BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944578
Length=2610
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G33530.1 | Symbols: KUP5 | K+ uptake permease 5 | chr4:16126... 4338 0.0
> AT4G33530.1 | Symbols: KUP5 | K+ uptake permease 5 | chr4:16126231-16130459
REVERSE LENGTH=2946
Length=2946
Score = 4338 bits (2349), Expect = 0.0
Identities = 2520/2605 (97%), Gaps = 1/2605 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 TTTTCCGACGGTGATTGATGTTTCACGTGGAAGAAGGAAGCAGTGGAGGCGATGGGTCTG 64
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 TTTTCCAACGGTGATTGATGTTTCACGTGGAAGAAGAAAGCAGTGGAGGCGATGGGTCTG 149
Query 65 AGATTGATGAGGAGTTTGGCGGGGACGATTCGACGACGTCATTGTCGCGATGGGTGTTCG 124
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 150 AGATTGATGAGGAGTTTGGCGGAGACGATTCAACGACGTCATTGTCGCGATGGGTGTTCG 209
Query 125 ATGAGAAGGATGATTATGAGGTTAACGAAGATTACGACGATGATGGATATGATGAACATA 184
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 210 ATGAGAAAGATGATTATGAGGTTAATGAAGATTACGACGATGATGGATATGATGAGCATA 269
Query 185 ACCACGCGGAGATGGATTCCGATGAGGAGGATGACAATGTGGAGCAGCGTTTGATTCGAA 244
| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 270 ATCACCCGGAAATGGATTCCGATGAGGAGGATGACAATGTGGAGCAGCGTTTGATTCGCA 329
Query 245 CTAGCCCTGCCGTTGACTCTTTCGATGTAGATGCTCTTGAGATTCCTGGAACTCaaaaaa 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 330 CTAGCCCTGCCGTTGACTCTTTCGATGTAGATGCTCTTGAGATTCCTGGAACTCAGAAAA 389
Query 305 aCGAAATCGAGGACACTGGTATAGGGAAGAAACTCATACTTGCTTTGCAGACACTTGGGG 364
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 ACGAAATCGAGGACACTGGTATAGGAAAGAAACTCATACTTGCTTTGCAGACACTTGGGG 449
Query 365 TTGTATTTGGTGATATTGGAACTAGTCCATTGTATACCTTCACTGTCATGTTCAGAAGAT 424
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 TTGTATTTGGTGATATTGGAACTAGCCCATTGTATACCTTCACTGTCATGTTCAGAAGAT 509
Query 425 CTCCGATTAACGACAAAGACGATATTATTGGGGCCTTGTCATTGGTTATATACACTTTAA 484
|||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 CTCCAATTAACGACAAAGAAGATATTATTGGAGCCTTGTCATTGGTTATATACACTTTAA 569
Query 485 TATTGATTCCTCTTGTAAAGTATGTACATTTTGTTCTTTGGGCCAATGACGACGGTGAAG 544
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 570 TATTGATTCCTCTTGTAAAGTATGTACATTTTGTTCTTTGGGCCAATGACGATGGCGAAG 629
Query 545 GTGGTACGTTTGCTTTGTATTCTTTGATCTGCCGGCACGCAAATGTTAGCCTTATCCCAA 604
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 GTGGGACGTTTGCTTTGTATTCGTTGATCTGCCGGCATGCAAATGTTAGCCTTATCCCAA 689
Query 605 ATCAACTTCCATCAGATGCTCGTATATCAGGCTTTGGTTTGAAGGTTCCATCTCCAGAAC 664
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 690 ATCAACTTCCATCAGATGCTCGCATATCAGGCTTTGGTTTGAAGGTTCCGTCTCCAGAAC 749
Query 665 TTGAAAGATCCTTGATAATTAAAGAAAGACTTGAGGCGTCAATGGCCTTGAAAAAGCTTC 724
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 750 TTGAAAGATCATTGATAATTAAAGAAAGACTTGAGGCGTCAATGGCCTTGAAAAAGCTTC 809
Query 725 TTCTTATTTTAGTTCTTGCCGGCACTGCTATGGTCATTGCTGATGCTGTTGTTACGCCAG 784
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 TTCTGATTTTAGTTCTTGCCGGCACTGCTATGGTGATTGCTGATGCTGTTGTTACGCCAG 869
Query 785 CAATGTCAGTAATGTCTGCTATTGGTGGTCTGAAGGTTGGAGTTGGTGTTATAGAACAAG 844
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 CAATGTCAGTAATGTCTGCTATCGGTGGTCTGAAGGTTGGAGTTGGTGTTATAGAACAAG 929
Query 845 ATCAGGTGGTCGTGATATCAATCAGCTTTCTTGTGATCTTGTTCAGTGTACAAAAATATG 904
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 ATCAGGTGGTCGTGATATCAGTCAGCTTTCTTGTGATCTTGTTCAGTGTACAAAAATATG 989
Query 905 GAACCAGCAAATTGGGGCTTGTTTTGGGTCCTGCTTTACTTCTGTGGtttttttGTCTAG 964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 GAACCAGCAAATTGGGGCTTGTTTTGGGTCCTGCTTTACTTCTGTGGTTTTTTTGTCTAG 1049
Query 965 CGGGCATTGGAATTTACAACCTTGTTAAATATGACAGCAGCGTTTTTAAAGCATTCAATC 1024
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1050 CGGGCATTGGAATTTACAACCTCGTAAAATATGACAGCAGCGTTTTTAAAGCGTTCAATC 1109
Query 1025 CTGCATATATCTATTTCTTTTTCAAGAGAAACCCTGTAAATGCATGGTATGCGCTTGGGG 1084
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1110 CTGCATATATCTATTTCTTTTTCAAGAGAAACTCTGTAAATGCTTGGTATGCACTTGGGG 1169
Query 1085 GTTGCGTTCTATGTGCAACTGGATCGGAGGCCATGTTTGCAGATCTTAGCTATTTTTCTG 1144
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1170 GTTGCGTTTTATGTGCAACTGGATCGGAGGCCATGTTTGCAGATCTTAGCTATTTCTCTG 1229
Query 1145 TTCACTCTGTCCAGCTTACTTTTACCCTTCTGGTGTTACCTTGCCTCTTGCTGGGTTATT 1204
|||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1230 TTCACTCTATCCAGCTTACTTTTATCCTTCTGGTGTTACCTTGCCTCTTGCTGGGTTATT 1289
Query 1205 TGGGTCAAGCCGCATACCTTTCTGAAAATTTCAGCGATGCTGGGGATGCTTTCTTTTCGT 1264
||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1290 TGGGTCAAGCCGCATACCTCTCTGAAAACTTCAGCGCTGCCGGGGATGCTTTCTTTTCGT 1349
Query 1265 CAGTTCCAAGTTCTTTATTCTGGCCAGTCTTTCTCATTTCTAATATTGCTGCTTTAATTG 1324
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1350 CAGTTCCAAGTTCTTTGTTCTGGCCAGTCTTTCTCATTTCTAATGTTGCTGCTTTAATTG 1409
Query 1325 CCAGTCGTGCAATGACAACAGCCACATTTACATGCATCAAACAGTCAATAGCACTAGGCT 1384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1410 CCAGTCGTGCAATGACAACAGCCACATTTACATGCATCAAACAGTCAATAGCACTAGGCT 1469
Query 1385 GTTTCCCACGTCTTAAAATCATTCACACCTCAAAGAAATTCATTGGACAGATTTACATAC 1444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1470 GTTTCCCACGTCTTAAAATCATTCACACCTCAAAGAAATTCATTGGACAGATTTATATAC 1529
Query 1445 CGGTTCTTAACTGGTCCCTGCTGGTGGTGTGTCTGATCGTTGTCTGCTCTACTTCAAACA 1504
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1530 CGGTTCTTAACTGGTCCCTTCTGGTGGTGTGTCTGATCGTTGTCTGCTCTACCTCAAATA 1589
Query 1505 TCTTTGCGATTGGAAACGCATATGGCATCGCAGAGCTGGGAATTATGATGACTACAACCA 1564
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1590 TCTTCGCGATTGGAAACGCTTATGGCATCGCAGAGCTGGGAATTATGATGACTACAACAA 1649
Query 1565 TTTTGGTGACCCTTATCATGCTTCTTATCTGGCAGACGAACATCATAGTTGTGAGCATGT 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1650 TTTTGGTGACCCTTATCATGCTTCTTATCTGGCAGACGAACATCATAGTTGTGAGCATGT 1709
Query 1625 TTGCATTTGTTTCGCTGGTCGTCGAACTGATTTTCTTCTCATCAGTTTGTGCAAGTGTGG 1684
||||| ||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1710 TTGCAATTGTTTCCCTGATAGTCGAACTGGTTTTCTTCTCATCCGTTTGTTCAAGTGTGG 1769
Query 1685 CTGATGGAAGTTGGATAATCCTGGTTTTTGCTACAATTATGTTTCTCATAATGTTCGTTT 1744
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1770 CTGATGGAAGTTGGATAATCTTGGTTTTTGCTACAATTATGTTTCTCATAATGTTTGTTT 1829
Query 1745 GGAACTACGGGAGTAAACTGAAGTATGAAACTGAAGTCCAGAAAAAGCTACCAATGGACC 1804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 GGAACTACGGGAGTAAACTGAAGTATGAAACTGAAGTCCAGAAAAAGCTACCAATGGACC 1889
Query 1805 TACTACGAGAACTGGGCAGTAACCTTGGGACGATTAGAGCACCCGGTATTGGTCTGCTTT 1864
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1890 TACTACGAGAACTGGGCAGTAACCTTGGGACAATTAGAGCACCCGGTATTGGTCTACTTT 1949
Query 1865 ATAATGAGCTAGCTAAAGGAGTTCCGGCAATTTTTGGTCATTTTCTAACCACCCTTCCTG 1924
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 ATAATGAGCTAGCTAAAGGAGTTCCGGCAATATTTGGTCATTTTCTAACCACCCTTCCTG 2009
Query 1925 CAATCCATTCCATGGTTATCTTTGTGTGTATAAAGTATGTCCCTGTTCCAACTGTGCCTC 1984
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2010 CAATCCATTCCATGGTTATCTTCGTGTGTATAAAGTATGTCCCTGTTCCAAGTGTGCCTC 2069
Query 1985 AGACCGAGAGATTTCTTTTCAGACGTGTCTGCCCAAGAAGCTATCATTTATTCCGTTGTG 2044
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2070 AGACCGAGAGATTTCTTTTCAGACGTGTATGCCCAAGAAGCTATCATTTATTCCGCTGTG 2129
Query 2045 TAGCCAGGTATGGGTACAGAGATGTGCGGAAGGAAAATCACCAGGCGTTTGAGCAGATAC 2104
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2130 TAGCCAGGTATGGATACAAAGATGTGCGGAAGGAAAGTCACCAGGCGTTTGAGCAGATAC 2189
Query 2105 TGATTGAGAGTCTAGAAAAATTTATACGTAAGGAAGCGCAGGAGCGTGCACTTGAGAGTG 2164
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2190 TGATTGAGAGTCTAGAAAAATTTATACGTAAGGAAGCACAGGAGCGTGCACTTGAGAGTG 2249
Query 2165 ACGGAGACCATAATGATACAGATTCCGAGGATGATACGACTCTGTCCAGAGTTCTGATAG 2224
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2250 ACGGAGACCATAATGATACAGATTCTGAGGATGATACGACTCTGTCCAGAGTTCTGATAG 2309
Query 2225 CACCCAATGGAAGTGTGTATTCACTTGGAGTGCCTCTCTTAGCTGAGCACATGGATTTAT 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 2310 CACCCAATGGAAGTGTGTATTCACTTGGAGTGCCTCTCTTAGCTGAGCACATGAATTCGT 2369
Query 2285 CAAACAAGCGACCCATGGAGAGAAGAAAGGCCAGCATAGATTTTGGGGCAGGTCCTTCAA 2344
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 CAAACAAGCGACCCATGGAGAGAAGAAAGGCCAGCATAGATTTTGGGGCAGGTCCTTCAT 2429
Query 2345 CGGCGTTGGATGTGGAGCAGAGTCTAGAAAAAGAATTGTCGTTTATACACAAAGCGAAAG 2404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2430 CGGCGTTGGATGTGGAGCAGAGTCTAGAAAAAGAATTGTCGTTTATACACAAAGCGAAAG 2489
Query 2405 AGTCAGGGGTGGTGTACCTACTGGGACATGGGGACATAAGAGCTACTAAGGATTCTTGGT 2464
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2490 AGTCAGGGGTGGTGTATCTACTGGGACATGGGGACATAAGGGCTACTAAGGATTCTTGGT 2549
Query 2465 TTCTGAAGAAGCTGGTAATAAATTACATGTATGCTTTCTTGAGGAAGAACTCCAGGAGAG 2524
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2550 TTCTGAAGAAGCTGGTAATAAATTACTTGTATGCTTTCTTGAGGAAGAACTCCAGGAGAG 2609
Query 2525 GGATAACAAACCTAAGTGTTCCGCATTCGCATTTGATGCAAGTTGGAATGACTTATATGG 2584
|||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2610 GGATAACAAACCTAAGCGTTCCGCATACACATTTGATGCAAGTTGGAATGACTTATATGG 2669
Query 2585 TATGAAGAAGACCC-GATCAAACTA 2608
|||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 2670 TATGAACAAGACCCCGATCAAACTA 2694
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129581213769
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5