BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948371
Length=2139
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G45900.1 | Symbols: APG7, ATAPG7, ATG7, ATATG7 | ThiF family... 3552 0.0
> AT5G45900.1 | Symbols: APG7, ATAPG7, ATG7, ATATG7 | ThiF family
protein | chr5:18615222-18618560 FORWARD LENGTH=2300
Length=2300
Score = 3552 bits (1923), Expect = 0.0
Identities = 2068/2140 (97%), Gaps = 2/2140 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TCTCTCAGAGAGATAAGATCAGCCATGGCTGAGAAGGAAACTCCACCAATCATACTTCAA 60
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 59 TCTCTCAGAAAGATAAGATCAGCCATGGCTGAGAAAGAAACTCCAGCAATCATACTTCAA 118
Query 61 TTCGCTCCATTGAACAGTTCCGTCGACGAAGGTTTCTGGCATAGCTTCTCCTCCTTGAAA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 119 TTCGCTCCATTGAACAGTTCCGTCGACGAAGGTTTCTGGCATAGCTTCTCCTCTTTGAAA 178
Query 121 CTCGACAAACTCGGAATCGATGATTCTCCGATTTCAATCACCGGTTTCTCTGGACCATGT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 179 CTCGACAAACTCGGAATCGATGATTCTCCGATTTCAATCACCGGTTTCTATGGACCATGT 238
Query 181 TCACATCCACAAGTCTCAAATCATTTGACTCTTTTATCAGAGTCATTGCCTTTAGATGAA 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 239 GGACATCCACAAGTCTCAAATCATTTGACTCTTTTATCAGAGTCATTGCCTTTAGATGAA 298
Query 241 GAATCATTGATTGGGAGTACTAGCCATGGAAATAGGAATAAGTGTCCTGTTCCTGGGATT 300
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 CAATCATTGATTGCTAGTACTAGTCATGGAAATAGGAATAAGTGTCCTGTTCCTGGGATT 358
Query 301 TTGTATAACACCAATACCGTCGAAAGCTTTAATAAACTTGACAAACAAAGTCTGTTAAAA 360
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 359 TTGTATAACACCAATACCGTTGAAAGCTTCAATAAACTTGACAAACAAAGTCTGCTAAAA 418
Query 361 GCAGAAGCAAAGAAGATTTGGGAGGATATACAATCAGGAAAAGCTCTTGAGGACTCTTCT 420
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 419 GCAGAAGCAAATAAGATTTGGGAGGATATTCAATCAGGAAAAGCTCTTGAAGACCCTTCT 478
Query 421 GTGTTATCAAGATTCCTTGTTATCTCCTTTGCAGACCTTAAGAAATGGAGTTTTCGTTAT 480
|||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 479 GTGTTACCAAGATTCCTCGTTATCTCCTTTGCAGACCTTAAGAAATGGAGTTTTCGGTAT 538
Query 481 TGGTTTGCGTTCCCTGCACTTGTACTTGATCCTCCTGTAAGTTTGATAGAATTAAAGCCA 540
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 539 TGGTTTGCGTTCCCTGCGTTTGTACTTGATCCTCCTGTAAGTTTGATTGAATTAAAGCCA 598
Query 541 GCTTCAGAGTATTTTAGTTCTGAAGAGGCGGAATCAGTATCCGCTGCTTGTAATGATTGG 600
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GCTTCAGAGTATTTTAGTTCTGAAGAGGCTGAATCAGTATCCGCTGCTTGTAATGATTGG 658
Query 601 CGCGACTCAGATTTAACTACTGATGTTCCATTCTTTTTGGTTTCGTTTTCTTCTGATTCA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 659 CGCGACTCAGATTTAACTACTGATGTTCCATTCTTTTTGGTTTCGGTTTCTTCTGATTCA 718
Query 661 AAAGCTAGTATCAGACATCTTAAAGACTGGGAAGCGTGCCAAGGTGATCGTCAAAAGTTG 720
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 719 AAAGCTAGTATCAGACATCTTAAAGACTTGGAAGCGTGCCAAGGTGATCATCAAAAGTTG 778
Query 721 CTTTTCGGTTTCTATGACCCATGTCACCTTCCTAGTAATCCTGGCTGGCCATTTCGAAAT 780
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 779 CTTTTCGGTTTCTATGACCCGTGTCACCTTCCTAGTAATCCTGGCTGGCCACTTCGAAAC 838
Query 781 TATTTGGCACTGATTCGCTCAAGATGGAACCTTGAGACAGTTTGGTTCTTCTGCTACAGA 840
|| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 839 TACTTGGCACTGATTCGCTCAAGATGGAACCTCGAGACAGTTTGGTTCTTCTGCTACAGA 898
Query 841 GAGAGTCGTGGTTTCGCTGACTTGAACCTTTCCCTTGTTGGTCAAGCCTCAGTTACACTT 900
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 899 GAGAGTCGTGGTTTCGCTGACTTGAACCTTTCTCTTGTTGGTCAAGCCTCAATTACACTT 958
Query 901 TCATCAGGTGAATCAGCTGAGACTGTACCTAACTCAGTGGGATGGGAGCTTAACAAAGGG 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 TCATCAGGTGAATCAGCTGAGACTGTACCTAACTCAGTGGGATGGGAGCTTAACAAAGGG 1018
Query 961 AAACGTGTACCCCGATCCATTAGCCTTGCTAATTCCATGGATCCAACAAGGTTGGCTGTT 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 AAACGTGTACCCCGATCCATTAGCCTTGCTAATTCCATGGATCCAACAAGGTTGGCTGTT 1078
Query 1021 TCTGCTGTTGATTTAAACTTAAAGTTAATGAGATGGCGAGCATTACCGTCTCTTAACTTA 1080
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCTGCTGTCGATTTAAACTTAAAGTTAATGAGATGGCGAGCATTACCGTCTCTTAACTTA 1138
Query 1081 AACGTTTTGTCCTCTGTCAAATGCCTTCTTCTTGGAGCTGGTACATTGGGTTGCCAAGTG 1140
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 AATGTATTGTCCTCTGTCAAATGCCTTCTTCTTGGAGCTGGTACATTGGGTTGCCAAGTT 1198
Query 1141 GCTCGTACCCTTATGGGTTGGGGAATCCGCAATATCACCTTTGTTGACTATGGCAAAGTA 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1199 GCTCGTACCCTTATGGGTTGGGGAATCCGCAATATCACCTTTGTTGACTATGGAAAAGTT 1258
Query 1201 GCTATGTCTAATCCAGTCAGGCAATCTCTCTACACGTTTGAAGATTGTGTAGGCCGAGGC 1260
|| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| || ||
Sbjct 1259 GCCATGTCTAATCCAGTCAGGCAATCTCTCTATAATTTTGAAGATTGTCTAGGTCGTGGT 1318
Query 1261 GAGTTTAAAGCTGTTGCTGCTGTTAAAAGCCTTAAACAGATATTTCCAGCAATGGAAACT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GAGTTTAAAGCTGTTGCTGCTGTTAAAAGCCTTAAACAGATATTTCCAGCAATGGAAACT 1378
Query 1321 AGTGGAGTTGTTATGGCTATACCGATGCCCGGTCATCCGATTTCTAGCCAAGAAGAAGAT 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGTGGAGTTGTTATGGCTATACCGATGCCCGGACATCCGATTTCTAGCCAAGAAGAAGAT 1438
Query 1381 TCTGTTCTCGGTGATTGTAAACGCCTTAGCGA-TCTGATTGAATCTCATGATGCCGTGTT 1439
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1439 TCTGTTCTCGGTGATTGTAAACGCCTTAGCGAGT-TGATTGAATCTCATGATGCGGTGTT 1497
Query 1440 CTTGTTAACCGATACAAGAGAAAGCCGGTGGTTACCTTCTCTTCTTTGTGCTAATGCCAA 1499
||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CTTGTTAACCGATACAAGAGAAAGCAGGTGGTTACCGTCTCTTCTTTGTGCTAATGCCAA 1557
Query 1500 TAAGATCGCTATAAACGCGGCTTTAGGTTTTGACAGCTACATGGTAATGCGCCATGGCGC 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1558 TAAGATCGCTATAAACGCGGCTTTAGGTTTTGACAGCTACATGGTAATGCGCCATGGTGC 1617
Query 1560 TGGCCCCACTTCCCTGTCTGATGATATGCAGAATCTTGACATAAACAAGACAAATACACA 1619
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1618 TGGCCCCACCTCTCTGTCTGATGATATGCAGAATCTTGACATAAACAAGACAAATACACA 1677
Query 1620 GAGACTTGGTTGTTACTTCTGCAACGACGTGGTTGCACCTCAGGATTCAATGACTGATCG 1679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 GAGACTTGGTTGTTACTTCTGCAACGACGTGGTTGCACCTCAGGATTCAATGACTGATCG 1737
Query 1680 AACTCTAGACCAACAATGTACTGTTACACGCCCGGGTCTTGCTCCTATAGCAGGAGCTCT 1739
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1738 AACTCTAGACCAACAATGCACTGTTACACGCCCGGGTCTAGCTCCTATTGCAGGAGCTCT 1797
Query 1740 CGCCGTTGAACTCTTAGTCGGAGTCCTACAACACCCACTTGTTATCAATGCAAAAGGCGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1798 CGCCGTTGAACTCTTAGTCGGAGTCCTACAACACCCACTTGGTATCAATGCAAAAGGCGA 1857
Query 1800 CAATTCGAGCTTGAGTAATACAGGAAACAATGATGATTCGCCTCTCGGGATATTACCTCA 1859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CAATTCGAGCTTGAGTAATACAGGAAACAATGATGATTCGCCTCTCGGGATATTACCTCA 1917
Query 1860 TCAGATTCGAGGCTCAGTTTCTCAGTTCTCACAGATCACACTGCTTGGGCAAGCTTCCAA 1919
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1918 TCAGATACGAGGCTCAGTTTCTCAGTTCTCACAGATCACGCTGCTTGGTCAAGCTTCCAA 1977
Query 1920 CAGCTGTACCGCTTGCTCTGAAACCGTGATATCGGAGTATCGGAAGAGAGGAAACAGTTT 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1978 CAGCTGTACCGCTTGCTCTGAAACCGTGATATCGGAGTATAGGGAGAGAGGAAACAGTTT 2037
Query 1980 CATACTTGAAGCTATTAACCATCCTACATACCTGGAGGATCTTACCGGCTTAACCGAGCT 2039
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 2038 CATACTTGAAGCTATTAACCATCCTACATACCTGGAGGATCTTACTGGTTTAACCGAGCT 2097
Query 2040 AAAGAAAGCTGCTAATTCATTTAACCTCGACTGGGAAGACGATGATACTGATGATGACGA 2099
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 TAAGAAAGCTGCTAATTCATTCAACCTCGACTGGGAAGACGATGATACTGATGATGACGA 2157
Query 2100 TGTAGCTGTAGATCTTTAAAGACAGATATATGTATCAAAT 2139
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2158 TGTAGCTGTAGATCTTTAAAGACAGATTTATGTATCAAAT 2197
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106073751585
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5