BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg945352
Length=2701
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G27060.1 | Symbols: TOR1, SPR2, CN | ARM repeat superfamily ... 4556 0.0
> AT4G27060.1 | Symbols: TOR1, SPR2, CN | ARM repeat superfamily
protein | chr4:13581401-13585155 REVERSE LENGTH=2860
Length=2860
Score = 4556 bits (2467), Expect = 0.0
Identities = 2623/2701 (97%), Gaps = 0/2701 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTCGAGTGACAGATCTCGTCTATCTTCTCCAATTCGTCTATCTTCTTCTCCGATTAATC 60
||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 TTTCGAGTGTCAGATCTCGTCTTTCTTCTCCAACTCGTCTATCTTCTTCTCCGATTAATC 61
Query 61 TCATCTCTCGTCGGAGATTTCGGAATGAGCACACCTACAACTTCCGGTTCGGCGGCGAAA 120
| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 62 TAATCTCTCGTCGGAGATTTAGAAATGAGCACACCTACAACTTCCGGTTCGGCGGCGAAA 121
Query 121 CCGACGAGACCAGCAAGGTCGTCGAGTTTAGCAACTAGGTCATCTTCCAATTCCGGTTCC 180
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 122 CCGACGAGACCAGCACGGTCGTCGAGTTTAGCAACTAGGTCATGTTCCAATTCCGGTTCC 181
Query 181 CTCACTTCATTCCAAGCAATGGTGGAGCTGAAGCAAAAGATCCTTACCTCAATCTCTAAG 240
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 CTCACTTCGTTCCAAGCAATGGTGGAGCTGAAGCAAAAGATCCTTACCTCAATCTCTAAG 241
Query 241 CTCGCCGATCGAGATACATACCAGATCGCCGTCGAAGATCTTGAGAAAACTATTCAATCT 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 242 CTCGCCGATCGAGATACATACCAGATCGCCGTCGAGGATCTCGAGAAAACTATTCAATCT 301
Query 301 CTCACTCCCGAAACCCTACCGATGTTTCTCAATTGTCTCTACGATTCGTGCTCCGATCCG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 302 CTCACTCCCGAAACCCTACCGATGTTTCTCAATTGTCTCTACGATTCGTGCTCCGATCCG 361
Query 361 AAACCTGCAGTGAAGAAGGAGTGTCTCCATCTCCTCTCTTGCGTTTGTAGTCTCCATTGC 420
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 362 AAACCTGCAGTGAAGAAGGAGTGTCTCCATCTTCTCTCCTACGTTTGTAGTCTCCATTGC 421
Query 421 GATTCGACGGCTGCGCATCTCACTAAAATCATCGCTCAGATAGTTAAACGGTTGAAGGAT 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 GATTCGACGGCTGCGCATCTCACTAAAATCATCGCTCAGATAGTTAAACGGTTGAAGGAT 481
Query 481 TCTGATTCTGGAGTTAGGGATGCTTGTAGAGATACGATTGGTGCTTTGTCAGGGATTTAT 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 482 TCTGATTCTGGAGTTAGGGATGCTTGTAGAGATACGATTGGTGCTTTGTCTGGGATTTAT 541
Query 541 CTCAAGGGGAAAGAAGAGGGGACTAATACTGGTTCAGCCTCATTAGCGGTGGGTTTGTTC 600
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 542 CTCAAGGGAAAAGAAGAGGGGACTAATACTGGTTCAGCGTCGTTAGCGGTGGGTTTGTTC 601
Query 601 GTTAAGCCATTGTTTGAGGCAATGGGAGAGCAGAACAAAGTAGTACAATCTGGAGCTGCA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 602 GTTAAGCCATTGTTTGAGGCAATGGGAGAGCAGAACAAAGTGGTACAATCTGGAGCTTCA 661
Query 661 ATGTGTATGGCTAGGATGGTTGAATCAGCAGCTAGTCCTCCAATTACTTCTTTTCAAAAG 720
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||
Sbjct 662 ATGTGTATGGCTAGGATGGTTGAATCAGCTGCTAGTCCTCCAGTTACTTCTTTCCAAAAG 721
Query 721 CTTTGCCCTAAAATTTGCAAGCTATTGAGCAATTCTAGTTTCCTTGCTAAGGCTTCCCTT 780
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 CTTTGCCCTAGAATTTGCAAGCTATTGAGCAATTCCAGTTTCCTTGCTAAGGCTTCCCTT 781
Query 781 TTGCCAGTTGTTTCAAGTCTCTCTCAGGTGGGAGCCATTGCACCTCAGAGCTTGGAGTCA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 TTGCCAGTTGTTTCAAGTCTCTCTCAGGTGGGAGCCATTGCACCTCAGAGCTTGGAGTCA 841
Query 841 TTGCTAGAAAGTATCCATGATTGCCTTGGAAGTACAGATTGGGTAACACGAAAGGCTGCG 900
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 842 TTGCTAGAAAGCATCCATGATTGCCTTGGAAGTACAGATTGGGTAACACGAAAAGCTGCG 901
Query 901 GCTGAGACCCTGACTGCATTGGCATCACATTCAAGCAGTTTAATTAAGGAAAAAACCGAT 960
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 GCTGAGACCCTGACTGCATTGGCATCACATTCAAGCGGTTTAATTAAGGAAAAAACCGAT 961
Query 961 TCCACCATTACCGTGCTTGAGACCTGCCGGTTTGACAAGATTAAACCTGTCAGGGAAAGT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 962 TCCACCATTACCGTGCTTGAGACCTGCCGGTTTGACAAGATCAAACCTGTTAGGGAAAGT 1021
Query 1021 GTGACAGAGGCGCTGCAGTTATGGAAGAAGATTTCTGGAAAATATGTCGATGGTGCTTCA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1022 GTGACAGAGGCGCTGCAGTTATGGAAGAAGATTTCTGGAAAATATGTCGATGGTGCTTCA 1081
Query 1081 GATGAGTCAAAGCTTTCAGCTAGTGAGCAGCTTGGATCAGAGAAGAACGGGGAGAAAAGG 1140
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 GATGATTCAAAGCTTTCAGCTAGTGAGCAGCTTGGATCAGAGAAGAACGGGGAGAAAAGG 1141
Query 1141 TCTAATCTAGCTGATCTAATGAAAAAGGAGACACCCGATGGTTCCACACTTTCACCAGAC 1200
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1142 TCTAATCTAGCTGATCTAATGAAAAAGGAGGCATCCGATGGTTCCACTCTCTCACCAGAC 1201
Query 1201 TCTGCTTTTAAAGGAAAAGGATGTCTTCCTGAAAAAGCAGTAGGACTGTTGAAGAAGAAA 1260
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 TCTGCTTCTAAAGGAAAAGGATGTTTTCCTGAAAAAGCAGTAGGACTGTTGAAGAAGAAA 1261
Query 1261 GCACCTGTCCTAAGTGACAAAGATTTTAATCCTGAATTTTTCCAGAGACTAGAAAGAAGG 1320
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1262 GCACCTGTCTTAAGTGATAAAGATTTTAATCCTGAGTTTTTCCAAAGACTAGAAAGAAGG 1321
Query 1321 CAATCCGTGGAAGTAGTAGTTCCTCGTAGATGTAAAAACAATGATGAGGAAGAATCAGGA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 CAATCCGTGGAAGTAGTAGTTCCTCGTAGATGTAAAAACAATGATGAGGAAGAATCAGGA 1381
Query 1381 CTCGATGATCTCAATGCCATGGGATCTTCAAATCGCCTCAAGAACACCCAAGCAGATGAT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 CTCGATGATCTCAATGCCATGGGATCTTCAAATCGCCTCAAGAACACCCAAGCAGATGAT 1441
Query 1441 AAACAGGTAAAAGGTAGGTTTGATGGGAACGGATCACAAGCAGGGACATCTGGTGATGAT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1442 AAACAGGTAAAAGGTAGGTTTGATGGGAACGGATCACAAGCAAGGACATCTGGTGATGAT 1501
Query 1501 AAAGCTGGTGTTGTAAACGGAAAAGAGACACCTGGAAATCACGCTCCTGTCTCCAATACT 1560
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1502 AAGGCTGGTGTTGTAAACGGAAAAGAGACACCTGGACATCACGCTCCTGTCTCCAATACT 1561
Query 1561 GATAACCAATCTGAAGGATCCTTCACAAGTAATAGAGGAAATTGGTCAGCCATCCAGAGG 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562 GATAACCAATCTGAAGGATCCTTCACAAGTAATAGAGGAAATTGGTCAGCCATCCAGAGG 1621
Query 1621 CAGTTGTTGCAGCTAGAGAGACAACAAACAAATCTTATGAACATGCTCCAAGAGTTTATT 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 CAGTTGTTGCAGCTAGAGAGACAACAAACAAATCTTATGAACATGCTCCAAGAGTTTATT 1681
Query 1681 GGTGGCTCACATGACAGTATGGTGACCTTGGAGGGCAGGGTAAGAGGTTTAGAGAGGATT 1740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1682 GGTGGCTCACATGACAGTATGGTGACCTTGGAGGGCAGAGTAAGGGGTTTAGAAAGGATT 1741
Query 1741 GTTGGAGACATGGCAAGAGATCTTTCGATATCATCAGGTCGTAGGGCTAATCTCACAGCT 1800
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1742 GTTGAAGACATGGCAAGAGATCTTTCGATATCATCAGGTCGTAGGGCTAATCTCACAGCT 1801
Query 1801 GGATTTGGCAAAAATAATAGCTCTGCTAACTATCCAACTGGAAAGTATAATGGTCGAGCT 1860
|| ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1802 GGGTTTGGCAAATATAATAGTTTTGCTAACTATCCAACTGGAAAGTATAATGGTCGAGCT 1861
Query 1861 CCAGGGGAAAGAGGCTCACAACCAGATGGAGCTATGAGGGGGAGAATGTGGAATTCTGAC 1920
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1862 CCAGGGGAAAGAGGCTCACAAACAGATGGAGCTATGAGGGGGAGAATGTGGAATTCTGAC 1921
Query 1921 ATGGCGGATGACTGGTTCATACCTCCACATGCTGCTTCCAGAAACGGACAAGCCGGGCCA 1980
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922 ATGGCAGATGACTGGTTCATACCTCCACATGCTGCTTCCAGAAACGGACAAGCCGGGCCA 1981
Query 1981 AGAAGATCACCTCGGTCAGAACAATATGAGAATGAGCACATGGGTAATGACAGGAGAGGG 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1982 AGAAGATCACCTCGGTCAGAACAATATGAGAATGAGCACATGGGTAATGGCAGGAGAGGG 2041
Query 2041 TGGGATAATAAAGCATCTGGAACTATTAGATTTGGTGAAGGCCCTTCAGCAAGAAGTGTG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042 TGGGATAATAAAGCATCTGGAACTATTAGATTTGGTGAAGGCCCTTCAGCAAGAAGTGTG 2101
Query 2101 TGGCAAGCATCAAAGGATGAAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCGAGGATGGT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2102 TGGCAAGCATCAAAGGATGAAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCGAGGATGGT 2161
Query 2161 GCAGTCCCTCGTCCAACCCGAGTGGCTGTTGCCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAT 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162 GCAGTCCCTCGTCCAACCCGAGTGGCTGTTGCCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAT 2221
Query 2221 GAAAACGAAGGGCAGGAACGCGACCCGATATGGGCTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCA 2280
|| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2222 GATAACGAAGGGCAGGAACGTGACCCGATATGGGTTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCA 2281
Query 2281 CTCCGGGTTGGTGACCTTGATGCTGCTTACGCAGAAGTCCTCTGTGCCGGTGACCAGCAC 2340
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2282 CTCCGTGTTGGTGACATTGATGCTGCTTACGCAGAAGTCCTCTGTGCTGGTGACCAGCAC 2341
Query 2341 TTGATCATCAAGCTGATGGACAGGACGGGACCTTCTCTTGACCAGATGTCAAATGAGATT 2400
||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2342 TTGGTCATCAAGCTGATGGACAAGACGGGACCTTCTCTTGACCAGATGTCGAATGAGATT 2401
Query 2401 GCAAATGAAGCTTTTAACTTCATCTCTCAGTTTTTACTGGATCATAATCTCTATGACATT 2460
|| ||||||||| | |||||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||||||
Sbjct 2402 GCCAATGAAGCTCTAAACTTCATCTCTCAGTTTCTGCTGGATCATAGTCTCTACGACATT 2461
Query 2461 TGCTTATCTTGGAGTCAACAGCTGTTGGAACTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACGTTT 2520
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2462 TGCTTATCTTGGAGTCAACAGCTGTTGGAATTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACGTTT 2521
Query 2521 GGAGTTCCAGTGGAACTGAAGACAGAGATCTTGTACAACTTACAAGACGCGTGTTCGACA 2580
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2522 GGAGTTCCAATGGAACTGAAGACAGAGATCTTGTACAACTTACAAGACGCATGTTCGACT 2581
Query 2581 ATGGATCCACCTGAAGACTGGGAAGGTCCTGCGCCGGAACAGCTCGTGGTGCAGTTGGCA 2640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2582 ATGGATCCACCTGAAGACTGGGAAGGTCCTGCGCCGGAACAGCTCGTGGTGCAGTTGGCA 2641
Query 2641 TCAGTTTGGGAAATCGATCTCCAACAGTTTGACAAGTAAACATGAGCTTGTGATCAGAGC 2700
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 2642 TCAGTTTGGGAAATCGATCTCCAACAGTTCGACAAGTAAACATGAGCTTGTGAACGGAGC 2701
Query 2701 T 2701
|
Sbjct 2702 T 2702
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134146405582
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5