BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947166
Length=1684
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G35200.1 | Symbols: | ENTH/ANTH/VHS superfamily protein | c... 2717 0.0
> AT5G35200.1 | Symbols: | ENTH/ANTH/VHS superfamily protein |
chr5:13462162-13466051 REVERSE LENGTH=2149
Length=2149
Score = 2717 bits (1471), Expect = 0.0
Identities = 1620/1689 (96%), Gaps = 21/1689 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 TTAAGGAGCGAGAAACGAAATGTCAGGTGGGGGAGGATCACAGAGTAGTTTAAGGAGGTA 61
|||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 195 TTAAGGAGGGAGAAACGAAATGTCAGGTGGTGGTGGATCACAGAGTAGTTTAAGGAGGTA 254
Query 62 TCTTGGAGCTATTAAAGATACCACCACAGTTTCATTAGCTAAGGTCAATAGTGATTACAA 121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 TCTTGGAGCTATTAAAGATACCACCACAGTTTCATTAGCTAAGGTCAATAGTGATTACAA 314
Query 122 GGAATTGGATATTGCTATTGTGAAGGCTACAAATCATGTGGAGCGTCCTTCTAAAGAAAG 181
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 315 GGAATTGGATATTGCTATTGTGAAGGCTACTAATCATGTGGAACGTCCTTCTAAAGAAAG 374
Query 182 ATACATCAGAGCTATTTTCATGGCTATTTCAGCAACAAGGCCTCGTGCAGATGTGGCTTA 241
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 ATACATCAGAGCTATTTTTATGGCTATTTCAGCAACAAGGCCTCGTGCAGATGTGGCTTA 434
Query 242 TTGCATCCATGCTCTGGCTAGGCGGTTATCAAGAACACATAACTGGGCGGTTGCACTGAA 301
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TTGTATCCATGCTCTTGCTAGGCGGTTATCAAGAACACATAACTGGGCGGTTGCACTGAA 494
Query 302 AACTCTTATTGTTATTCACCGTGCCTTGAGGGAAGTGGACCAGACGTTTCATGAAGAAGT 361
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 495 AACTCTTATTGTTATTCACCGTGCCTTGAGAGAAGTGGACCAGACATTTCATGAAGAAGT 554
Query 362 TATTAATTATAGCAGAAGCAGAAGTCATATGCTGAATATGTCTCATTTTAAAGATGATTC 421
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 555 TATTAATTATAGCAGAAGCAGAAGTCATATGCTGAATATGTCTCATTTTAAAGATGATTC 614
Query 422 TGGTCCAAATGCTTGGGCTTACTCTGCTTGGGTCCGTTTCTATGCTCTATTCTTAGAGGA 481
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 TGGTCCAAATGCTTGGGCTTATTCTGCTTGGGTCCGTTTCTATGCTCTATTCTTAGAGGA 674
Query 482 GCGATTAGAGTGTTTCCGTGTTTTGAAATACGATGTTGAGGTTGACCCCCCAAGAACCAA 541
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 675 GCGATTAGAGTGTTTCCGTGTTTTGAAGTACGATGTTGAGGTTGACCCCCCAAGAACCAA 734
Query 542 AGATTTGGACACTCCTGATTTGCTCGAGCAACTTCCTGCTCTGCAAGAACTTCTTTTCCG 601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 AGATTTGGACACTCCTGATTTGCTCGAGCAACTTCCTGCTCTGCAAGAACTTCTTTTCCG 794
Query 602 TGTTCTTGACTGTCAGCCTGAAGGGGCAGCAGTTCAAAACCACATTATCCAATTGGCACT 661
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 795 TGTTCTTGACTGTCAGCCTGAAGGGGCAGCTGTTCAAAACCACATTATCCAATTGGCACT 854
Query 662 CTCAATGGTTATATCTGAGAGCACTAAAATATATCAAGCACTGACAGATGGCATAGACAA 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 855 CTCAATGGTTATATCTGAGAGCACTAAAATATATCAAGCACTGACAGATGGCATAGACAA 914
Query 722 TTTGGTTGATAAGTTCTTTGAGATGCAACGGAATGATGCTCTTAAGGCTTTGGATATGTA 781
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 915 TTTGGTTGATAAGTTCTTTGATATGCAACGGAATGATGCTGTGAAGGCTTTGGATATGTA 974
Query 782 CAGAAGAGCGGTAAAACAGGCAGGGAGGCTTTCTGAATTTTTCGAAGTTTGCAAAAGTGT 841
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 975 CAGACGAGCGGTAAAACAGGCAGGGAGGCTTTCTGAATTTTTCGAAGTTTGCAAAAGTGT 1034
Query 842 TAATGTTGGACGTGGAGATAGATTTATAAAGATTGAGCAGCCTCCCACTTCTTTTCTACA 901
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1035 TAATGTTGGACGTGGAGAGAGATTTATAAAGATTGAGCAGCCTCCCACTTCTTTTCTACA 1094
Query 902 AGCAATGGAAGAGTATGTGAAAGAAGCACCATTAGCAGCAGGGGTCAAGAAGGAGCAGGT 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1095 AGCAATGGAAGAGTATGTGAAAGAAGCACCATTAGCAGCAGGGGTCAAGAAAGAGCAGGT 1154
Query 962 AGTGGAGAAACTTAATGCTCCGAAAGAGATTTTGGCCATAGAGTACGAAAAGCCCCC-AC 1020
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1155 AGTGGAGAAACTTACTGCTCCCAAAGAGATTTTGGCCATAGAGTACGAAATTCCCCCGA- 1213
Query 1021 AGGTTGTTGAAGAGAAACCAGCATCACCTGAACCAGTTAAAGCAGAAGCAGAGAAGCCTG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214 AGGTTGTTGAAGAGAAACCAGCATCACCTGAACCAGTTAAAGCAGAAGCAGAGAAGCCTG 1273
Query 1081 TAGAGAAACAACCTGATCTTCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAGTGATCTCCGAACTCG 1140
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||| |
Sbjct 1274 TAGAGAAACAACCTGACCTTCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAATGGTCTCTGAACTTG 1333
Query 1141 AAGAGAAAAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAGCCGCCAGC-TTCG 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | ||||
Sbjct 1334 AAGAGAAAAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAACAGCCA-CATTCG 1392
Query 1200 ACAACTGATTTTACAAATGGGAATTCGACTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCA 1259
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 ACAACTGATTTTACAAATGGTAATTCGACTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCA 1452
Query 1260 AGTTCAAATGAAAGTGCCGCTGCAAATAGCAAATTGGCGGGTGGACTGGACAAGCTCACA 1319
|| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 AGCTCAAATGAAGGTGCCGCTGCAGATAGCAAATTGGCGGGTGGACTGGACAAGCTCACA 1512
Query 1320 CTTGACAGCCTATACGAGGATGCAATAAGAGTGAGTCAACAGCAAAACAGGAGCTACAAT 1379
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1513 CTTGACAGCCTATATGAGGATGCAATCAGAGTGAGTCAACAGCAAAACAGGAGCTATAAT 1572
Query 1380 CCATGGGAACAAAATCAAGTTCATAATGGTCACATGATGCACCAACCTTTCTTTGCATCT 1439
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1573 CCATGGGAACAAAATCCAGTTCATAATGGTCACATGATGCACCAACCTTTCTATGCATCT 1632
Query 1440 AATGGAGTCGCAGCTCCTCAACCTCTTCAAATGGCGAACCAAAATCATCAAACATTCGGG 1499
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 AATGGAGTCGCAGCTCCTCAACCTTTTCAAATGGCGAACCAAAATCATCAAACATTCGGG 1692
Query 1500 TATCAGCATCAGAATGCAGGAATGATGATGGGACCTGTACAAC--C-TTATCAACAACAG 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 1693 TATCAGCATCAGAATGCAGGAATGATGATGGGACCTGTACAACAACCTTATCAACAACAG 1752
Query 1557 CAGCCGAACATGAGCAACCCCTTTGGCAACCCATTTGTATCCAATGGTAATCCGCACCAA 1616
|||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1753 CAGCAGAACATGAACAATCCCTTTGGCAACCCATTTGTATCCAATGGTAATCCGCAACAA 1812
Query 1617 CCGCATGGCTCGGTTCAAGGTTACAATCCATATCCAAGGTATATGTAAGGTAAGA--TGT 1674
||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1813 CCGCA-----------A-GGTTACAACCCATATCCAAGGTATATGTAAGGAAAGGGGTGT 1860
Query 1675 GATAAGATC 1683
|||| ||||
Sbjct 1861 GATATGATC 1869
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83232503610
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5