BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948772
Length=2994
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G43810.1 | Symbols: ZLL, PNH, AGO10 | Stabilizer of iron tra... 4785 0.0
> AT5G43810.1 | Symbols: ZLL, PNH, AGO10 | Stabilizer of iron transporter
SufD / Polynucleotidyl transferase | chr5:17610972-17616797
FORWARD LENGTH=3330
Length=3330
Score = 4785 bits (2591), Expect = 0.0
Identities = 2864/2995 (96%), Gaps = 22/2995 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTTCAATATCC-AA-AAC-AAAAATGCCGATTAGGCAAATGAAAGATAGCTCTGAGACT 57
|||| || |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 105 TTTTGAAAATCCAAACAACAAAAAATGCCGATTAGGCAAATGAAAGATAGCTCTGAGACT 164
Query 58 CATTTAGTCATCAAAACTCAACCTTTAAAGAACCATAATCCTAAAACCGTCCAAAACGGT 117
|| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 165 CACTTAGTTATCAAAACCCAACCTTTAAAGCACCACAATCCAAAAACCGTTCAAAACGGT 224
Query 118 AAAA-------TCC--CTCCTTCT-C-----CGGTGACTACTCCGGCGACGGTGACTCAG 162
|||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 225 AAAATCCCTCCTCCTTCTCCTTCTCCGGTGACGGTGACTACTCCGGCGACGGTTACTCAG 284
Query 163 AGTCAAGCTTCTTCACCTTCACCACCGTCAAAGAATCGTAGCCGGAGGAGAAATCGTGGT 222
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 285 AGTCAAGCTTCTTCACCTTCACCACCGTCAAAGAATCGTAGCCGGAGGAGAAACCGTGGT 344
Query 223 GGGAGAAAATCTGATCAAGGAGATGTTTGTATGAGACCTAGCTCTCGTCCTCGTAAACCA 282
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 345 GGAAGAAAATCTGATCAAGGAGATGTTTGTATGAGACCTAGCTCTCGTCCTCGTAAACCG 404
Query 283 CCACCACCGTGTCAAACCACTTCCGCCGTCGTCTCAGCCTCCACCGCCGGTGAGATTGTT 342
||||| || |||||||||||||| ||| |||||| | | |||||||||||||||||||
Sbjct 405 CCACCGCCAAGTCAAACCACTTCCTCCGCCGTCTCCGTCGCCACCGCCGGTGAGATTGTC 464
Query 343 GCCGTGAGTCATCAGATGCAGATGGGTGTTCGTAAAAACTCAAACTTTGCGCCAAGACCT 402
|| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 465 GCTGTGAATCATCAGATGCAGATGGGTGTTCGTAAAAACTCAAACTTTGCTCCAAGACCT 524
Query 403 GGATTTGGAACACTTGGAACTAAATGCATCGTTAAAGCTAATCA-TTTCCTCGCTGATTT 461
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||||
Sbjct 525 GGATTTGGAACACTTGGAACTAAATGCATTGTTAAAGCTAACCACTTT-CTCGCTGATTT 583
Query 462 GCCTACCAAGGATTTGAATCAATATGATGTTACAATAACTCCTGAAGTGTCATCAAAGAG 521
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 584 GCCTACCAAGGATTTGAATCAGTATGATGTTACAATTACTCCTGAAGTGTCATCAAAGAG 643
Query 522 TGTAAACAGAGCTATAATTGCTGAGTTAGTTAGACTTTACAAAGAGTCGGATCTCGGGAA 581
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 644 TGTTAACAGAGCTATAATTGCTGAGTTAGTTAGACTTTACAAAGAGTCTGATCTCGGGAG 703
Query 582 GAGACTTCCGGCTTACGATGGCCGGAAAAGTCTTTACACTGCCGGAGAACTTCCTTTTAC 641
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 704 GAGACTTCCGGCTTACGATGGCCGGAAAAGTCTTTACACTGCTGGAGAACTTCCTTTTAC 763
Query 642 TTGGAAGGAGTTCACTGTTAAGATTGTTGATGAAGATGACGGTATCATCAATGGACCTAA 701
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 764 TTGGAAGGAGTTCAGTGTTAAGATTGTTGATGAAGATGACGGTATCATCAATGGCCCTAA 823
Query 702 AAGGGAGAGATCATATAAGGTGGCTATCAAGTTTGTTGCACGGGCAAATATGCATCACTT 761
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 AAGGGAGAGATCATATAAGGTGGCAATCAAGTTTGTTGCACGGGCAAATATGCATCACTT 883
Query 762 AGGCGAGTTTCTAGCTGGTAAACGGGCAGATTGTCCGCAAGAGGCGGTGCAGATTCTTGA 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 AGGCGAGTTTCTAGCTGGTAAACGGGCAGATTGTCCGCAAGAGGCGGTGCAGATTCTTGA 943
Query 822 CATTGTACTCAGGGAATTGTCGGTTAAGAGGTTTTGTCCCGTTGGAAGATCTTTCTTTTC 881
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 TATTGTACTCAGGGAGTTGTCGGTTAAGAGGTTTTGTCCCGTTGGAAGATCTTTCTTTTC 1003
Query 882 GCCTGATATTAGAACACCGCAGCGACTCGGTGAAGGGTTAGAGTCATGGTGTGGGTTTTA 941
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 GCCTGATATTAAAACACCGCAGCGACTCGGTGAAGGGTTAGAGTCATGGTGTGGGTTTTA 1063
Query 942 CCAGAGTATTAGACCAACTCAAATGGGTTTATCACTAAATATCGATATGGCTTCAGCTGC 1001
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1064 CCAGAGTATTAGACCAACTCAAATGGGTTTATCACTAAATATCGATATGGCTTCAGCTGC 1123
Query 1002 GTTCATCGAGCCTCTTCCGGTAATAGAGTTTGTAGCACAGCTTCTTGGAAAGGATGTCTT 1061
||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 ATTCATCGAGCCTCTTCCAGTGATAGAGTTTGTAGCACAGCTTCTTGGAAAGGATGTCTT 1183
Query 1062 GTCGAAGCCATTGTCTGATTCTGATCGGGTTAAGATTAAGAAGGGTCTCAGGGGAGTGAA 1121
||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1184 GTCGAAGCCATTGTCGGATTCTGATCGCGTCAAGATTAAGAAGGGTCTTAGAGGAGTGAA 1243
Query 1122 AGTAGAGGTTACTCACAGAGCGAATGTAAGGAGGAAATACCGTGTTGCGGGTTTAACAAC 1181
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 AGTAGAGGTTACTCACAGAGCGAATGTAAGAAGGAAATACCGTGTTGCGGGTTTAACAAC 1303
Query 1182 TCAACCTACAAGAGAGCTAATGTTTCCAGTTGATGAGAACTGTACGATGAAGTCGGTTAT 1241
|||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1304 TCAACCAACAAGAGAGCTAATGTTTCCAGTAGATGAGAACTGTACTATGAAGTCAGTTAT 1363
Query 1242 TGAGTACTTCCAAGAGATGTATGGATTCACGATCCAGCACACGCATTTGCCGTGTCTCCA 1301
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1364 TGAGTATTTCCAAGAGATGTATGGATTCACGATCCAGCACACGCATTTGCCATGTCTCCA 1423
Query 1302 AGTTGGAAACCAAAAGAAAGCAAGCTATTTGCCAATGGAGGCATGCAAAATTGTCGAGGG 1361
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 AGTTGGAAACCAAAAGAAGGCAAGCTATTTGCCGATGGAGGCATGCAAAATTGTCGAGGG 1483
Query 1362 ACAACGATACACGAAAAGGTTGAATGAGAAGCAGATTACTGCTCTCTTGAAAGTTACATG 1421
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 ACAACGGTACACGAAAAGGTTGAATGAGAAGCAGATTACTGCTCTCTTGAAAGTTACATG 1543
Query 1422 CCAAAGGCCAAGGGACAGAGAAAACGATATTTTGCGGACGGTCCAACACAACGCATATGA 1481
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 CCAAAGGCCGAGGGACAGAGAAAACGATATTTTGCGGACTGTCCAACACAACGCATATGA 1603
Query 1482 TCAAGATCCATATGCAAAGGAGTTTGGCATGAACATAAGCGAAAAGTTAGCTTCTGTTGA 1541
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 TCAAGATCCATATGCAAAGGAGTTTGGCATGAACATAAGCGAAAAGTTAGCTTCTGTTGA 1663
Query 1542 AGCTCGGATTCTTCCAGCTCCATGGCTTAAGTATCACGAGAACGGGAAAGAAAAAGATTG 1601
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1664 AGCTCGTATTCTTCCAGCTCCATGGCTTAAGTATCACGAGAACGGGAAAGAAAAAGATTG 1723
Query 1602 TCTCCCGCAAGTCGGTCAGTGGAATATGATGAACAAGAAAATGATCAACGGGATGACGGT 1661
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1724 TCTCCCGCAAGTTGGTCAGTGGAATATGATGAACAAGAAAATGATCAACGGGATGACTGT 1783
Query 1662 GAGCAGGTGGGCCTGTGTTAACTTCTCACGCAGCGTTCAAGAAAACGTTGCTCGTGCATT 1721
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1784 GAGCAGATGGGCCTGTGTTAACTTCTCACGCAGCGTTCAAGAAAACGTTGCTCGTGGATT 1843
Query 1722 TTGTAATGAACTTGGTCAGATGTGTGAAGTCTCGGGCATGGAGTTCAATCCAGAGCCCGT 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1844 TTGTAATGAACTTGGTCAGATGTGTGAAGTCTCAGGCATGGAGTTTAATCCAGAACCCGT 1903
Query 1782 GATCCCAATATATAGTGCGAGGCCCGATCAAGTCGAAAAAGCTCTAAAGCATGTTTATCA 1841
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 GATACCAATATATAGTGCGAGGCCCGATCAAGTCGAGAAAGCTCTAAAGCATGTTTATCA 1963
Query 1842 CACTGCAATGAACAAAACCAAAGGAAAAGAGTTAGAGCTTCTGTTGGCAATTTTACCTGA 1901
|||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 1964 CACTTCAATGAACAAAACCAAAGGCAAAGAGTTAGAGCTTCTGCTGGCAATATTACCTGA 2023
Query 1902 TAACAACGGTTCACTTTATGGTGATCTTAAGAGAATCTGCGAAACCGAGCTTGGTTTGAT 1961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 TAACAACGGTTCACTTTATGGTGATCTTAAGAGAATCTGTGAAACCGAGCTTGGTTTGAT 2083
Query 1962 ATCTCAATGTTGTCTCACAAAACATGTGTTCAAGATTAGCAAACAGTATCTGGCAAATGT 2021
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2084 ATCTCAATGTTGTCTCACAAAACATGTGTTCAAGATTAGCAAACAGTATCTGGCAAATGT 2143
Query 2022 ATCCCTTAAAATCAATGTCAAGATGGGAGGAAGGAACACAGTTCTTTTAGACGCCATAAG 2081
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2144 ATCCCTTAAAATCAACGTAAAGATGGGAGGAAGGAACACAGTTCTAGTAGACGCCATAAG 2203
Query 2082 CTGTAGAATTCCACTGGTTAGCGATATACCGACAATTATATTTGGCGCAGACGTGACTCA 2141
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2204 CTGTAGAATACCACTGGTTAGCGATATACCGACAATCATTTTTGGCGCAGACGTGACTCA 2263
Query 2142 CCCAGAGAACGGGGAAGAGTCAAGCCCTTCAATCGCTGCTGTTGTTGCTTCTCAAGACTG 2201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 CCCAGAGAACGGGGAAGAGTCAAGCCCTTCAATCGCTGCTGTTGTTGCTTCTCAAGACTG 2323
Query 2202 GCCTGAAGTCACAAAATATGCGGGTTTAGTTTGTGCTCAAGCTCACAGGCAAGAACTTAT 2261
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2324 GCCTGAAGTGACAAAATATGCGGGTTTAGTTTGTGCTCAAGCTCACAGGCAAGAACTTAT 2383
Query 2262 ACAAGATTTGTATAAAACATGGCAAGATCCTGTACGCGGTACTGTTAGTGGCGGTATGAT 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 ACAAGATTTGTATAAAACATGGCAAGATCCTGTTCGCGGTACTGTTAGTGGCGGTATGAT 2443
Query 2322 CAGGGACCTTCTGATCTCATTTAGGAAAGCAACAGGGCAGAAACCGCTTCGAATTATCTT 2381
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 CAGGGACCTTCTTATCTCATTTAGAAAAGCAACAGGGCAAAAACCGCTTCGAATTATCTT 2503
Query 2382 TTACCGTGATGGAGTAAGCGAAGGGCAATTCTATCAAGTTTTACTCTATGAGTTGGATGC 2441
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 TTATCGTGATGGAGTAAGCGAAGGGCAATTCTATCAAGTTTTACTCTATGAGTTGGATGC 2563
Query 2442 AATTCGAAAGGCTTGTGCATCGCTTGAACCGAATTATCAGCCACCGGTGACATTCATCGT 2501
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2564 AATTCGAAAGGCTTGTGCATCGCTTGAACCGAATTATCAGCCACCGGTGACATTCATAGT 2623
Query 2502 TGTACAGAAGCGTCACCACACTCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGACAAAAGTAGTAC 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2624 TGTACAGAAGCGTCACCACACTCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGACAAAAACAGTAC 2683
Query 2562 TGACCGAAGCGGAAATATCTTACCAGGTACTGTAGTTGACACCAAAATATGTCATCCAAC 2621
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2684 TGACCGAAGCGGAAATATCTTACCAGGTACTGTAGTTGACACTAAAATATGTCATCCAAC 2743
Query 2622 TGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCATGCGGGTATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACA 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2744 TGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCATGCGGGTATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACA 2803
Query 2682 TTACCATGTTCTTTGGGACGAGAACAATTTCACAGCTGATGGTATTCAATCTTTGACTAA 2741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2804 TTACCATGTTCTTTGGGACGAGAACAATTTCACAGCAGATGGTATTCAATCTCTGACTAA 2863
Query 2742 TAATCTCTGTTATACCTATGCGCGATGCACTCGATCAGTCTCTATAGTCCCTCCGGCGTA 2801
||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2864 CAATCTCTGTTATACCTATGCGCGGTGCACTCGGTCGGTCTCTATAGTTCCTCCAGCGTA 2923
Query 2802 TTATGCGCATCTTGCAGCATTTCGAGCACGTTTCTACATGGAACCAGAGATAATGCAAGA 2861
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2924 TTATGCTCATCTTGCAGCATTTCGAGCACGTTTCTACCTGGAACCGGAGATAATGCAAGA 2983
Query 2862 CAACGGATCACCCGGAAAAAAGAACACGAAAACTACAACTGTTGGAGAC-TCAGGTGTGA 2920
|||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||
Sbjct 2984 CAACGGATCACCGGGTAAAAAGAACACGAAAACAACAACTGTCGGAGACGT-AGGTGTGA 3042
Query 2921 AGCCTTTACCGGCTTTGAAGGAGAATGTTAAGAGAGTAATGTTCTACTGCTAAAA 2975
|||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3043 AGCCTTTACCAGCCTTGAAGGAGAATGTGAAGAGAGTAATGTTCTACTGCTAAAA 3097
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 148845319881
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5