTTTTCCCGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGCTCACTTGT 1898
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
Sbjct 2043 GATTTTTCACGTGGGAAGCTTAAAGATCTTGAAGATGAGCTTTTAGATAAGATCACTTCT 2102
Query 1899 GCAATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTTGTAAATCTGAAAAGG 1958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2103 GCAATTAGAGAAGTCAAGGATGGAAATGATGAATACTCCCTCCTAGTAAATCTGAAAAGG 2162
Query 1959 TTGCATGAGCTTCAATTGTTAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCCATGGGATTGCT 2018
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 2163 TTGTATGAGCTTCAATTGTCAAAGCCTGTGCTTGTTGAGAGCATGTTCGATGAGATTGCT 2222
Query 2019 TTGACGCTCCGCAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTATGAAT 2078
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2223 TTGACGCTCCATAATTTCAGAAATTTGGACGAAGAGGTTATCTGTTTCCTGCTTCTGAAT 2282
Query 2079 ATGTACATGTATTTGGCGTGGTCTCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCCGAA 2138
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2283 ATGCACATGTATTTGGCGTGGTATCTGCACTCCATCATAAATTGTGAAGCTATCTCTGAA 2342
Query 2139 GCTTCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACTCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTC 2198
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 GCTTCCTTATCTTCCCTTATATCAAAGCGTGATACCCTGTTTGAGGAGCTTTCGTACTTC 2402
Query 2199 CTGAATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGCTCAGGATCTGTGCT 2258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2403 CTGAATGGAATTGAGGAATCGAAGAAATATGGTAATCAGCTATCGAACAGGATCTGTGCT 2462
Query 2259 ATACTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGAGTAAACTTGAA 2318
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2463 ATACTCGCCGAAACATGGTGTTTGTTTAGAAAGTCAAATTATGACTCGGGTAAACTTGAA 2522
Query 2319 AGATTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGATACTCTGTGCAGAA 2378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2523 AGATTAGGATACTGTCCCGACAGTGTCTTTCTTGAGAAATTTTGGAAACTCTGTGCAGAA 2582
Query 2379 ACT-TTTAGCACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATATGGAATACGTTGAAGA 2437
| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 2583 A-TGTTTAACACTTCAGATGAGACCGATGAGGAGGATGAAAATAAGGAATACATTGAAGA 2641
Query 2438 GACAAACAGAGATGTTGCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTAGTGCC 2497
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2642 GACAAACAGAGATGTTTCAGTCATTGCTGCCTGCAAGTTGGTTGCTAGTGATGTGGTTCC 2701
Query 2498 AAAGGATTATCTAGGACCAGAGATAATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAAC 2557
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2702 AAAGGATTATCTAGGACCAGAGATCATATCGCATCTTGGTATGCATGGACCTGGTGTAAC 2761
Query 2558 AGGCATCATAAAGAATCTTATTACATGCTTAAGCAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATAT 2617
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2762 AGGCATCATAAAGAATCTTATTACATTCTTAAGGAAAAAAGAAGATGACATCTCTAATAT 2821
Query 2618 CTATCTGGAATCCTTGAAAAGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGCCG 2677
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2822 CTATCTCGAATCCTTGAAACGGGCCTATCACCGGTATTCAAGTGAACTTTCTAGTGGCCG 2881
Query 2678 TGAAGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTCAAGTGTGTCGGGAGCTTGCATGTGGGCTCTC 2737
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2882 TGAAGAATCCAGAGTAGATAAATGTCTTGAAGAGTGGCGGGAGCTTGCAGGTGGGCTCTC 2941
Query 2738 AGAAATGTATATAGGGGCTGCTTGCAACAAGTACAGATTGGAGATTTTTAGTGTGGTCAA 2797
|| ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 2942 AGGAATGTATATCGGGGCTGCGCGCAACAAATACAGATTGGAGATATTGAGTGTGGTGAA 3001
Query 2798 GGAAGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGC 2857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002 GGAAGGTGTTGAGTTTGCTTTTAGGGACGCCCCAAAGCAACTGTTGTTTCTGGAAGTTGC 3061
Query 2858 TATCCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGCCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGT 2917
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 TATCCTTCCATTTGCAACCAGACTCTCAGTGTCTGACATCATTGACATTAAGAAGGACGT 3121
Query 2918 TCAAGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGCGGATGGCGTCCTTGCTT 2977
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3122 TCAGGGGCGTATAGTGCATGTTAATACAGACGAAGATCCCAGTGGATGGCGTCCTTGCTT 3181
Query 2978 CACCTTCTTGG 2988
|||||||||||
Sbjct 3182 CACCTTCTTGG 3192
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151203166202
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5