BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg946668
Length=1792
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT4G16143.1 | Symbols: IMPA-2 | importin alpha isoform 2 | chr4... 2765 0.0
> AT4G16143.1 | Symbols: IMPA-2 | importin alpha isoform 2 | chr4:9133937-9137353
REVERSE LENGTH=2217
Length=2217
Score = 2765 bits (1497), Expect = 0.0
Identities = 1572/1609 (98%), Gaps = 1/1609 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGATTCGTATTAGCAAACCATGTCTTTGAGACCTAACGCTAAGACTGAGGTTCGCCGGA 60
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 201 GAGATTCGTATTAGC-CACCATGTCTTTGAGACCTAACGCTAAGACTGAGGTTCGCCGGA 259
Query 61 ATCGCTACAAAGTAGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGGAGAGAGGATAACATGG 120
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 260 ACCGCTACAAAGTGGCGGTGGATGCTGAGGAAGGAAGACGGAGGAGAGAGGACAACATGG 319
Query 121 TTGAGATCCGTAAAAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACAGAAGAAGCGTCGTGAAGGTCTTC 180
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 320 TCGAGATCCGTAAGAGTAAGCGTGAAGAAAGCTTACAGAAGAAGCGTCGTGAAGGCCTTC 379
Query 181 AAGCTAATCAGCTACCTCAATTCGCTCCTTCTTCTGTTCCTGCTTCATCAACTGTTGAGA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 380 AAGCTAATCAGCTACCTCAATTCGCTCCTTCTCCTGTTCCTGCTTCATCAACTGTTGAGA 439
Query 241 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTTCAATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGAAAGAAGTTTAC 300
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 440 AGAAGTTGGAGAGTTTGCCTGCTATGGTTGGTGGTGTTTGGTCAGATGATAGAAGTTTAC 499
Query 301 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 AGCTTGAAGCGACTACTCAGTTCCGGAAATTGCTTTCTATTGAGCGTAGTCCTCCGATTG 559
Query 361 AAGAGGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACGAGAGAGGATT 420
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 560 AAGAAGTGATTGATGCTGGTGTTGTGCCTCGGTTTGTGGAATTTCTCACTAGAGAGGATT 619
Query 421 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACGAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 ATCCACAGCTTCAGTTTGAGGCTGCTTGGGCATTGACAAACATTGCTTCTGGGACTTCAG 679
Query 481 AGAATACTAAGGTGGTCATTGATCATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTGTTGGCTT 540
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 680 AGAATACAAAGGTGGTCATTGAACATGGTGCTGTTCCGATTTTTGTTCAACTATTGGCTT 739
Query 541 CTCAGAGTGATGATGTCCGTGAGCAGGCTGTTTGGGCATTAGGGAATGTTGCTGGTGATT 600
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 CTCAGAGTGATGATGTCCGTGAGCAGGCTGTGTGGGCATTAGGGAATGTTGCTGGTGATT 799
Query 601 CTCCACGGTGCAGAGATCTTGTCCTTGGTCAAGGAGCTTTGATACCATTGCTCTCTCAGT 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 800 CTCCACGGTGCAGAGATCTTGTCCTTGGTCAAGGAGCTTTGATACCATTACTCTCTCAGT 859
Query 661 TGAATGAGCATGCTAAACTCTCAATGCTGAGAAATGCTACTTGGACCCTCTCAAATTTCT 720
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 860 TGAATGAGCATGCTAAACTCTCGATGCTGAGAAATGCTACTTGGACCCTCTCTAATTTCT 919
Query 721 GCAGGGGCAAGCCACAGCCTCCCTTTGACCAGGTCCGTCCAGCACTTCCAGCCCTTGAAC 780
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 920 GCAGGGGCAAGCCACAGCCTCCCTTTGACCAGGTCCGTCCAGCACTCCCAGCCCTTGAAC 979
Query 781 GCCTGATTCATTCGACTGATGAGGAAGTGTTAACGGATGCATGTTGGGCTCTCTCTTACC 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 GCCTGATTCATTCGACTGATGAGGAAGTGTTAACGGATGCATGTTGGGCTCTCTCTTACC 1039
Query 841 TTTCCGATGGCACAAATGACAAAATCCAATCTGTCATTGAGGCAGGTGTTGTTCCTCGAC 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TTTCCGATGGCACAAATGACAAAATCCAATCTGTCATTGAGGCAGGTGTTGTTCCTCGAC 1099
Query 901 TCGTCGAGCTTCTCCAGCATCAATCACCTTCTGTGCTTATTCCTGCGCTTCGTAGTATTG 960
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1100 TCGTCGAGCTTCTCCAGCATCAATCACCATCTGTGCTTATTCCTGCCCTTCGTAGTATTG 1159
Query 961 GTAACATTGTCACTGGAGATGATCTGCAGACACAGTGTGTAATTAGTCATGGTGCACTTC 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1160 GTAACATTGTCACTGGAGATGATCTGCAGACACAGTGTGTAATTAGTCATGGTGCACTTC 1219
Query 1021 TTAGCCTTTTGAGCCTTCTGACTCACAATCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCT 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TTAGCCTTTTGAGCCTTCTGACTCACAATCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCT 1279
Query 1081 GGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGGCTGTTTGTGAAGCTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1280 GGACAATCTCAAATATCACTGCTGGAAACAGGGACCAGATTCAGGCTGTGTGTGAAGCTG 1339
Query 1141 GTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340 GTTTGATTTGCCCTCTTGTCAATCTGCTTCAAAATGCGGAGTTTGATATAAAGAAAGAAG 1399
Query 1201 CTGCATGGGCAATATCAAATGCCACTTCAGGCGGTTCTCCCGACCAGATCAAGTACATGG 1260
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1400 CTGCGTGGGCAATATCAAATGCCACTTCAGGTGGTTCTCCTGACCAAATCAAGTACATGG 1459
Query 1261 TGGAACAGGGAGTCGTGAAACCACTGTGTGATCTTTTGGTGTGCCCTGATCCAAGGATTA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1460 TGGAACAGGGAGTCGTGAAACCACTGTGTGATCTTTTGGTGTGCCCTGATCCAAGGATTA 1519
Query 1321 TCACAGTGTGTCTGGAAGGATTGGAGAACATTTTGAAAGTCGGGGAAGCTGAAAAGGTTA 1380
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1520 TCACTGTGTGTCTGGAAGGATTGGAGAACATTTTGAAAGTTGGGGAAGCTGAAAAGGTCA 1579
Query 1381 CAGGAAATACCGGGGATGTAAACTTTTATGCACAGCTGATCGATGATGCTGAAGGTTTAG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1580 CAGGAAATACCGGGGATGTAAACTTTTATGCACAGCTGATCGATGATGCTGAGGGATTAG 1639
Query 1441 AAAAGATTGAGAATCTGCAGAGTCATGACAACAGCGAAATCTATGAGAAGGCAGTGAAGA 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1640 AAAAGATTGAGAATCTGCAGAGTCATGACAACAGCGAAATCTATGAGAAGGCAGTGAAGA 1699
Query 1501 TTCTTGAAACGTACTGGTTGGAAGAGGAAGATGAAACTTTACCACCTGGTGATCCCTCCG 1560
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1700 TTCTTGAAACGTACTGGTTGGAAGAGGAAGATGAAACTTTACCACCTGGTGATCCCTCTG 1759
Query 1561 CACAAGGCTTCCAGTTTGGAGGAGGTAATGATGCAGCCGTACCGCCAGG 1609
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1760 CACAAGGCTTCCAGTTTGGAGGAGGTAATGATGCAGCCGTACCACCAGG 1808
Score = 233 bits (126), Expect = 4e-60
Identities = 145/153 (95%), Gaps = 5/153 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 1643 GGTTTATATGTTTTTTAA--GTG---TGATGAGAATGTGTCTCTCTGGGTTTTTGTTACA 1697
|||||||| |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 GGTTTATAAGTTTTTAAAGTGTGATCTGATGAGAATGTGTCTCTCTGGGTTTTTGTTACA 2120
Query 1698 TTTGTACTACACAACACTGCAAAGTCAAACATAAAAAAGTTGGTCAAACTTTATTTGGTC 1757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121 TTTGTACTACACAACACTGCAAAGTCAAACATAAAAAAGTTGGTCAAACTTTATTTGGTC 2180
Query 1758 TTGTTGGTGACATAAAAGCCCAATTGGTTCGTC 1790
|| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2181 TTATTGGTGACATAAAAGCCCAATTGGTTCGTC 2213
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88654162470
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5