BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948636
Length=2538
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G44635.1 | Symbols: MCM6 | minichromosome maintenance (MCM2/... 4119 0.0
> AT5G44635.1 | Symbols: MCM6 | minichromosome maintenance (MCM2/3/5)
family protein | chr5:18006431-18010542 REVERSE LENGTH=2496
Length=2496
Score = 4119 bits (2230), Expect = 0.0
Identities = 2409/2497 (96%), Gaps = 5/2497 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 ATGGAAGCTTTTGGTGGATTTGTAATGGATGAACAAGCGATTCAAGTAGAGAATGTCTTC 85
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 ATGGAAGCTTTTGGTGGATTTGTAATGGATGAACAAGCGATTCAAGTCGAGAATGTCTTC 60
Query 86 CTCGAGTTCCTCAAAAGTTTCCGATTAGACGCGAACAAGCCGGAGTTGTATTACGAAGCG 145
||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTCGAATTCCTGAAAAGTTTTCGATTAGATGCGAACAAGCCGGAGTTGTATTACGAAGCA 120
Query 146 GAGATTGAAGCAATTCGAGGCGGTGAATCAACAATGATGTACATCGATTTCTCACATGTT 205
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 GAGATTGAAGCGATTCGAGGTGGTGAATCAACAATGATGTACATTGATTTCTCACATGTA 180
Query 206 ATGGGTTTTAATGACGCTCTTCAGAAAGCAATAGCTGATGAGTATTTGAGGTTTGAGCCA 265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 ATGGGTTTTAATGACGCTCTTCAGAAAGCAATAGCTGATGAATATTTGAGGTTTGAGCCG 240
Query 266 TATTTGAGGAATGCGTGTAAGAGATTTGTGATTGAAATGAATCCTTCTTTCATTTCTGAT 325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TATTTGAGGAATGCGTGTAAGAGATTTGTGATTGAAATGAATCCTTCTTTCATTTCTGAT 300
Query 326 GATACTCCGAATAAAGATATCAATGTTTCTTTCTACAATCTTCCTTTCACTAAAAGGTTG 385
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GATACTCCAAATAAAGATATCAATGTTTCTTTCTACAATCTTCCTTTCACTAAAAGGTTG 360
Query 386 AGGGAGTTAACGACTGCAGAAATTGGGAAGTTAGTGTCGGTGACTGGTGTGGTTACTCGA 445
|||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 AGGGAGTTAACGACGGCAGAAATTGGAAAGTTAGTGTCGGTGACAGGTGTGGTTACTCGA 420
Query 446 ACAAGTGAAGTGAGACCTGAGCTTCTTTATGGGACTTTCAAGTGTTTAGATTGTGGTAGT 505
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ACAAGTGAAGTGAGACCTGAGCTTCTATATGGGACTTTCAAGTGTTTAGATTGTGGTAGT 480
Query 506 GTTATAAAGAATGTTGAACAACAGTTTAAGTACACTCAGCCTACAATCTGTGTGAGCCCG 565
|||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 GTTATAAAGAATGTTGAACAACAGTTTAAGTATACACAGCCTACGATCTGTGTGAGCCCG 540
Query 566 ACTTGTTTGAACAGAGCAAGATGGGCATTGCTTAGACAAGAGAGCAAGTTTACGGATTGG 625
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||| ||||||||
Sbjct 541 ACTTGTTTGAACAGAGCAAGATGGGCGTTGCTTAGACAAGAAAGTAAGTTTGCGGATTGG 600
Query 626 CAAAGAGTTAGAATGCAGGAGACGTCAAAAGAGATACCTGCAGGTTCCTTGCCACGGTCT 685
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAAAGGGTTAGAATGCAGGAGACTTCAAAAGAGATACCTGCAGGTTCCTTGCCACGGTCT 660
Query 686 TTGGATGTCATTTTGCGTCATGAGATTGTGGAACAGGCCAGAGCGGGTGATACGGTTATT 745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 TTGGATGTCATTTTGCGTCATGAGATTGTGGAACAGGCCAGAGCGGGTGACACGGTTATT 720
Query 746 TTTACAGGAACGGTAGTTGTTATACCTGACATATCAGCACTGGCAGCACCTGGAGAGAGA 805
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTTACGGGAACAGTAGTTGTTATACCTGACATATCAGCACTGGCAGCACCTGGAGAGAGA 780
Query 806 GCAGAATGTCGTCGAGACTCATCACAACAGAAAAGCTCCACAGCTGGACATGAAGGTGTT 865
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 781 GCAGAATGTCGTCGAGACTCATCACAGCAGAAAAGCTCTACTGCTGGACATGAAGGTGTT 840
Query 866 CAAGGTCTCAAGGCTCTGGGAGTTAGAGATCTTTCTTATCGGCTTGCCTTTATCGCTAAT 925
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CAAGGTCTCAAGGCTCTAGGAGTTAGAGATCTTTCGTATCGGCTTGCCTTTATCGCTAAT 900
Query 926 TCAGTGCAGATTGCTGATGGTAGTAGGAACACTGACATGAGGAACCGCCAAAACGATTCC 985
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 901 TCAGTGCAGATTGCTGATGGTAGTAGGAACACTGACATGAGGAACCGCCAAAATGATTCT 960
Query 986 AATGAAGATGATCAGCAGCAGTTCACGGCAGAAGAGTTGGATGAAATTCAGCAGATGAGA 1045
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AACGAAGATGATCAACAGCAGTTCACGGCAGAAGAGTTAGATGAAATTCAGCAGATGAGA 1020
Query 1046 AATACTCCTGATTACTTCAATAAGTTAGTTGGAAGCATGGCCCCAACCGTTTTTGGTCAT 1105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AATACTCCTGATTACTTCAATAAGTTAGTTGGAAGCATGGCCCCAACCGTTTTTGGTCAT 1080
Query 1106 CAAGACATCAAACGTGCAGTTCTACTTATGCTTCTAGGCGGTGTGCACAAGACAACTCAT 1165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CAAGACATCAAACGTGCAGTTCTACTTATGCTTCTAGGCGGTGTGCACAAGACAACTCAT 1140
Query 1166 GAAGGCATCAACCTTAGAGGAGACATCAATGTTTGTATAGTTGGGGATCCCAGCTGTGCT 1225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAAGGCATCAACCTTAGAGGAGACATCAATGTTTGTATAGTTGGGGATCCCAGCTGTGCT 1200
Query 1226 AAATCCCAGTTCCTCAAGTATACCGCGGGCATAGTACCAAGATCTGTGTATACATCTGGG 1285
|||||||| ||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 AAATCCCAATTCCTCAAGTATACCGCAGGTATTGTACCACGATCTGTGTATACATCTGGG 1260
Query 1286 AAGTCCTCCTCTGCAGCTGGGTTGACTGCAACTGTGGCAAAAGAACCGGAAACTGGTGAA 1345
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AAGTCCTCTTCTGCAGCTGGGTTGACTGCAACTGTGGCAAAAGAACCGGAAACTGGTGAA 1320
Query 1346 TTCTGCATTGAGGCTGGTGCTTTAATGCTTGCTGACAATGGAATATGTTGTATTGACGAG 1405
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1321 TTCTGCATTGAGGCTGGTGCTTTAATGCTTGCTGACAATGGAATATGTTGCATTGACGAG 1380
Query 1406 TTTGACAAGATGGATATCAAAGATCAGGTTGCTATTCATGAAGCGATGGAGCAGCAGACG 1465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1381 TTTGACAAGATGGATATCAAAGATCAGGTTGCTATTCATGAAGCAATGGAGCAGCAGACG 1440
Query 1466 ATAAGCATTACAAAAGCTGGTATACAAGCAACCTTGAATGCTAGGACATCAATTCTTGCA 1525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ATAAGCATTACAAAAGCTGGTATACAAGCAACCTTGAATGCTAGGACATCAATTCTTGCA 1500
Query 1526 GCAGCTAATCCTGTTGGTGGGCGATATGATAAATCTAAACCACTTAAGTATAACGTTAAT 1585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GCAGCTAATCCTGTTGGTGGGCGATATGATAAATCTAAACCACTTAAGTATAACGTTAAT 1560
Query 1586 CTTCCACCTGCCATTCTTTCGAGGTTTGATCTTGTGTACGTTATGATTGATGACCCTGAT 1645
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CTTCCACCTGCCATTCTTTCGAGGTTTGATCTTGTGTACGTTATGATTGATGACCCTGAT 1620
Query 1646 GAGGTAACAGATTACCACATTGCCCATCATATCGTTCGAGTTCACCAGAAGCATGAAGCA 1705
|||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GAGGTAACGGATTACCACATTGCCCATCATATTGTGCGAGTTCACCAGAAGCATGAAGCA 1680
Query 1706 GCGCTGTCTCCTGAATTCACCACTGTACAACTTAAACGCTACATTGCATATGCCAAAACG 1765
||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GCGCTATCTCCTGAATTCACTACCGTACAACTCAAGCGCTACATTGCATATGCCAAAACG 1740
Query 1766 CTAAAGCCAAAGCTAAGCCCAGAAGCAAGAAAGCTACTTGTCGAGTCTTATGTTGCTCTT 1825
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 TTAAAGCCAAAGCTAAGCCCAGAAGCAAGAAAGTTACTTGTCGAGTCTTATGTTGCTCTT 1800
Query 1826 CGTAGAGGCGATACAACTCCAGGTACAAGAGTCGCATATCGAATGACAGTTAGGCAGCTA 1885
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 CGTAGAGGTGATACAACTCCAGGTACAAGAGTCGCATATCGAATGACAGTTAGGCAGCTA 1860
Query 1886 GAGGCACTGATCCGACTTTCAGAAGCCATTGCTAGGAGTCATTTGGAAATTCTGGTTAAA 1945
|||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GAGGCACTGATCAGGCTCTCAGAAGCCATTGCTAGGAGTCATTTGGAAATTCTGGTTAAA 1920
Query 1946 CCAAGTCATGTTCTTTTAGCTGTCAGACTTTTGAAGACTTCAGTCATCAGTGTTGAGTCA 2005
||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 CCAAGTCATGTTCTTTTAGCTGTCAGACTGCTAAAGACTTCAGTCATCAGTGTTGAGTCA 1980
Query 2006 GGCGATATCGATCTTTCTGAGTACCAAGATGCTAATGGTGACAACATGGACGACACAGAT 2065
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GGCGATATCGATCTTTCTGAGTACCAAGATGCTAATGGTGACAACATGGACGACACAGAT 2040
Query 2066 GACATTGAAAACCCCGATAACGGAGATGAAGATCAACAGAATGGTGCAGCTGAGCCAGCT 2125
|||||||||||||| | | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 GACATTGAAAACCCTGTTGATGGAGAGGAAGATCAACAGAATGGTGCAGCTGAGCCAGCT 2100
Query 2126 TCTGCAACTATAGATAATGGAGCAGCAGCTCAAAAGCTGGTGATTAGCGAGGAAGAATAT 2185
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2101 TCTGCAACTGCAGATAATGGAGCAGCAGCTCAAAAGCTGGTGATTAGCGAGGAAGAATAT 2160
Query 2186 GATAGAATCACACAGGCCTTAGTCATTCGCCTTAGACAACACGAAGAAACTGTAAACAAA 2245
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GATAGAATCACACAGGCTTTAGTCATTCGCCTTAGACAACATGAAGAAACTGTAAACAAA 2220
Query 2246 GACAGTTCTGAATTGCCTGGAATTAGACAAAAGGAACTTATTCGATGGTACATAGATCAA 2305
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
Sbjct 2221 GACAGTTCTGAATTGCCTGGAATTAGACAAAAGGAACTGATTCGATGGTTCATCGATCAA 2280
Query 2306 CAGAACGAGAAAAAGAAGTACAGTTCCCAAGAGCAAGTAAAACTCGATATCAAGAAACTC 2365
||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 CAGAATGAGAAAAAGAAATATAGTTCGCAAGAGCAAGTAAAACTCGATATCAAGAAACTC 2340
Query 2366 AGAGCCATCATTGAGAGTTTGGTATGCAAAGAAGGTCATCTTATAGTGTTAGCTAATGAG 2425
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 AGAGCCATCATTGAGAGTTTGGTATGTAAAGAAGGTCATCTTATAGTGTTAGCTAATGAG 2400
Query 2426 CAAGAAG---CCACAGAAGCAGAAGAAAC-AAGGAAAAAATCTTCACAAAGAGACGAGAG 2481
||||||| || |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2401 CAAGAAGAAGCCGCAGAAGCAGAGGAAACGAAG-AAAAAATCTTCACAAAGAGACGAGAG 2459
Query 2482 GATCTTAGCTGTTGCTCCAAACTATGTTATTGAGTGA 2518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2460 GATCTTAGCTGTTGCTCCAAACTATGTTATTGAGTGA 2496
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 125969193873
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5