BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg945493
Length=2617
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G25880.1 | Symbols: APUM6, PUM6 | pumilio 6 | chr4:13154708-... 4152 0.0
> AT4G25880.1 | Symbols: APUM6, PUM6 | pumilio 6 | chr4:13154708-13159382
FORWARD LENGTH=3211
Length=3211
Score = 4152 bits (2248), Expect = 0.0
Identities = 2490/2608 (95%), Gaps = 11/2608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 17 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATGTCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 76
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 318 AGAAATGGCAACTGAGAATCCTATTAGGATATCTGGAAGCAATGAAAGATGGTCTAATTC 377
Query 77 TAGGAAAGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAGCATGGAGGGGTCTTT 136
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 378 TAGGAAGGTTTCTGTTCCTAATCGAAGTGGCAGTGCGCCACCGAACATGGAGGGGTCTTT 437
Query 137 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGGTTACAATAACTTGAAGCT 196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 438 TCTAGCTGTGGATAATCTATTGTCACGACAGGGCGGCTCAGTTTACAATAACTTGATGCT 497
Query 197 ACCGAGTTACGGGTTTGAGGAGCCTGTGGCCACTCATCCTTCTTCTAAACACAACCTTAA 256
|||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||
Sbjct 498 ACCGCGTTACGGGTTTGAGGAGCCCGTGACCACTCATCCTTCTTCTAAACATAGCCTTAA 557
Query 257 TCGCATACCTTCCCCACCTATTTATTACCCTACTGATTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 316
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 558 CCGCATACCTTCTCCACCGATTTATTACCCTACTGAGTATCAGTTCATAGACAATCGTGT 617
Query 317 AGGTAGATTTAGAAGTAATCAGGGATTGAATAAAGTTAGTTCTCCTATTCATTTGTCCCA 376
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
Sbjct 618 AGGTAGATTTAGAAGTAACCAGGGATTGAATAAAGTTAATTCTCCCATTCATTTGTCCCA 677
Query 377 AGGTAAACTTCCTACTCATAAGGAAGTGTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 436
||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 678 AGGCAAACTTTCTACTCATAAGGAAGTTTCTGAGGATGAAAGCTCCCAACAGTTATCTGT 737
Query 437 TACTAGTGTTTCAGATAGGACTA-ATGGGTTGGACA------TTTCGCCTGGTTCTCAAA 489
|| |||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 738 TAATAGTGTTTCAGATAGGAC-AGATGGATTGGACATTCGTCTTTCACCTGGTTCTCAAA 796
Query 490 GTTTGGCTGATTTCAGGCAGGATGATAATTCTTCTGGGCCGACCCTTCAACATAGTCGGT 549
||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 797 GTTTGGCCGATTTCAGGCAGGATGATACTTCTTCTGGGCAGACCCCTCAACATAGTCGGT 856
Query 550 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCGGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGATGT 609
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 857 CTAACTCTTCAAATGGTGAAGTGAACACAGCAGATGAGAGTGGTAACTTCTCAGAGTTGT 916
Query 610 CAGATGATGTCATGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACAGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 669
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 CAGATGATGTCGTGGTTAAAGATAATGCTGCTTCAACGGCAAGAGCTTCCATTGGCAATG 976
Query 670 AGAAGAATCCAGATGAATCGACTATCATCTCTAAAATGAAGAATACTAACATATCCGGAC 729
|||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 977 AGAAGAGTCCTGATGAATCGACTATCATCTCCAAAATGAAGAGTACTAACATATCCGGAC 1036
Query 730 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGCACAGCCAGAAAGGCAGCTGCATC 789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1037 CTGGAACGGCTAAATACCCTCGAGAACCAAGGTATGGACAGCCAGAAAGGCAGCCGCATC 1096
Query 790 AACAGCAAAATAATGCAACCTGGATTCAAAATGGCAGCAAAATGGGTTCTCATGGTGTAA 849
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1097 AACAGCAAAATAATGCAACTTGGATTCAAGGTGGCAGCAATATGGGTTCTCATGGTGTAA 1156
Query 850 ACGATGCAGTTATCGGGACCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 909
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 ACGATGCAGTTATCGGGGCCGGACAGTTTCATTATGGACAACCTTACAAGTTCTCGGGTG 1216
Query 910 ATGGTCAGCCTGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACGCCGCCTCTACTTTACACTGCTACCC 969
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1217 ATGGTCAGCCCGTACTTCAGTCTTCCGGTTTTACACCGCCTCTGCTTTACACTGCTACCC 1276
Query 970 AAACGGCCTATATGACTTCACCGGCTCATGTCTATAATATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1029
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 AAACGGCTTATATGACTTCACCAGCTCATGTCTATAACATGCAGTCTCCTGCTGTTTATT 1336
Query 1030 CTCCTCAATATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCACAGTTTATGCCTGGATACC 1089
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1337 CTCCTCAGTATGGTTATGGACCATACACCAACATGATCCCTCAGTTTATGCCTGGATACC 1396
Query 1090 CTTCCCATGGTTCTGTTCCAGTTATTGTCAGTCCAGATTTCGTTCCTCAATTATCTGGGC 1149
||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 1397 CTTCCCATGGTTCTGTTCCTGTTGTTGTCAGTCCAGATTTCATTCCTCAGTTATCTGGGC 1456
Query 1150 CAAGTGCAGGAAATGTAGTCCACGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1209
|||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 CAAGTGCAGGAAGTGTGGTCCATGGAGGTGAAATGCAGTATGCGGAGAAGCTCTATGTTC 1516
Query 1210 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1269
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 CACCAGGACAACCTTCTTTTCCAGATCCTATGTATATGCAGTACTGTCAACAGTCATTTG 1576
Query 1270 GGCAGATGGAACCGCTGGCTCCTAGGAATCACACGAATGCTCCTGAGTCTCAGAAAGATG 1329
||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1577 GGCAGATGGAACCACTGGCTCCTAGGAACCACACCAATGCTCCCGAGTCTCAGAAAGATG 1636
Query 1330 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATAAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGGTAGAACGGGAA 1389
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1637 ATCCAAAGTTCCTTCGACAAATTAGAGGGCCAAGTAACTCTAATATGGCAAGACCGGGAA 1696
Query 1390 TGGGTGTTAATTATTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1449
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 TGGGTGTTAATTACTATGGAATCCAGCCAAATATGGGCATTATGGTGCAGTATCTGCCTA 1756
Query 1450 CACAGCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCCTGTTCCCTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1509
|||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1757 CACATCTCGGCCCTCCTCTTTCACCAGGTCATGTTCCTTATGTCGAGGCATATCCTGGAT 1816
Query 1510 GGCAGTCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1569
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1817 GGCAGCCACAAGGGAGCTTAGAAGGTGCCAATGGCCCTCGATTGTGCAATTTTCTTGAAG 1876
Query 1570 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 AGCTGAAATCTGGGAAAGGTAGGAGGTTTGATCTATCTGACATCACAGGACACATTGTTG 1936
Query 1630 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCAGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1689
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1937 AATTCAGTGCGGATCAACATGGGAGCCGATTTATTCAGCAAAAGCTTGAGAATTGTAAAC 1996
Query 1690 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1997 CAGAAGAAAAAGCAGCTGTCTTTAGGGAAATTCTTCCTCATGCTTGCAAACTCATGACAG 2056
Query 1750 ATGTGTTTGGCAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTCGAATATGGAAACTCAGCACAGAGAA 1809
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2057 ATGTGTTTGGAAATTATGTCATTCAGAAGTTTTTTGAATATGGAAACTCAACACAGAGAA 2116
Query 1810 AGGAACTCGCCGATCAACTCATGGGACAGATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 1869
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 AGGAACTCGCTGATCAACTCATGGGACAAATAGTACCACTTAGTCTGCAGATGTATGGTT 2176
Query 1870 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 1929
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2177 GTCGCGTGATACAAAAGGCTCTTGATGTCATAGAACCTGATCAGAGAGTTCGTTTAGCAC 2236
Query 1930 GTGAACTTGATGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAGAATGGAAACCATGTGATCC 1989
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2237 GTGAACTAGACGGGCAGGTCATGAGATGTGTTCGGGACCAAAATGGAAACCATGTGATCC 2296
Query 1990 AGAAATGCATCGAGAACATCCCAGCAGACAGAGTTGGGTTCATGTTACATGCATTCCGTG 2049
|||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2297 AGAAATGCATCGAGAACATCCCGGCAGACAAAGTTGGTTTCATGTTATATGCATTCCGTG 2356
Query 2050 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 GTCAAGTTTCCTCGCTCTCTATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTTTGG 2416
Query 2110 AGCGTTGCTCGCATGACCATCAATGTAGGTTCATTACTGAGGAGATACTGGAATCAGTAT 2169
||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 2417 AGCGTTGTTCACATGACCATCAATGTAGGTTCATTACCGAGGAGATACTGGAATCAGTCT 2476
Query 2170 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 GCGTCCTTTCCAAGGACCAATATGGTAATTATGTCACACAGCATGTCTTGGAGAAAGGGA 2536
Query 2230 CATCTGAAGAAAGGGAGAGAATCGTGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAGCTTAGCC 2289
||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2537 CATCTGAAGAAAGGGAGAGGATTGGGAGAAAACTCTCAGGGCACATCGTGCAACTTAGCC 2596
Query 2290 TACATAAATTTGCATCAAATGTTATAGAAAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAATTGAGC 2349
| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2597 TCCACAAATTTGCGTCAAATGTAATAGAGAAGTGTCTGGAGTATGGTGGTCGAGTTGAGC 2656
Query 2350 GGGACCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGATGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2409
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2657 GGGATCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTGACGAGAGCTATAATAGTCTATTGATGA 2716
Query 2410 TGATGAAAGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2469
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2717 TGATGAAGGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACATGTACGGCTG 2776
Query 2470 ATCAGCGTGCAACATTGTTCAGCAGAGTCAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2529
|||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2777 ATCAGCGTTTAACATTGTTCAGCCGAGTGAGAATGCATGCATCTGCATTGAAGAAATACA 2836
Query 2530 CATATGGGAAACATATTGTTACTCGTTTGGAGCAGCCCTTTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2589
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2837 CATATGGGAAACATATTGTTAGTCGTTTGGAACAGCCCTCTATTGAAGAAAACCAAGAAT 2896
Query 2590 TGAG-ATGATGAGTGGCT-TTCTGATTT 2615
|||| | ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2897 TGAGGA-GATGAGTGGCTCTTCTGATTT 2923
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 129932382370
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5