BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948327
Length=2416
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G46210.1 | Symbols: CUL4, ATCUL4 | cullin4 | chr5:18731418-1... 3975 0.0
> AT5G46210.1 | Symbols: CUL4, ATCUL4 | cullin4 | chr5:18731418-18736810
REVERSE LENGTH=2687
Length=2687
Score = 3975 bits (2152), Expect = 0.0
Identities = 2329/2416 (96%), Gaps = 5/2416 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACAATTTTCACCCATTTTCATGTCTCTTCCTACCAAACGCTCTACTTTCTCCGCCGCTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 138 CACAATTTTCACCCATTTTCATGTCTCTTCCTACCAAACGCTCTACTTTCTCCGCCGCTT 197
Query 61 CTGCCTCCGACGACTCTTCTTACTCTTCTCCTCCGATGAAAAAGGCTAAAAACGACCTCC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 198 CTGCCTCCGACGACTCTTCTTACTCTTCTCCTCCGATGAAAAAGGCCAAAAACGACCTCC 257
Query 121 ACCATTCCCCGCAACACCCTAACACCGCCGACAA-G--GTTGGCTTTCATATGGAGGAAG 177
|||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 258 ACCATTCCCCTCAACACCCTAATACCGCCGACAAGGTTGTTGGCTTTCATATGGAGGAAG 317
Query 178 ATCCAACTCCCGCCGCTGCGAATCTCTCTCGGAAGAAAGCTACACTACCGCAACCTACTA 237
|||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 318 ATCCAACTCCCGCCGCCGCTAATCTCTCTCGGAAGAAAGCTACACTTCCGCAACCTACTA 377
Query 238 AGAAGCTTGTAATCAAGCTCAATAAAGCCAAACCAACCT-TGCCAACAAACTTTGAGGAG 296
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||
Sbjct 378 AGAAGTTTGTAATCAAGCTCAATAAAGCCAAACCAA-CTCTACCAACAAACTTTGAGGAG 436
Query 297 ACTACATGGGAGAAGTTGCAGTCAGCTATCAGAGCTATATTCCTCAAAAAACCATTTTCT 356
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 437 AATACATGGGAGAAGTTGCAGTCAGCTATCAGAGCTATATTCCTCAAAAAAAAAATTTCG 496
Query 357 TTTGACCTCGAGAGCCTCTACCAGGCTGTTGATAACCTTTGCTTGCATAAGTTAGAAGGA 416
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 497 TTTGACCTCGAGAGCCTTTACCAGGCTGTTGATAACCTTTGCTTGCATAAGTTGGATGGA 556
Query 417 AAGCTCTATGACCAGATTGAGAAGGAGTGTGAAGAACACATCTCTGCAGCTTTGCAATCT 476
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 557 AAGCTTTATGACCAGATTGAGAAGGAGTGTGAAGAACACATCTCTGCAGCTTTGCAATCT 616
Query 477 TTAGTTGGGCAGAACACTGATCTGACTGTTTTCTTGTCACTTGTTGAGAAATGCTGGCAA 536
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 617 TTAGTTGGGCAGAACACTGATCTGACTGTTTTCTTGTCACGTGTTGAGAAATGCTGGCAA 676
Query 537 GACTTTTGTGACCAGATGCTCATGATCCGTAGTATAGCCTTGACTCTGGATAGGAAGTAT 596
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 677 GACTTTTGTGACCAGATGCTCATGATTCGTAGTATAGCCTTGACTCTGGATAGGAAGTAT 736
Query 597 GTGATACAAAATCCAAATGTACGTTCATTATGGGAGATGGGTTTGCAGCTTTTCCGGAAG 656
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 737 GTGATACAGAATCCAAATGTACGTTCATTATGGGAGATGGGTTTGCAGCTTTTCCGGAAG 796
Query 657 CATCTTTCTCTGGCCCCTGAAGTTGAGCAGAGGACTGTTAAAGGTCTCTTAAGTATGATC 716
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 797 CATCTTTCTCTGGCCCCTGAAGTTGAGCAGAGGACGGTTAAAGGTCTCTTAAGTATGATT 856
Query 717 GAAAAAGAAAGATTAGCAGAAGCTGTTAATAGGACTCTACTAAGCCATCTTTTGAAGATG 776
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 GAAAAAGAAAGGTTAGCAGAAGCTGTTAATAGGACTCTACTAAGCCATCTTTTGAAGATG 916
Query 777 TTTACTGCACTGGGAATATATATGGATAGCTTTGAGAAACCTTTCCTTGAAGGGACTTCT 836
||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 917 TTTACTGCACTGGGAATTTATATGGAAAGCTTTGAGAAACCTTTCCTTGAAGGGACCTCT 976
Query 837 GAATTTTATGCTGCTGAAGGAATGAAATACATGCAGCAGTCTGACGTTCCGGAGTACCTG 896
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 GAATTTTATGCCGCTGAAGGAATGAAATACATGCAGCAGTCTGACGTTCCGGAGTACCTG 1036
Query 897 AAGCATGTTGAGGGAAGGTTGCATGAAGAGAATGAAAGATGCATACTCTACATAGATGCA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAGCATGTTGAGGGAAGGTTGCATGAAGAGAATGAGAGATGCATACTCTACATAGATGCA 1096
Query 957 GTAACAAGGAAACCATTGATCGCAACTGTTGAAAGGCAGCTTCTCGAACGTCATATACTT 1016
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1097 GTAACCAGGAAACCATTGATCACAACTGTTGAAAGGCAACTTCTCGAACGTCATATACTT 1156
Query 1017 GTTGTTCTTGATAAGGGGTTTACAACATTAATGGATGGACGTCGTACTGAGGACCTTCAG 1076
||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1157 GTTGTTCTTGAAAAGGGTTTTACAACATTAATGGATGGACGTCGTACGGAGGACCTTCAG 1216
Query 1077 AGGATGCAAACCCTGTTTTCTAGGGTCAATGCACTTGAGTCTCTGAGGCAGGCGCTAAGT 1136
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 AGGATGCAAACCTTGTTTTCTAGGGTCAATGCACTTGAGTCTCTGAGGCAGGCGCTAAGT 1276
Query 1137 TCATATGTTCGGAAAACTGGGCAGAAGATTGTGATGGATGAAGAGAAAGATAAAGATATG 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1277 TCATATGTTCGGAAAACTGGGCAGAAGATTGTTATGGATGAAGAGAAAGACAAAGATATG 1336
Query 1197 GTACAATCACTATTGGACTTCAAGGCTTCTCTTGACGTAATATGGGAAGAGAGCTTTAAT 1256
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1337 GTACAATCACTGTTGGACTTCAAGGCTTCTCTTGACATAATATGGGAAGAGAGCTTTTAC 1396
Query 1257 AAGAACGAATCATTTGGTAACACAATCAAAGATTCATTTGAGCATCTGATTAATCTTCGT 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1397 AAGAACGAATCATTTGGTAACACAATCAAAGATTCGTTTGAGCATCTGATTAATCTTCGA 1456
Query 1317 CAGAACCGGCCAGCTGAGCTTATTGCCAAGTTTTTGGACGAGAAGCTCCGTGCTGGGAAT 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1457 CAGAACCGGCCAGCTGAGCTTATTGCCAAGTTTTTGGACGAGAAACTCCGTGCTGGGAAT 1516
Query 1377 AAAGGTACTTCTGAAGAAGAACTGGAGAGTACTCTTGAAAAAGTCTTGGTTTTGTTCAGA 1436
|| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1517 AAGGGTACTTCTGAAGAAGAATTGGAGAGTGTTCTTGAAAAAGTCTTGGTTTTGTTCAGA 1576
Query 1437 TTTATCCAGGGTAAAGATGTGTTCGAAGCATTTTACAAAAAGGATCTTGCGAAGAGACTC 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1577 TTTATCCAGGGTAAAGATGTGTTCGAAGCATTTTACAAAAAGGATCTTGCGAAGAGACTC 1636
Query 1497 CTGTTGGGAAAGAGTGCTTCAATTGATGCCGAGAAATCCATGATATCTAAGCTTAAAACT 1556
||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1637 CTGTTGGGAAAGAGTGCTTCAATCGATGCTGAGAAATCCATGATCTCTAAGCTTAAGACT 1696
Query 1557 GAGTGTGGTAGCCAGTTTACTAACAAGCTCGAAGGGATGTTCAAGGATATTGAATTGTCA 1616
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697 GAGTGTGGTAGCCAGTTTACAAACAAGCTCGAAGGGATGTTCAAGGATATTGAATTGTCA 1756
Query 1617 AAGGAAATCAATGAGTCATTCAAACAATCTTCTCAGGCCAGAACCAAATTACCATCGGGA 1676
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||
Sbjct 1757 AAGGAAATCAACGAGTCATTCAAACAATCTTCCCAGGCCAGAACAAAACTGCCATCGGGA 1816
Query 1677 ATTGAGATGAGTGTCCACGTGTTAACAACAGGTTACTGGCCAACATATCCACCTATGGAT 1736
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1817 ATTGAGATGAGTGTCCACGTTTTAACAACAGGGTACTGGCCAACATATCCGCCTATGGAT 1876
Query 1737 GTTAAGCTTCCTCATGAACTAAATGTCTATCAGGATATCTTCAAAGAGTTCTATTTAAGC 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877 GTTAAGCTTCCTCATGAACTAAATGTCTATCAGGATATCTTCAAAGAGTTCTATTTAAGC 1936
Query 1797 AAGTACAGTGGTAGGAGGCTAATGTGGCAAAACTCATTAGGTCACTGTGTTTTAAAGGCA 1856
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1937 AAGTACAGTGGTAGGAGGTTAATGTGGCAAAATTCATTAGGCCACTGTGTTTTAAAGGCA 1996
Query 1857 GATTTCTCCAGAGGTAAAAAGGAGCTGGCTGTTTCCCTGTTTCAGGCTGTTGTGTTGATG 1916
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1997 GATTTCTCCAAAGGTAAAAAGGAGCTGGCTGTTTCCCTGTTTCAGGCTGTTGTGTTAATG 2056
Query 1917 TTATTTAACGATGCAATGAAACTTAGCTTTGAAGACATTAAAGATTCCACCAGCATAGAG 1976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057 TTATTTAACGATGCAATGAAACTTAGCTTTGAAGACATTAAAGATTCCACCAGCATAGAG 2116
Query 1977 GACAAAGAGCTGAGGAGGACGTTGCAGTCGCTTGCTTGTGGGAAAGTTCGTGTCCTGCAG 2036
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2117 GACAAGGAGCTGAGGAGGACTTTGCAGTCGCTTGCTTGTGGGAAAGTCCGTGTCCTGCAG 2176
Query 2037 AAGAATCCAAAGGGAAGAGATGTAGAAGATGGTGATGAATTTGAATTTAATGACGACTTT 2096
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 2177 AAGAATCCTAAGGGAAGAGATGTAGAAGACGGTGATGAATTTGAATTTAATGATGAGTTT 2236
Query 2097 GCAGCTCCTCTATATCGCATTAAGGTAAATGCAATCCAGATGAAAGAGACAGTGGAGGAG 2156
|||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2237 GCAGCTCCGCTGTATCGCATTAAGGTAAATGCGATCCAGATGAAAGAGACAGTAGAGGAG 2296
Query 2157 AACACAAGTACAACGGAAAGAGTATTCCAGGACCGACAATACCAGATCGATGCGGCCATT 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2297 AACACAAGTACAACGGAAAGAGTATTCCAGGACCGACAATACCAGATCGATGCAGCCATT 2356
Query 2217 GTTCGTATTATGAAGACAAGAAAAGTCTTAAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTC 2276
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2357 GTTCGTATTATGAAGACAAGAAAAGTCTTGAGCCATACTCTTCTAATCACTGAGCTCTTC 2416
Query 2277 CAACAGCTCAAATTCCCGATAAAGCCTGCTGATCTGAAGAAGAGGATTGAAAGCTTGATC 2336
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2417 CAACAGCTCAAATTCCCGATAAAGCCTGCTGATCTGAAGAAGAGGATTGAGAGCTTGATC 2476
Query 2337 GATCGAGAATATTTGGAGAGGGAAAAAAGCAATCCTCAGATATACAATTATCTTGCTTAG 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2477 GATCGAGAATATTTGGAGAGGGAAAAAAGCAACCCTCAGATATACAATTATCTTGCTTAG 2536
Query 2397 AATCTCTCTGGTAAAC 2412
||||||| ||||||||
Sbjct 2537 AATCTCTTTGGTAAAC 2552
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119979302550
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5