BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg944981
Length=5944
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G30150.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleolar... 9239 0.0
> AT4G30150.1 | Symbols: | CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleolar
27S pre-rRNA processing, Urb2/Npa2 (InterPro:IPR018849);
Has 58 Blast hits to 49 proteins in 21 species: Archae - 0;
Bacteria - 2; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 44; Viruses -
3; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | chr4:14742452-14749987
FORWARD LENGTH=6253
Length=6253
Score = 9239 bits (5003), Expect = 0.0
Identities = 5608/5901 (95%), Gaps = 38/5901 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 66 AAGAAGACGAAGAAGAACCCT-AAACCCCAATTTGATGATTCTCCAGTTGAGGTCGTAGA 124
||| ||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||| |||| |||||||||||
Sbjct 166 AAGCAGACGAAGAAGAATTCTGAAA-CTCAATTTGAAGATTCTTCAGTAGAGGTCGTAGA 224
Query 125 AACCAAATCTTGTGACCAGCAGGAAACGGTTACGGACATTGTTGTTGAAGAGGGTCCATG 184
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 225 AACCAAAGCTTGTGACCAGGAGGAAACGGTTACGGACATTGTTGTTGAAGAGGGTCCATG 284
Query 185 GAAGAACCTTGAAATTATACTTTCGTTGCAGAGCAA-AAATTTGGGCGTTAAAAAGAAGG 243
||||||||||||| | |||||||||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||
Sbjct 285 GAAGAACCTTGAACTCATACTTTCGTTGCAGAGCAATACA-TTGGGCTTTAAAAAGAAGG 343
Query 244 TGGAGTTGGCTTTCAGTTTTGTTAAAGGTTATGGAGGAGAAAATGGGACTGACGAGGATG 303
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 344 TGGAGTTGGCTTTTAGTTTTGTTAAAGGTTATGGAGGAGAAAATGGGACTAATGAGGATG 403
Query 304 AGGAATGTCAAGCGGTTAAGATATCGCGGCTGATTATGTTTCTCAGCGATTGGATCCAGT 363
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 404 AAGAATGTCAAGCGGTTAAGATATCGCGGCTGATTATATTTCTCAGCGACTGGATCCAGT 463
Query 364 CTCTGTTGA-T--TAAAGAGAATAATATTAAAGTTAAGGGTGATTTAGATTCTGAGCCAT 420
|||| |||| | | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 464 CTCTTTTGATTCCTTCAGAGAAGAATATTAAAGTTAAGTGTGATTTAGATTCTGAACCAT 523
Query 421 ATATGGACTTCAGGTGTTGGGAGATCTTCAGGTTCTGCTTGAAGCAGTC-ATCGATCTTG 479
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | | | ||||||
Sbjct 524 GTTTGGACTTCAGGTGTTGGGAGATCTTCAGTTTCTGCTTGAAGGAGGCGA-CAATCTTG 582
Query 480 GGAGTCTCTTTAAATTTGTCAAGAAACCT-TCTAAAGGCTATTGGG-TATATCAC-GAAA 536
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||| | ||
Sbjct 583 GGAGTCTCTTTAAATTTGTCAAGAAACCTAT-TAAAGGCTATTGGGCT-TATCACGGGAA 640
Query 537 AATGTTTTATCTGCACTGGAC-ATGTCCTTGTCTTCGGAGGTTGATTTCTGCAATGGTCA 595
|| |||||||||| ||| || | |||||| || ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 641 GAT-TTTTATCTGCCCTGAACGA-ATCCTTGGCTACGGGGGTTGATTTCTGCAATGGTCA 698
Query 596 TGGTTTTGAAGTTTACAGTACTGTGATTGATTGTCTAGGCTTGTTATTTTCATCGAAAAG 655
||||||| |||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 699 AGGTTTTGTAGTTTACAGTTCTGTGGTTGATTGTCTCGGCTTGTTATTTTCATCGAAAAG 758
Query 656 TGGCATGTCCAATGACAATGTGGACTTGTGGTTTTCAACTGTTGAATCAGTTCTGAAGCT 715
||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 759 TGGCATGTCTAATGACAATTTAGACTTGTGGTTTTCGACTGTTGAACCAGTTCTGAAGCT 818
Query 716 CACACATAAAGTTCTT-TCAGAGAATATCAAGGATAGTCTTGCTTATAGATATGTCCTTC 774
|||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||||
Sbjct 819 CACACATACGGTTCTTGT-AGAGAATATCAAGGATAGTCTTGGTGACAGACATGTCCTTA 877
Query 775 AATTCTCTTGCTTGGTTCTTGAGCCATTCTCTAAGTTCTTAATGACTCATCCAACTACGA 834
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 878 AATTCTCTTGCTTGGTTCTTGAGCCATTCTCTAGGTTCTTAATGACTCATCCAACTACGA 937
Query 835 AGAACGGGTTTTGTGATTTTCTGGACAAGCTTTTTGAGCCATTTTTGGATGTGTTGGGTT 894
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 938 AGAATGGGTTTTGTGATTTTCTGGACAAGCTTTTTGAGCCATTTATGGATGTGTTGGGTT 997
Query 895 TATTAAATCTCAGCGAGGACAAAAACAAGGATTTGGAAATAACTTTGGTGAGGTTGATTG 954
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||
Sbjct 998 TATTAAATCTCATCGAGGACAAAAACAAGGATTTGGAGATATCCTTGCTGAGGTTGATTG 1057
Query 955 AAGAAATACTATCTCTGGGTCTGTTTCATTCAGCTCATATTGATGGGTTCTTAGGCCTGG 1014
|||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058 AAGACATATTATCTCTGGCTCTGTTTCATTCAGCTCATATTGATGGGTTCTTAGGCCTGG 1117
Query 1015 GCGGATCGAAAAGGTATTTACCAGAATTGAAAGAGAACAAAACTATTCTGAAAAGCTATC 1074
| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118 GTGGAGCGAAAAAGTATTTACCAGAATCGAAAGAGAACAAAACTATTCTGAAAAGCTATC 1177
Query 1075 ATCGGCAtttttttACCAAGTTCAAAAACATGCTATTAATGAAGAAGGAGTTGGAGCTGA 1134
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178 ATCGGCATTTTTTTACCAAGTTCAAAAATATGCTATTAATGAAGAAGGAGTTGGAGCTGA 1237
Query 1135 GCTGTATGGGGTCATTGTTT-AGGTTGTTTATTTACAGAGTGATGAAACAACAAAGAGAT 1193
|||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1238 GCTGTATGGGGTCATTGTTTAAAG-TGTTTATTTACAGAGTGATGAAACAACAAAGAGAT 1296
Query 1194 CCAAATCAGTTGCAGGAAGGCATGACGACAAAGGCCTCAAATACGGGGCAAGCAGAAGAA 1253
|| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1297 CCTAATCAGTTGCAGGAAGGCATGATGACAAAGGCCTCAAATGCGAGGCAAGCAGAAGAA 1356
Query 1254 AGGCCATGGAAGCT-GCAAGACACAGCGACAAATGATAATGCGTCTTCTGCAAAAAGTCA 1312
|||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1357 AGGCCATGGAAGCTGGC-GGACACAGCTACAAATGATAATGGGTCTTCTACAAAAAGTCA 1415
Query 1313 TTGCTCAAGTTCTCTCCGCCTGGAGACACGAAAATCACTTTTTGAGTTCTTCCTGCATCT 1372
|| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1416 TTACTCAAGTTCCCTCCGGCTGGAGACACGAAAATCAATTTTTGATTTCTTCCTGCATCT 1475
Query 1373 TATGGAACCTATATTACTTGAGATCAATGGATATAATCAATCTGGCTCTGAAATGGCTCC 1432
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 TATGGAACCTATATTACTTGAGATCAATGGATATAATCAGTCTGGCTCTGAAATGGCTCC 1535
Query 1433 TTTATTGGCTGATTTTTGTTGTGCTATTAAGTCAGCAAATAGTTTGCTGTTCAACTTTGC 1492
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 TTTATTGGGTGATTTTTGTTGTGTTATTAAGTCAGCAAATAGTTTGCTGTTCAACTTTGC 1595
Query 1493 TCATGAGCGAATATATGTGAAGACAGAGGATGCATCTGGAGGAGCTTGCTCTTGTTTTTT 1552
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TCATGAGCGAATGTATGTGAAGACAGAAGATGCATCTGAAGGAGCTTGCTCTTGTTTTTT 1655
Query 1553 CAGGACGATCTTCAAAACAATAGTTTCAGTTGCTTCTGAATTAAA-AAATCATTATCCAT 1611
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||
Sbjct 1656 GAGGACGATCTTCAAAACAATAGTTTCAGTTGCTTCTGAATTAAAGAAA-CATTGTCCAT 1714
Query 1612 ATGATGATGGGTCAGAGATGCATGTTTTGTTAGCCAAGGAGCTAGTAACCGCAATAGGCT 1671
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1715 ATGATAATGGGTCAGAGATGCATGTTTTGTTAGCCAAGGAGCTAGTAACCGCAATAGGCT 1774
Query 1672 ACCTGTTACATATTGAATACGAAATTATTGAGAGTGATTTAGTTACTTTGTGGGTAATCA 1731
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1775 ATCTGTTACATATTGAATACGAAATCATTGAGAGTGATTTAGTTACTTTGTGGCTAATCA 1834
Query 1732 TTCTCTCTTTCCTGGAGTTTAGTACTTTGTCACCAGAGAATTCAGAAGATGACTGCCCGT 1791
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1835 TTCTCTCTTTCCTGGAGTTTAGTAGTTTGTCACCAGAGAATTCAGAAGGGGACTGCCCGT 1894
Query 1792 TGACCTCATTGTTACTTTCCCTTGGATGCCAGCTGATAAATTTATATAGTGACCTCCGCC 1851
|||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1895 TGACTTCATTGTTAGTTGGCCTTGGATGCCAGCTGATAACTTTATATAGTGACCTTCGCC 1954
Query 1852 AGGTAAGTGTTGCTGTATTTTCTCTGTGCAAAGCTGTAAGGCTTGTGATGCCTGTTATGA 1911
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1955 AGGTAAGTGTTGCTGTATTTTCTCTGTTCAAAGCTGTAAGGCTTGTGATGCCTGTTGTGA 2014
Query 1912 CACCTGCTGATGGTAATGATGATGAGATGATTGATACCGAAGAGCTTCCACTATCAACTG 1971
|||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 CACCTGCTGATGGTGATGATGATGAGATGATTGCCACTGAAGAGCTTCCACTATCAACTG 2074
Query 1972 TGTTCTCTTTCCCTTTAGAAAGAAGTGAAAAATCAGTGGAAAAGCTCTTGTCATCTCAAG 2031
||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 TGTTCCCTTTCCGTTTAGAGAGAAGTGAAAAATCAGTGGAAAAGCTCTTGTCATCTCAAG 2134
Query 2032 CTTTAAGACTTGCTATACACGGAGCTATTAAAGTGATACCAGAAGGCCAAGCAAGTGGTT 2091
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 CTTTAAGACTTGCTATACATAAAGCTATTAAAGTGATACCAGAAGGCCAAGCAAGTGGTT 2194
Query 2092 GTATCAAGAGCTTGACTACAGATGTATCAAAAACCATGAAATGGATAAAACAAGTTTGTT 2151
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 GTATCAAGAGCTTGACTGCAGATGTATCAAAAACCATGAAATGGATAAAACAAGTTTGTT 2254
Query 2152 GTTCAACTGGTGCTACAGAACAAGATGGACAGGTGGCAGCATTCTTGGCCGGATCTTTGT 2211
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2255 GCTCAACAGGTGCTACAGAACAAGATGGACAGGTGGCAGCATTCTTGGCTGGATCTTTGT 2314
Query 2212 CTGATATCTATTCACTTATTCTCGACTCACTTACTATTACAACAGGGAATAGTAACCTTG 2271
||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315 CTGATATTTATTCACTAATTCTCGACTCAATAACTATTACAACAGGGAATAGTAACCTTG 2374
Query 2272 TTGGCCAGTCCATGAAAGATCTGTTGGATCTCATCAGTCCTTGCTTAACCCACCTGGTTT 2331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 TTGGCCAGTCCATGAAAGATCTGTTGGATCTCATCAGTCCTTGCTTAACCCACCTGGTTT 2434
Query 2332 CTTCAGACTCAGATTGCATTGAAAATTTCCTTTCTGCTGTCACCGGAAAAGGTTTGGAAA 2391
|||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |
Sbjct 2435 CTTCAGACTCCGATTGCATCGAAAATTTCCTTTCTGCTCTCACCGGAAAAGATTTGGAGA 2494
Query 2392 TTATGATGGCTGAAAAGAAGATAGAGACCCACAGAAAGTCTGTGCGCTTGTTTATCATCT 2451
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || |
Sbjct 2495 TTGTGATGGCTGAAAAGAAGATAGAGACCTACAGAAAGTCTGTGCGCTTGTTTGTTATAT 2554
Query 2452 TCGTCTTGCGTATTTACATGTCTACCAGAAGCTTATATAGGCAGGTGATTAGTCTTATGC 2511
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 TCGTCTTGCGTATTTACATGTCTTCCAGAAGCTTATATAGGCAGGTGATTAGTCTTATGC 2614
Query 2512 CTCCGaaaaaaaCAAAAGATATGGCTGGTATTAAGGGCAACTCTGTTGCAGCTCGTTGCG 2571
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 2615 CTCCGAAAAAAACAAAGGATATGGCTGGTATTAAGGGCGACTCTGTTGCAGTTCGTTGCG 2674
Query 2572 GAAGCGATTGGATAAAAGAGAAAAGTTGGAATTATGAAGGCTATTTTTCGTGGATCTCCC 2631
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 2675 GAAGCGATTGGATAAAAGAGAAAAGTTGGAATTATGAAGGATATTTTTCATGGATCTCCC 2734
Query 2632 AACCTTCTGCTTCCATTGTTGACACTATTAAACACATTTCAGCTATTTACCTTAAGGATG 2691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2735 AACCTTCTGCTTCCATTGTTGACACTATTAAACACATTTCAGCTTTTTACCTTAAGGATG 2794
Query 2692 ACAGTGCAGATTGCTCCTTGCTGATATATATATTGTATGGAGTGGCTCTTCAGAGGCTTG 2751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2795 ACAGTGCAGATTGCTCCTTGCTGATATATATATTGTATGGAGTCGCTCTTCAGAGACTTG 2854
Query 2752 TTGATTTAAACAGCCACATAAAATCACTTGATTATGTGTCACAGATAAGTGATAATCAGA 2811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 TTGATTTAAACAGCCACATAAAATCACTTGATTATGTGTCACAGATAAGTGATAATCAGA 2914
Query 2812 TACATGATACAATGCTCAAGCATGTATCAGTTCTTAAGCGTGAAGGAGAAGAGCTTACTG 2871
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2915 TAAATGATACAATGCTCAAGCATGTATCAGTTCTTAAGCGTGAAGGAGAAGAGCTTACTG 2974
Query 2872 ATTTCCTTCTAGACAACAGCATCATATCA-G----G-AAATGTTGGAACATTTGAGACGA 2925
|||||||| ||| ||||| |||||||||| | | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2975 ATTTCCTTTTAGGCAACAACATCATATCAGGTTTTGTTGATGATGGAACATTTGAGACGA 3034
Query 2926 TAGAAGACACTGACCAGTGGGTTCTCAGTGTTTCCGGCATCAACAGGAAGTGTTTGCCTA 2985
|| |||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3035 TAAAAGACACTGATCAGTGGGTTCTTAGGGTTTCTGGCATCAACGGGAAGTGTTTGCCTA 3094
Query 2986 CTATGCGTTTGTGGATTCTTAGCCAGCATATTGATCTTTGGTGCCCCCATGCAGGAAAAA 3045
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3095 CTATGCGTTTGTGGGTTCTTAGCCAGCATATTGATCTTTGGTGCCCCCATGCAGGAAAAA 3154
Query 3046 AGAAATTGAAGAATTTCCTGTCTCAGCTAATAGGTAGTTCTGTTCCTCGTATATTGAACG 3105
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 3155 AGAAATTGAAGAATTTCCTGTCTCAGCTAATAGGTAGTTCCGTTCCTTGTATATTGAACG 3214
Query 3106 GAGTGGGTATGTCTACTCTTGGCTGGGAGAATAATGTAGACAAGGGCACTCAAAAGAAGA 3165
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3215 GAGTGGGTATGTCTACTCTTGGCTGGGAAAATAATGTAGACAAGGGCTCTCAAAAGAAGA 3274
Query 3166 AAATAGGGTTGGAACAATTCTCGTTAGGACTTCTATTTGATTCAGTACTGTATGACCACG 3225
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3275 AAATAGGGTTGGAACAGTTCTCGTTTGGACTTCTATTTGATTCAGTACTGTATGAACACG 3334
Query 3226 AATTTGTTCGCAGGTATTTGGCCCCGAGTTTCTCTCACGTACTGAAAATGACAGCAGAAA 3285
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3335 AATTTGTTCGCAGGTATTTGGCCCCGAGTTTTTCTCACGTACTGAAAATGACAGCAGAAA 3394
Query 3286 CGTTTTTCAAGGATATTACTGAAGAAGTAAACTTTGATTCTCCATCAGATTGGTCAGAGG 3345
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3395 CGTTTTTCAAGGATATTACTGAAGAAGTAAACTTTGATTCTCCATCAGATTGGTCAGAGG 3454
Query 3346 TGTTAATTTTGCTTGAAAGATCAATTGCTAACTTATCTGGAAAGCTTCAATCAAAAGCCT 3405
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 3455 TGTTAATTTTGCTTGAAAGTTCAATTGCTAACTTATCTGGAAAGCTTAAATCAGAAGCCT 3514
Query 3406 TTCTAGAGGCACATGTGTCACAGCTGGACAATCGGAAGTTCACAGCTTGTCAAAATTTGC 3465
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3515 TTCTAGAGGCACATGTGTCACTGCTGGACAATCGGAAGTTCACAGCTTGCCAAAATTTGC 3574
Query 3466 TAAATCTTTTAGGTGCGATGCCCAAGGAGTATATGAATAAGAAGTCATTCCAACTTTATG 3525
||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3575 TAAATCTGTTAGGTGTGATGCCCAAGGAGTATACGAATAAGAAGTCGTTCCAACTTTATG 3634
Query 3526 CAAGTTATGTTCTCGACCTTGAGAGGTTTATAGTTTTTAGCATGTTGAGATGTTTGAACA 3585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3635 CAAGTTATGTTCTCGACCTTGAGAGGTTTATAGTTTTTAGCATGTTGAGATGTTTGAACA 3694
Query 3586 AGCTGT-CTCGGGGTGATATGCAAAACCTTTTCAGCCTTTTCAGTACTTCCAGAAAAACT 3644
|||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3695 AGCTGTCCT-GTGGTGATATGCAAAACCTTTTCAGCCTTTTCAGTACTTGCAGAAAAACT 3753
Query 3645 TTGAAAAGTATTGCTATGATTTCTTGCGACAAGGTACTAGGAGCTACCGAGTTGCCTTTA 3704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3754 TTGAAAAGTATTGCTATGATTTCTTGCGACAAGGTACTAGGAGCTACCAAGTTGCCTTTA 3813
Query 3705 TCTGATAGTTCGTTGTTGGCTTCTTGGCTTTTCAAATCAGCACAAGCTGTGGTTACTTGT 3764
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 3814 TCTGATAGTTCGTTGTTGGCTTCTTGGCTTTTTAAATCAGCACAAGCTG-CG--ACTTGT 3870
Query 3765 AAAGTGAGATTTAGGAATGATTTTACAGGAAAATCAAGGGACGCCCTCTTTTCTTTGATG 3824
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3871 CAAGTGAGATTTAGGAATGATGTTACAGGAAAAGCAAGGGACGCCCTCTTTTCTTTGATG 3930
Query 3825 GATCACACATCATATATGTTTCTCACCGTAAGTAAATATCAATTCAGCAAGGCACTACCA 3884
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3931 GATCACACATCGTATATGTTTCTAACCGTAAGTAAATATCAATTTAGCAAGGCACTACCA 3990
Query 3885 TTGTCTGATGAACAACTCATTTCAGCAGAAATTTCTGAGGGAACTGGACAAGGGAACCTT 3944
|| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3991 TTTTCTGATGAAAAACTCATTTCATCAGAAATTTCTGAGGGAACTGGACAAGCGAACCTT 4050
Query 3945 ATAATTGAGAGCTTGACAGAACAGGCAGAAACTCTACTAAATGCTTTGAGGGCTACCTTC 4004
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4051 ATAATTGAGAACTTGACAGAACAGGCAGAAACTCTACTAAATGCTTTGAGGGCTACCTTC 4110
Query 4005 AGAGATGAGAAAACAGCCTTTAAATGTGAGAGTCTGATACTCAACAAATTAACACCTATA 4064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 4111 AGAGATGAGAAAACAGCCTTTAAATGTGAGAGTCTGATACTGAACAAGTTAACACCTATA 4170
Query 4065 TTTTCTTGTGTTAGTGGGTTGTTGTGGGGTTTAGCATTTGCAGTGAGTCACAGAGATATG 4124
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 4171 TTTTCTTGTTTTAGTGGGTTGTTGTGGGGATTAGCATCTGCAGTGAGTAACAGAGATATG 4230
Query 4125 CAGAAGAATCATCAGAACGCAAAACTGAGATGGAAATCAGAACAGTTCTCAAATCTTTCC 4184
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4231 CAGAAGAATCATCAGAACGCAAAACTGAGATGGAAATCAGAACAGTTCTCAAAGCTTTCC 4290
Query 4185 CGCATTATCCATGTGCTTAGCAATTTTTTCGAGGTTTTTGCACAGTGTCTGTTTCTTAGT 4244
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4291 CGCATTATCCATGTGCTTAGCAATTTTTTCGAGGTTTTTGCACAGTGTCTGTTTCTTAGT 4350
Query 4245 GGTGATGTGCAGCAAGAAATCCAAACCAATATCAACTGGACCAGATTGCTTGATGGGGCC 4304
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4351 GGTGATGTGCAGCGAGAAATCCAAACCAATATCAACTGGACCAGATTGCTTGATGGGACC 4410
Query 4305 GAGGGTTCAAATGGTCTTGTGTGTGGTGACGTAGTAGAGACTAACGATGTGAAAAAGAAA 4364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4411 GAGGGTTCAAATGGTCTTGTGTGTGGTGACGTAGTAGAGACTAGTGATGTGAAAAAGAAA 4470
Query 4365 ATTATTGAGAGCTTGATTAAA-GGTGATTCTTCAGAAGTAGTATTGGCACTCAGGCATCT 4423
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4471 ATTATTGAGAGCTTGA-TAAAGGGTGATTCTTCAGAAGTAGTATTGGCACTCAAGCATCT 4529
Query 4424 GTTAATTGCTTCTGCTGCTATTTTAAGGTTAAACCTGCAGATTGATGGCATTGCCTTCTC 4483
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||
Sbjct 4530 GTTAATTGCTTCTGCTGCTATTTTAAGGTTAAACCTGCAAATTGATGGCATTACATTCTC 4589
Query 4484 ACCTACATTTGTCTCTGTTCTCACGAACATTTCGAATGATCTACTGTCTGTATTCGCTGA 4543
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4590 ACCTACATTTGTCTCTGTTCTCACGAACATTTCGAATGATTTACTGTCTGTATTCGCTGA 4649
Query 4544 CATGAGCGAGGCATCACTTGAATTCTCATTTATTTGGTTGGATGGTGCAGTGAAAGTTGT 4603
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 4650 CATGAGCGAGGCACCACTTGAATTCTCATTTATTTGGTTGGATGGTGCAGTTAAAGTTGT 4709
Query 4604 AGAAGAATTAGGGAGCCAATTCTGCTTACCTAACCCTACATTAGACATAGATCTGTACTC 4663
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4710 AGAAGAACTAGGGAGCCAATTCTGCTTATCTAACCCTACATTAAACATAGATCTGTACTC 4769
Query 4664 AAAGTTGATTGAGTTGCACCTGAAGGTGATTGGGAAATGCATATCACTACAAGGAAAAGA 4723
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4770 AAAGTTGATTGAGTTGCACCTGAAGGTGATTGGGAAATGCATATCACTACAAGGAAAAGA 4829
Query 4724 GGCTACCTTGGAATCTCATGAGACAGGATTTGGTACTAATGCAATCCATGCTAAGCTAGT 4783
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4830 GGCTACCTTGGAATCTCATGAGACAGGATTTGGTACTAATGCAATCCATGCTAAGCTAGT 4889
Query 4784 GCTATCAGCAAAAAACCAGTCTCACAGATTGCATTGGTTGGATGAATTAAAACAGAGGCT 4843
|||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 4890 GCTAACAGAAAAAAAACGGTCTCACAGATTGCATTGGTTGGACGAATTAAAACAGAGGCT 4949
Query 4844 TAGGATGTCATTTAAAGTGTTTATACAAAGTTCCTCAGAGTTACACTTATTGTCTGGAGT 4903
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 4950 TAGGATGTCATTTAAAGTGTTTATACATAGTTCCTCAGAGCTACACTTATTGTCAGGAGT 5009
Query 4904 ACAGGCTATAGAAAGAGCACTGGTTGGAGTATGGGAAGTGTGCCCTGCTATCTATAGCAT 4963
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 5010 ACAAGCTATAGAAAGAGCACTGGTTGGAGTATGGGAAGTGTGCCCAGCTATCTATTGCAT 5069
Query 4964 ACAGACTGGAAATAGAGACGGAGGCAGAATTTCTGAAACTGTTGCTGCTGGTCTTGACTG 5023
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 5070 ACAGACTGGAAATAGAGATGGAGGCAGAATTTCTGAAACCGTCGCTGCTGGTCTTGACTG 5129
Query 5024 TCTGGACCTAATTCTGGAACATGCCACAGGTCGCAAACGTTTGAATGTGGTTAAAAGGCA 5083
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5130 TCTGGACCTAATTCTGGAACATGCCACAGGTCGCAAACGTTTGAATGTGGTTAAAAGGCA 5189
Query 5084 CATTCAAGGCTTACTGTCTGCAGTGTTTGGTATAATGGCTCACATGCAGAGTCCATTTAT 5143
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5190 CATTCAAGGCTTAATGTCTGCAGTGTTTGGTATAATGGCTCACATGCAGAGTCCATTTAT 5249
Query 5144 TTTCTTCACAAATGCAGTCGTTGGCAACCAGGGTTCCAATTCTCCGGATTCTGGGTCAGT 5203
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 5250 TTTCTTCTCAAATGCAGTCGTTGGCAACCAGGGTTCCAATTCTCCAGATTCTGGGGCAGT 5309
Query 5204 CATTCTCATGTGTGTCGAAGTCTTGATAAGAATAGCAGGGAAACACGCTTTGTTTCGGAT 5263
||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5310 CATTCTCATGTGTGTTGGAGTCTTGATAAGAATAGCAGGGAAACACGCTTTGTTTCGGAT 5369
Query 5264 GGATTCATCTCACATAAGCCAATCCATACATATACCCGGAGCAATTTTTCTTGATTACCT 5323
||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5370 GGATTCATCCCACGTAAGTCAATCCATACATATACCCGGAGCAATTTTTCTTGATTACCT 5429
Query 5324 CCAGGCAACAAGGGTGGGATTCTCGGTTTTGGATGGAAATTTGTTATCTAAGGATGGTCA 5383
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 5430 CCACGCAACAAGGGTGGGATTCTCGGTTTTGGATGGAAATCTGTTATCTAAGGATGATCA 5489
Query 5384 GCAACAAGATCTTTTAGGAAGCTCAAGAGATCTTCAAGTAGACAAGAAATTCTCAGTGAG 5443
||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5490 GCAACAAGATCTTTTAGGATGCTCAAAAGAACTTCAAGTAGACAGGAAATTCTCAGTGAG 5549
Query 5444 TCTGTACGCTGCTTGCTGCCGACTACTATATACAGCTGTTAAGCATCATAAGAGTGAAAC 5503
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 5550 CCTGTATGCTGCTTGCTGCCGACTACTATATACAGCTGTTAAGCATCATAAGAGTCAAAC 5609
Query 5504 TGAGGGGTCCATTGCTACACTCCAAGAATCTGTTTCCGCGCTTCTTCATTGTCTGGAGAC 5563
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5610 TGAGGGGTCCATTGCTACACTCCAAGAATCTGTTTCCGCGCTTCTTCATTGTCTGGAGAC 5669
Query 5564 AGCAGGaaaaaaaTTGGGTAATTGTGTTTCATGGGAAGTGGAAGAGGGAATTAGATGTGC 5623
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5670 AGCAGGAAAAAATTTGGGTAATTGTGTTTCATGGGAAGTGGAAGAGGGAATTAGATGTGC 5729
Query 5624 TTGTTTCCTCCGGAGGATCTATGAAGAGTTAAGACAGCAGAAGGAGGTCTTTGGACAGCA 5683
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5730 TTGTTTCCTCCGGAGGATCTATGAAGAGCTAAGACAGCAGAAGGAGGTCTTTGGACAGCA 5789
Query 5684 TTGTTTCAAGTTCTTGTCAACTTACGTATGGGTTTCTTCCGGATATGGACCTCTTAAGAT 5743
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5790 TTGTTTCAAGTTCTTGTCAACTTACATATGGGTTTCTTCCGGATATGGACCTCTTAAGAC 5849
Query 5744 GGGTCTCGAAAGGGAGGTAGATGAAGCTTTAAGGCCTGGTGTGTATGCTCTTATAGACTC 5803
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5850 GGGTCTTGAAAGGGAGGTAGATGAAGCTTTAAGGCCTGGTGTGTATGCTCTTATAGACTC 5909
Query 5804 TTGCTCACCTAACGATCTTCAATATCTCCATACAGTATTTGGTGAAGGTCCTTGTAGAAA 5863
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5910 TTGCTCACCTAACGATCTTCAATATCTCCATACAGTATTTGGTGAAGGTCCTTGTAGAAA 5969
Query 5864 CTCTCTAGCAACTCTGCAACAAGACTACAAGTTGAATTTCAAGTATGGAGGAAAAGTCTA 5923
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5970 CTCCCTAGCAACTCTGCAACAAGACTACAAGTTGAATTTCAAGTATGGAGGAAAAGTCTA 6029
Query 5924 GAAAACTTTCAATTACTTTTC 5944
|||||||| | ||||||||||
Sbjct 6030 GAAAACTTGCGATTACTTTTC 6050
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 296588845356
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5