BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947584
Length=2347
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G41360.1 | Symbols: XPB2, ATXPB2 | homolog of Xeroderma pigm... 3759 0.0
AT5G41370.1 | Symbols: XPB1, ATXPB1 | homolog of xeroderma pigm... 3591 0.0
> AT5G41360.1 | Symbols: XPB2, ATXPB2 | homolog of Xeroderma pigmentosum
complementation group B 2 | chr5:16544340-16549280
FORWARD LENGTH=2694
Length=2694
Score = 3759 bits (2035), Expect = 0.0
Identities = 2239/2337 (96%), Gaps = 15/2337 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 aaaaaaaGAAGATCAATATGGGAAACGGTGAAAGAGGACGACCGACGAAGAAGATGAAGT 63
|||| ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||||||||||
Sbjct 218 AAAAGAAGAAAATCAATATGGGAAACGATGAAAGAAAACGACCTACAAAGAAGATGAAGT 277
Query 64 ACGGTGGGAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGATG 123
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 278 ACGGTGGGAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATACAAAACGTTGAAGATTACTATGATG 337
Query 124 ATGCTGATGAGGATTCTCGTGATGGTGCAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTGAAT 183
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |
Sbjct 338 ATGCTGATGAGGATTCTCGTGATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAGGAGAGATTTTACTGATT 397
Query 184 TGGAGTTGAAGCCAGATCATGGCAATAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATTT 243
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 398 TGGAGTTGAAGCCGGATCATGGAAATAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAAGATTT 457
Query 244 TCTTGGAGACGTTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCTG 303
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 458 TCTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCTG 517
Query 304 AACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAGTTTAACCCCACACTCGTTGTATG 363
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 518 AACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTATG 577
Query 364 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATCTCTGTTTTGAATAAGCTGTCTA 423
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 578 CTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATCTCTGTTTTGAATAAGCTATCTA 637
Query 424 AGACTAAGCTACCCAATGAGATCATTGATTTTATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 483
|||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 638 AGACCAAGCTACCCGGGGAGATCATTGATTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGGA 697
Query 484 AAGTGAAGCTGGTATTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCACGGAGGTAT 543
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |
Sbjct 698 AAGTGAAGTTGGTATTGAAGAAAAATCGGTATTTTATTGAATCACCATTCCCGGAGGTGT 757
Query 544 TGAAAAGGCTTCTCAGTGATGATACT-ATAAATCGAGCTAGACTTT-CTTCTGAGCCATA 601
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||
Sbjct 758 TGAAAAGGCTTCTCAGTGATGAT-GTCATAAATCGAGCAAGA-TTTACTTCTGAGCCATA 815
Query 602 TTATGGTGGTGATGGATTTACGATCGGCAAAACAAGTGGTGAACTTGAAGCAGGACCTGG 661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 TTATGGTGGTGATGGATTTACGATCGGCAAAACAAGTGGTGAACTTGAAGCAGGACCTGG 875
Query 662 GGAGCTGTTGAATGAAGCAGAATTGGCAGCAGCTTCGGAAGAGAAAGAAACTCATTCATT 721
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 876 GGAGTTGTTGAATGAAGCAGAATTGGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATT 935
Query 722 TGAGGTAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAA 781
|||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 936 TGAGATAGACCCTGCACTGGTGGAGAATGTTAAGCAGCGTTGCTTGCCAAATGCCTTGAA 995
Query 782 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCTGATCTTGACAT 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGATAATGTTAATCCTGATCTTGACAT 1055
Query 842 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCAAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1056 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCAAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 1115
Query 902 TGGAAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCT 961
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1116 TGGAAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTACCTTGTGGAGCTGGTAAATCTCT 1175
Query 962 AGTTGGTGTTTCTGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCAACGAATGC 1021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 AGTTGGTGTTTCTGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCAACGAATGC 1235
Query 1022 TGTCTCGGTGGATCAATGGGCCTACCAATTTAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCA 1081
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1236 TGTCTCGGTGGATCAATGGGCCTACCAATTTAAGTTGTGGTCTACTATAAAAGATGACCA 1295
Query 1082 AATATGCCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 AATATGCCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1355
Query 1142 GACAACCTATAATATGATTGCCTTTGGTGGTAAACGATCTGAAGAAGCAGAGAAGATTAT 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 GACAACCTATAATATGATTGCCTTTGGTGGTAAACGATCTGAAGAAGCAGAGAAGATTAT 1415
Query 1202 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTTATGGACGAGGTGCATGTGGTTCC 1261
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTGCTGCTTATGGACGAGGTGCATGTGGTTCC 1475
Query 1262 AGCTCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTGGGACTTAC 1321
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1476 AGCCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATTACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTAC 1535
Query 1322 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAAGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1381
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1536 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAAAATTACAGATTTAAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1595
Query 1382 ACTATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAATG 1441
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1596 ACTCTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTG 1655
Query 1442 TGCTGAAGTATGGTGTCCTATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAA 1501
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 TGCTGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAA 1715
Query 1502 CTCCAAGAAAAAACAGGCGCTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAATT 1561
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1716 CTCGAAAAAAAAACAGGCGCTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAATT 1775
Query 1562 TTTGATACGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATCGTCTTTGCAGACAATCT 1621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 TTTGATACGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATCGTCTTTGCAGACAATCT 1835
Query 1622 TTTTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAG 1681
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1836 TTTTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTACGGTGCAACCAG 1895
Query 1682 CCATATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGA-CGTGAACACTG 1740
||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1896 CCATATCGAACGAACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAA-ACCGTGAACACTG 1954
Query 1741 TCTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCC 1800
| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1955 TATTCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATCATCC 2014
Query 1801 AGATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAACGTTTGGGTCGTATCCTTA 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 AGATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAACGTTTGGGTCGTATCCTTA 2074
Query 1861 GGGCTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCT 1920
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 GGGCTAAGGGTAAACTTGAAGATAGAATGGCTGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCT 2134
Query 1921 TCTACTCACTTGTTTCTACTGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAGCAGT 1980
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 TCTACTCGCTTGTTTCTACCGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAGCAGT 2194
Query 1981 TTTTGATCGACCAAGGTTATAGCTTCAAGGTAATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGG 2040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 TTTTGATCGACCAAGGTTATAGCTTCAAGGTAATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGG 2254
Query 2041 GTTCAAGCTTGGGCTACCACAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGA 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 GTTCAAGCTTGGGCTACCACAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGA 2314
Query 2101 ATGCTGGAGACGATTTGGTTGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTC 2160
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 2315 ATGCTGGAGACGATATGGTTGGTTTAGAACAACTTGAAGAAGACACAGATGGAAAGGCTC 2374
Query 2161 TACAAAAGGCGCGACGAAGCATGGGATCGATGAGTGCAATGTCCGGTGCAAAGGGAAGGG 2220
|| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2375 TA-AAGA--CGCGACGAAGCATGGGATCGATGAGTGCAATGTCCGGTGCAAATGGAAGGG 2431
Query 2221 TCTACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAAC-AGGTA-AAGAAACCTAA 2278
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| | | |||||||||||
Sbjct 2432 TCTACATGGAATACAACTCAGGTCGTCAAAAATCTGGT-AACCAA-TCCAAGAAACCTAA 2489
Query 2279 AGACCCAACCCAACGACACCAA-ATGTTCAGAAAACGTTATGGGTGAGACAAGAGAA 2334
|||||||||| |||||||| || || |||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2490 AGACCCAACCAAACGACAC-AATATCTTCAAAAAACGTTATGTTTGAGACAAGAGAA 2545
> AT5G41370.1 | Symbols: XPB1, ATXPB1 | homolog of xeroderma pigmentosum
complementation group B 1 | chr5:16551119-16556003
FORWARD LENGTH=2733
Length=2733
Score = 3591 bits (1944), Expect = 0.0
Identities = 2218/2352 (94%), Gaps = 11/2352 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 aaaaaaaGAAGATCAATATGGGAAACGGTGAAAGAGGACGACC-GACGAAGAAGATGAAG 62
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 202 AAAAAAAGAAGATCAATATGGGAAACGGTGAAAGAGGAAGACCTAAC-AAGAAGATGAAG 260
Query 63 TACGGTGGGAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGAT 122
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 TATGGTGGCAAGGATGATCAAAAGATGAAGAACATCCAAAACGCTGAAGATTACTATGAT 320
Query 123 GATGCTGATGAGGATTCTCGTGATGGTGCAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTGAA 182
||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 321 GATGCTGATGAAGACTCTCGTGATGGTGAAGGAGAGGAGAAGAAGAGAGATTTTACTAAA 380
Query 183 TTGGAGTTGAAGCCAGATCATGGCAATAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATT 242
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TTGGAGTTGAAGCCAGATCATGGAAACAGGCCTTTGTGGGCTTGTGCTGATGGAAGGATT 440
Query 243 TTCTTGGAGACGTTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGATTTTCTTATCGCCATTGCT 302
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 441 TTCTTGGAGACATTTTCTCCTCTCTATAAACAAGCTTATGACTTTCTTATCGCCATTGCT 500
Query 303 GAACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAGTTTAACCCCACACTCGTTGTAT 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 501 GAACCCGTTTGCAGGCCTGAGTCAATGCACGAGTATAATTTAACCCCACACTCGTTGTAT 560
Query 363 GCTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATCTCTGTTTTGAATAAGCTGTCT 422
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 561 GCTGCTGTTTCCGTTGGTCTTGAGACAGAAACTATCATTTCTGTTTTGAATAAACTGTCT 620
Query 423 AAGACTAAGCTACCCAATGAGATCATTGATTTTATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGG 482
||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 AAGACTAAGCTACCCAAGGAGATGATTGAGTTCATCCATGCTTCTACTGCTAATTATGGG 680
Query 483 AAAGTGAAGCTGGTATTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAATCCCCATTCACGGAGGTA 542
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||
Sbjct 681 AAAGTAAAGCTGGTTTTGAAGAAGAATCGGTATTTTATTGAGTCCCCATTCCCAGAGGTT 740
Query 543 TTGAAAAGGCTTCTCAGTGATGATACTATAAATCGAGCTAGACTTTCTTCTGAGCCATAT 602
||||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 741 TTGAAAAGGCTTCTCAGCGACGATGTTATAAACCGAGCTAGATTTTCTTCTGAGCCATAT 800
Query 603 TATGGTGGTGATGGATT-TACGATCGGCAAAACAAGTGGTGAACTTGAAGCAGGACCTGG 661
||||| ||||||||||| | || |||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 801 TATGGCGGTGATGGATTCT-CGGTCGGCAGAACATGCGGTGAACTTGAAGCAGGACCCGG 859
Query 662 GGAGCTGTTGAATGAAGCAGAATTGGCAGCAGCTTCGGAAGAGAAAGAAACTCATTCATT 721
|||||| ||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 860 GGAGCTATTGAATGAAGCGGAATTTGCAGCAGCAGCAGAAGAGAAAGAAACTCACTCATT 919
Query 722 TGAGGTAGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAA 781
|||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 920 TGAGATTGACCCTGCACAGGTGGAGAATGTGAAGCAGCGTTGCTTACCAAATGCCTTGAA 979
Query 782 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCTGATCTTGACAT 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 980 TTACCCTATGTTAGAGGAATATGACTTCAGGAACGACAATGTTAATCCCGATCTTGACAT 1039
Query 842 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCAAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 901
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 GGAACTGAAGCCCCATGCACAACCGAGGCCATACCAGGAAAAAAGTTTGAGCAAAATGTT 1099
Query 902 TGGAAACGGACGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCT 961
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1100 TGGGAACGGGCGAGCAAGATCTGGGATTATAGTGTTGCCTTGTGGTGCTGGTAAATCTCT 1159
Query 962 AGTTGGTGTTTCTGCAGCGGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCAACGAATGC 1021
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1160 AGTTGGTGTTTCTGCAGCTGCTCGTATAAAGAAGAGTTGTCTTTGTTTGGCGACGAATGC 1219
Query 1022 TGTCTCGGTGGATCAATGGGCCTACCAATTTAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCA 1081
|||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGTCTCAGTGGATCAGTGGGCCTTCCAGTTCAAGTTGTGGTCTACTATAAGAGATGACCA 1279
Query 1082 AATATGCCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1141
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 AATATGTCGTTTCACTTCTGATAGTAAAGAACGATTCCGTGGAAATGCTGGTGTTGTTGT 1339
Query 1142 GACAACCTATAATATGATTGCCTTTGGTGGTAAACGATCTGAAGAAGCAGAGAAGATTAT 1201
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 1340 GACAACCTATAATATGGTTGCCTTTGGTGGTAAACGGTCTGAGGAATCAGAGAAGATTAT 1399
Query 1202 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTTATGGACGAGGTGCATGTGGTTCC 1261
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1400 AGAAGAAATGAGAAACAGAGAGTGGGGGTTACTGCTCATGGATGAGGTGCATGTGGTTCC 1459
Query 1262 AGCTCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTGGGACTTAC 1321
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1460 AGCCCATATGTTTAGGAAAGTTATCAGTATCACAAAATCTCACTGCAAGCTAGGACTTAC 1519
Query 1322 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAAGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1381
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1520 AGCCACCCTTGTGAGAGAAGACGAAAGGATTACAGATTTGAACTTCCTCATTGGCCCGAA 1579
Query 1382 ACTATATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAATG 1441
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1580 ACTCTATGAAGCCAATTGGCTAGATTTAGTTAAAGGAGGCTTTATTGCAAATGTTCAGTG 1639
Query 1442 TGCTGAAGTATGGTGTCCTATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTGAAGAAAGAGAA 1501
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1640 TGCTGAAGTATGGTGTCCCATGACCAAAGAGTTTTTTGCAGAATATCTAAAGAAAGAGAA 1699
Query 1502 CTCCAAGAAAAAACAGGCGCTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAATT 1561
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1700 CTCCAAGAAAAAGCAGGCACTTTATGTCATGAACCCTAACAAGTTCAGAGCCTGTGAGTT 1759
Query 1562 TTTGATACGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATCGTCTTTGCAGACAATCT 1621
| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1760 TCTGATTCGTTTCCATGAACAACAACGTGGGGATAAAATCATTGTCTTTGCAGACAATCT 1819
Query 1622 TTTTGCACTTACAGAGTATGCAATGAAACTCCGGAAACCGATGATTTATGGTGCAACCAG 1681
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1820 TTTTGCGCTTACAGAGTATGCGATGAAACTCCGGAAACCAATGATTTATGGTGCAACCAG 1879
Query 1682 CCATATCGAACGAACCAAAATTCTCGAGGCATTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGT 1741
||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1880 TCATATCGAAAGGACAAAAATTCTCGAGGCGTTTAAAACCAGTAAAGACGTGAACACTGT 1939
Query 1742 CTTCTTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCTATAGATATCCCTGAAGCGAATGTGATTATCCA 1801
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1940 CTTCCTGTCAAAGGTTGGTGATAACTCCATAGATATCCCTGAAGCTAATGTGATTATCCA 1999
Query 1802 GATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAACGTTTGGGTCGTATCCTTAG 1861
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 2000 GATTTCGTCACATGCTGGTTCTAGACGTCAAGAGGCTCAGCGTTTGGGTCGTATTCTTAG 2059
Query 1862 GGCTAAGGGTAAACTTGAAGACAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTT 1921
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2060 GGCTAAGGGTAAACTCGAAGATAGAATGGCCGGTGGAAAAGAAGAGTACAATGCATTCTT 2119
Query 1922 CTACTCACTTGTTTCTACTGATACACAGGAAATGTATTATTCAACGAAAAGACAGCAGTT 1981
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 2120 CTACTCACTTGTTTCGACAGATACACAGGAAATGTATTATTCGACGAAAAGACAACAGTT 2179
Query 1982 TTTGATCGACCAAGGTTATAGCTTCAAGGTAATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGG 2041
||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 CTTGATAGACCAAGGTTACAGCTTTAAGGTTATAACAAGCCTCCCACCTCCGGACGCGGG 2239
Query 2042 TTCAAGCTTGGGCTACCACAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTCGGAAAGGTGTTGAA 2101
|||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2240 TTCAAGCTTGAGCTACCATAGTCAAGAAGAACAGTTGTCTCTTCTTGGAAAGGTGATGAA 2299
Query 2102 TGCTGGAGACGATTTGGTTGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCT 2161
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2300 TGCTGGAGACGATCTGGTCGGTTTAGAGCAACTCGAAGAAGACACAGACGGAATGGCTCT 2359
Query 2162 ACAAAAGGCGCGACGAAGCATGGGATCGATGAGTGCAATGTCCGGTGCAAAGGGAAGGGT 2221
|||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||| |||
Sbjct 2360 ACAAAAGGCGAGACGAAGCATGGGATCGATGAGCGTAATGTCCGGTTCAAAAGGAATGGT 2419
Query 2222 CTACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAACAGGTAAAGAAACCTAAAGA 2281
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||
Sbjct 2420 CTACATGGAATACAACTCAGGCCGTCACAAATCCGGTCAGCAATTCAAGAAACCTAAAGA 2479
Query 2282 CCCAACCCAACGACACCAAA-TGTTCAGAAAACGTTATGGGTGAGA----CAA-GAGAAG 2335
||||||| |||||||| || | |||| ||||||||| | |||||| ||| ||||||
Sbjct 2480 CCCAACCAAACGACAC-AATCTCTTCAAAAAACGTTACGTGTGAGAGAAACAAAGAGAAG 2538
Query 2336 CTTTCAAGAGTT 2347
||||||||||||
Sbjct 2539 CTTTCAAGAGTT 2550
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116515464945
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5