BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg945926
Length=2152
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G22130.1 | Symbols: SRF8 | STRUBBELIG-receptor family 8 | ch... 3581 0.0
> AT4G22130.1 | Symbols: SRF8 | STRUBBELIG-receptor family 8 |
chr4:11723513-11727673 FORWARD LENGTH=2674
Length=2674
Score = 3581 bits (1939), Expect = 0.0
Identities = 2079/2147 (97%), Gaps = 7/2147 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 ACCGACACGCTAATGGCTATTGGAGATAGAGCTATGTTCACTGTTTTGCTTATATTCATT 68
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 209 ACCGACACGCTAATGGCTATTGGAGATAGAGCTATGTTTACTGTTTTGCTTCTATTCATT 268
Query 69 GCTTTGATCTCTGGATTCTCTATTGTTAGTTGTGTTACTGATCCATCTGATGTTCAAGCC 128
|||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 269 GCTTCGATCTCTGGATTCTCTGTTGTTCGTTGTGTTACTGATCCATCTGATGTTCAAGCC 328
Query 129 CTTCAAGTTTTGTATACTTCACTAAATAGTCCTTCACAGTTAACCAATTGGAAAAATGGT 188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 329 CTTCAAGTTTTGTATACTTCACTAAATAGTCCTTCACAGCTAACCAATTGGAAAAATGGT 388
Query 189 GGTGGTGATCCATGTGGAGAGTCATGGAAAGGGATTACTTGTGAGGGCTCTGCAGTTGTC 248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 GGTGGTGATCCATGTGGAGAGTCATGGAAAGGGATTACTTGTGAGGGCTCTGCAGTTGTC 448
Query 249 TCTATAGATATATCGGATTTAGGAGTCTCTGGCACTCTTGGATACTTGCTCTCAGA-CTT 307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 449 ACTATAGATATATCGGATTTAGGAGTCTCTGGCACTCTTGGATACTTGCTCTCAGACCTT 508
Query 308 AATGTCACTCAGAAAATTGGATGTTAGTGGTAACAGCATCCATGATACACTTCCATATCA 367
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 509 AA-GTCACTCAGAAAATTGGATGTTAGTGGTAACAGCATCCATGATACACTTCCATATCA 567
Query 368 GTTGCCACCGAATCTCACAAGCCTAAATCTTGCGAGAAACAACCTAAGTGGTAACCTTCC 427
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 568 GTTGCCACCGAATCTCACAAGCCTAAATCTTGCGAGAAACAACCTAAGTGGTAACCTTCC 627
Query 428 ATACTCCATATCCGCCATGGGTTCTCTTTCGTATTTGAATGTAAGTGGTAATTCACTTAC 487
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 ATACTCCATATCCGCCATGGGTTCTCTTTCGTATATGAATGTAAGTGGTAATTCACTTAC 687
Query 488 TATGTCGATAGGAGATATCTTTGCTGATCACAAGTCACTGTCAACCTTGGACCTTTCTCA 547
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 688 AATGTCAATAGGAGATATCTTTGCTGATCATAAGTCACTGGCAACCTTGGACCTTTCTCA 747
Query 548 TAACAACTTCAGTGGCGATCTTCCGAGTTCCTTAAGCACAGTGTCCGCACTTTCCGTTCT 607
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 748 TAACAACTTCAGTGGCGATCTTCCTAGTTCCTTAAGCACAGTGTCCACACTTTCCGTTCT 807
Query 608 TTATGTTCAGAACAATCAGTTGACAGGTTCTATCGATGTTCTCTCGGGTTTGCCTTTGAC 667
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 808 TTATGTTCAGAACAATCAATTGACAGGTTCCATCGATGTTCTCTCGGGGTTGCCTTTGAA 867
Query 668 AACGTTAAATGTTGCAAACAATCATTTCAATGGATCCATACCTAAGGAGCTTAGCTCTAT 727
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 868 AACTTTAAATGTTGCAAACAATCATTTCAATGGATCCATACCTAAGGAGCTTAGTTCTAT 927
Query 728 TCAGACCTTAATATATGATGGTAATTCCTTTGATAACGTCCCTGC-TACTCCTCAGCCAG 786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 928 TCAGACCTTAATATATGATGGTAATTCCTTTGATAACGTCCCTGCCT-CTCCTCAGCCAG 986
Query 787 AAAGACCTGGCAAAAAAG-GAGAGCCTTCTGGTTCTAAGAAACCCAAAATTGGTTCTGAA 845
|||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 987 AAAGACCTGGCAAAAAAGAGACA-CCTTCTGGTTCTAAGAAACCCAAAATTGGTTCTGAA 1045
Query 846 AAGAAATCTTCAGACTCTGGCAAGGGTTTGTCTGGTGGAGTAGTCACTGGTATAGTGTTC 905
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 GAGAAATCTTCAGACTCTGGCAAGGGTTTGTCTGGTGGAGTAGTCACTGGTATAGTGTTC 1105
Query 906 GGTTCTCTATTTGTTGCTGGTATTATAGCACTTGTTCTTTACTTGTGCCTTCACAAGaaa 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GGTTCTCTATTTGTTGCTGGTATTATAGCACTTGTTCTTTACTTGTGCCTTCACAAGAAA 1165
Query 966 aaaaGGAAGGTTGGAGGAAGTACAAGAGCTTCCCAAAGAAGTCTTCCACTTAGTGGAACA 1025
||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1166 AAACGGAAAGTTAGAGGAAGTACAAGAGCTTCCCAAAGAAGTCTTCCGCTTAGTGGAACA 1225
Query 1026 CCTGAGATGCAAGAGCAGAGGGTAAAAAGTGTAGCATCCGTTGCAGACTTGAAGTCTTCA 1085
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 CCTGAGGTGCAGGAGCAGAGGGTAAAAAGTGTAGCATCCGTTGCAGACTTGAAGTCTTCA 1285
Query 1086 CCTGCAGAAAAAGTAACTGTTGATCGGGTTATGAAGAACGGGTCTATAAGTAGAATAAGA 1145
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1286 CCTGCAGAAAAAGTAACGGTTGATCGCGTTATGAAGAACGGCTCTATAAGTAGAATAAGA 1345
Query 1146 TCTCCAATCACTGCTTCACAATACACTGTTTCCTCTCTGCAAGTTGCAACAAACAGCTTT 1205
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 TCTCCTATCACTGCTTCACAATACACTGTTTCCTCTCTGCAAGTTGCAACAAACAGCTTT 1405
Query 1206 AGTCAAGAAAACATCATCGGTGAAGGTTCTCTAGGCCGTGTCTATAGAGCAGAGTTCCCC 1265
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 AGTCAAGAAAACATCATTGGTGAAGGTTCTCTAGGCCGTGTCTATAGAGCAGAGTTCCCC 1465
Query 1266 AATGGAAAGATAATGGCGATTAAGAAGATTGATAATGCAGCACTTTCATTACAAGAAGAA 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 AATGGAAAGATAATGGCGATTAAGAAGATTGATAATGCAGCACTTTCATTACAAGAAGAA 1525
Query 1326 GATAATTTCTTAGAAGCCGTTTCAAACATGTCGCGCTTGAGGCATCCAAACATTGTTCCC 1385
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 GATAATTTCTTAGAAGCCGTTTCAAATATGTCGCGGTTGAGGCATCCAAACATTGTTCCC 1585
Query 1386 TTGGCTGGATACTGCACTGAGCATGGTCAACGTCTTTTAGTGTATGAATATGTGGGAAAT 1445
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1586 TTGGCTGGATACTGCACCGAGCATGGTCAACGTCTTCTAGTGTATGAATATGTAGGAAAT 1645
Query 1446 GGGAATCTAGATGATATGCTTCACACGAATGATGATAGGAGCATGAATCTTACTTGGAAT 1505
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1646 GGGAATCTAGATGATACGCTTCACACGAATGATGATAGAAGCATGAATCTGACTTGGAAT 1705
Query 1506 GCGCGTGTTAAAGTGGCACTTGGAACCGCCAAGGCTTTAGAGTACTTGCACGAAGTTTGC 1565
||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 GCGCGTGTTAAAGTGGCTCTTGGAACTGCCAAGGCTTTAGAGTACTTGCACGAAGTTTGC 1765
Query 1566 TTGCCTTCAATTGTACATAGAAACTTCAAATCGGCGAATATATTGCTCGATGAAGAACTT 1625
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1766 TTGCCTTCAATTGTCCATAGAAACTTCAAATCAGCGAATATATTGCTAGACGAAGAACTT 1825
Query 1626 AATCCTCACTTATCAGACAGTGGTTTAGCTGCTTTGACACCTAACACTGAGAGACAGGTT 1685
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 AATCCTCACCTATCAGACAGTGGTTTAGCTGCTTTGACACCTAACACTGAGAGACAGGTT 1885
Query 1686 TCAACTCAAGTGGTAGGTTCATTTGGATACAGCGCTCCAGAGTTTGCATTGTCGGGAATT 1745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1886 TCAACTCAAGTGGTAGGTTCATTTGGATACAGCGCTCCAGAGTTTGCACTGTCGGGAATT 1945
Query 1746 TATACTGTGAAAAGTGATGTATACACTTTTGGAGTAGTCATGCTTGAGCTCTTAACTGGT 1805
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1946 TACACAGTGAAAAGTGATGTATACACTTTTGGAGTAGTCATGCTTGAGCTCTTAACTGGT 2005
Query 1806 CGGAAGCCTCTTGACAGCTCGAGGACGAGAGCAGAGCAATCACTAGTGAGATGGGCTACA 1865
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2006 CGGAAGCCTCTTGACAGCTCGAGGACGAGAGCAGAGCAATCACTAGTGAGATGGGCAACA 2065
Query 1866 CCACAGCTTCACGATATAGATGCTTTGTCTAAAATGGTTGATCCTTCTCTTAATGGCATG 1925
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2066 CCGCAGCTTCACGATATAGATGCTTTGTCTAAAATGGTTGATCCTTCTCTTAATGGCATG 2125
Query 1926 TATCCAGCTAAGTCTCTGTCTCGTTTTGCGGATATCATTGCTCTCTGTATTCAGCCGGAA 1985
|||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2126 TATCCAGCTAAGTCACTGTCTCGTTTTGCGGACATCATTGCTCTCTGTATTCAGCCGGAA 2185
Query 1986 CCAGAGTTCAGGCCTCCAATGTCAGAGGTGGTGCAACAGCTAGTGAGATTAGTTCAAAGG 2045
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2186 CCAGAGTTCAGGCCTCCAATGTCAGAGGTGGTGCAACAGCTAGTAAGATTAGTTCAAAGG 2245
Query 2046 GCAAGTGTTGTCAAACGACGATCTAGTGATGACACTGGATTTTCTTACAGGACACCTGAA 2105
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2246 GCAAGTGTTGTCAAACGAAGATCAAGTGATGACACTGGATTTTCATACAGGACACCTGAA 2305
Query 2106 CACGAGCACATCGATATCTCATACTGAGTAAATGATCCAAAACTACT 2152
||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2306 CACGAGCACGTCGATATCTCATTCTGAGTAA-TGATCCAAAACTACT 2351
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106726358670
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5