BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg946627
Length=2149
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16390.1 | Symbols: SVR7 | pentatricopeptide (PPR) repeat-co... 3463 0.0
> AT4G16390.1 | Symbols: SVR7 | pentatricopeptide (PPR) repeat-containing
protein | chr4:9257958-9260277 FORWARD LENGTH=2320
Length=2320
Score = 3463 bits (1875), Expect = 0.0
Identities = 2053/2140 (96%), Gaps = 8/2140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 14 CaaaaaaaTGTCATTTCATCATCTATGttcttctccctcatctcttctccatgaccctct 73
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 21 CAAAAAAATGTCATTTCATCATCTATGTTCCTCTCCCTCGTCTCTTCTACATGACCCTCT 80
Query 74 tcctctctgcaatcttctctcAGTGTATCCCAAATCCACTCCAAGAAGTTTCCTCTGCTC 133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 81 TCCTCTCTGCAATCTTCTCTCAGTGTATCCCAAATCCACACCAAGAAGTTTCCTCTCCTC 140
Query 134 TTACAATCCCAACTCTTCTCCTTTCCACTCCCGAAACCTTCTCCAAGTAACCCATGTTTC 193
|||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 141 TTACAATCCCAATTCTTCTCATTTCCACTCCAGAAACCTTCTCCAAGCAACCCATGTTTC 200
Query 194 AGTACAAGAAGCGATTCCACAGAGTGAAAAATCCAAACTTGATGATGCAGATCTTCCTTT 253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |
Sbjct 201 AGTACAAGAAGCGATTCCACAGAGTGAAAAATCCAAACTTGTTGATGTAGATCTTCCTAT 260
Query 254 ACCAGACCCTGCAGCTTCCAAAAGCTACGTCTGGGTTAATCCCAAAAGCCCCAGAGCTTC 313
|||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 ACCAGAACCTACTGCTTCCAAAAGCTACGTCTGGGTTAATCCCAAAAGCCCCAGAGCTTC 320
Query 314 TCAGCTCCGTAGAAAATCTTACGATTCGAGGTACTCTTCTCTTATCAAACTAGCTGAGTC 373
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 321 TCAGCTCCGTAGAAAATCTTACGATTCGAGGTACTCTTCTCTTATCAAACTAGCTGAGTC 380
Query 374 TCTTGACTCGTGTAAGCCAAACGAAGCTGATGTTTGCGATGTCATTACTGGGTTTGGTGG 433
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TCTTGACGCGTGTAAGCCAAACGAAGCTGATGTTTGCGATGTCATTACTGGGTTTGGTGG 440
Query 434 TAAATTGTTTGAGCAAGATGCTGTTGTTACTCTCAATAACATGACTAACCCAGAAACTGC 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 441 TAAATTGTTTGAGCAAGATGCTGTTGTTACTCTCAATAACATGACTAACCCAGAAACTGC 500
Query 494 GCCACTTGTGTTGAATAATCTCTTGGAGACGATGAAACCTAGCAGGGAAGTGATTCTCTA 553
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 GCCACTTGTGTTGAATAATCTCTTGGAGACGATGAAACCTAGCAGGGAAGTGATTCTCTA 560
Query 554 CAATGTCACCTTGAAGGTGTTTAGGAAAAGTAAGGATCTTGAAAAGTCAGAGAAGCTGTT 613
|||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 561 CAATGTTACCATGAAGGTGTTTAGGAAAAGCAAGGATCTTGAAAAGTCAGAGAAGCTGTT 620
Query 614 CGACGAAATGCTTGAGAGAGGGGTTAAGCCGGATAATGCAACTTTCACTACGATCATTAG 673
||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 621 CGATGAAATGCTTGAGAGAGGGATTAAACCGGATAATGCAACTTTCACTACGATAATTAG 680
Query 674 CTGTGCTAGGCAGTCTGGTGTACCTAAGAGAGCTGTTGACTGGTTTGAGAAAATGTCTTC 733
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TTGTGCTAGGCAGAATGGTGTACCTAAGAGAGCTGTTGAGTGGTTTGAGAAAATGTCTTC 740
Query 734 CTTTGGATGTGAGCCTGATAATGTCACTTTGGCTGCTATGATTGATGCTTACGGGCGTGC 793
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 TTTTGGATGTGAGCCTGATAATGTCACTATGGCTGCTATGATTGATGCTTACGGGCGTGC 800
Query 794 TGGTAACGTTGAGATGGCCTTGAGCTTGTATGACCGTGCAAGGACTGAGAAATGGCGTAT 853
|||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 801 TGGTAACGTTGACATGGCTTTGAGTTTGTATGATCGAGCAAGGACTGAGAAATGGCGTAT 860
Query 854 TGACGCTGTTACCTTTTCGACTTTGATTAGGATTTATGGTGTTTCTGGAAACTATGATGG 913
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 861 TGACGCTGTTACTTTTTCGACTTTGATTAGGATTTATGGTGTTTCTGGAAACTATGATGG 920
Query 914 GTGTCTCAATATCTATGAAGAAATGAAGGCTCTTGGGGTGAAGCCTAATTTGATTATTTA 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 921 GTGTCTCAATATCTATGAAGAAATGAAGGCTCTTGGGGTGAAGCCTAATCTGGTTATTTA 980
Query 974 TAATAGGTTGTTAGATTCTATGGGTAGAGCCAAGAGGCCCTGGCAGGCTAAAATTATCTA 1033
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 981 CAATAGGTTGATAGATTCTATGGGTAGAGCCAAGAGGCCTTGGCAGGCTAAAATTATCTA 1040
Query 1034 CAAGGATCTTATTAGCAATGGCTTTACACCTAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTATTAG 1093
|||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1041 CAAGGATCTTATTACCAATGGCTTTACTCCCAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTGTTAG 1100
Query 1094 AGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGGCGATGATGCACTTGTTATCTACCGAGAGATGAAGGA 1153
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1101 AGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGGCGATGATGCACTTGCTATCTACCGAGAGATGAAGGA 1160
Query 1154 AAAAGGATTGTCTTTAACTGTGATTCTTTACAATACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATA- 1212
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1161 GAAGGGATTGTCTTTAACTGTGATTCTTTACAATACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATAA 1220
Query 1213 TCGGATATGTGGATGAGGCTTTTGAGATTTTTCAAGATATGAAGAATTGTGAGACTTGTG 1272
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 TCG-ATATGTTGATGAGGCTTTTGAGATTTTTCAAGATATGAAGAATTGTGAGACTTGTG 1279
Query 1273 ATCCTGACAGCTGGACCTTCTCTTCGTTGATCACTGTGTACTCTTGCAGTGGGAGGGTTT 1332
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1280 ATCCGGACAGCTGGACCTTCTCTTCGTTGATCACTGTGTACGCTTGTAGTGGGAGGGTTT 1339
Query 1333 CAGAGGCTGAGGCGGCTCTTCTTCAAATGAGAGAAGCTGGTTTTGAGCCTACTCTTTTTG 1392
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 CAGAGGCCGAGGCGGCTCTTCTTCAAATGAGAGAAGCTGGTTTTGAGCCTACTCTTTTTG 1399
Query 1393 TTCTGACGTCAGTTATCCAGTGTTATGGGAAAGCCAAGCAGGTAGATGATGTTGTGAGGA 1452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TTCTGACGTCAGTTATCCAGTGTTATGGGAAAGCCAAGCAGGTAGATGATGTTGTGAGGA 1459
Query 1453 CATTCGATCAAGTGTTGGAACTGGGCATAACTCCGGACGACAGATTCTGTGGGTGCCTTC 1512
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1460 CATTCGATCAAGTGTTGGAACTGGGTATAACTCCGGACGACAGATTTTGTGGGTGTCTTC 1519
Query 1513 TGAATGTAATGACCCAGACACCGAGTGAGGAGATAGGTAAACTCATTGGCTGTGTCGAGA 1572
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 TGAATGTAATGACCCAGACACCGAGTGAGGAAATCGGTAAACTCATTGGCTGTGTCGAGA 1579
Query 1573 AGGCTAAGCCACAAAACATTGGTCAAGT--T-AAGATGTTGGTCGAGGAGCAAAACGGCG 1629
||||||||||| || | |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1580 AGGCTAAGCCA-AAG-C-TTGGTCAAGTGGTTAAGATGTTGGTCGAGGAGCAAAACTGCG 1636
Query 1630 AGGAAGGGGTGTTCAAGAAGGAAACATCTGAGTTGATTGATTCCATTGGCTCTGATGTAA 1689
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1637 AGGAAGGGGTGTTCAAGAAGGAAGCATCTGAGTTGATTGATTCCATTGGATCTGATGTAA 1696
Query 1690 AGAAAGCATATTTGAATTGCTTGATTGATCTCTGTGTCAATCTCAATAAGTTGGAAAGAG 1749
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 AGAAAGCATATTTGAATTGCTTGATTGATCTCTGTGTCAATCTCAATAAGTTGGAAAGAG 1756
Query 1750 CTTGTGAGATCCTACAACTGGGACTTGAGTATGACATTTATACGGGTCTCCAATCGAAAT 1809
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1757 CTTGTGAGATCCTACAACTAGGACTTGAGTATGACATTTATACGGGTCTTCAATCAAAAT 1816
Query 1810 CTGCTACCCAATGGTCCTTACATCTAAAAAGTCTCTCTCTGGGGGCAGCCTTGACCGCTC 1869
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 1817 CTGCTACCCAATGGTCCTTACATCTAAAAAGTCTCTCTTTGGGGGCAGCTTTGACCGCTC 1876
Query 1870 TTCATGTTTGGATAAACGACTTATCAGAGGCAGCTCTGGAATCTGGTGAAGAGTTCCCTC 1929
||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1877 TTCATGTTTGGATGAATGACTTATCAGAAGCGGCTCTTGAATCCGGTGAAGAGTTCCCTC 1936
Query 1930 CATTGCTTGGAATCAACACTGGACATGGAAAACACAAATACTCAGACAAAGGTCTGGCAG 1989
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1937 CGTTGCTTGGAATCAACACTGGACATGGAAAACACAAATACTCAGACAAAGGTCTAGCAG 1996
Query 1990 CTGTTTTCGAGACTCACTTAAAGGAGCTAAATGCTCCTTTCCATGAAGCCCCGGATAAGG 2049
||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1997 CTGTTTTCGAGTCTCACTTGAAGGAGCTAAATGCTCCTTTCCATGAAGCCCCAGATAAGG 2056
Query 2050 TTGGCTGGTTTTTGACTACCAGTGTTGCGGCAAAGGCATGGTTGGAGTCTAGACGCTCAT 2109
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 TTGGCTGGTTTTTGACTACCAGTGTTGCGGCAAAGGCATGGTTGGAGTCTAGACGCTCAG 2116
Query 2110 CTGGAGGAGTTTCTGCATAGCTCTTGTAATTGGTATGTAG 2149
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2117 CTGGAGGAGTTTCTGCGTAGCTCTTGTAATTGGTATGTAG 2156
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106575757035
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5