BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948606
Length=6798
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G44800.1 | Symbols: CHR4, PKR1 | chromatin remodeling 4 | ch... 6257 0.0
> AT5G44800.1 | Symbols: CHR4, PKR1 | chromatin remodeling 4 |
chr5:18083419-18093452 REVERSE LENGTH=7295
Length=7295
Score = 6257 bits (3388), Expect = 0.0
Identities = 3798/3994 (95%), Gaps = 35/3994 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATGAAAACAGAAGTAGAAGATGAAAGATTCAGGAAGTGAAATGATTAATAGAGATTGG 60
||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 363 GTATGGAAACAGAAGTAGAAAATGAAAGATTCAGGCAGTGAAATGATTAAAAGAGATTGG 422
Query 61 GTCATGAAGCAGAAACGAAGAAAACTTCCGTCTATACTGGATTTATTAGACCAAAAAGTG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 423 GTCATGAAGCAGAAACGAAGAAAACTTCCGTCTATACTAGATATATTAGACCAAAAAGTG 482
Query 121 GATAGTTC-AGTGGCTTTTGATTCTTCGGAATACACTTCTTCCGCTAAACCAACTAAGCA 179
|||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 483 GATAGTTCTA-TGGCTTTTGATTCCCCGGAATACACTTCTTCCTCTAAACCAAGTAAGCA 541
Query 180 TCGGCTTAAGACTGATTTAACTCCTGAAAGGAACTCCTCTAAGAGGAAGGGAAATGATGG 239
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 542 GCGGCTTAAGACTGATTCGACTCCTGAAAGGAACTCCTCTAAGAGGAAAGGAAATGATGG 601
Query 240 GAATTATTTTGAATGTGTGATCTGTGATCTTGGTGGTGATTTACTGTGTTGTGATAGTTG 299
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 602 GAATTATTTTGAATGTGTGATCTGTGACCTTGGTGGTGATTTATTGTGTTGTGATAGTTG 661
Query 300 TCCTCGGACCTATCATACCGCATGCCTCAATCCACCTCTTAAGAGGATTCCAAATGGTAA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 662 TCCTCGGACCTATCATACCGCATGCCTCAATCCACCTCTTAAGCGGATTCCAAATGGTAA 721
Query 360 GTGGATCTGCCCAAAATGTTCCCCAAACAGTGAAGCACTCAAGCCTGTCAATCGTTTAGA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GTGGATCTGCCCAAAATGTTCCCCAAACAGTGAAGCACTCAAGCCTGTCAATCGTTTAGA 781
Query 420 TGCCGTTGCTAAGCGAGCGAGAACAAAAACCACGAAAAGAAATTCACAAGCCGGACCAAA 479
|||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 782 TGCCATTGCTAAGCGAGCAAGAACAAAAACCAAGAAAAGAAATTCAAAAGCCGGACCAAA 841
Query 480 GTGCGAGAGAGCTTCTCAGATTTATTGCAGTTCTATAATTTCTGGAGAACAATCTTCAGA 539
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 GTGCGAAAGAGCTTCTCAGATTTATTGCAGTTCTATAATTTCTGGAGAACAATCTTCAGA 901
Query 540 GAAAGGGAAATCTATATCGGCCGAAGAGAGCAAATCCATAGGAAAGGAGGTTTATTCTTC 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 902 GAAAGGGAAATCTATATCGGCCGAAGAGAGCAAATCCACAGGAAAGGAAGTTTATTCTTC 961
Query 600 CCCTATGGATGGCTGTTCAACTGCTGAGCTTGGCCATGCATCTGCGGATGACCGACCCGA 659
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 962 CCCGATGGATGGCTGTTCAACTGCTGAGCTTGGTCATGCATCTGCGGATGACCGACCTGA 1021
Query 660 TTCATCGTCTCATGGAGAAGATGATTTGGGGAGACCTGTCATACCCACTGCAGATCTGCC 719
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1022 TTCATCGTCTCATGGAGAAGATGATTTGGGGAAACCCGTCATACCCACTGCAGATTTACC 1081
Query 720 TTCTGATGCAGGATTAACTTTGCCGTCCTGTGAAGATCTCTCCGAATCTAAACTATCAGA 779
||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 ATCTGATGCAGGATTAACGTTGCTGTCCTGTGAAGATCTCTCCGAATCTAAACTATCAGA 1141
Query 780 TACGGAGAAAAATCTTGAAGCACCCGTGGAAAAGTTGGAACATGCTTCCAGCGAGATTGT 839
||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1142 TACGGAGAAAACTCATGAAGCACCCGTGGAGAAGTTGGAACATGCTTCCAGTGAGATCGT 1201
Query 840 GGAAAACAAGACAATTGCTGAAGTGGAGACTGGAAAAGGTAAAAGGAAAAAACGGAAGCG 899
||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GGAGAACAAGACAGTTGCTGAAATGGAGACTGGAAAAGGTAAAAGGAAAAAACGGAAGCG 1261
Query 900 TGAACGAAATGATGGGGAAAGTCTTGAAAGGTGCAAGACTGATAAGAAACGTGCGAAGAA 959
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1262 TGAACTAAATGATGGGGAAAGTCTTGAAAGGTGCAAGACTGATAAGAAACGCGCGAAGAA 1321
Query 960 AAGTTTGTCCAAAGT-GG-----GTTCTCAGAGTACCAAATCACCGGAGTCTTCGaaaaa 1013
||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 AAGTTTGTCCAAAGTGGGTTCCAGTTCTCAGACTACCAAATCACCGGAGTCTTCGAAAAA 1381
Query 1014 aaagaaaaagaaaaaTCGTGTGACATTAAAATCCTTGTCCAAACCTCAGTCCAAGACAGA 1073
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1382 AAAGAAAAAGAAAAATCGTGTGACTTTAAAATCCTTGTCCAAACCTCAGTCCAAGACAGA 1441
Query 1074 AATACCAGAAAAAGTGAAGAAGCTTCCCAAGGAGGAACGTCGAGCATTACGTGCCACAAA 1133
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||
Sbjct 1442 AACACCAGAAAAAGTGAAGAAGCTTCCCAAGGAGGAACGTCGTGCAGTACGTGCCACTAA 1501
Query 1134 TAAATCTTCTAGTTATTTGGATGAGA-AAAGCTCTCTTCCGGCTGTAAACCTCCAGGTTG 1192
|||||||||||||| |||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1502 TAAATCTTCTAGTTGTTTGGAAGATACAAA-CTCTCTTCCGGTTGGAAACCTCCAGGTTC 1560
Query 1193 ATCGTGTTTTAGGATGCCGAATCCAAGGTCTGACTAAAACCTCGCTGTGTAGTGCTCTTT 1252
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 ATCGTGTTTTAGGATGCCGAATCCAAGGTCTGACTAAAACCTCGCTGTGTAGTGCTCTTT 1620
Query 1253 CAGATGACTTGTGTTCTGATAATTTACAAGCTAATGACCAGCGGGATAGCTCAGTACAAG 1312
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 1621 CAGATGACTTGTGTTCGGATAATTTACAAGCTACTGACCAACGGGATAGCTTAGTACAAG 1680
Query 1313 ATACAAATGCTGAATTAGTAGTTACTGAGGACAAG-ACAGAATCTTCTTCTGAGACTGGT 1371
|||| |||||||||||||||||| |||||||| || | ||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1681 ATACGAATGCTGAATTAGTAGTTGCTGAGGAC-AGAATAGATTCTTCTTCTGAGACAGGT 1739
Query 1372 AAAAGTTCCAAGGG-TTCACGACTGAAGGATAAAGATATGGATGAATCTGCTTTAGGTAC 1430
||||||| | |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1740 AAAAGTT-CGAGGGATTCACGACTGAGGGATAAAGATATGGATGATTCTGCTTTAGGTAC 1798
Query 1431 TGAGGGTATGGTTGAAGTGAAAGAAGAGATGCTTTCAGAAGACAATTCTGATGCCACATT 1490
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1799 CGAGGGTATGGTTGAGGTGAAAGAAGAGATGCTTTCTGAAGACATTTCCAATGCCACATT 1858
Query 1491 GAGTAGACACGTGCATGATGAAGATATGAAAGTTAGTGAAACACCTGTATCTGTTGAGAG 1550
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1859 GAGTAGACATGTGGATGATGAAGATATGAAAGTTAGTGAAACGCATGTATCTGTTGAGAG 1918
Query 1551 GGAGTTACTTGAAGAAGCACATCAGGAAACAGGGGAACAATGCACTGTGGCTGGTGAAGA 1610
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||
Sbjct 1919 GGAGTTACTTGAAGAAGCACATCAGGAAACAGGGGAAAAAAGCACTGTGGCTGATGAAGA 1978
Query 1611 AGTTGAGGAGCCTGTTGCTGCTAAAACTTCAGATCTGATTGGTGAGACTGTATCATATGA 1670
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AATTGAGGAGCCTGTTGCTGCTAAAACTTCAGATCTTATTGGTGAGACTGTATCATATGA 2038
Query 1671 ATTTCTTGTTAAATGGGTGGGA-AAATCTAATATTCATAATACTTGGATTTCTGAGGCGG 1729
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 GTTTCTTGTTAAATGGGT-GGATAAATCTAATATTCATAATACTTGGATTTCTGAGGCGG 2097
Query 1730 AACTAAAAGGTCTTGCTAAAAGAAAACTAGAGAACTACAAATCAAAGTACGGAACAGCTG 1789
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2098 AGCTGAAAGGTCTAGCTAAAAGAAAACTAGAGAACTACAAAGCAAAGTACGGAACAGCTG 2157
Query 1790 TAATAAATATCTGTGAAGATAAATGGAAACAGCCTCAGCGAATAGTTGCTATTCGGGTTT 1849
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2158 TAATAAACATCTGTGAAGATAAATGGAAACAGCCTCAGCGAATAGTTGCTCTCCGGGTTT 2217
Query 1850 CAAAAGAAGGTAACCAAGAAGCTTACGTAAAATGGACAGGCTTGGCTTATGATGAATGCA 1909
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2218 CAAAAGAAGGTAACCAAGAAGCTTACGTAAAGTGGACAGGCTTAGCTTATGATGAATGCA 2277
Query 1910 CGTGGGAGAGCTTGGAGGAGCCTATTCTTAAAAATTCATCCCATTTGATAGATCTTTTTC 1969
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2278 CGTGGGAGAGCTTGGAGGAGCCTATTCTTAAACATTCATCCCATTTAATAGATCTTTTTC 2337
Query 1970 ATCAGTATGAGCAGAAAACATTGGAAAGGAGTAGTAAGGGTAATCCCACAAGGGAAAGGG 2029
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 ATCAGTATGAGCAGAAAACATTGGAAAGGAATAGTAAGGGTAATCCCACAAGGGAAAGGG 2397
Query 2030 GTGAAGGTCAGCAAAGTGAAGTTGTTACCCTCACAGAACAACCTCAAGAGCTCAGAGGAG 2089
||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GTGAA-GT---C-----------GTTACCCTCACAGAACAACCTCAAGAGCTCAGAGGAG 2442
Query 2090 GTGCCTTGTTTCCCCATCAGCTTGAGGCGTTGAATTGGCTGCGTAGATGCTGGCATAAAT 2149
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 GTGCCTTGTTTGCCCATCAGCTTGAGGCTTTGAATTGGCTGCGTAGATGCTGGCATAAAT 2502
Query 2150 CGAAAAATGTAATACTTGCTGATGAGATGGGGCTTGGAAAAACAGTGTCTGCTAGTGCAT 2209
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2503 CAAAAAATGTAATACTTGCTGATGAGATGGGGCTTGGAAAAACTGTGTCTGCTAGTGCAT 2562
Query 2210 TTCTCTCCTCACTGTATTTTGAATTTGGAGTTGCAAGACCTTGTTTAGTTTTGGTTCCTC 2269
| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 2563 TCCTCTCCTCCCTTTATTTTGAATTTGGAGTTGCAAGACCTTGTTTAGTCCTGGTTCCAC 2622
Query 2270 TTTCAACAATGCCAAACTGGCTATCCGAGTTTTCTCTTTGGGCTCCACTCCTTAATGTTG 2329
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2623 TTTCAACAATGCCAAACTGGCTATCAGAGTTTTCTCTTTGGGCTCCACTCCTTAATGTTG 2682
Query 2330 TGGAGTATCATGGAAGCGCAAAAGGG-CGAGCCATAATTCGAGACTATGAGTGGCATGCT 2388
|||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2683 TGGAGTATCATGGAAGTGC-AAAGGGACGAGCCATAATTCGAGACTATGAGTGGCATGCT 2741
Query 2389 AAGAATCCTACTGGGACGACCAAGAAGCCTACATCTTACAAATTTAATGTCCTTTTAACT 2448
|||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2742 AAGAATTCTACTGGGACGACCAAGAAGCCGACATCCTACAAATTTAATGTCCTTTTAACT 2801
Query 2449 ACTTATGAAATGGTCCTGGCTGACTCATCTCATCTACGTGGAGTTCCATGGGAAGTTCTT 2508
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2802 ACTTATGAAATGGTTCTGGCTGACTCATCTCATCTACGTGGGGTTCCATGGGAAGTTCTT 2861
Query 2509 GTGGTTGATGAAGGTCACCGTTTAAAGAATTCAGAAAGTAAGCTGTTTAGCTTGCTCAAC 2568
|||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 GTGGTTGATGAAGGGCATCGTCTAAAGAATTCAGAAAGTAAGCTGTTTAGCTTGCTCAAC 2921
Query 2569 ACATTCTCATTTCAACACCGTGTGCTTTTGACTGGCACCCCTCTTCAAAATAACATTGGT 2628
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2922 ACATTCTCTTTTCAACACCGTGTGCTCTTGACTGGCACCCCTCTTCAGAATAACATTGGT 2981
Query 2629 GAGATGTATAACCTGCTCAACTTCTTGCAACCAT-TGTCATTCCCTTCTTTGTCTTCTTT 2687
||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2982 GAGATGTATAATCTGCTCAACTTCTTGCAACCATCT-TCATTCCCTTCTTTGTCTTCTTT 3040
Query 2688 TGAGGAGAGGTTCCATGATTTGACAAGTGCTGAGAAAGTAGAGGAACTGAAGAAACTTGT 2747
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3041 TGAGGAGAGGTTCCATGATTTGACAAGTGCTGAGAAAGTAGAAGAACTGAAGAAACTTGT 3100
Query 2748 TGCTCCTCATATGCTTCGCCGGCTTAAAAAAGATGCCATGCAGAATATTCCTCCAAAGAC 2807
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 3101 TGCTCCTCATATGCTTCGCCGGCTTAAAAAAGATGCGATGCAGAATATTCCTCCAAAGAC 3160
Query 2808 AGAGAGGATGGTCCCTGTCGAGTTGACATCAATCCAGGCGGAATATTATCGTGCAATGCT 2867
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3161 AGAGAGGATGGTCCCTGTCGAGTTGACATCGATCCAGGCGGAATATTATCGTGCAATGCT 3220
Query 2868 AACTAAGAACTATCAGATACTACGAAATATCGGGAAAGGGGTAGCGCAACAATCAATGCT 2927
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3221 AACTAAGAACTATCAGATACTACGAAATATCGGAAAAGGGGTAGCGCAACAATCAATGCT 3280
Query 2928 TAACATAGTGATGCAGTTGAGAAAGGTTTGCAATCACCCATATCTCATACCAGGTACTGA 2987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3281 TAACATAGTGATGCAGTTGAGAAAGGTTTGCAATCACCCATATCTCATACCAGGTACTGA 3340
Query 2988 GCCGGAGTCTGGGTCATTGGAGTTTCTTCATGATATGAGAATAAAAGCGTCAGCCAAGTT 3047
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3341 GCCAGAGTCTGGGTCATTGGAGTTTCTTCACGATATGAGAATAAAAGCGTCAGCCAAGTT 3400
Query 3048 GACCCTGTTGCACTCTATGCTTAAAGTGCTACAAAAGGAAGGCCATAGAGTTCTGATATT 3107
||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3401 GACTCTGTTGCACTCTATGCTTAAGGTGCTACATAAGGAAGGCCATAGAGTTCTGATATT 3460
Query 3108 TTCACAGATGACAAAGCTTCTAGACATTCTGGAGGACTACCTGAACATAGAATTTGGGCC 3167
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3461 TTCACAGATGACAAAGCTTCTAGACATTCTGGAGGACTACCTGAACATAGAATTTGGGCC 3520
Query 3168 TAAAACATTTGAAAGGGTTGATGGTTCTGTTGCGGTAGCTGATCGTCAGGCAGCTATAGC 3227
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3521 TAAAACATTTGAAAGGGTAGATGGTTCTGTTGCTGTAGCTGATCGTCAGGCAGCTATAGC 3580
Query 3228 ACGTTTCAACCAAGACAAAAATCGGTTTGTTTTTCTGTTATCAACACGTGCCTGTGGTCT 3287
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3581 ACGTTTCAACCAAGACAAAAATCGGTTCGTTTTTCTGTTATCAACTCGTGCCTGTGGTCT 3640
Query 3288 TGGTATCAATCTGGCAACGGCTGATACTGTCATCATCTATGACTCTGATTTCAACCCTCA 3347
|||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3641 TGGTATCAATCTGGCAACAGCTGATACTGTTATTATCTATGACTCTGATTTCAACCCTCA 3700
Query 3348 CGCTGATATTCAAGCAATGAATAGAGCTCATCGAATTGGACAATCCAAACGACTTTTGGT 3407
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3701 CGCTGATATCCAAGCCATGAATAGAGCTCATCGAATTGGACAGTCCAAACGACTTTTGGT 3760
Query 3408 ATACAGACTTGTCGTCCGTGCCAGTGTTGAAGAGCGCATTTTGCAGCTGGCCAAGAAGAA 3467
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3761 ATACAGACTTGTTGTCCGTGCCAGCGTTGAAGAGCGCATTTTGCAGCTGGCCAAGAAGAA 3820
Query 3468 GTTGATGCTCGATCAGCTTTTTGTAAACAAGTCCGGATCCCAGAAGGAGTTTGAAGATAT 3527
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3821 GTTGATGCTCGATCAGCTTTTTGTAAACAAGTCGGGATCCCAGAAGGAATTTGAAGATAT 3880
Query 3528 TCTACGCTGGGGTACTGAAGAACTGTTCAACGACTCCGCTGGTGAGAACAAGAAAGATAC 3587
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3881 TCTACGCTGGGGTACTGAAGAACTTTTCAACGACTCCGCTGGTGAGAACAAGAAAGATAC 3940
Query 3588 AGCTGAAAGTAATGGAAACTTAGATGTAATCATGGATTTAGAAAGCAAGAGCAGGAAAAA 3647
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3941 AGCTGAAAGTAATGGAAACTTAGATGTAATCATGGATTTAGAAAGCAAGAGTAGGAAAAA 4000
Query 3648 AGGTGGTGGTCTCGGAGATGTTTATCAAGACAAATGTACAGAAGGAAATGGGAAGATTGT 3707
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4001 AGGTGGTGGCCTCGGAGATGTTTATCAAGACAAATGTACAGAAGGAAATGGGAAGATTGT 4060
Query 3708 TTGGGATGAGATTGCAATTATGAAGTTGCTTGACCGGTCAAATATTCAATCAGCCTCCAC 3767
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 4061 TTGGGATGATATTGCAATTATGAAGTTGCTTGATCGGTCAAATCTTCAATCTGCCTCCAC 4120
Query 3768 TGATGCCGCTGATACTGAGTTGGAGAATGATATGCTCGGCACCGTAAAGCCTGTGGAATG 3827
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 4121 TGATGCCGCTGATACTGAGTTGGATAATGATATGCTCGGCTCCGTGAAGCCTGTGGAATG 4180
Query 3828 GAATGAGGAAACGGCTGAAGAACAAGTTGAAGCTGAATCACCTGCTCTGGTAACTGATGA 3887
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 4181 GAATGAGGAAACAGCTGAAGAACAAGTTGGAGCTGAATCACCTGCACTGGTGACTGATGA 4240
Query 3888 TACTGATGAACAGAGCTCAGAGAGGAAAGATGATGATGTAGTTAATTTTACTGAAGAAAA 3947
||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 4241 TACTGGTGAACCGAGTTCAGAGAGGAAAGATGATGATGTCGTTAATTTTACTGAAGAAAA 4300
Query 3948 TGAATGGGACAGGCTTCTGCGTATGAGATGGGAG 3981
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4301 TGAATGGGACAGGCTTCTGCGTATGAGATGGGAG 4334
Score = 3956 bits (2142), Expect = 0.0
Identities = 2570/2768 (93%), Gaps = 64/2768 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 4069 AAATATCAGAGCGAGGAAGAAGCAGCACTTGGTAGAGGGAAGCGTTTGAGAAAGGCTGTT 4128
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4335 AAATATCAGAGCGAGGAAGAAGCAGCGCTTGGCAGAGGGAAGCGTTTGAGAAAGGCTGTT 4394
Query 4129 TCATACAGGGAAGCATATGCCCCACATACCAGTGGACCTGTAACTGAGAGTGGTGGTGAA 4188
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4395 TCGTATAGGGAAGCATATGCCCCACATACCAGTGGACCTGTAAATGAGAGTGGTGGTGAA 4454
Query 4189 GATGAGAAAGAACCAGAACCGGAACTTAAGAAAGAATATACACCTGCTGGGCGAGCCCTA 4248
|||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 4455 GATGAGAAAGAACCAGAACCAGAACTTAAGAAGGAATATACACCGGCAGGGCGAGCCCTA 4514
Query 4249 AAAGAAAAGTTTGCCAAGCTGCGAGAGAGGCAAAAGATCCTGATTGCAAAAAGGAATTCT 4308
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||
Sbjct 4515 AAAGAAAAGTTTACCAAACTGCGAGAGAGGCAAAAGAACCTGATTGCGAGAAGGAATTCT 4574
Query 4309 GTTGAAGATTCTCTTCCTAACTGCAATGTGGATC-----A--G--GTAGCTAATCAGGAC 4359
|||||||| |||||||||| | |||||||||||| | | |||||||||||||||
Sbjct 4575 GTTGAAGAGTCTCTTCCTAGCGGCAATGTGGATCAGGTAACTGAAGTAGCTAATCAGGAC 4634
Query 4360 GAAGAAAGCCCTACATCAATGGACTTGGACGATAGCAAAGCCAGCCAGCAATATGATGCA 4419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 4635 GAAGAAAGCCCTACATCAATGGACTTGGACGATAGCAAAGCTAGCCAGCAATGTGATGCA 4694
Query 4420 CATAGAAAAGCCAGCTCGTTAAGGCTAGAAAGTTCTTCAGATCCTAAACCAGATCTTCCA 4479
| ||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4695 C--AGAAAAG--A-------AA----AGCCAGTTCTTCAGATCCTAAACCAGATCTTCTA 4739
Query 4480 AG-C--CATCATCATGGCGCAGAATGTCTGCCATCTTTACCCCCAAACAACCTGCCAGTT 4536
|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4740 AGCCAACATCATCATGGCGCAGAATGTCTGCCATCTTTACCCCCAAACAACCTGCCAGTC 4799
Query 4537 CTTGGACTGTGTGCTCCTAATTTTACTCAATCTGAATCCTCCCGGAGAAATTATTCTCGT 4596
||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4800 CTTGGACTGTGTGCTCCTAATTTTACTCAGTCAGAATCCTCCCGGAGAAATTATTCTCGT 4859
Query 4597 CCAGGTAGTAGACAGAACAGAACCATAACAGGACCCCATTTTCCCTTCAATCTACCCCAA 4656
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4860 CCAGGTAGTAGACAGAACAGACCCATAACAGGACCCCATTTTCCCTTCAATCTACCCCAA 4919
Query 4657 ACATCGAACTTGGTTGAGAGGGATGCAAATGACCAGGAACCTTCTTTGGGTAAACTAAAT 4716
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 4920 ACATCGAACTTGGTTGAGAGGGAAGCAAATGACCAGGAACCTCCTATGGGTAAACTAAAA 4979
Query 4717 CCACAGAACGTAAAGGAAGAACCTTTTCAGCAGCCTCTTAGTAATCTGGATGGCTGGCTT 4776
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
Sbjct 4980 CCACAGAACATAAAGGAAGAACCTTTTCAGCAGCCTCTTAGTAATATGGATGGTTGGCTT 5039
Query 4777 CCACATCGTCAGTTTCCTCCGTCAGGGGATTTTGAGCGTCCCCGAAGCTCTGGTGCTGCT 4836
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 5040 CCACATCGTCAGTTTCCTCCGTCAGGGGATTTTGAGCGTCCTCGAAGTTCTGGTGCTGCT 5099
Query 4837 TTTGCTGATTTCCAGGAGAAGTTTCCGCTACTTAATCTTCCATTTGATGATAAGCTGCTT 4896
||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5100 TTTGCTGATTTCCAGGAGAAGTTTCCGTTGCTTAACCTTCCATTTGATGATAAGCTGCTT 5159
Query 4897 CCTCGATTTCCATTTCAGCCGAGAACCATGGGAACTTCCCATCAAGACATCATGGCTAAT 4956
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 5160 CCTCGATTTCCATTTCAGCCGAGAACAATGGGAACTTCGCATCAAGACATAATGGCCAAT 5219
Query 4957 CTTTCAATGAGGAAAAGATTTGAAGGTACTGGTCATTCTATGCAAGACCTATTTGGCGTA 5016
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5220 CTTTCGATGAGGAAAAGATTTGAAGGTACTGGTCATTCTATGCAAGACCTATTTGGCGGA 5279
Query 5017 CCATCAATGCCGTTTCTACCCAATATGAAAGTCCCTCCTATGGATCCACCTGTCTTCAGC 5076
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5280 ACACCAATGCCGTTTCTACCCAATATGAAAATCCCTCCTATGGATCCACCTGTCTTCAAC 5339
Query 5077 CAACAAGACAAGGACTTACCGCCTTTGGGTTTGGATCAGTTTCCATCAGCTCTTTCATCT 5136
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5340 CAACAAGAGAAGGACTTACCGCCTTTGGGTTTGGATCAGTTTCCATCAGCTCTTTCATCT 5399
Query 5137 ATCCCCGAGAACCATCGAAAGGTGCTGGAGAATTTAATGCTAAGAACTGGTTCTGGAATT 5196
||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 5400 ATCCCAGAGAACCATCGAAAGGTGCTGGAGAATATAATGCTAAGAACTGGCTCTGGAATT 5459
Query 5197 GGGCAC-TCACAGAAAAAGAAGACAAGAGTAGATGCATGGTCCGAGGATGAACTAGATTC 5255
|||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5460 GGGCACGT-ACAGAAAAAGAAAACAAGAGTAGATGCATGGTCCGAGGATGAACTAGATTC 5518
Query 5256 TCTCTGGATTGGGATTCGCAGACATGGGTATGGAAACTGGGAGACAATTCTCAGAGATCC 5315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5519 TCTCTGGATTGGGATTCGCAGACATGGGTATGGAAACTGGGAGACAATTCTCAGAGATCC 5578
Query 5316 AAGGCTAAAATTTTCGAAATTTAAAACACCAGAGTACTTAGCAGCAAGGTGGGAAGAAGA 5375
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 5579 AAGGCTCAAATTTTCGAAATTTAAAACACCAGAGTACTTGGCAGCTAGGTGGGAAGAAGA 5638
Query 5376 GCAACGTAAATTCTTGGATAGTCTTTCATCTCTGCCATCTAAATCAAGCAGGACTGATAA 5435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5639 GCAACGTAAATTCTTGGATAGTCTTTCATCTCTGCCATCTAAATCAAGCAGGACTGATAA 5698
Query 5436 GTCCACCAAATCTTCCTTGTTTCCTGGTCTTCCCCAAGGAATAATGAATCGGGCTTTACA 5495
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5699 GTCCACCAAATCTTCCTTGTTTCCTGGTCTTCCCCAAGGAATAATGAATCGGGCCTTACA 5758
Query 5496 TGGAACTAAATATGCCACTCCTCCAAGGTTCCAATCTCACCTGACAGACATAAAACTCGG 5555
||| |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||
Sbjct 5759 TGG---TAAATATGCCACTCCTCCAAGGTTCCAATCCCATCTCACAGACATAAAACTCGG 5815
Query 5556 ATTCAGCGATCTAGCATCTCCCCTTCCGTTATATGAACCATCTGATCACCTGGGATTTCG 5615
|||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5816 ATTCGGCGATCTAGCATCTCCCCTTCCGTTATTTGAACCATCTGATCACCTGGGATTTCG 5875
Query 5616 AAGTGAGCCTTTTCCTCCCATGGCAAATCTGTGCACTGACAATCTTCCTGGGGATCCTTC 5675
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 5876 AAGTGAGCATTTTCCTCCCATGGCAAATCTGTGCACTGACAATCTTCCCGGGGAGCCTTC 5935
Query 5676 TGCTGGACCATCTGAACGACCAGGGGCATCGACAAATATTCCCAACGAGAAGCCTTTTCC 5735
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5936 TGCTGGACCATCTGAACGAGCAGGGACATCGACAAATATTCCCAACGAGAAGCCTTTTCC 5995
Query 5736 ACTCAACTCTCTTGGAATGGGCAACTTAGGTTCATTGGGTTTGGATAGTTTAAGCTCCTT 5795
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 5996 ACTCAACTCTCTTGGAATGGGCAACTTAGGTTCATTGGGTTTGGATAGTTTAAGTTCCTT 6055
Query 5796 AAACACACTGAGAGCGGATGAAAAACGGGATGCTATTAAGCGCGGGAAATTACCCTTGTT 5855
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 6056 AAACACACTGAGAGCAGAGGAAAAACGGGATGCTATTAAGCGCGGGAAACTACCCTTGTT 6115
Query 5856 TCTAGATATGCCGTTACCTCCA-ATGCTTGATTCAAGCAACAATGTGTTCTTGGGAAGAT 5914
| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 6116 TTTAGATATGCCGTTACCTC-AGATGCTTGATTCAAGCAACAACGTATTCTTGGGAAGAT 6174
Query 5915 CAGCCAATCCATCTTTCCTTAATCCAAACCGAGGGTTGAATCTCTCCAATCCTATGGGGA 5974
|||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 6175 CAGCCAATCCATCTTTCCTTCACCCAAATCGAGGGTTGAATCCCTCCAATCCCATGGGGA 6234
Query 5975 GAGACATTTTGGGAATTAGCTCTTCAGAGAACAAGCTACCTCATTGGTTACGCGA-TGTT 6033
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 6235 GAGACATAATGGGAATTAGCTCTTCAGAGAACAAGCTACCTCATTGGTTACG-GAATGTT 6293
Query 6034 GTGACTGTTCCTACCGTGAAGTCACCTGAACCACCCACTCTACCTCCAACTGTGTCAGCT 6093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6294 GTGACTGTTCCTACCGTGAAGTCACCTGAACCACCCACTCTACCTCCAACTGTGTCAGCT 6353
Query 6094 ATAGCTCAATCAGTCCGCGTTTTATATGGCGAAGATTCTACCACCATTCCACCGTTTGTG 6153
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 6354 ATAGCTCAATCAGTCCGCGTTTTATATGGTGAAGACTCTACAACCATTCCACCGTTTGTG 6413
Query 6154 ATACCAGACCCGCCGCCTCCTGCTCCTAGAGATCCAAGACACAGTCTGCGTAAGAAAAAG 6213
|||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 6414 ATACCAGAGCCGCCACCTCCTGCTCCCAGAGATCCAAGACACAGTCTGCGTAAGAAAAGG 6473
Query 6214 AAACGTAAATTGCATTCATCGAGTCAAAAGACTACAGACATTGGTAGTAGCAGCCACAAT 6273
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6474 AAACGTAAATTGCATTCATCGAGTCAAAAGACTACAGACATTGGTAGTAGCAGCCACAAT 6533
Query 6274 GCTTTTGAAAGCAGCTCTCAAGGCCATCCACAAACATCCT-CAACTCCTCATTTGCCTCC 6332
||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| |||||||||
Sbjct 6534 GCTGTAGAAAGCAGCTCTCAAGGCAATCCACAAACATC-TGCAACTCCTCCTTTGCCTCC 6592
Query 6333 ATCGTCTCTAGCGGGGGAAACTTCAGGGTCTTCTCAACCCAATTTACCTCCTCACAACCT 6392
| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 6593 ACCGTCTCTGGCGGGTGAAACTTCAGGGTCTTCTCAACCCAAATTACCTCCTCACAACCT 6652
Query 6393 AAACAGCACAGAACCACTGTCCTCTGAAGCAATCAGATTTCCACCACTTGAAGAAGATTT 6452
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 6653 AAATAGCACAGAACCACTGTCCTCTGAAGCAATCATAATTCCACCACCTGAAGAAGATTC 6712
Query 6453 TGTGATAGCAGCAGTACCATCTGAAGCACCTGGGCCTAGTTTAGAGGGAATCACTGGTTC 6512
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 6713 TGTGATAGCAGCAGCGCCATCTGAAGCACCAGGGCCTAGTCTAGAGGGAATCACTGGTAC 6772
Query 6513 GACGAAGTCAATCTCGCTAGAGAGCAAAAGCTCTGAACCA-AAATCTACCAACCAAGATG 6571
|| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||| || |||||||
Sbjct 6773 AACAAAGTCAATCTCGCTAGAGAGCCAAAGCTCTGAACCAGAAA-CTATTAATCAAGATG 6831
Query 6572 GAGACTTAGATCCAGAAACTAATGAGAAAACTGAGTCTGATCGAATCCCGCTTCATTCAG 6631
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 6832 GAGACTTAGATCCAGAAACTGATGAGAAAGTTGAGTCTGAACGAACCCCGCTTCATTCAG 6891
Query 6632 ATAAGCCTTTAGATGAGAAACAAGAATCTGAAAATGCATTGAACAAGCAG-G----C--- 6683
|| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 6892 ATGAGAAACAAGAGGAG---CAAGAATCTGAAAATGCATTGAACAAGCAGTGTGAGCCCA 6948
Query 6684 TA-A-----AA-GTCAAAACACCAATGCAGAAGAAGCAG-A-AG-CACAACAAGAAGA-- 6731
|| | || |||||||||||||||||||||||| || | || ||||| |||||||
Sbjct 6949 TAGAGGCTGAAAGTCAAAACACCAATGCAGAAGAAGAAGCAGAGGCACAAGAAGAAGATG 7008
Query 6732 A-GAATCCATGAAGATGGTTTCTGATAATTCTCCTGGTGACGATTGAAATCTTCGATCGA 6790
| ||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 7009 AAGAATCCATGAAGATGGTGACTGGTAATTCTCTTAGTGACGACTGAAATCTTCGATCAA 7068
Query 6791 ATTGCATT 6798
| ||||||
Sbjct 7069 ACTGCATT 7076
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 339402718570
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5