BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg947943
Length=2431
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G38880.1 | Symbols: | unknown protein; Has 474 Blast hits t... 4056 0.0
> AT5G38880.1 | Symbols: | unknown protein; Has 474 Blast hits
to 433 proteins in 138 species: Archae - 6; Bacteria - 80;
Metazoa - 195; Fungi - 44; Plants - 59; Viruses - 0; Other Eukaryotes
- 90 (source: NCBI BLink). | chr5:15563306-15569194
REVERSE LENGTH=3096
Length=3096
Score = 4056 bits (2196), Expect = 0.0
Identities = 2353/2431 (97%), Gaps = 1/2431 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATTGTAGTTGTAGAGAGAATGCAGAGTTTATCGAACTCAGCTCCGACACCGGAGGCGA 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 371 GTATTGTAGTTGTAGAGAGAATGCAGAGTTTATCGAGCTCGGCTCCGACACCGGAGGCGA 430
Query 61 TATTAGAATGGTTACAGAAGGAAATGGGGTACAGGCAATTAGGTCCGTATAATGGATCAA 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 431 TATTAGAATGGTTACAGAAGGAAATGGGGTACAGGCAATTAGGTCCGTATAATGGATCGA 490
Query 121 GCAAATCTCATGTTCCTTCTATTGATGCTATAAGGAAGATTTGTAGAGGGAATATGATAC 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 491 GCAAATCTCATGTTCCTTCTATTGATGCTATAAGGAAGATTTGTAGAGGGAATATGATAC 550
Query 181 CTATTTGGAATTTTTTAATAAACCGAGTGAAATCGGAGAAGACAGTGGAGAGAATTAGGC 240
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 551 CTATATGGAATTTTTTGATAAACCGAGTGAAATCGGAGAAGACAGTGGAGAGAATTAGGC 610
Query 241 GGAACATTACGGTTCATGGAGGAAGTAGTAATGCTAGCATTGGGAGTTCTGTGAATCCCG 300
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |
Sbjct 611 GGAATATTACGGTTCATGGGGGAAGTAGTAATGCTAGCATTGGGAGTTCGGTAAATCCTG 670
Query 301 GGAAGGAGGAGAGTAAGGGTAAAGGAAGGCGGAAGGAAAAGGCAGTGACTGGGGAGAGTT 360
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||
Sbjct 671 GGAAGGAGGAGAGTAAGAGTAAAGGAAGGCGGAAGGATAAGACAGTGACTGGTGAGAGTT 730
Query 361 CGAGTTATGCAGAGGATAGAGAGGCTGCATTGCAGGAAAGGGAATTAGCTGCAAAGGAAG 420
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 731 CGAGTTATGCGGAGGATAGAGAAGCTGCATTGCAGGAAAGGGAATTAGCTGCAAAGGAAG 790
Query 421 TGGAGAGGTTGAGGAACATAGTGAGGAGGCAAAGAAAAGATTTGAAAGCTCGAATGTTGG 480
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 791 TGGAGAGATTGAGGAACATAGTGAGGAGGCAAAGAAAAGATTTGAAAGCTAGAATGTTGG 850
Query 481 AGGTCTCTAGAGAAGAAGCAGAACGGAAGAGGATGCTTGACGAAAGAGCAAATTACAGAC 540
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 851 AGGTCTCTAGAGAAGAAGCAGAGCGGAAGAGGATGCTTGATGAAAGAGCAAATTACAGAC 910
Query 541 ACAAGCAAGCATTGTTGGAAGCTTATGATCAACAATGCGACGAAGCAACAAGAATATTTG 600
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 911 ACAAGCAAGCATTGTTGGAAGCGTATGATCAACAATGTGATGAAGCAACAAGAATATTTG 970
Query 601 CAGAGTATCACAAAAGGCTACAAGTCTACGTTAATCAAGCAAATGATGCACAGCGGTCTG 660
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 971 CAGAGTATCACAAAAGGCTACAAGTCTATGTTAATCAAGCAAATGATGCACAACGGTCTG 1030
Query 661 TCAATTCATCGAATGAAGTGTTAAGCAGCCTCAGTGCTAACAGTGAGAGGGAAGCTGTGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1031 TCAATTCATCGAATGAAGTGTTAAGCAGCCTCAGTGCTAACAGTGAGAGGGAAGCTGTTT 1090
Query 721 ATTCCACTGTCAAAGGAACTAAGTCTGCAGATGATGTCATTCTCATGGAAACAACCCGAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1091 ATTCCACTGTCAAAGGAACTAAGTCTGCAGATGATGTCATTCTCATGGAAACAACCCGAG 1150
Query 781 AACGAAATATCAGGATAGTTTGTGATTTGCTTGCATCACGCATGATTGAAAGAATACGTA 840
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1151 AACGAAATATCAGGATAGTATGTGATTTGCTTGCATCACGCATGATTGAAAGAATACGTA 1210
Query 841 ACTCCTTCCCTGCATACGAAGGAAATGGAATTTGTTCACATCCTGAGCTGGAAACAGCCA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1211 ACTCCTTCCCTGCATACGAAGGAAATGGAATTTGTTCACTTCCAGAGCTGGAAACTGCCA 1270
Query 901 AGCTGGGTTTTGAATATGATGGAGAAATAACTGATGAGATGAAAACTGTTATAGTAAATT 960
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1271 AGCTGGGTTTTGAGTATGATGGAGAAATAACTGATGAGATGAAAACTGTTATAGTAAATT 1330
Query 961 CCCTGAGGGGTCCTCCTCTGCTGCTTCAGGCTATTGCTGCATACACTTTACGCATTAAGA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1331 CCCTGAGGGGTCCTCCTCTGCTGCTTCAGGCTATTGCTGCATACACTTTACGCATTAAGA 1390
Query 1021 CCCTGATATCCAGAGAGATGGAGAAGATTGATGTCAGAGCAGATGCTGAAATGTTAAGGT 1080
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391 CTCTGATATCCAGAGAGATGGAGAAGATTGATGTCAGAGCAGATGCTGAAATGTTAAGGT 1450
Query 1081 ATAAGTTTGAGAACAACCGGGTAACAGACAATTCTTCTTCTGATGTGAGCTCGCCTTTGA 1140
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1451 ATAAGTTTGAGAACAACCGTGTAACAGACAATTCTTCTTCTGATGTGAGCTCCCCTTTGA 1510
Query 1141 GTTATCAGTTTAATGGTAATGGAAAGATAGGCACAGATACTCATTTCCAGGGATCTAACA 1200
|||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1511 GTTATCAGTTTAATGGAAACGGGAAGATAGGCACAGATACTCATTTCCAAGGATCTAACA 1570
Query 1201 ACCAGCTTCTTGAACGGCAGAAAGCGCATGTTCAACAATTTTTGGCTACTGAAGATGCAC 1260
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571 ACCAGCTCCTTGAACGGCAGAAAGCCCATGTTCAACAATTTTTGGCTACTGAAGATGCAC 1630
Query 1261 TAAACAAAGCGGCTGAAGCTCGTGATTTATGCCAAAAATTTATTAACCGTTTGCATGGAA 1320
|||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1631 TAAACAAAGCAGCTGAAGCTCGTGATTTATGCCACAAGTTTATTAACCGTTTGCATGGAA 1690
Query 1321 GTGCTGATGCAGCTACACATTCGTTTGCTGGAGGCACAACACAGAATGGCAGCAATCTTA 1380
|||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1691 GTGCTGATACAGCTACTCATTCGTTTGTTGGAGGCACAACACAGAGTGGTAGCAATCTTA 1750
Query 1381 GGCAATTTGAGTTGGATGTATGGGGAAAGGAAAGAGAAGCTGCTGGTTTGAGGGCTAGCT 1440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1751 GGCAATTTGAGTTGGATGTATGGGGAAAGGAAAGAGAAGCTGCTGGTTTGAGGGCTAGCT 1810
Query 1441 TAAACACATTGTTATCTGAAATACAACGGCTGAATAAATTATGTGCagaaagaaaagaag 1500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1811 TAAACACATTGTTATCTGAAATACAACGGCTGAATAAATTATGTGCAGAAAGAAAAGAAG 1870
Query 1501 ccgaagattccttgaagaagaagtggaagaaaaTTGAGGAATTTGATGCTCGCAGATCCG 1560
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1871 CCGAAGATTCCTTGAAAAAGAAGTGGAAGAAAATTGAGGAATTTGATGCTCGCAGATCCG 1930
Query 1561 AACTTGAAACCATATATACAACTCTTCTCAAGGCTAACATGGATGCTGTTGCATTCTGGA 1620
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1931 AACTTGAAACCATATATACAACTCTTCTCAAGGCCAACATGGATGCTGTTGCATTCTGGA 1990
Query 1621 ATCAACAACCACTAGCTGCAAGGGAATATGCATCAGCCACTGTAATTCCAGCAAGTGAAG 1680
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1991 ATCAACAACCACTAGCTGCAAGGGAATATGCATCAGCCACTGTAATTCCAGCCAGTGAAG 2050
Query 1681 TTGTTGTGGACATTTCAAACAGCGCAAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCTGCTTTCT 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2051 TTGTTGTGGACATTTCAAACAGCGCAAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCTGCTTTCT 2110
Query 1741 TTCAAAGTCCTGATAACAGTCTTTATATGCTTCCAGCAACTCCTCAGGGACTTCTGGAGT 1800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2111 TTCAAAGTCCTGATAACAGTCTTTATATGCTTCCAGCAACTCCCCAGGGACTTCTGGAAT 2170
Query 1801 CTATGGGAGCTAATGGATCGACGGGACCTGAAGCTGTTGCATATGCAGAGAAGAATGCTG 1860
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171 CTATGGGAGCTAATGGATCGACGGGACCTGAAGCTGTTGCATATGCAGAGAAGAATGCTG 2230
Query 1861 CTCTATTAACGGCAAGAGCCGGTGCAAGAGATCCATCAGCAATTCCATCTATATGTCGCA 1920
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2231 CTCTATTAACGGCTAGAGCTGGTGCAAGAGATCCATCGGCAATACCATCTATATGTCGCA 2290
Query 1921 TTTCTGCTGCCCTTCAATATCCTGCAGGTCTGGAGGGTTCAGATGCAAGTTTGGCCTCAG 1980
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2291 TTTCTGCTGCCCTTCAATATCCTGCAGGTCTTGAGGGTTCAGATGCAAGTTTGGCCTCAG 2350
Query 1981 TGTTAGAGTCTCTTGAGTTCTGCTTAAGGGTTCGTGGTTCTGAAGCATGTGTTTTAGAAG 2040
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2351 TGTTAGAGTCTCTTGAGTTCTGCTTAAGAGTTCGTGGTTCTGAAGCATGTGTTTTAGAAG 2410
Query 2041 ACTTAGCAAAGGCAATCGATTTGGTCCATATACGGCAGGATCTAGTTGAGAGTGGCCATT 2100
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2411 ACTTAGCAAAGGCAATCGATTTGGTCCATATTCGGCAGGATCTAGTTGAAAGTGGCCATT 2470
Query 2101 CTCTGTTAGATCATGCTTTCCGTGCCCAGCAAAAATATGAAAGAACAACTAACTACTGCC 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2471 CTCTGTTAGATCATGCTTTCCGTGCCCAGCAAAAATATGAAAGAACAACTAACTACTGCC 2530
Query 2161 TAGATCTAGCTTCTGAACAAGAGAATACAATATCGGACCAATGGTTGCCTGAACTTAGGA 2220
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2531 TAGATCTAGCTTCTGAACAAGAGAATACAATATCGGACCAGTGGTTACCTGAACTTAGGA 2590
Query 2221 CTGCAGTTCAGAATGCGCAAGCTTCCTCTGAGCACTGCAAATACGTCAGGGGCTTGCTTG 2280
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2591 CTGCAGTTCAGAATGCGCAAGCTTCCTCGGAACACTGCAAATACGTTAGGGGTTTGCTTG 2650
Query 2281 ATGAATGGTGGGAACAGCCTGCAGCTACAGTTGTTGATTGGGTCACTGTAGATGGTCAAA 2340
|||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2651 ATGAATGGTGGGAACAACCTGCATCAACAGTTGTGGATTGGGTCACTGTAGATGGTCAAA 2710
Query 2341 GTGTTGCAGCTTGGCAAAACCATGTCAAACAGCTTCTGGCCTTTTACGATAAAGAATCAT 2400
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 2711 GTGTTGCAGCTTGGCAAAACCATGTCAAACAGCTTCTTGCCTTCTATGATAAAGAATCAT 2770
Query 2401 TGCGAACGTAAAGCCCCATCATTTCCGCTCT 2431
|||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 2771 TGCGAACGTAAAAACCCATCATG-CCGCTCT 2800
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120732310725
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5