BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg946646
Length=3539
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16250.1 | Symbols: PHYD | phytochrome D | chr4:9195602-9199... 5511 0.0
> AT4G16250.1 | Symbols: PHYD | phytochrome D | chr4:9195602-9199486
REVERSE LENGTH=3495
Length=3495
Score = 5511 bits (2984), Expect = 0.0
Identities = 3330/3498 (95%), Gaps = 20/3498 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 22 ATGGTCTCCGGAAGCGGTAGCAAAACCAGCGGTGGTGAGGCAGCTTCCTCAGGCCATCGC 81
|||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 ATGGTCTCCGGAGGTGGTAGCAAAACCAGCGGTGGAGAGGCAGCTTCCTCAGGCCAT--C 58
Query 82 GTCAATCGGAGCCGTCACACCA--GC-GCAGAACAAGCTCAGTCGTCAGCAAGCAAAGCC 138
| | || || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 59 G-C---CGAAGTCGTCACACCAGCGCTGCAGAACAAGCTCAGTCGTCAGCAAACAAAGCC 114
Query 139 CTAAGGTCACAGAATCAGCAGCCGCAAAACCACGGCGCCGGAACGGAATCCACAAGCAAA 198
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||| ||||
Sbjct 115 CTAAGGTCACAGAATCAGCAGCCACAAAACCACGGTGGCGGAACAGAGTCCACAAACAAA 174
Query 199 GCAATTCAACAGTACACTGTCGACGCGAGACTTCACGCCGTCTTCGAACAATCCGGAGAG 258
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 175 GCTATTCAACAGTACACTGTCGACGCGAGACTCCACGCCGTCTTCGAACAATCCGGAGAG 234
Query 259 TCAGGTAAGTCGTTCGATTACTCGCAGTCTCTTAAAACGGCGCCGTACGA-TCCTTCCGT 317
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 235 TCAGGTAAGTCGTTTGATTACTCACAGTCTCTTAAAACGGCGCCGTACGATTCC-TCCGT 293
Query 318 ACCGGAGCAGCAGATCACAGCTTATCTCTCGCGGATCCAACGCGGTGGCTATACCCAGCC 377
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 ACCAGAGCAGCAGATCACAGCTTATCTCTCCCGGATCCAACGCGGTGGCTATACCCAGCC 353
Query 378 TTTTGGCTGCTTGATCGCCGTCGAAGAATCCACCTTCACAATCATCGGTTACAGTGAAAA 437
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TTTTGGCTGCTTGATCGCCGTCGAAGAATCCACTTTCACAATCATCGGTTACAGTGAAAA 413
Query 438 TGCGCGGGAAATGCTAGGGCTCATGTCTCAATCTGTACCAAGCATCGAGGAGATATCGGA 497
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||
Sbjct 414 TGCGCGGGAAATGCTAGGGCTCATGTCTCAATCTGTACCAAGCATCGAGGACAAATCAGA 473
Query 498 GGTTCTT-ACGATTGGTACTGATTTGCGATCTCTCTTCAAGTCATCGAGCAT-CGTTCTC 555
|||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||
Sbjct 474 GGTT-TTAACGATTGGTACGGATTTGCGATCTCTCTTCAAGTCATCGAGC-TACCTTCTC 531
Query 556 CTCGAACGCGCGTTCGTGGCTCGAGAGATCACACTTCTGAATCCGATTTGGATTCACTCT 615
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 532 CTCGAGCGCGCGTTCGTGGCTCGAGAGATCACGCTTCTGAATCCTATTTGGATTCACTCT 591
Query 616 AAGAACACTGGTAAACCTTTTTACGCGATTCTCCACAGGGTTGATGTTGGAATTTTGATC 675
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 AACAACACTGGTAAACCTTTCTACGCGATTCTCCACAGGGTTGATGTTGGAATTTTGATC 651
Query 676 GATTTAGAGCCGGCTCGAACCGAGGACCCGGCGCTTTCAATCGCCGGAGCAGTCCAATCG 735
||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 652 GATTTAGAGCCGGCTCGAACCGAAGATCCGGCACTTTCAATCGCCGGAGCAGTCCAATCG 711
Query 736 CAGAAACTTGCGGTCCGTGCGATTTCTCATTTACAATCCTTACCTGGAGGAGACATCAAG 795
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| | || ||||| |||
Sbjct 712 CAGAAACTTGCGGTACGTGCGATTTCTCATTTACAATCGTTGCCTAGCGGCGACATTAAG 771
Query 796 CTTCTATGTGACACTGTTGTGGAAAGCGTTAGAGATCTTACTGGCTACGACCGCGTTATG 855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 772 CTTCTATGTGACACTGTTGTGGAAAGCGTTAGAGATCTTACTGGCTACGACCGCGTTATG 831
Query 856 GTGTACAAGTTTCATGAAGATGAACATGGCGAAGTCGTAGCGGAGAGTAAACGGGACGAT 915
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 832 GTGTACAAGTTTCATGAAGATGAACATGGTGAAGTCGTAGCCGAGAGTAAACGGAACGAT 891
Query 916 TTAGAGCCTTACATCGGTCTGCATTATCCGGCTACTGATATTCCTCAGGCATCTCGGTTC 975
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 892 TTAGAGCCTTACATTGGTCTGCATTATCCCGCTACTGATATTCCTCAGGCATCTCGGTTC 951
Query 976 TTGTTCAAGCAGAACCGTGTTAGGATGATTGTAGATTGCTATGCGTCACCGGTTCGTGTG 1035
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 952 TTGTTCAAGCAAAACCGTGTTAGGATGATAGTAGATTGCTATGCGTCACCGGTTCGTGTG 1011
Query 1036 GTTCAAGACGATAGGCTAACGCAGCCTATATGCTTGGTGGGTTCGACTTTGCGAGCTCCT 1095
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GTTCAAGACGATAGGCTCACGCAGTTTATATGCTTGGTGGGTTCGACTTTGCGAGCTCCT 1071
Query 1096 CATGGCTGTCACGCTCAATACATGACTAACATGGGCTCTATTGCGTCGTTAGCCATGGCA 1155
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1072 CATGGCTGTCATGCTCAATACATGACTAACATGGGCTCTATTGCGTCGTTAGCTATGGCA 1131
Query 1156 GTTATAATAAATGGAAACGAAGAAGATGGTAACGGTGGTGTTAATACTGGAGGAAGAAAC 1215
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 GTTATAATAAATGGAAACGAAGAAGATGGTAA---TGGGGTTAATACTGGAGGAAGAAAC 1188
Query 1216 TCGATGAGGCTTTGGGGTTTAGTTGTTTGCCATCACACATCGGCTCGTTGCATACCTTTT 1275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1189 TCGATGAGGCTTTGGGGTTTAGTTGTTTGCCATCACACATCAGCTCGTTGCATACCTTTT 1248
Query 1276 CCTTTGAGGTATGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCCTTTGGCTTACAGCTAAACATGGAG 1335
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 CCTTTGAGGTACGCTTGTGAGTTTCTTATGCAGGCCTTTGGCTTACAGCTAAACATGGAG 1308
Query 1336 TTGCAGTTAGCCTTGCAGGTGTCTGAAAAACGCGTTCTGAGAATGCAGACACTGTTATGC 1395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1309 TTGCAGTTAGCCTTGCAGGTGTCTGAAAAACGCGTTCTGAGAATGCAGACACTATTATGT 1368
Query 1396 GATATGCTTCTGCGTGCCTCACCCGCGGGAATTGTCACGCAGAGGCCTAGTATCATGGAT 1455
||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369 GATATGCTTCTACGTGACTCACCAGCGGGGATTGTCACGCAGAGGCCTAGTATCATGGAT 1428
Query 1456 TTAGTAAAATGTAACGGTGCTGCATTTCTTTACCAAGGGAAGTATTATCCGTTGGGTGTG 1515
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1429 TTAGTAAAATGTAATGGTGCGGCATTTCTTTACCAAGGGAAGTATTATCCGTTGGGTGTG 1488
Query 1516 GCTCCGACTGAGGCTCAGATAAATGACATTGTGGAGTGGTTGCTTGCTAACCATTCTGAT 1575
|||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1489 ACTCCAACTGATTCTCAGATTAATGACATTGTGGAGTGGTTGGTTGCTAACCATTCTGAT 1548
Query 1576 TCAACCGGGTTAAGCACAGATAGTTTAGGCGATGCGGGTTATCCTCGGGCAGCTGCTTTG 1635
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 TCTACCGGGTTAAGCACAGATAGTTTAGGCGATGCGGGTTATCCTCGGGCAGCTGCTTTG 1608
Query 1636 GGAGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTCGCGTGTATCACAAAAAGGGACTTCCTTTTCTGG 1695
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1609 GGAGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTCGCGTGTATCACAAAAAGGGACTTCCTTTTCTGG 1668
Query 1696 TTTCGGTCTCATACTGAGAAAGAAATCAAATGGGGAGGGGCTAAGCACCATCCTGAGGAT 1755
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1669 TTTCGGTCTCATACTGAGAAAGAAATCAAATGGGGAGGGGCTAAGCACCATCCTGAGGAC 1728
Query 1756 AAAGATGATGGTCAGCGGATGCATCCGCGTTCTTCGTTCCAGGCTTTTCTCGAAGTTGTT 1815
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1729 AAAGATGATGGTCAGCGGATGAATCCGCGTTCTTCGTTCCAGACTTTTCTCGAAGTTGTT 1788
Query 1816 AAGAGCCGATGTCAGCCATGGGAAACTGCTGAAATGGACGCTATTCATTCGCTCCAGCTT 1875
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1789 AAGAGCCGATGTCAGCCATGGGAAACTGCTGAAATGGACGCCATTCACTCGCTCCAGCTT 1848
Query 1876 ATTCTAAGAGATTCTTTCAAAGAGTCTGAAGCGGTGGACACTAAAGCTTCTGCACCTGGG 1935
||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 1849 ATTCTAAGAGACTCTTTCAAAGAGTCTGAAGCGATGGACTCTAAAGCTGCTGCAGCTGGG 1908
Query 1936 GCGGTTCAGCCACATGGGGATGATATGGCAGAGCAAGGGATGCAGGAGATAGGTGCAGTT 1995
||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909 GCGGTTCAGCCACATGGAGATGATATGGTACAGCAAGGGATGCAGGAGATAGGTGCAGTT 1968
Query 1996 GCGAGAGAGATGATTAGGCTTATTGAGACTGCGACGGTTCCTATATTAGCTGTGGACATT 2055
|| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1969 GCAAGAGAGATGGTTAGGCTCATTGAGACTGCGACGGTTCCTATATTTGCTGTGGACATA 2028
Query 2056 GATGGCTGCATCAATGGGTGGAATGCCAAGATCGCAGAGCTGACTGGTCTTTCTGTTGAA 2115
|| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2029 GACGGTTGCATCAATGGGTGGAACGCCAAGATCGCAGAGCTGACCGGTCTTTCTGTTGAA 2088
Query 2116 GAAGCTATGGGAAAGTCTCTTGTTCGCGATTTGATATACAAAGAGTACGAAGAAACAGTT 2175
|| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2089 GACGCTATGGGAAAGTCGCTGGTTCGCGAATTGATATACAAAGAGTACAAAGAAACAGTT 2148
Query 2176 GATAGGCTTCTTTCTTGTGCTCTCAAAGGGGATGAAGGCAAGAATGTGGAGGTCAAGCTG 2235
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2149 GATAGGCTTCTTTCTTGTGCTCTCAAAGGGGATGAAGGCAAGAATGTGGAGGTCAAGCTG 2208
Query 2236 AAAACTTTTGGTCCCGAGCTACAAGGGAAAGCAGTGTTTGTGGTTGTCAACGCATGCTCA 2295
|||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2209 AAAACTTTTGGTTCCGAGCTACAAGGAAAAGCAATGTTTGTGGTTGTCAACGCATGTTCA 2268
Query 2296 AGCAAGGACTACTTAAACAACATCGTTGGAGTCTGCTTTGTTGGACAAGATGTAACCGGT 2355
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2269 AGCAAGGACTACTTAAACAACATCGTTGGAGTCTGCTTTGTTGGACAAGATGTAACTGGT 2328
Query 2356 CATAAAATTGTTATGGACAAGTTCATCAACATACAAGGCGATTACAAGGCCATCATCCAT 2415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 CATAAAATTGTTATGGACAAGTTCATCAACATACAAGGTGATTACAAGGCCATCATCCAT 2388
Query 2416 AGCCCGAACCCTCTGATCCCTCCAATCTTTGCAGCGGATGAGAATACGTGCTGCCTTGAG 2475
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 AGCCCGAACCCTCTGATCCCTCCAATCTTTGCAGCGGATGAGAATACGTGCTGCCTTGAG 2448
Query 2476 TGGAACACCGCAATGGAAAAGCTCACAGGGTGGCCTCGCAGCGAAGTGATTGGAAAATTG 2535
|||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 TGGAACACTGCAATGGAAAAGCTCACAGGCTGGCCTCGCAGCGAAGTGATTGGAAAATTA 2508
Query 2536 CTTGTTAGGGAAGTATTTGGGAGCTGTTGCAGACTAAAGGGTCCTGATGCGTTAACTAAG 2595
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 CTTGTTAGGGAAGTATTTGGGAGCTATTGCAGACTAAAGGGTCCTGATGCGTTAACTAAG 2568
Query 2596 TTCATGATCGTTTTGCATAACGCGATTGGTGGCCAAGAAACGGATAAATTCCCATTCCCG 2655
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2569 TTCATGATCGTCTTGCATAACGCGATCGGTGGCCAAGATACTGATAAATTCCCATTCCCG 2628
Query 2656 TTCTTTGACCGTGAAGGGAAATTCATTCAGGCTCTCCTGACTTTGAACAAACGGGTCAGC 2715
|||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2629 TTCTTTGATCGCAAAGGGGAATTCATTCAGGCTCTCCTGACTTTGAACAAACGGGTCAGC 2688
Query 2716 GTCGACGGCAAAATCATTGGGGCTTTCTGTTTTTTGCAGATACCGAGTCCAGAGCTGCAG 2775
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2689 ATCGATGGCAAAATCATTGGGGCTTTCTGTTTTTTGCAGATACCGAGTCCCGAGCTGCAG 2748
Query 2776 CAAGCTCTAGAAGTCCAGAGGAGGCAGGAGAGTGAATACTTCTCAAGGAGGAAAGAGTTG 2835
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2749 CAAGCTCTAGAAGTTCAGAGGAGGCAGGAGAGTGAATATTTCTCAAGGAGGAAAGAGTTG 2808
Query 2836 GCTTACATTTTCCAAGTTATAAAGAATCCATTGAGCGGATTGCGTTTCACAAATTCATTG 2895
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2809 GCTTACATTTTCCAAGTTATAAAGAATCCATTGAGTGGATTGCGTTTCACAAATTCATTG 2868
Query 2896 CTGGAAG-CTACGGATTTAAACGAGGATCAGAAGCAGCTTCTTGAAACAAGTGTTTCATG 2954
||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2869 CTGGAAGAC-ATGGATTTAAACGAGGATCAGAAGCAGCTTCTTGAAACGAGTGTTTCATG 2927
Query 2955 CGAGAAGCAGATCTCAAAGATTGTAGGAGACATGGACGTCAAAAGCATTGAAGACGGTTC 3014
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2928 TGAGAAGCAGATCTCAAAGATTGTAGGAGACATGGACGTCAAAAGCATAGATGACGGTTC 2987
Query 3015 ATTTCTGCTAGAGAGAACAGAGTTCTTCATTGGCAGTGTCATAAATGCAGTGGTAAGCCA 3074
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2988 ATTTCTGCTAGAGAGAACAGAGTTCTTCATTGGCAATGTCACAAATGCAGTGGTAAGCCA 3047
Query 3075 AGTCATGTTTGTGGTGAGAGAGAGAAATATTCAGCTGATCCGTAACATTCCCACGGAGAT 3134
||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3048 AGTCATGTTGGTGGTGAGAGAGAGAAATCTCCAGCTGATCCGTAACATTCCCACGGAGGT 3107
Query 3135 CAAATCCATGGCTGTTTACGGTGACCAGATAAGGCTCCAACAGGTTCTAGCAGAATTTTT 3194
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 3108 CAAATCCATGGCTGTCTACGGTGACCAGATAAGGCTCCAACAGGTTCTCGCAGAATTTCT 3167
Query 3195 GCTAAGTATTGTCCGTTATGCGCCCATGGAAGGCTCAGTAGAGCTCCATCTATGCCCGGT 3254
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3168 GCTAAGTATTGTCCGTTATGCACCCATGGAAGGCTCGGTAGAGCTCCATCTATGCCCGAC 3227
Query 3255 TCTGAAACAAATGGCTGACGGGTTCTCCGCTATACGCTTGGAGTTCAGAATGGCGTGTGC 3314
|||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3228 TCTGAACCAAATGGCTGACGGATTCTCCGCTGTACGTTTGGAGTTCAGAATGGCGTGTGC 3287
Query 3315 AGGGGAAGGTGTGCCGCCAGAGAAAGTGCAGGACATGTTCCATAGTAGCCGATGGACAAG 3374
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3288 AGGGGAAGGTGTGCCGCCAGAGAAAGTGCAAGACATGTTCCATAGTAGCCGATGGACAAG 3347
Query 3375 TCCAGAAGGATTAGGACTAAGCGTTTGCAGAAAGATTCTGAAGCTGATGAACGGAAGGGT 3434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3348 TCCAGAAGGATTAGGACTAAGCGTTTGCAGAAAGATTTTGAAGCTGATGAACGGAGGGGT 3407
Query 3435 TCAGTACATAAGGGAATTCGAACGCTCTTATTTCCTAATCGTTATAGAACTCCCGGTTCC 3494
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3408 TCAGTACATAAGAGAATTCGAACGCTCTTATTTCCTAATCGTTATCGAACTCCCGGTTCC 3467
Query 3495 TCTGATGATGATGATGCC 3512
||| ||||||||||||||
Sbjct 3468 TCTAATGATGATGATGCC 3485
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 176186303816
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5