BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg945283
Length=3187
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G27640.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr4... 5326 0.0
> AT4G27640.1 | Symbols: | ARM repeat superfamily protein | chr4:13797658-13803063
REVERSE LENGTH=3589
Length=3589
Score = 5326 bits (2884), Expect = 0.0
Identities = 3088/3189 (97%), Gaps = 4/3189 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATCAATCAACAAACAAACTATGGCGCAATCTCTCGAACTTCTCTTGATCCAATTCCTCA 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 68 GATCAATCAACAAACAAACTATGGCGCAATCTCTCGAACTTCTGTTGATCCAATTCCTCA 127
Query 61 TGCCTGACAACGATGCTCGGCGTCAAGCAGAGGATCAGATCAAACGTCTTGCCAAAGATC 120
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 TGCCAGACAACGATGCTCGGCGTCAAGCAGAGGATCAGATCAAACGTCTTGCCAAAGATC 187
Query 121 CTCAAGTTGTTCCCGCTCTTGTTCAGCATCTCCGCACCGCTAAAACCCCCAACGTCCGCC 180
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 188 CTCAAGTTGTTCCCGCTCTCGTTCAGCATCTCCGCACCGCTAAAACCCCCAACGTCCGCC 247
Query 181 AGCTCGCTGCCGTCCTCCTCCGCAAAAGAATCACCGGACATTGGGCTAAGCTTTCTCCTC 240
||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 AGCTCGCCGCCGTTCTCCTCCGCAAAAGGATTACCGGACATTGGGCTAAGCTTTCTCCTC 307
Query 241 AGCTTAAGCAGCATGTTAAGCAATCCTTAATCGAGAGTATCACTGTTGAGAATAGTCCAC 300
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 308 AGCTTAAACAGCATGTTAAGCAATCCTTAATCGAGAGCATCACTGTGGAGAATAGTCCAC 367
Query 301 CGGTGAGGCGTGCGAGTGCTAATGTTGTGAGTGTAGTAGCCAAGTACGCTGTTCCAGCTG 360
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 368 CGGTGAGACGTGCGAGTGCTAATGTTGTGAGTGTAGTAGCCAAGTACGCTGTTCCAGCTG 427
Query 361 GAGAGTGGCCTGATTTATTAACCTTTCTCTTTCAGTGTAGTCAGAGTGCTCAAGAAGATC 420
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 428 GAGAGTGGCCTGATTTATTAACCTTTCTCTTCCAGTGTAGTCAGAGTGCTCAAGAAGATC 487
Query 421 ATCGTGAAGTAGCATTGATTCTTTTCAGCTCTTTGACTGAAACGATTGGGAACACATTTA 480
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 488 ATCGTGAAGTAGCATTGATCCTTTTCAGCTCTTTGACAGAAACGATTGGGAACACATTTA 547
Query 481 GGCCATACTTTGCCGAGTTGCAGGCTCTTCTTCTTAAGTGTATGCAGGATGAAAGCAGTA 540
||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 GGCCATACTTTGCAGACTTGCAGGCTCTTCTTCTCAAGTGTATGCAGGATGAAAGCAGTA 607
Query 541 GTCGAGTCAGAGTTGCTGCTCTCAAGGCGGTTGGTTCTTTTCTTGAATTCACAAACGACG 600
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 608 GTCGTGTCAGAGTTGCTGCTCTCAAGGCGGTTGGTTCTTTTCTGGAATTCACCAACGACG 667
Query 601 GGGATGAAGTGGTCAAGTTCCGAGATTTCATTCCCAGTATATTGGATGTATCAAGGAAAT 660
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 GAGATGAAGTGGTGAAGTTCCGAGATTTCATTCCCAGTATATTGGATGTATCAAGGAAAT 727
Query 661 GTATTGCATCTGGCGAGGAGGATGTTGCTATACTTGCTTTTGAAATTTTTGATGAGCTGA 720
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 728 GTATTGCATCTGGAGAGGAGGATGTTGCTATACTTGCTTTTGAAATTTTTGATGAGCTGA 787
Query 721 TTGAATCTCCTGCTCCCCTTCTTGGAGATTCTGTCAAATCAATTGTGCAGTTCTCTCTTG 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TTGAATCTCCTGCTCCCCTTCTTGGAGATTCTGTCAAAGCAATTGTGCAGTTCTCTCTTG 847
Query 781 AAGTTTCCTGTAATCAAAATCTGGAAAGTAGCACCCGTCACCAGGCAATCCAAATAGTTT 840
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 AAGTTTCCTGTAACCAAAATCTGGAAAGTAGCACCCGTCACCAGGCAATCCAAATAGTTT 907
Query 841 CATGGTTGGCAAAGTACAAATACAATTCCCTTAAAAAATATAAGCTAGTCATACCAGTTT 900
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| | |
Sbjct 908 CATGGTTGGCAAAGTATAAATACAATTCCCTTAAAAAACATAAGCTTGTCATACCAATCT 967
Query 901 TGCAAGTTATGTGCCCTTTACTTGCTGAGTCATCTGATCAAGACGACGATGATGATCTTG 960
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 968 TGCAAGTTATGTGCCCTTTACTCGCTGAGTCATCTGATCAAGAGGACGATGATGATCTTG 1027
Query 961 CTCCTGATCGTGCAGCTGCTGAAGTTATTGACACTCTAGCTATGAATCTGCCAAAGCATG 1020
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1028 CTCCTGATCGTGCATCTGCTGAAGTTATTGACACTCTAGCTATGAACCTGCCAAAGCATG 1087
Query 1021 TATTCCTCCCTGTTATTGAATTTGCTTCCATGCATAGTCAAAGTACAAACCTGAAGTTTC 1080
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1088 TATTCCTCCCTGTTCTTGAATTTGCTTCCGTGCATTGTCAAAGTACAAACCTCAAGTTTC 1147
Query 1081 GGGAAGCATCTGTAACAGCTCTAGGTGTTATATCGGAGGGTTGCTTTGATCTGATGAAAG 1140
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148 GGGAAGCTTCTGTAACAGCTCTTGGTGTTATATCAGAGGGTTGCTTTGATCTGATGAAAG 1207
Query 1141 AGAAGCTGGA-CCTTGTTCTTAACATAGTCTTAGGAGCTTTAAGAGACCCTGAGCTAATG 1199
|||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1208 AGAAGCTGGATAC-TGTTCTTAATATAGTCTTAGGAGCTTTAAGAGACCCTGAGCTAGTG 1266
Query 1200 GTTCGAGGGGCTGCATCATTTGCAATTGGCCAATTCGCCGAGCATCTTCAGCCCGAAATC 1259
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1267 GTTCGAGGGGCTGCATCATTTGCAATTGGCCAATTCGCTGAGCATCTTCAGCCCGAGATC 1326
Query 1260 CTCTCGCACTATCAGAGTGTCCTTCCATGCCTATTGAATGCGATTGAAGATACATCTGAG 1319
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1327 CTATCACACTATCAGAGTGTCCTTCCATGCCTATTGATTGCAATTGAAGATACATCTGAG 1386
Query 1320 GAAGTGAAGGAAAAGTCACACTATGCTTTAGCAGCATTCTGTGAGAACATGGGAGAGGAA 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1387 GAAGTGAAGGAAAAGTCACACTATGCTTTAGCAGCATTCTGTGAGAACATGGGAGAGGAA 1446
Query 1380 ATTGTTCCGTTGCTTGATCATTTAATGGGGAAGCTTATGGCAGCCCTTGAAAATAGTCCG 1439
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1447 ATTGTTCCGCTGCTTGATCATTTAATGGGGAAGCTTATGGCAGCCCTAGAAAATAGTCCG 1506
Query 1440 CGTAATCTACAGGAGACATGCATGTCTGCAATTGGGTCGGTTGCTGCTGCTGCAGAGCAA 1499
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1507 CGTAATCTACAAGAGACATGCATGTCTGCAATTGGGTCGGTTGCTGCTGCTGCAGAGCAA 1566
Query 1500 GCCTTCAATCCATATGCTGAGAGGGTTCTAGAGTTAATGAAGTTTTTCATGGTGCTCACC 1559
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 GCATTCAATCCATACGCTGAGAGGGTTCTAGAGTTGATGAAGTTTTTCATGGTGCTCACC 1626
Query 1560 AAAGACGAGGATCTCCGTGCCCGTGCCAGGTCTACTGAGCTTGTAGGGATTGTTGCAATG 1619
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 AAAGACGAGGATCTTCGTGCCCGTGCCAGGTCTACTGAGCTTGTAGGGATTGTTGCAATG 1686
Query 1620 TCTGTTGGGAGAAAAGGGATGGAGGCCATTTTGCCACCTTTCATTGATGCTGCAATATCA 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687 TCTGTTGGGAGAAAAGGGATGGAGGCCATTTTGCCACCTTTCATTGATGCTGCAATATCA 1746
Query 1680 GGATTTGAATTGGACTTCAGTGAGTTGCGAGAATATACTCATGGATTCTTCAGCAACGTA 1739
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1747 GGATTTGAATTGGAGTTCAGTGAGTTGCGAGAATATACTCATGGATTCTTCAGCAACGTA 1806
Query 1740 GCTGAAATATTGGATGACACTTTTGCCCAGTATTTGCCTCGCGTTATGCCATTAGTATTT 1799
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1807 GCAGAAATATTGGATGACACTTTTGCCCAGTATTTGCCTCGTGTTATGCCATTAGTATTT 1866
Query 1800 GCTTCGTGCAATCTTGATGATGGATCTGCAGTGGACATTGATGAGTCAGACGATGAAAAT 1859
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1867 GCTTCGTGCAATCTTGATGATGGATCTGCAGTGGACATTGATGAGTCAGATGATGAAAAT 1926
Query 1860 GTCAATGATTTTGGCGGGGTATCCTCTGATGATGATGCTCACGATGAGCCCAGAGTTCGG 1919
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 1927 GTCAATGATTTTGGTGGGGTATCCTCTGATGATGATGCTGATGATGAGCCCAGAGTTAGG 1986
Query 1920 AACATTAGCGTTAGAACAGGAGTTTTGGATGAAAAGGCAGCTGCAACTCAAGCTCTTGGC 1979
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1987 AACATTAGCGTTAGAACAGGAGTTTTAGATGAAAAGGCAGCTGCAACTCAAGCTCTTGGC 2046
Query 1980 CTGTTTGCACTCCACACTAAATCTTCTTTTGCACCCTATCTCGAGGAATCATTGAAGATT 2039
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2047 CTGTTTGCACTCCACACTAAATCTGCTTTTGCACCCTACCTCGAGGAATCATTGAAGATT 2106
Query 2040 ATGGACAAACATTCTGCATATTTTCATGAAGATGTTCGGCTTCAAGCAGTTACTGGTTTG 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2107 ATGGACAAACATTCTGCATATTTTCATGAAGATGTTCGGCTTCAAGCAGTTACTGGTTTG 2166
Query 2100 AAACATATATTGGCTGCAGCGCATGCTATTTTCCAGACTCATAATGATGGAACTGGGAAG 2159
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2167 AAACATATATTGGCTGCAGCTCATGCTATCTTCCAGACTCATAATGATGGAACTGGAAAG 2226
Query 2160 GCAAATGAAATTCTTGATACAGTTATGAATAATTATATCAAAACTATGACTGAAGATGAC 2219
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2227 GCAAATGAAATTCTTGATACAGTTATGAATAATTATATCAAAACTATGACTGATGATGAC 2286
Query 2220 GACAAGGAGGTTGTTGCTCAGGCTTGCATGAGTGTAGCCGATATAATGAAGGATTATGGT 2279
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2287 GACAAGGAGGTTGTTGCTCAGGCTTGCATCAGTGTTGCCGATATCATGAAGGATTATGGT 2346
Query 2280 TACGTAGCCATTCAAAAGTATTTATCACCCCTTGTTGACGCGACATTGCTACTGCTGACG 2339
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2347 TACCCAGCCATTCAAAAGTATTTATCACCCCTTGTTGATGCGACATTGCTACTGCTGACG 2406
Query 2340 GAGAAAGCAGCTTGCCAGCAGTTAGAAGATGAGAGTGATATTGATGATGATGATACTGGA 2399
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2407 GAAAAAGCAGCTTGCCAGCAGTTAGAAGATGAGAGTGATATTGATGATGATGATACTGGA 2466
Query 2400 CATGATGAGGTCCTCATGGATGCAGTTTCTGACCTCCTTCCCGCCTTTGCAAAGTGTATG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467 CATGATGAGGTCCTCATGGATGCAGTTTCTGACCTCCTTCCCGCCTTTGCAAAGTGTATG 2526
Query 2460 GGTTCTCAATTTGAACCTGTCTTTGCCAAATTCTTTGAGCCGTTGATGAAATTTGCGAAA 2519
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2527 GGTTCTCAATTTGAACCTGTCTTTGCCCAATTCTTTGAGCCGTTGATGAAATTTGCGAAA 2586
Query 2520 GCTTCACGTCCCCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAAGTTGCTCAA 2579
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2587 GCTTCACGTCCTCCACAGGATAGGACAATGGTAGTTGCTAGTCTTGCTGAGGTTGCTCAA 2646
Query 2580 GACATGGGTCCTCCAATCTCTGCCTATGTTGATAGATTAATGCCGTTGGTGCTCAAAGAA 2639
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2647 GACATGGGTCTTCCAATCTCTTCCTATGTTGATAGATTAATGCCTTTGGTGCTCAAAGAG 2706
Query 2640 TTGGGCTCACCAGAAGCAACCAATAGAAGGAATGCAGCTTTCTGTGTTGGAGAGCTATGC 2699
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2707 TTGGGGTCACCAGAAGCAACCAATAGAAGGAATGCAGCTTTCTGTGTTGGAGAGCTATGC 2766
Query 2700 AAAAACGGGGGTGAAACTGCTCTTAAATATTTTGGTGATGTGCTACGCGGAATTTCCCCG 2759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2767 AAAAACGGGGGTGAAACTGCTCTTAAATATTTTGGTGATGTGCTACGCGGAATTTCCCCA 2826
Query 2760 CTTTTCGGGGATTCAGAACCAGACCTTGCTGTTAGGGATAATGCAGCAGGTGCTACCGCA 2819
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2827 CTTTTCGGGGATTCAGAACCAGACCTTGCTGTTAGGGATAATGCAGCAGGTGCTACCGCA 2886
Query 2820 AGGATGATTGTTGTTCATCCTCAACTAGTCCCGCTAAATCAAGTACTTCCAGTGTTCTTA 2879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 AGGATGATTGTTGTTCATCCTCAACTAGTCCCGCTAAATCAAGTACTTCCAGTGTTCTTA 2946
Query 2880 AGAGGTCTACCCCTAAAGGAAGATCAAGAGGAGTCCATGGCTGTTTACAGCTGTATATAT 2939
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2947 AGAGGTCTACCTCTAAAGGAAGATCAAGAGGAGTCCATGGCTGTTTACACCTGTATATAT 3006
Query 2940 TCCCTTGTTTCGTCATCCAATCCACAGATCTTCTCTCATGTTCCGGAGCTGGTTAAAATC 2999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3007 TCCCTTGTTTCGTCATCCAATCCACAGATCTTCTCTCATGTTCCGGAGCTGGTTAAAATC 3066
Query 3000 TTTGGGCAAGT-TCTGGAGTCGCCAGTCGAAAAAGTTGAAGTGAAAGCAATTGTAGGCAG 3058
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3067 TTTGGGCAAGTAT-TGGAGTCGCCAGTCGAAAAAGTTGAAGTGAAAGCAATTGTAGGCAG 3125
Query 3059 AACCTTCTCCCATCTAATCTCGGTTTATGGGAATCAGTTGCAGCCAATTATAAGTAGTCT 3118
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3126 AACTTTCTCCCATCTAATCTCGGTTTATGGGAATCAGTTGCAGCCAATAATAAGTAGTCT 3185
Query 3119 ACCGCCTTCTCAAGCAAACGTTCTTGCTGCGTTTGCATCTACTAGTTGATTGTCGCTTGT 3178
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 3186 ACCGCCTTCTCAAGCTAACGTTCTCGCTGCGTTTGCATCCACGAGTTGATTGTCGCTTGT 3245
Query 3179 GGTATATTT 3187
| |||||||
Sbjct 3246 GATATATTT 3254
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 158527539880
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5