BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947666
Length=2267
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G40740.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits... 3832 0.0
> AT5G40740.1 | Symbols: | unknown protein; Has 30201 Blast hits
to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria -
1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses
- 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | chr5:16301914-16306413
REVERSE LENGTH=2583
Length=2583
Score = 3832 bits (2075), Expect = 0.0
Identities = 2193/2252 (97%), Gaps = 0/2252 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GATCGGAGACGACGACGGTGATGACGATGGACAGAGAGAAGGAGAGAGAACTTGAGCTCG 60
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 23 GATCGGAGGCGACGACGGTGATGACGATGGACAGAGAAAAGGAGAGAGAACTTGAGCTCG 82
Query 61 AGAGTGCAATGTACACAAACTGTTTGCTTTTAGGTTTGGATCCGAACGTGATCGGACTCG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 83 AGAGTGCAATGTACACAAACTGTTTGCTTTTAGGTTTGGATCCGAATGTGATCGGACTCG 142
Query 121 GAGCCTCCAATGGCACGCCTCGGGTCGGGTTATTTCGCCATTCCAATCCAAAGCTCGGTG 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 143 GAGCCTCCAATGGCACGCCTCGGGTCGGGTTATTTCGCCATTCGAATCCAAAGCTCGGTG 202
Query 181 AACAGCTTCTCTACTTCATCCTCTCTTCTCTTCGTGGCCCTGCTCAGTCTTCAAAGGATT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 AACAGCTTCTCTACTTCATCCTCTCTTCTCTTCGTGGCCCTGCTCAGTCTTCAAAGGATT 262
Query 241 TTGATAAGGTTTGGCCAATTTTCGATTCGGCTCAATCTCGCGATTTTCGTAAGGTTGTTC 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 263 TTGATAAGGTTTGGCCAATTTTCGATTCGGCTCAATCTCGCGATTTTCGTAAGGTTGTTC 322
Query 301 AAGCGATTATAAGCGAGCTTGAATCACAAGGGGCGTTACCAAGGAGTAATTCGAGGGTTT 360
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 323 AAGCGATTATAAGCGAGCTTGAATCACAAGGGGCATTACCAAGGAGTAATTCGAGGGTTT 382
Query 361 CATCACTAGCCACTTGCTGTGGTCCAAGATTTGTGGAGCTCTTATGGCAACTTTCATTGC 420
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 383 CATCACTAGCCACTTGCTGTGGACCAAGATTTGTGGAGCTCTTGTGGCAACTTTCACTGC 442
Query 421 ATGCATTAAGAGAAGTTCATAGGCGGACATTTCCTGCTGATGTAGCTTCCAATCCTCTAC 480
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 443 ATGCGTTAAGAGAAGTTCATAGGCGGACATTTCCTGCTGATGTAGCTTCCAATCCTCTAC 502
Query 481 CTTCTTCTCTAACTGACGTATCTTTCTCACATGCAGCTACTTTGCTTCCTGTAACCAAGG 540
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 CTTCTTCTCTAACTGACGTTTCTTTCTCACATGCAGCTACTTTGCTTCCTGTAACCAAGG 562
Query 541 CCCGGATAGTGCTTGAGCGCCGTCGGTTTCTTAAAAATGCAGAGACTGCGGTACAAAGAC 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 CCCGGATAGTGCTTGAGCGCCGTCGGTTTCTTAAAAATGCAGAGACTGCGGTACAAAGAC 622
Query 601 AGGCCATGTGGTCTAATTTAGCACATGAGATGACTGCAGAGTTCCGTGGTCTCTGTGCTG 660
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 AGGCCATGTGGTCTAATTTAGCCCATGAGATGACTGCAGAGTTCCGTGGTCTCTGTGCTG 682
Query 661 AAGAGGCTTACCTGCAACAGGAACTAGAAAAACTTAATGATTTGAGAAACAAAGTGAAGC 720
||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 683 AAGAGGCTTACCTTCAACAGGAACTAGAGAAACTTAACGATTTGAGAAACAAAGTGAAGC 742
Query 721 AGGAAGGAGAAGTCTGGGATGACCTTGTGTCTAGCTCCAGTCAGAATTCTCATCTAGTTT 780
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 743 AGGAAGGAGAAGTGTGGGATGACCTTGTGTCTAGCTCCAGTCAGAATTCTCATCTAGTTT 802
Query 781 CAAAGGCAACTAGGTTATGGGATTCTATAATGGCTCGTAAAGGCCAGCATGAAGTTCTTG 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 803 CAAAGGCAACTAGGTTATGGGATTCTATAATGGCTCGTAAAGGTCAGCATGAAGTTCTTG 862
Query 841 CGTCAGGTCCCATTGAGGATTTGATAGCTCACAGGGAGCATAGATACCGAATTTCAGGAT 900
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 863 CGTCAGGTCCCATTGAGGACTTGATAGCTCACAGGGAGCATAGATACCGGATTTCAGGAT 922
Query 901 CGGCCCTACTTGCAGCGATGGATCAGAGTTCCCAAGTTCCTTGTGCAGAATTACTCTCTG 960
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 923 CGGCCCTACTTGCAGCGATGGATCAGAGTTCTCAAGTTCCTCGAGCAGAATTACTCTCTG 982
Query 961 CCCATTCAGATGATTCAGCTTCACTTGCGGATGACAAAGAACTAAGTGATGGATCGTACA 1020
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 983 CCCACTCAGATGATTCAGCTTCACTTGCGGATGACAAAGAACTAAGTGATGGATCGTACA 1042
Query 1021 CAAACATGCATGACCACTCTTTAGGAGACAGTTTTGAAACAGCCAGCTCACAAGCAAGTG 1080
|||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1043 CAAACATGCATGACCACTCTTTAGTAGATAGTTTTGAAACAGCCAGCTCACAAGCAAGTG 1102
Query 1081 ATGAAACACTTTCTCGAGTAGATGATAGAGGTGGAAAGATCAACCAGACAGTCGATGTAG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1103 ATGAAACACTTTCTCGAGTAGATGATAGAGGTGGAAAGATCAATCAGACAGTCGATGTAG 1162
Query 1141 CGGAAGTCATAAGGCGCTGGACACATGCATTACAGCGTATTCATAAGCAGTCTCTTCTTC 1200
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1163 CGGAAGTCATAAGGCGCTGGACACATGCATTACAGCGTATTCATAAACAGTCTCTTCTTC 1222
Query 1201 TGGCTAAAGCAAATGATGGGGATGGTCCAGATATTTTGCGAACTGCGAGTGATGGTGGTA 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1223 TGGCTAAAGCAAATGATGGGGATGGTCCAGATATTTTGCGGACTGCGAGTGATGGTGGTA 1282
Query 1261 CAAGTGGGCATGTTGAATCATTGGCTGCAACTTTGACTGAACATCAACAACATTTAGCTA 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 CAAGTGGGCATGTTGAATCATTGGCTGCAACTTTGACTGAACATCAACAACATTTAGCTA 1342
Query 1321 GCTTTCAGGTTCTTATCAACCAGTTAAAGGAAGTTTCTCCAGCCATACAAAAATCCATAT 1380
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1343 GCTTTCAGGTTCTTATCAACCAATTAAAGGAAGTTTCTCCAGCCATACAAAAGTCCATAT 1402
Query 1381 CGGAATGTACTGAGATGGTTAATAGTCTTCCCCCGACCTTGCCTCCAGTTACGAGAAGTA 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 CGGAATGTACTGAGATGGTTAATAGTCTTCCCCCAACCTTGCCTCCAGTTACGAGAAGTA 1462
Query 1441 ATGGGCAAGCATCTTCACTTCTACAATCTCAGGGCAGTGGGAGAATTATGGATGGTGTAT 1500
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1463 ATGGACAAGCATCTTCACTTCTACAATCTCAGGGCAGTGGGAGAATTATGGAAGGTGTAT 1522
Query 1501 CCAATGATGTTGCTGAGTTGACCTCAACAATGTCTAATGTTCAGCTCGAGAAGGTCTCAG 1560
| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1523 CAAATGATGTTGCTGAGCTGACCTCGACAATGTCTAATGTTCAGCTCGAGAAAGTCTCAG 1582
Query 1561 CTAGTCCTACATTAAAGCTTCCACAGTTATTTAGCTCCACTCCTACTTCTTCTGGTAAAG 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 CTAGTCCTACATTAAAGCTTCCACAGTTATTTAGTTCCACTCCTACTTCTTCTGGTAAAG 1642
Query 1621 GAGGAAATGGACAAAAGCGACAGACAATGGCTTCTCAGGTCAATAAAATGGAAAGCTTGT 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GAGGAAATGGACAAAAGCGACAGACAATGGCTTCCCAGGTCAATAAAATGGAAAGCTTGT 1702
Query 1681 CAGAGAAGAACTCTACAGACCAAGCACTATCAAATGCTCGACCAGACAACTTACCGACTG 1740
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CTGAGAAGAACTCTACAGACCAAGCACTATCAAATGCTCGACCAGACAACTTACCGACTG 1762
Query 1741 ATACAAGCAGTTCTTTTGTCCAGAACCTAAAGAAATCTGTGAGGGAAGCGGCTTTATTGA 1800
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1763 ATACAAGCAGTTCTTTTGTCCATAACCTGAAGAAATCTGTGAGGGAAGCGGCTTTATTGA 1822
Query 1801 TTCCTTCTTCAGCAGGATCATCACGGGACAGTCAATCCGATGAGGGCTCCGAGCATTATT 1860
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 TTCCTTCTTCAGCAGGCTCATCACGGGATAGTCAATCCGATGAGGGCTCCGAGCATTATT 1882
Query 1861 TTGTACCTCTTTCAGCAACTGGCTTTTCCCGTTTTCCATCAGAAACCAAAGCCCTGCCTC 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 TTGTACCTCTTTCAGCAACTGGCTTTTCCCGTTTTCCATCAGAAACCAAAGCCCTGCCTC 1942
Query 1921 TCAGAGGGTCGAGGGCACTTACCTCTATGAGCGAGCCTTCGTTTCTTGAACCCAATGTTC 1980
||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 TCAGAGGGTCGAGAGCACTTACCTCTCTGAGCGAGCCTTCGTTTCTTGAACCCAATGTTC 2002
Query 1981 CTGATAGCTTTGCGCCAAGCAAGTACAGCGATATACCTGACACGTTTGATGATCTAGATT 2040
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 2003 CCGATAGCTTTGCACCAAGCAAGTACAGCGATATACCTGACACGTATGATGATCTTGATT 2062
Query 2041 CATTCAAAGATTATGATAACGGAAATGGGTTTCTGTCGGTTGCTGGATCAAACAGTGTAG 2100
||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2063 CATTCAAAGATTACGATAATGGGAACGGGTTTCTGTCGGTTGCTGGATCAAACAGTGTAG 2122
Query 2101 CTTCTGATGCACAACAATCGTTTTACGATGTTGATGATCAAGTATTTTCCCCACCTTTAC 2160
||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 CTTCTGATGCACAACAATCATTTTACGATATTGATGATCAAGTATTTTCCCCACCTTTAC 2182
Query 2161 TAATGGACTCGTCCTTATTATCAGATGCCTATGAAGACTTGTTAGCTCCTCTGTCTGAAA 2220
|||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2183 TAATGGACTCATCCCTATTATCAGATGCCTATGAAGACTTGTTAGCTCCTCTTTCAGAAA 2242
Query 2221 CCGAAGCCGCTTTAATGGAGCATTAGGAAGAA 2252
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 CCGAAGCCGCTTTAATGGAGCATTAGGAAGAA 2274
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 112499421345
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5