BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947483
Length=2351
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:24... 3733 0.0
> AT1G07910.1 | Symbols: ATRNL, RNL, AtRLG1 | RNAligase | chr1:2445470-2454645
FORWARD LENGTH=3787
Length=3787
Score = 3733 bits (2021), Expect = 0.0
Identities = 2246/2354 (95%), Gaps = 17/2354 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTGAGCAGTCAGAGCGCAAGAGATATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACCC 60
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1210 GTGAGCAGTCAGAGCTCAAGAGATATGGAAAATGTCTTGAGAGATCATCCTCCACCACCC 1269
Query 61 TGTGATGGAGCTAATCTTGATCTGGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTGCTCATAGA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1270 TGTGATGGAGCTAATCTTGATCTGGGACTCAGTCTAAGAGAGATATGTGCTGCCCATAGA 1329
Query 121 TCTAACGAGAAACAGCAAATGAGAGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCCT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1330 TCTAACGAGAAACAGCAAATGAGAGCACTTTTAAGGAGTGTTGGGCCAAGCTTTTGCCCC 1389
Query 181 AGTGACGTGGATTGGTTTGGAGATGAATCTCATCCGAAAAATGCTGACAAATCTGTTATA 240
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1390 AGTGACGTGGAATGGTTCGGAGATGAATCTCATCCGAAAAGTGCTGACAAATCTGTTATA 1449
Query 241 ACAAAATTCCTGCAATCTCAGCCTACTGATTATTCAACTAGTAAATTACAGGAAATGGTA 300
|||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450 ACAAAATTCCTGCAATCTCAGCCTGCAGATTATTCAACTAGTAAATTACAGGAAATGGTA 1509
Query 301 CGCTTGATGAAGGAAAAACGTCTTCCAGCCGCATTCAAATGTTACCATAATTTTCATAGA 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1510 CGCTTGATGAAGGAAAAACGTCTTCCAGCCGCATTCAAGTGTTACCATAATTTTCATAGA 1569
Query 361 GCTGACGACATATCACCTGATAAACTATTTTATAAATTGGTTGTTCATGTGCACAGCGAT 420
||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1570 GCTGAGGACATATCACCTGATAACCTTTTTTATAAATTGGTTGTCCATGTGCACAGCGAT 1629
Query 421 TCAGGATTTAGGCGTTACCAAAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATAT 480
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630 TCAGGATTTAGGCGTTACCACAAAGAGATGAGGCACATGCCTAGTTTGTGGCCTTTATAT 1689
Query 481 CGAGGTTTCTTTGTTGATATTAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGGGAGGGATCTGATGGCT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690 CGAGGTTTCTTTGTTGATATTAATTTGTTCAAGTCAAACAAAGGGAGGGATCTGATGGCT 1749
Query 541 CTGAAAAGCATTGATAATGCGGTCAAAGATGCCAGTGAAAATGATGGTCAACGAGAAAAG 600
||||||||||||| | | | ||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1750 CTGAAAAGCATTG---A-----T---A-ATGCCAGTGAAAATGATGGTCGAGGAGAAAAG 1797
Query 601 GATGGTTTGGCTGATGGTGATGCTAACTTAATGATCAAATTAAAGTTTCTCACATACAAG 660
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GATGGTTTGGCTGATGATGATGCTAACTTAATGATTAAAATGAAGTTTCTCACATACAAG 1857
Query 661 TTGAGAACCTTTTTGATCCGTAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGAAGGGCCAGCAGCT 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 1858 TTGAGAACCTTTTTGATCCGTAATGGCCTATCAATTCTATTTAAAGACGGGGCAGCAGCT 1917
Query 721 TACAAAACCTACTATCTTAGACAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAAA 780
|||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 TACAAAACTTACTACCTTAGGCAAATGAAAATCTGGGGTACGTCAGATGGAAAGCAGAAA 1977
Query 781 GAACTTACCAAGATGCTTGATGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGAT 840
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 GAACTTTGCAAGATGCTTGATGAATGGGCTGCTTACATAAGAAGAAAGTGTGGGAATGAT 2037
Query 841 CAGCTATCTTCATCAACATACTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCTTGGAGCAGTACGCGAAG 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2038 CAGCTATCTTCATCAACATACTTAAGTGAAGCTGAGCCATTCCTGGAGCAGTACGCGAAA 2097
Query 901 CGGAGCCCAATGAATCAGATTTTGATAGGGGCTGCTGGGAACCTAGTTAGAACTGAGGAC 960
|||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 CGGAGCCCAAAGAACCATATTTTGATAGGGTCTGCTGGGAACCTAGTTAGAACTGAGGAC 2157
Query 961 TTCTTGGCCATTGTGGACGGTGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAGAAAGAAGGA 1020
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2158 TTCTTGGCCATTGTTGACGGTGATCTAGATGAAGAAGGCGATCTTGTGAAGAAACAAGGA 2217
Query 1021 GTGACACCAGCTACTCCTGAGCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTTA 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GTGACACCAGCTACTCCTGAGCCAGCTGTGAAGGAAGCTGTCCAAAAGGATGAGGGGTTA 2277
Query 1081 ATTGTATTCTTTCCAGGGATTCCTGGATGTGCTAAATCTGCACTTTGCAAGGAGTTATTG 1140
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 ATTGTATTCTTTCCAGGAATTCCTGGATCTGCTAAATCTGCACTTTGCAAGGAGTTATTG 2337
Query 1141 AACGCCCCAGGAGGCTTTGGAGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGTC 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 AACGCCCCAGGAGGCTTTGGAGATGATAGGCCAGTGCATACTCTGATGGGTGATCTTGTC 2397
Query 1201 AAAGGAAAATATTGGCCAAAGGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTATG 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 AAAGGAAAATATTGGCCAAAGGTTGCTGATGAACGTCGTAAAAAACCACAATCGATTATG 2457
Query 1261 TTGGCTGACAAAAATGCTCCAAATGAAGATGTCTGGAGACAAATTGAAGACATGTGTCGA 1320
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2458 TTGGCTGACAAAAATGCCCCAAATGAAGATGTCTGGAGACAGATTGAAGATATGTGTCGG 2517
Query 1321 AGAACTAGGGCTTCTGCAGTTCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCCA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 AGAACTAGGGCTTCTGCAGTTCCAATCGTTGCTGATTCTGAAGGAACCGATACAAATCCA 2577
Query 1381 TATTCACTTGATGCCTTGGCTGTATTCATGTTCCGGGTACTTCAACGAGTTAACCATCCG 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2578 TATTCACTTGATGCCTTGGCTGTATTCATGTTCCGTGTACTTCAACGAGTTAACCATCCG 2637
Query 1441 GGAAAGCTCGACAAGGAATCTTCAAATGCAGGCTATGTGCTATTGATGTTTTATCACCTT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2638 GGAAAGCTCGACAAGGAATCTTCAAATGCAGGTTATGTGCTATTGATGTTTTATCACCTT 2697
Query 1501 TATGAGGGAAAGAACCACAATGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCTC 1560
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2698 TATGAGGGAAAGAACCGTAATGAATTTGAGAGTGAATTGATTGAGCGCTTTGGCTCCCTC 2757
Query 1561 ATCAAGATGCCACTATTGAAATCAGACAGGACTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGTT 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2758 ATCAAGATGCCACTATTGAAATCAGACAGGACTCCTTTACCTGATCCTGTTAAATCAGTT 2817
Query 1621 CTTGAGGAGGGCATAAATTTGTTTAATCTCCACAGCAGAAGACATGGGAGACTCGAGTCG 1680
|||||||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2818 CTTGAGGAGGGCATTGATTTGTTCAATCTCCATAGTAGAAGACATGGGAGACTCGAGTCA 2877
Query 1681 ACAAAAGGAACATATGCAGCAGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTTTA 1740
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2878 ACAAAAGGAACATATGCAGCGGAATGGACCAAATGGGAGAAACAACTACGAGATACTCTA 2937
Query 1741 GTTGTGAATTCTGAGTATCTCAATTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTGTGGTTCATCTA 1800
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2938 GTTGCAAATTCTGAGTATCTCAGTTCTATTCAGGTTCCATTTGAGTCTATGGTTCATCAA 2997
Query 1801 GTGCGAGAAGAGCTAAAAA-ATATCGCAAAGGGTGAATACAAGCCACCAAGTTCAGAGAA 1859
||||||||||||||||||| | || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2998 GTGCGAGAAGAGCTAAAAACA-ATAGCGAAGGGTGATTACAAGCCACCAAGTTCGGAGAA 3056
Query 1860 AACAAAACATGGGTCTATTGTTTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAG 1919
|| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 AAGAAAACACGGGTCTATTGTTTTCGCTGCCATCAACTTGCCTGCTACTCAAGTTCACAG 3116
Query 1920 TCTTCTTGAAAAGTTAGCCGTAGCAAACCCAACAATGAGATTTTTTCTAGAGGGTAAGAA 1979
||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 3117 TCTTCTTGAAAAGTTGGCTGCAGCAAACCCAACAATGAGATCTTTTCTAGAGGGAAAGAA 3176
Query 1980 AAAGACCATACAGGAAAAACTTGAACGGTCTCATGTGACGCTTGCCCACAAGAGAAGCCA 2039
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3177 AAAGAGCATACAGGAAAAACTTGAACGGTCTCACGTGACGCTCGCCCACAAGAGAAGCCA 3236
Query 2040 TGGCGTAGCAGCTGTAGCCAGCTATGGTCAGCACTTGAACAGAGAGGTACCCGTAGAGCT 2099
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3237 TGGCGTAGCAACTGTAGCCAGCTATAGTCAGCACTTGAACAGAGAGGTACCCGTAGAGCT 3296
Query 2100 CACGGAGCTCATCTACAACGACAAGATGGCAACTCTAACTGCCAATGTCGGATGTGTGGA 2159
||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||| |||| ||||||
Sbjct 3297 CACCGAGCTCATCTACAACGACAAGATGGCTGCTCTAACAGCCCATGTTGGATCTGTGGA 3356
Query 2160 CGGAGAGACGGTAGTCTCCAAGAACGAATGGCCACATGTTACGTTGTGGACTG-GAGAAG 2218
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | ||||
Sbjct 3357 CGGAGAGACCGTAGTCTCCAAGAACGAATGGCCACATGTTACATTGTGGACAGCG-GAAG 3415
Query 2219 GCGTAACTGCGAAAGAGGCCAACACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGGAAGGCGAGCC 2278
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3416 GCGTTACTGCGAAAGAGGCCAACACGTTACCTCAGCTTTACTTAGAAGGAAAGGCGAGCC 3475
Query 2279 GCTTAGTGATAGATCCTCCGGTCTCAATCTCAGGTCCTCTGGAATTTTTCTGAATATTT- 2337
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 3476 GCTTGGTGATAGATCCTCCGGTGTCAATCTCAGGTCCTCTGGAGTTTTTCTGAATACTTG 3535
Query 2338 ATGAAACATGGAAG 2351
|| |||||||||||
Sbjct 3536 ATTAAACATGGAAG 3549
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116716267125
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5