BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948528
Length=3539
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G45140.1 | Symbols: NRPC2 | nuclear RNA polymerase C2 | chr5... 5513 0.0
> AT5G45140.1 | Symbols: NRPC2 | nuclear RNA polymerase C2 | chr5:18247228-18258138
REVERSE LENGTH=3793
Length=3793
Score = 5513 bits (2985), Expect = 0.0
Identities = 3363/3544 (95%), Gaps = 31/3544 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 TTGC-AAGTCAAGAGCGATGAGACTCGATCAAGAAGATCTAGACTTGACGAATGATGATA 64
|||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 103 TTGCAAAGTTAAGAGCGATGGGACTTGATCAAGAAGATTTAGACTTGACCAATGATGATC 162
Query 65 ATTTCATCGACAAGGAAAAGCTTTCAGCTCCTATTAAGTCTACTGCAGATAAATTCCAGC 124
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 ATTTCATTGACAAGGAAAAGCTTTCAGCTCCTATCAAGTCTACTGCAGATAAATTCCAGC 222
Query 125 TCGTTCCCGAGTTCTTGAAGGTGAGAGGACTTGTGAAGCAACACCTCGATTCGTTCAATT 184
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
Sbjct 223 TCGTTCCTGAGTTCTTGAAGGTGAGAGGACTTGTGAAGCAACACCTGGATTCTTTCAACT 282
Query 185 ACTTTATCAATGTCGGGATAAAAAAGATTGTTCATGCAAATTGTCGTATTGCATCTGTAA 244
||||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||| |||||||| |||| |
Sbjct 283 ACTTTATCAATGTCGGGATTCATAAGATTGTTAAGGCAAATAGTCGTATTACATCCACAG 342
Query 245 CAGACCCATCAATCTACCTAAGGTTTAGGAACGTCAGAGTTGGTGAACCGTCAATTATGA 304
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 343 TGGACCCATCAATCTACCTAAGGTTTAAGAAGGTCAGAGTTGGTGAACCGTCAATTATAA 402
Query 305 ACATCAATA-TATCAGATGAA-ATTAATCCGCACATGTGCCGATTAGCAGACATGACATA 362
|| | |||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 403 ACGTTAATACGGT-GGA-AAATATTAATCCGCACATGTGCCGATTAGCAGACATGACATA 460
Query 363 TGCTGCTCCAATATATGTCAATATAGAATATGTTCACGGAAGTCATGGAAAGAAAGCAAC 422
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 461 TGCTGCTCCAATATTTGTCAATATAGAATATGTTCACGGAAGTCATGGAAACAAGGCAAA 520
Query 423 AAGTGTAAAGAATGATTTTATTATCGGAAGGATGCCTATTATGTTGCGGAGTTGCCGCTG 482
||||| |||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 AAGTGCAAAGGATAATGTAATTATCGGAAGGATGCCTATTATGTTGCGGAGTTGCCGCTG 580
Query 483 TGTATTACATGGAAAAGATGAAGAGGAACTTGCAAGATTGGGTGAGTGCCCTCTTGATCC 542
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 581 TGTATTACATGGAAAAGACGAAGAGGAACTTGCAAGATTGGGTGAGTGCCCTCTTGATCC 640
Query 543 TGGAGGATACTTCGTCATCAAAGGAACTGAGAAGGTGTTGTTGATACAAGAACAACTTTC 602
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 TGGAGGATACTTCATCATTAAAGGAACTGAGAAGGTGTTGTTGATACAAGAACAACTTTC 700
Query 603 GAAGAACAGAATTATTATTGATTCTGATAAAAAAGGGAACATAAATGCATCTGTCACAAG 662
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 701 GAAGAACAGAATTATTATTGATTCTGATAAAAAGGGGAACATAAATGCATCCGTCACAAG 760
Query 663 CAGCACTGAAATGACGAAAAGCAAAACAGTTATTCAGATGGAAAAGGAGAAGATATATTT 722
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 CAGCACCGAAATGACAAAAAGCAAAACAGTTATTCAGATGGAAAAGGAGAAGATATATTT 820
Query 723 ATTTCTTCATCAATTTGTAAAAAAGATTCCAATTGTAATTGTCCTAAAAGCTATGGGAAT 782
||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 ATTTCTTCATCGATTTGTAAAAAAGATTCCAATTATAATTGTCCTAAAAGCTATGGGAAT 880
Query 783 GGAGAGCGACCAAGAGATTGTACAAATGGTTGGAAGGGATCCCCGTTTTAGCGCATCACT 842
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 881 GGAGAGCGACCAAGAGATTGTACAAATGGTTGGAAGGGATCCCCGTTTTAGCGCGTCACT 940
Query 843 CTTACCTTCTATTGAGGAGTGTGTTAGTGAAGGTGTGAATACACAAAAACAAGCACTGGA 902
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 941 CTTACCTTCTATTGAGGAGTGTGTTAGCGAAGGTGTGAATACACAAAAACAAGCACTGGA 1000
Query 903 CTATCTTGAGGCAAAGGTGaaaaaaaCATCATACGGACCTCCACCTGAAAAGGACGGAAG 962
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1001 CTATCTTGAGGCAAAGGTGAAAAAAATATCATACGGAACTCCACCTGAAAAGGACGGAAG 1060
Query 963 AGCTCTATACATCCTCAGAGATTTATTCCTTGCGCATGTACCTGTGCGTGACAACAATTT 1022
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 1061 AGCTCTATCCATCCTCAGAGATTTATTCCTTGCGCATGTACCAGTGCCTGACAACAATTT 1120
Query 1023 TCGTCAAAAATGTTTCTATGTTGGCGTGATGTTGAGACGAATGATTGAAGCAATGTTAAA 1082
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1121 TCGTCAAAAATGTTTCTACGTTGGTGTGATGTTGAGACGAATGATTGAAGCAATGTTAAA 1180
Query 1083 CAAAGATGCGATGGATGACAAGGATTATGTTGGTAACAAGCGGTTGGAGTTATCTGGACA 1142
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1181 CAAAGATGCGATGGATGACAAGGATTATGTTGGTAACAAGCGGTTGGAGTTATCTGGACA 1240
Query 1143 ACTAATGTCTCTTCTCTTTGAGGATTTGTTCAAAACGATGCTCAGTGAGGCCATTAAAAA 1202
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 ACTAATATCTCTTCTCTTTGAGGATTTGTTCAAAACGATGCTCAGTGAGGCCATTAAAAA 1300
Query 1203 AGTAGATGC-TATTCTTTTA-AAACCAAGCCGGGCTAGCCGATTTGATTTTTCTCAGTAT 1260
|||||| | ||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1301 TGTAGAT-CATATTC-TTAACAAACCAATCCGGGCTAGCCGATTTGATTTTTCTCAGTGT 1358
Query 1261 CTTACTACTGGAGACAGTCATAACAGTATTTCTTTTGGACTAGAAAGAACCCTTTCAACG 1320
|||| | | |||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1359 CTTA--A-TAAAGACAGTCGTTACAGTATTTCTCTCGGACTAGAAAGAACCCTTTCAACT 1415
Query 1321 GGAAACTTCGATATTAAAAGGTTCAGAATGCATAGAAAAGGCATGACACAGGTCTTAACA 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 GGAAACTTCGATATTAAAAGGTTCAGAATGCATAGAAAAGGCATGACACAGGTCTTAACA 1475
Query 1381 AGGTTATCTTTTATCGGGAGCTTGGGGTTTATCACGAAAATTTCACCACAATTTGAAAAG 1440
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1476 AGGTTATCTTTTATCGGGAGCATGGGGTTTATCACGAAAATTTCGCCACAATTTGAAAAG 1535
Query 1441 TCAAGAAAAGTAAGTGGGCCTAGATCATTGCAACCCAGCCAGTGGGGCATGCTCTGCCCA 1500
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1536 TCCAGAAAAGTAAGTGGGCCTAGATCATTGCAACCCAGCCAGTGGGGCATGCTATGCCCA 1595
Query 1501 TGTGATACCCCAGAAGGCGAATCTTGTGGGCTTGTCAAGAACTTGGCTTTAATGACTCAT 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596 TGTGATACCCCAGAAGGCGAATCTTGTGGGCTTGTCAAGAACTTGGCTTTAATGACTCAT 1655
Query 1561 GTCACAACAGATGAAGAGGAAGGCCCATTGGTTGCTATGTGCTACAAATTGGGTGTTACA 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 GTCACAACAGATGAAGAGGAAGGCCCATTGGTTGCTATGTGCTACAAATTGGGTGTTACA 1715
Query 1621 GATCTGGAAGTATTATCAGCAGAGGAGCTGCATACTCCGGACTCATTTTTGGTCATATTG 1680
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1716 GATCTGGAAGTATTGTCAGCAGAGGAGCTGCATACTCCGGACTCATTCTTGGTCATATTG 1775
Query 1681 AATGGGCTAATACTTGGCAAACATAGAAGGCCACAGTACTTCGCCAATTCACTTAGAAGG 1740
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776 AATGGGCTAATACTTGGCAAACATAGTAGGCCACAGTACTTCGCCAATTCACTTAGAAGG 1835
Query 1741 CTGCGTAGAGCTGGAAAAATTGGCGAGTTTGTCAGTGTGTTCACCAACGAAAAGCAGCAT 1800
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1836 CTGCGTAGAGCTGGAAAAATTGGAGAGTTTGTCAGTGTGTTCACAAACGAAAAGCAGCAT 1895
Query 1801 TGTGTTTACGTTGCATCTGATGGTGGGCGGGTTTGTCGTCCACTTGTTATAGCCGATAAA 1860
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1896 TGTGTTTACGTTGCTTCTGATGTTGGGCGGGTTTGCCGTCCACTTGTTATAGCCGATAAA 1955
Query 1861 GGAATATCAAGAGTTAAACAACACCACATGAAGGAATTACAGGATGGGGTTCGCACTTTT 1920
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956 GGAATATCAAGAGTTAAACAACACCACATGAAGGAATTACAGGATGGGGTTCGCACTTTT 2015
Query 1921 GATGACTTTATTCGTGACGGTTTGATCGAGTATCTTGATGTCAATGAGGAAAACAATGCA 1980
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2016 GATGACTTTATTCGTGACGGTTTGATAGAGTACCTTGATGTCAATGAGGAAAACAATGCA 2075
Query 1981 TTGATCGCTTTATATGAAAGTGAAGCCACTACGGAACTGGATGAAGGAGCAGAAGCTGCT 2040
||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2076 TTGATCGCTTTATATGAAAGTGATGGCACTACGGAACTGGATGAAGGAGCAGAAGCAGCT 2135
Query 2041 AAGATAAGGGCAGACATAACCCACATTGAGATTGAACCTTTCACCATCTTAGGTGTTGTT 2100
||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2136 AAG----G--CAGACACAACCCACATTGAGATTGAACCTTTCACCATCTTAGGTGTTGTT 2189
Query 2101 GCTGGTCTTATTCCCTACCCTCACCATAATCAGTCACCTAGAAATACGTATCAGTGTGCT 2160
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2190 GCTGGTCTTATTCCCTACCCTCACCATAATCAGTCACCTAGAAATACATATCAGTGTGCT 2249
Query 2161 ATGGGGAAACAAGCTATGGGAAATATTGCTTACAACCAGTTAAACCGGATGGACACATTG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2250 ATGGGGAAACAAGCTATGGGAAATATTGCTTACAACCAGTTGAACCGGATGGACACATTG 2309
Query 2221 CTTTACCTATTAGTGTATCCTCAGCGACCCCTGTTGACAACAAGGACAATTGAATTGGTT 2280
||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310 CTTTACCTATTGGTGTATCCTCAACGACCCCTGTTGACAACAAGGACAATTGAATTGGTT 2369
Query 2281 GGATACGATAAACTTGGAGCAGGTCAAAATGCAACAGTTGCTGTTATGAGTAATTC-TGG 2339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||
Sbjct 2370 GGATACGATAAACTTGGAGCAGGTCAAAATGCAACAGTTGCTGTCATGAGTT-TTAGTGG 2428
Query 2340 ATATGACATAGAGGATGCAATAGTGATGAACAAATCTTCCTTGGATCGTGGTTTTGGCCG 2399
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2429 ATACGACATAGAGGATGCAATAGTGATGAACAAATCTTCCTTGGATCGTGGTTTTGGCCG 2488
Query 2400 CTGCATTGTTATGaaaaaaaTTGTTGCTACGTGCCAGAAGTATGAGAACGGTACAGTAGA 2459
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||| |||
Sbjct 2489 CTGCATTGTTATGAAAAAAATTGTTGCTATGTCCCAGAAGTATGACAACTGTACAGCAGA 2548
Query 2460 CAGAATACTCATGCCACAAAGAACAGGCCCAGATGCAGAAAAGATGCAGATACTGGATGA 2519
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2549 CAGAATACTCATTCCACAAAGAACAGGCCCAGATGCAGAAAAGATGCAGATACTGGATGA 2608
Query 2520 TGATGGAATT-GCTTCTCCAGGGGAAATTATCAGACCGAATGATGTTTATATATATAAAC 2578
||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 2609 TGATGGA-TTAGCTACTCCAGGGGAGATTATCAGACCGAATGATATTTATATAAATAAAC 2667
Query 2579 AAATCCCTGTGTGCACAACAAG-AGA-TAAGATTACATCCCCGCTATCTGATAGTCAATA 2636
|| |||||||| | ||| || | | | |||| ||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 2668 AAGTCCCTGTG-G-ACA-CA-GTA-ACTAAGTTTACATCTGCGTTATCTGATAGTCAATA 2722
Query 2637 CCGTCCGGCCAGAGAGTTTTTTAAAGGTCCTGAAGGGGAGACGCAAGTGGTCGATAGAGT 2696
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 CCGTCCGGCCAGAGAGTATTTCAAAGGTCCTGAAGGGGAGACGCAAGTGGTCGATAGAGT 2782
Query 2697 TGCTCTCTGTTCTGATAAGAGTGGC-AGTTTATGCATCAAATATATCATACGACATACTC 2755
|||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2783 TGCTCTCTGTTCTGATAAGAAAGGCCAGTTG-TGCATCAAATATATCATACGCCATACTC 2841
Query 2756 GTCGACCAGAGCTTGGCGACAAATTCAGCAGTAGGCATGGGCAGAAAGGTGTATGTGGTA 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2842 GTCGACCAGAGCTTGGCGACAAATTCAGCAGTAGGCATGGGCAGAAAGGTGTATGTGGTA 2901
Query 2816 CAATTATTCAGCAAGAAGATTTTCCATTTTCTGAGCTTGGAATTTGCCCTGATTTGATCA 2875
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2902 TAATTATTCAGCAAGAAGATTTTCCATTTTCTGAGCTTGGAATTTGCCCTGATTTGATCA 2961
Query 2876 TGAATCCTCATGGGTTTCCAAGTCGTATGACAGTTGGTAAGATGATTGAACTCCTTGGAA 2935
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2962 TGAATCCTCATGGGTTTCCAAGTCGTATGACTGTAGGTAAGATGATAGAACTCCTTGGAA 3021
Query 2936 GCAAGGCTGGCGTTTCTTGTGGTAGATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAAAGAAGTG 2995
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3022 GTAAGGCTGGGGTTTCTTGTGGTAGATTTCATTATGGTAGTGCTTTTGGAGAAAGAAGTG 3081
Query 2996 GTCATGCTGACAAGGTTGAGACTATAAGTAAGACCCTTGTGGATAAAGGGTTTTCATACA 3055
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3082 GTCATGCTGACAAGGTTGAGACTATAAGTGCGACCCTTGTGGAAAAAGGGTTTTCATACA 3141
Query 3056 GTGGGAAGGACTTGTTATACTCAGGTCTCAGTGGCGAGCCATTGGAAGCATACATCTTTA 3115
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 3142 GTGGGAAGGACTTGTTATACTCAGGTATCAGTGGCGAGCCAGTGGAAGCGTACATCTTTA 3201
Query 3116 TGGGGCCGATATATTACCAGAAATTGAAACACATGGTTTTGGACAAGATGCATGCGCGAG 3175
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3202 TGGGGCCAATATATTACCAGAAATTGAAACACATGGTTCTGGACAAGATGCATGCGCGAG 3261
Query 3176 GGAGTGGACCACGTGTCATGATGACAAGACAGCCTACTGAAGGGAAATCTAAGAATGGAG 3235
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3262 GGAGTGGACCACGTGTTATGATGACAAGACAGCCTACTGAAGGGAAATCTAAGAATGGAG 3321
Query 3236 GTTTAAGAGTGGGAGAAATGGAACGAGATTGTCTTATTGCTTATGGGGCCAGCATGTTGA 3295
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3322 GTTTAAGAGTGGGAGAAATGGAAAGAGATTGTCTAATTGCTTATGGAGCCAGCATGTTGA 3381
Query 3296 TCTACGAGCGGCTCATGATTTCTAGTGATCCTTTTGAAGTTCAGGTTTGCAGAGCTTGTG 3355
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3382 TCTACGAGCGGCTCATGATATCTAGTGATCCTTTCGAAGTTCAGGTTTGCAGAGCTTGTG 3441
Query 3356 GTTTGTTGGGATATTACAATTACAAGCTTAAAAAAGCAGTTTGTTCAACATGTAAAAATG 3415
|||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3442 GTTTGTTGGGTTATTACAATTACAAGCTTAAGAAAGCAGTTTGTACAACATGTAAAAATG 3501
Query 3416 GCGATAACATTGCTACTATGAAACTCCCATATGCATGCAAGCTACTATTCCAGGAACTCC 3475
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3502 GCGATAACATTGCTACTATGAAACTCCCATACGCATGCAAGCTACTATTCCAGGAACTCC 3561
Query 3476 AGTCCATGAATGTTGTTCCGCGTCTGAAACTTGTAGAGGCTTGATCTCAGGGAAACGTTA 3535
|||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 3562 AGTCGATGAATGTTGTTCCGCGTCTGAAACTCACAGAGGCTTGATCTCAGAGAAATGTTA 3621
Query 3536 TCAA 3539
||||
Sbjct 3622 TCAA 3625
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 176186303816
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5