BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947845
Length=2289
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G39710.1 | Symbols: EMB2745 | Tetratricopeptide repeat (TPR)... 3518 0.0
> AT5G39710.1 | Symbols: EMB2745 | Tetratricopeptide repeat (TPR)-like
superfamily protein | chr5:15895729-15897972 FORWARD
LENGTH=2244
Length=2244
Score = 3518 bits (1905), Expect = 0.0
Identities = 2136/2249 (95%), Gaps = 10/2249 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 25 ATGTTTCTCTCTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCACTTCTTCTCCTTCA 84
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTTTCTCACTAAAACCCTAATTCGACGATCTCTCTCAACCTTCGCTTCTTCTCCTTCA 60
Query 85 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGTCATCCATATCAACTTCAT 144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 61 GATTCACTTCTCGCCGATAAAGCTTTAACCTTTCTCAAACGCCATCCATACCAACTTCAT 120
Query 145 CATCTCTCTGCAAATTTCACTCCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTTCTCAAATCTCAAAAC 204
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 CATCTCTCTGCAAATTTCACACCAGAAGCAGCTTCAAATCTCCTCCTCAAATCTCAAAAC 180
Query 205 AATCAAGAACTAATCCTCAAGTTCCTAACTTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 264
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATCAAGCACTAATCCTCAAGTTCCTAAATTGGGCAAACCCACATCAATTCTTCACTCTC 240
Query 265 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCA-CAAGATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 323
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGTTGCAAATGCATCACTCTTCACATCCTCACCAA-ATTCAAACTCTACAAAACAGCTCA 299
Query 324 AACCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAAGACGCTTCTCTCGTCTT 383
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 300 AATCCTCGCCGAAGATGTCGCAGCCAAAACCCTAGACGACGAATACGCTTCTCTCGTCTT 359
Query 384 CCGTTCGT-TACAAGAGACTTACGATTTGTGTAATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTGG 442
| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 360 CAAATC-TCTACAAGAGACTTACGATTTGTGTTATTCAACTTCCTCTGTTTTCGATTTAG 418
Query 443 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGTGTTTGATTGATAAGGCTTTGAGTATTGTTCATTTAT 502
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 419 TAGTGAAATCTTACTCTCGTTTGAGTTTGATTGATAAGGCTTTAAGCATTGTTCATTTAG 478
Query 503 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCGTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 562
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTCAAGCTCATGGCTTTATGCCTGGAGTTTTGTCTTACAATGCGGTGTTAGATGCTACGA 538
Query 563 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTTAAAGAAATGTTGCAAAGCC 622
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||
Sbjct 539 TTAGATCTAAGAGGAACATTAGTTTTGCTGAGAATGTGTTCAAAGAAATGTTGGAGAGCC 598
Query 623 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTG-TTTAGCTGGG 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 599 AAGTTTCTCCTAATGTGTTTACTTACAATATCTTGATTAGAGGGTTTTGCTTT-GCTGGG 657
Query 682 AATTTAGATGTTGCTTT-GCGGTTTTTCGATCGAATGGAGAAGAAAGGTTGTTTACCTAA 740
||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 658 AATATAGATGTTGCTTTAAC-GTTATTCGATAAAATGGAGACGAAAGGTTGTTTACCAAA 716
Query 741 TGTTGTTACTTACAATACTTTGATTCATGGGTTTTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 800
||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 717 TGTTGTTACTTACAACACTTTGATTGATGGGTATTGTAAGTTGCGTAAGATTGATGATGG 776
Query 801 GTTTGAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAAGGTTTGGAGCCGAATTTGATTTCGTATAA 860
|||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 777 GTTTAAGCTTTTGAGATCAATGGCGTTAAAGGGTTTGGAGCCTAATTTGATTTCGTATAA 836
Query 861 TGTCGTTATTAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGATAAGTTTTGTGCTTAC 920
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 837 TGTTGTTATCAACGGGTTATGTAGAGAAGGGAGGATGAAGGAGGTAAGTTTTGTTCTTAC 896
Query 921 GGAGATGAATAAGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACGTATAATACGCTTATTAAAGG 980
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 897 GGAGATGAATAGGAGAGGGTATTCGCTTGATGAAGTTACTTATAATACTCTTATTAAAGG 956
Query 981 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCGGAGATGCTGAGACA 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 957 TTATTGTAAAGAAGGTAATTTTCATCAAGCTCTTGTGATGCATGCTGAGATGTTGAGACA 1016
Query 1041 TGGGTTGTCACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1100
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1017 TGGGTTGACACCTAGTGTTATTACTTATACTTCGTTGATACATAGTATGTGTAAGGCTGG 1076
Query 1101 GAATATGAACCGGGCTACT-GAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1159
|||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 GAATATGAACAGGGCTA-TGGAGTTTCTTGATCAGATGCGGGTTAGAGGGCTTTGTCCGA 1135
Query 1160 ATGAGCGTACATACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1219
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 ATGAGCGTACTTACACGACGTTGGTTGATGGGTTTTCTCAAAAGGGGTATATGAATGAAG 1195
Query 1220 CCTATCGGGTTTTGAAAGAGATGATTGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1279
| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1196 CTTATCGGGTTTTGAGAGAGATGAATGATAACGGGTTTTCTCCTTCGGTTGTGACTTATA 1255
Query 1280 ATGCTTTAATTAATGGTCATTGTATCGCTGGGAAAATGGAAGATGCGAGAGCAGTTCTCG 1339
||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1256 ATGCTTTGATTAATGGTCATTGTGTTACTGGGAAAATGGAAGATGCGATAGCAGTTCTCG 1315
Query 1340 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGACTCCGGATGTAGTGAGTTACAGCACGGTATTATCTG 1399
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1316 AAGATATGAAGGAGAAAGGTTTGAGTCCGGATGTAGTGAGTTATAGCACGGTATTATCCG 1375
Query 1400 GGTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAAAGGAAAATGGTTGCAA 1459
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||
Sbjct 1376 GCTTTTGTAGAAGTTATGATGTTGATGAGGCGCTTAGAGTCAAGAGGGAAATGGTTGAAA 1435
Query 1460 AAGGTATTAAACCTGATACAATCACCTACTCATCACTAATCCAAGGGTTTTGTGAGCAGA 1519
||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1436 AAGGTATCAAACCTGATACAATCACCTACTCATCTCTGATCCAAGGGTTTTGTGAACAGA 1495
Query 1520 GAAGGACAAAGGAAGCTTGTGATCTTTTCGATGAAATGCTGAGAGTTGGCCTTCCACCAG 1579
||||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1496 GAAGGACTAAGGAAGCGTGTGATCTTTACGAAGAAATGCTGAGAGTTGGTCTTCCACCAG 1555
Query 1580 ATGAATTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATCTGCAAAAAG 1639
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1556 ATGAGTTTACTTACACAGCCTTGATCAATGCTTATTGTATGGAAGGCGATTTGGAAAAAG 1615
Query 1640 CGCTCCAGTTGCACAACGAAATGGTCGAGAAAGGCGTATTGCCTGATGTCGTCACTTACA 1699
| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1616 CTCTACAGTTGCACAATGAAATGGTCGAGAAAGGAGTATTGCCTGATGTTGTCACTTACA 1675
Query 1700 GTGTCCTGATCAACGGGCTTAACAAACAAGCTCGAACAAGAGAAGCAAAAAGACTTTTGC 1759
| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1676 GCGTGCTGATCAACGGGCTTAACAAACAATCTCGAACAAGAGAGGCAAAAAGACTTTTGC 1735
Query 1760 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGACGTCACATATCATACACTCATAGAAA 1819
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1736 TCAAGCTGTTCTACGAAGAATCAGTCCCTAGCGATGTCACATATCACACACTCATAGAAA 1795
Query 1820 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTGGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1879
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 ACTGCAGTAACATCGAGTTCAAAAGCGTAGTATCTCTTATTAAAGGATTCTGTATGAAAG 1855
Query 1880 GCATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGAGAAAAACCATAAACCCG 1939
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1856 GAATGATGACTGAAGCTGATCAAGTTTTCGAATCCATGCTTGGGAAAAACCATAAACCCG 1915
Query 1940 ATGGAACAGCATACAACATTATGATCCATGGTCATTGCAGAGGAGGAGATATCCGCAAAG 1999
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1916 ATGGAACAGCATACAACATTATGATTCATGGTCATTGCAGAGCCGGAGATATCCGCAAAG 1975
Query 2000 CATATAGTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTTCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2059
| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1976 CGTATACTCTATACAAAGAGATGGTAAAATCCGGATTCCTTCTCCATACTGTGACAGTGA 2035
Query 2060 TTGCTCTGGTTAAAGCATTGCACAAGGAAGGGAAGGTTAATGAATTAAATAGTGTGATTG 2119
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2036 TTGCTCTGGTTAAAGCCTTGCACAAGGAAGGGAAAGTTAATGAATTGAATAGTGTGATTG 2095
Query 2120 AGAATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2179
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 TGCATGTATTAAGAAGCTGTGAATTGAGCGAAGCAGAGCAAGCCAAAGTGCTTGTGGAGA 2155
Query 2180 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTCCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2239
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2156 TCAATCATAGAGAAGGGAATATGGATGTGGTTCTTGATGTGCTTGCTGAAATGGCCAAAG 2215
Query 2240 ATGGATTTCTTCCCAACGGCAAAAGTTAA 2268
||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2216 ATGGATTTCTTCCCAACGGCATAAGTTAA 2244
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113603833335
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5