BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg946393
Length=3391
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G18130.1 | Symbols: PHYE | phytochrome E | chr4:10042137-100... 5542 0.0
> AT4G18130.1 | Symbols: PHYE | phytochrome E | chr4:10042137-10046082
REVERSE LENGTH=3648
Length=3648
Score = 5542 bits (3001), Expect = 0.0
Identities = 3265/3393 (96%), Gaps = 16/3393 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCCACACTTTCCCCAAAGCTATGGGATTCGAGAGCTCTTCCTCTGCTGCAAGCAACATGA 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||
Sbjct 115 TCCACACTTTCCCCTAAGCTATGGGATTCGAGAGTTCAAGCTCAGCTGCAAGCAACATGA 174
Query 61 AACCTCTTGGAGATTCCAAACCTCAAAAATCCAACACTGCTCAATACTCTGTTGATGCTG 120
|| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 AA-C-C--------T-C-AACCTCAAAAATCCAACACTGCTCAATACTCTGTTGATGCTG 222
Query 121 CTCTCTTTGCTGATTTCGAC-CAATCCATTTACTCCGGCAAGTCTTTTAACTACTCCAAA 179
|||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CTCTCTTTGCTGATTTCG-CTCAATCCATTTACACCGGCAAGTCTTTTAACTACTCCAAA 281
Query 180 TCTGTGATTTCACCTCCTAATTACGTTCCTGATGAACACATCACTGCTTACTTGTCTAAT 239
||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 282 TCTGTTATTTCACCTCCCAATCACGTTCCTGATGAACACATCACAGCTTACTTGTCTAAC 341
Query 240 ATCCAAAGAGGCGGTCTTGTTCAGCCCTTTGGTTGTTTGATTGCTGTTGAAGAACCTAGT 299
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 342 ATCCAAAGAGGCGGTCTAGTTCAGCCCTTTGGTTGTTTGATTGCTGTCGAAGAACCTAGT 401
Query 300 TTTAGGATCCTTGGTGTTAGTGAGAACTCCTCTGAGTTTCTTGGTTTGTTGTCTCTTGCT 359
|||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 402 TTTAGGATACTTGGTCTTAGTGACAACTCTTCTGACTTTCTTGGTTTGTTGTCTCTTCCT 461
Query 360 TCCACCTCTCACTCTGGTGAGTTTGATAAAGTCAAGGGTTTGATTGGAATCGATGCAAGG 419
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 TCCACCTCCCATTCTGGTGAGTTTGATAAAGTCAAGGGTTTGATTGGAATCGATGCAAGG 521
Query 420 ACGCTTTTTACTCCTTCGTCTGGAGCTTCTTTGGCTAAAGCTGCTTCCTTTACTGAGATT 479
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 522 ACGCTTTTTACTCCTTCCTCTGGAGCTTCTTTGTCTAAAGCTGCTTCCTTTACTGAGATT 581
Query 480 TCGTTGCTGAATCCTGTTTTGGTCCATTCTAGGACGACCCAGAAGCCTTTTTATGCTATA 539
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 582 TCCTTGTTGAATCCTGTTTTGGTCCATTCTAGGACGACCCAGAAGCCTTTTTATGCTATT 641
Query 540 CTTCACAGGATTGATGCAGGGATAGTCATGGATTTGGAGCCTGCTAAATCCGGTGACCCG 599
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 642 CTTCACAGGATTGATGCAGGGATTGTCATGGATTTGGAGCCTGCTAAATCAGGTGATCCG 701
Query 600 GCTTTGACCCTTGCAGGCGCAGTTCAGTCTCAGAAGCTCGCCGTTAGGGCTATTTCTAGG 659
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 702 GCTTTGACCCTTGCAGGCGCAGTTCAGTCTCAGAAGCTAGCCGTTAGGGCCATTTCTAGG 761
Query 660 CTGCAGTCGCTTCCCGGGGGAGATATTGGTGCGTTGTGTGATACTGTTGTGGAAGATGTT 719
|||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 762 CTGCAGTCACTTCCCGGAGGAGATATTGGTGCCTTGTGTGATACTGTTGTGGAAGATGTT 821
Query 720 CAGAGACTTACCGGTTATGACCGTGTTATGGTCTATCAGTTTCATGAAGATGATCATGGT 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 822 CAGAGACTTACCGGTTATGACCGTGTTATGGTCTATCAGTTTCATGAAGATGATCATGGT 881
Query 780 GAAGTTGTTTCTGAGATTAGAAGGTCTGATTTGGAGCCTTATTTGGGTTTACATTATCCT 839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 882 GAAGTTGTTTCTGAGATTAGAAGGTCTGATTTGGAGCCTTATTTGGGTTTACATTATCCG 941
Query 840 GCAACAGATATTCCTCAGGCTGCTCGGTTCTTGTTCAAACAGAACCGTGTCCGAATAATT 899
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 942 GCAACAGATATTCCTCAGGCTGCTCGGTTCTTGTTCAAACAGAACCGTGTCCGAATGATT 1001
Query 900 TGTGACTGCAATGCAACTCCGGTTAAGGTTGTTCAGAGTGAGGAACTCAAGAGACCACTT 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1002 TGTGACTGCAATGCAACTCCGGTTAAGGTTGTTCAGAGTGAGGAACTCAAGAGACCACTT 1061
Query 960 TGTTTAGTTAATTCTACTCTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATACGCAGTATATGGCGAAT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1062 TGTTTAGTTAATTCTACTCTAAGAGCTCCTCATGGCTGCCATACGCAGTATATGGCGAAT 1121
Query 1020 ATGGGCTCTGTAGCTTCTCTTGCACTCGCAATTGTGA-TAAAAGGCAAAGATTCCAGCAA 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1122 ATGGGCTCTGTAGCTTCTCTTGCACTCGCAATTGT-AGTAAAAGGCAAAGATTCGAGCAA 1180
Query 1079 GCTTTGGGGATTAGTTGTAGGTCATCATTGTTCTCCTAGATACGTTCCATTCCCGTTGCG 1138
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 GCTTTGGGGATTAGTTGTTGGTCATCATTGTTCTCCTAGATACGTTCCATTCCCGTTGCG 1240
Query 1139 GTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAAGCATTTGGACTTCAGCTTCAAATGGAACTTCAGTT 1198
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 GTATGCTTGTGAGTTTCTGATGCAAGCATTTGGGCTTCAGCTTCAAATGGAACTTCAGTT 1300
Query 1199 AGCATCACAGTTGGCTGAGAAGAAGGCTATGCGAACGCAGACCTTGTTGTGTGATATGCT 1258
|||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1301 AGCATCACAGTTAGCCGAGAAGAAGGCTATGCGGACGCAGACCTTGTTGTGCGATATGCT 1360
Query 1259 TCTCCGTGATACTGTTTCCGCTATTGTGACACAATCTCCGGGTATTATGGACCTTGTGAA 1318
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361 TCTCCGTGATACTGTTTCCGCTATTGTTACACAATCTCCGGGTATTATGGACCTTGTGAA 1420
Query 1319 ATGTGATGGAGCTGCGTTATATTACAAGGGGAAATGTTGGTTGGTTGGTGTTACTCCTAA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 ATGTGATGGAGCTGCGTTATATTACAAGGGGAAATGTTGGTTGGTTGGTGTTACTCCTAA 1480
Query 1379 TGAGTCACAAGTTAAAGACTTGGTGAATTGGCTGGTGGAGAATCACGGTGATGATTCGAC 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 TGAGTCACAAGTTAAAGACTTGGTGAATTGGCTGGTGGAGAATCACGGTGATGATTCGAC 1540
Query 1439 GGGTTTAACAACTGATAGTTTGGTGGATGCGGGATACCCTGGCGCCATCTCACTTGGAGA 1498
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1541 GGGTTTAACCACTGATAGTTTGGTGGATGCGGGATACCCTGGTGCCATCTCACTTGGAGA 1600
Query 1499 TGCGGTTTGTGGTGTGGCTGCCGCAGGAATTTCTTCAAAAGATTACTTACTTTGGTTCAG 1558
||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1601 TGCCGTTTGTGGTGTGGCTGCCGCAGGATTTTCTTCAAAAGATTACTTACTTTGGTTCAG 1660
Query 1559 GTCCAATACTGCAAGTGCAATCAAATGGGGAGGAGCTAAACATCATCCAAAGGATAAAGA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1661 GTCCAATACTGCAAGTGCAATCAAATGGGGAGGAGCTAAACATCATCCAAAGGATAAAGA 1720
Query 1619 TGATGCCGGAAGAATGCATCCGAGGTCATCGTTTAAAGCCTTTCTTGAAGTTGCGAAGAC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1721 TGATGCCGGAAGAATGCATCCGAGGTCATCGTTTACAGCCTTTCTTGAAGTTGCGAAGAG 1780
Query 1679 CAGGAGCTTGCCGTGGGAAATCTCAGAAATTGATGCTATCCATTCCCTAAGACTTATAAT 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1781 CAGGAGCTTGCCGTGGGAAATCTCAGAAATTGATGCTATCCATTCCCTGAGACTTATAAT 1840
Query 1739 GAGAGAGTCATTTACCAGCTCTAGGCCAGTTTTGTCTGGTAATGACGTAGCAAGAGATGC 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1841 GAGAGAGTCATTTACCAGCTCTAGGCCAGTTTTGTCTGGTAATGGCGTAGCAAGAGATGC 1900
Query 1799 TAATGAGCTTACCTCTTTTGTGTGTGAAATGGTTAGGGTGATTGAAACCGCAACTGCGCC 1858
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1901 TAATGAGCTTACTTCTTTTGTGTGTGAAATGGTTAGGGTGATTGAAACCGCAACTGCACC 1960
Query 1859 TATCTTTGGGGTTGATTCTTCCGGATGTATTAATGGTTGGAACAAGAAAATCGCTGAAAT 1918
||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1961 TATTTTTGGGGTTGATTCATCCGGATGTATTAATGGTTGGAACAAGAAAACCGCTGAAAT 2020
Query 1919 GACGGGATTACTAGCTAGTGAAGCCATGGGGAAGTCACTTGCCGATGAGATTGTTCAAGA 1978
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2021 GACGGGATTACTAGCTAGTGAAGCAATGGGGAAGTCACTTGCCGATGAGATTGTTCAAGA 2080
Query 1979 GGAATCACGCGCAGCTCTTGAAAGTCTCTTGTGCAAAGCCCTACGAGGTGAAGAGGAGAA 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2081 GGAATCACGCGCAGCTCTTGAAAGTCTCTTGTGCAAAGCCCTACAAGGTGAAGAGGAGAA 2140
Query 2039 AAGTGTAATGCTAAAACTGAGAAAGTTTGGTCAAAACAATCATCCGGATTCTTCTTCTGA 2098
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2141 AAGTGTAATGCTGAAACTGAGAAAGTTTGGTCAAAACAATCATCCGGATTATTCTTCTGA 2200
Query 2099 TGTGTGTGTTCTCGTTAACTCCTGCACGAGTCGGGATTATACTGAAAAAATCATTGGTGT 2158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2201 TGTGTGTGTTCTCGTTAACTCCTGCACGAGTCGGGATTATACTGAAAATATCATCGGTGT 2260
Query 2159 CTGCTTCGTTGGTCAAGACATCACTAGTGAGAAAGCAATAACAGATAGATTCATCAGATT 2218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2261 CTGCTTCGTTGGTCAAGACATCACTAGTGAGAAAGCAATAACAGATAGATTCATCAGATT 2320
Query 2219 GCAAGGAGATTACAAGACTATTGTTCAAAGTTTAAATCCGTTGATTCCACCGATATTTGC 2278
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2321 GCAAGGAGATTACAAGACTATTGTTCAAAGCTTAAATCCTTTGATTCCACCGATATTTGC 2380
Query 2279 TTCAGATGAGAATGCTTGTTGTTCTGAGTGGAACGCAGCCATGGAAAAGCTTACCGGATG 2338
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2381 TTCAGATGAAAATGCTTGTTGTTCTGAGTGGAACGCAGCAATGGAAAAGCTTACGGGATG 2440
Query 2339 GTCAAAACACGAAGTGATTGGGAAAATGCTACCCGGTGAAGTCTTTGGTGTCTTTTGTAA 2398
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2441 GTCAAAACACGAGGTGATTGGGAAAATGCTACCCGGTGAAGTCTTTGGAGTCTTTTGTAA 2500
Query 2399 AGTGAAATGCCAAGATTCGCTCACAAAGTTCTTGATCTCTCTGTACCAAGGAATTGCTGG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501 AGTGAAATGCCAAGATTCGCTCACAAAGTTCTTGATCTCTCTGTACCAAGGAATTGCTGG 2560
Query 2459 TGATAATGTTCCTGAGAGTTCACTGGTTGAGTTCTTTAATAAGGAAGGGAGGTACATAGA 2518
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2561 TGATAATGTTCCCGAGAGTTCACTGGTTGAGTTCTTTAATAAGGAAGGGAAGTACATAGA 2620
Query 2519 AGCGTCCTTAACCGCGAACAAGAGTACAAACATCGAAGGGAAAGTTATAAGATGTTTCTT 2578
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2621 AGCATCCTTAACCGCGAACAAGAGTACAAACATCGAAGGAAAAGTTATAAGATGTTTCTT 2680
Query 2579 CTTCCTGCAGATTATCAATAAAGAATCGAGTTTGAGCTGCCCAGAACTGAAAGAGAGCGC 2638
|||| |||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2681 CTTCTTGCAGATTATCAATAAGGAATCGGGGTTGAGCTGCCCAGAACTGAAAGAGAGCGC 2740
Query 2639 TCAAAGCCTCAACGAATTAACTTACATAAGACAAGAAATCAAGAATCCTCTCAAAGGTAT 2698
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2741 TCAAAGCCTCAACGAATTAACTTACGTAAGACAAGAAATCAAGAATCCTCTCAACGGTAT 2800
Query 2699 CCGATTTGCCCATAAGCTTCTTGAATCCTCAGAGATTTCAGCTAGCCAAAGGCAGTTTCT 2758
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2801 CCGATTTGCACATAAGCTTCTTGAATCCTCAGAGATTTCAGCTAGCCAAAGGCAGTTTCT 2860
Query 2759 GGAGACTAGTGATGCTTGTGAGAAGCAAATCACGACAATAATCGAAGGCACAGACTTGAA 2818
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 2861 GGAGACTAGTGATGCTTGTGAGAAGCAAATCACGACAATAATCGAAAGCACGGACTTGAA 2920
Query 2819 AAGCATTGAGGAAGGCAAGTTGCAATTGGAAACAGAGGAGTTTCGACTTGAAAATATCTT 2878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2921 AAGCATTGAGGAAGGCAAGTTGCAATTGGAAACAGAAGAGTTTCGACTTGAAAACATCTT 2980
Query 2879 GGACACAATCATTAGCCAAGTGATGATTTTGCTGAGAGAGGGGAACTCACAACTCAGGGT 2938
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 2981 GGACACAATCATTAGCCAAGTGATGATTATATTGAGAGAGAGGAACTCACAACTAAGGGT 3040
Query 2939 TGAAGTCGCCGAGGAGATCAAAACGCTGCCTCTCTATGGTGATAGAGTAAAGCTCCAGCT 2998
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 3041 TGAAGTCGCCGAGGAGATCAAAACTCTGCCTCTCAATGGTGACAGAGTCAAGCTCCAGCT 3100
Query 2999 CATTCTTGCTGATCTTCTACGCAACATTGTGAATCATGCGCCGTTTCCAAATAGTTGGGT 3058
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3101 TATTCTTGCTGATCTTCTACGCAACATTGTGAATCATGCGCCGTTTCCAAATAGTTGGGT 3160
Query 3059 AGGAATCAATATCTCACCAGGGCAGGAGCTTTCACGTGACAATGGTCACTATATCCATCT 3118
||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3161 AGGTATCAGTATCTCACCAGGGCAGGAGCTTTCACGTGACAATGGTCGCTATATCCATCT 3220
Query 3119 ACAGTTCAGGATGATACATCCAGGGAAAGGACTTCCTTCAGAGATTCTAAGTGACATGTT 3178
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 3221 ACAGTTCAGGATGATACATCCGGGGAAAGGACTTCCTTCAGAGATGCTAAGTGATATGTT 3280
Query 3179 TGAGACTCGAGATGGATGGGTCACGCCTGATGGTTTAGGGCTTAAGCTTTCACGGAAACT 3238
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3281 TGAGACTCGAGATGGATGGGTCACCCCTGATGGTTTAGGGCTTAAGCTTTCGCGGAAACT 3340
Query 3239 ATTGGAACAGATGAATGGTCGTGTGAGTTATGTCCGAGAAGACGAACAGTGTTTCTTTCA 3298
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3341 ATTGGAGCAGATGAATGGCCGTGTGAGTTATGTCCGAGAAGACGAACGGTGTTTCTTTCA 3400
Query 3299 GGTGGATCTTCAAGTCAAGACAATGTTAGGGGTTGAGTCTAGCGGAACAGAGGCTAGTTC 3358
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||
Sbjct 3401 GGTGGATCTTCAAGTGAAGACAATGTTAGGTGTTGAGTCAAGAGGAACAGAGGGTAGTTC 3460
Query 3359 AAGCATAAAGTAGAAATTTTGAGTTACAAGGCT 3391
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 AAGCATAAAGTAGAAATTTTGAGTTACAAGGCT 3493
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 168761596252
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5