BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg948887
Length=1790
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G43120.1 | Symbols: | ARM-repeat/Tetratricopeptide repeat (... 2639 0.0
> AT5G43120.1 | Symbols: | ARM-repeat/Tetratricopeptide repeat
(TPR)-like protein | chr5:17312602-17314368 FORWARD LENGTH=1767
Length=1767
Score = 2639 bits (1429), Expect = 0.0
Identities = 1655/1764 (94%), Gaps = 16/1764 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGACCACTTCTCTTGCAAGAATACAAACAAGATGGCCAGGACCCACGTTGTTGTCGGT 80
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGACCACTTCTCTTACAGGAATACAAACAAGATGGTCAGGACCCACGTTGTTGTCGGT 60
Query 81 TCCAGACCGTGTTGTTTCTTC-TGTGCCATGGAGGAAAAAGACCCTTGTGTTAGAAAAGC 139
|||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TCCAGACCCTGTTGTTTC-TCTTGTGCCATGGAGGAAAAAGACCCTTGTGTTAGAAAAGC 119
Query 140 ATGGTTAGAGTTATCTCTGAGAGATATGCACATGACAAGAGACGACACAGAGCTTGCTCT 199
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||
Sbjct 120 ATGGTTAGAGTTATCTCTGAGAGATATGCACATGATAAGAGATGATACAGAGCTTGCTCT 179
Query 200 AACACTCAGTTTTATCTGGAGATACGCCATGTCTGACCCCGAGAACCCCGAGTTACCGAC 259
|| |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 180 CACGCTCAGTTTCATCTGGAGATACGCCATGGCAGACCCCGAGAACCCCGAGTTACCGTC 239
Query 260 TCTCGGGGTCTTTGAGTGCATGACAAGGTTGATGAAGAAAGGTCTTGAGGATGTAGAATG 319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCTCGGTGTCTTTGAGTGCATGACAAGGTTGATGAAGAAAGGTCTTGAGGATGTAGAATG 299
Query 320 GGTAATGACTGGCCAAAATGTGTATGTTCCTTACTATGCTGCTCATATCATTGGATCTTA 379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGTAATGACTGGCCAAAATGTGTATGTTCCTTACTATGCAGCTCATATCATTGGATCTTA 359
Query 380 CACCATGAAGAA-CTCTGAGTTTGCTGCAAAAGCAGTGGAGTCTGGGGTAATAGCTCCAT 438
|||||||||||| | | || |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 360 CACCATGAAGAAGCCC-GATTTTGCTACAAAAGCTGTGGAGTCTGGAGTCATAGCTCCAT 418
Query 439 TGCTTGAGCTTATGAGAGGTAAA-ATGAGTTGGGTGGAGCAAAGAGTAGTGGTTAGGGCG 497
||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||
Sbjct 419 TGCTTGAGCTTATGAGAAG-AAAGATGAGTTGGGTCGAGCAAAGAGTCGTCGTTAGGGCG 477
Query 498 TTAGGTCACTTGGCGAGCTACGAGACAACGTTTGAGGCAGTGGCTGCGTACGAGAATGAA 557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 478 TTAGGTCACTTGGCGAGCTACGAGACAACGTTTGAGGCAGTGGCTGCTTACGAGGATGAG 537
Query 558 GTAATGAGATTAGCCATGGAGATTGCAACGACATGTGTTGATGTTGTGTATGAGGAGTTT 617
|| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 538 GTGGTGAGATTAGCTATGGAGATTGCAATGACATGTGTTGATGTTGTATATGAAGAGTTT 597
Query 618 GTAAGTGTTCAAGAAAAAG--G-AAGAGTGAGGTATCACAGTGAATTGCTTACTAGAGGA 674
|| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 598 GTGAGTGTTCAAGAAAAAGAAGGAAGAGTGAGGTATCACAGTGACTTGCTTACTAGAGGA 657
Query 675 CTTGGAGGGTTAGAGATGGAAGACCGAAAAGCCGAGGAATGGGCAAGCCAACTCCAATGC 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CTTGGAGGGTTAGAGATGGAAGACCGAAAAGCCGAGGAATGGGCAAGCCAACTCCAATGC 717
Query 735 TGGTCACTACATTTACTCAATTGCTTTGCTTACAAGCAAAGGTGTATTTCTCTTATTTGC 794
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGGTCACTTCATTTACTCAATTGCTTTGCTTACAAGCAAAAGTGTATTTCTCTTATTTGC 777
Query 795 AACAAAACCTTTCTCAAGGAGCTTAGCCAAATGTGGGGTGGATTGGTTAACCAAACTTCT 854
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 AACAAAACATTTCTCAAGGAGCTTAGTCAAATGTGGGGTGGATTGGTTAACCACACTTCT 837
Query 855 CCTGCAGGAATCGGTCTAATTCGGATTATTTGCTATAGTAAACAAGGGCGAAGACATGTA 914
||| | || ||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 838 CCTTCGGGCATCGGACTAATCCGGATTCTTTGTTATAGTAAACAAGGGCGAAGGCATGTA 897
Query 915 TCGGGATCGAGAGAAATGATACTGAGTCTATGCAATCTCTCCCGGTCTTCTGATGATTGG 974
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TCGGGATCGAGAGAAATGATACTGAGTCTATGTAACCTCTCCCGGTCTTCTGATGATTGG 957
Query 975 CAATACATGGGTATAGATTGCCTACTGCTCCTTCTTAAAGACCAAGAAACAAGGTACAAA 1034
||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 958 CAATACATGGGGATAGATTGCCTTTTGCTGCTTCTTAAAGACCAAGCAACAAGGTACAAT 1017
Query 1035 GTCTTAGAGATGTCATTGTTTTATCTAGTAGACCTAGTTGAGCTTAAAGCTCTTAACGTC 1094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1018 GTCTTAGAGATGTCATTGTTTTATCTAGTAGACCTAGTTGAGGTTAAAGCTCTTAACGTC 1077
Query 1095 AGACCAAACCTAGGTGATAGAATAACTAAGGTTCTTGTAATGCATTAC---AACACAAAG 1151
||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||
Sbjct 1078 AGAAAAAACTTAGGTGATAGAATAACTAAGGTTCTTTTAATGCATTACTGCAAGACAAAG 1137
Query 1152 AAAGGTTGTGTTTACTCTCACAAGGCCCAAAAGGCTTTGAAAGAACTATGGAGGAATAAA 1211
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAAGGTTGTGCTTACTCTCACAAGGCCCAAAAAGCTTTGAAAGAACTATGGAGGAATAAA 1197
Query 1212 GTAGAGAGGAGAAAGAGGGAGCGAAAGTTTATGAGTAAGAATAAAGAATTTCTGACAGAG 1271
||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||
Sbjct 1198 GTAGAAAGGAGAAGGAGGGAGAGAAAGTTTATGAGTAAGAATCAAGATTTTCTGAGAGAG 1257
Query 1272 ACAAGTGTTGTCGTAAATTTGATTAAGCAGCAAGCAAACCAA-TTGCTTTGTGTAGGAGA 1330
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||
Sbjct 1258 ACAAGTGTTGTTGTATATTTGATTAAGCAGCAAGCAAACCAACTT-CTTCATGTAGGAGA 1316
Query 1331 CATAGAGGGAGCTATTAAATGCTACAACGAAGCGATAGGCTTATGTCCTTTGAAACTTAG 1390
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1317 CATAGAGGGAGCTATTAAATGCTACACCGAAGCAATAGGCTTATGTCCTTTAAAACTTAG 1376
Query 1391 GAGAAAGAGAATGATTCTTTATAGCGAAAGAGGAGAGTGTTACTTACTTCTTGGAGATGT 1450
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 GAGAAAGAGAATGAATCTTTATAGCGAAAGAGGAGAGTGTTACTTACTTCTTGGAGATGT 1436
Query 1451 AGATGCGGCTATAAGTGATTGCACAAGAGCTCTTTGCTTGTCGGAACCAGTGAATTCACA 1510
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1437 AGATGCGGCCATAAGTGATTGCACAAGAGCTCTTTGCTTGTCGGAACCAGTGAATTCTCA 1496
Query 1511 TGGTAAGAGTCTTTGGACAAGATCAAGAGCTTATGACATCAAAGGGCTTTCAAGAGAAAG 1570
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 TGGTAAGAGTCTTTGGACAAGGTCAAGAGCTTATGACATCAAAGGGCTTTCAAGAGAAAG 1556
Query 1571 CTTGATGGATTGTATCATGTTTGTCAATGGCCGCTGCTTTCGTGGTAATATTCCTTACTA 1630
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 CTTGATGGATTGTATCATGTTCGTCAATGGCCGCTGCTTTCGTGGTAATATCCCTTACTA 1616
Query 1631 TGCTGCTCAAATGATCAGCAAACAGATGGAGGCTACATGGCTTTTTGAAGAGGCTAGAGC 1690
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1617 TGCTGCTCAAATGATAAGCAAACAGATGGAGGCTACGTGGCTGTTTGAAAAGGCTAGAGC 1676
Query 1691 ATCAAAGCTTAGAAGAATGATGCACAAGGAGAAATATCACTTAACTGGTATATTCATTTT 1750
|||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1677 ATCAAAGCTTGGAAGAATGATGCTCAAGGAGAAATTTCACTTAACAGGTATATTCATTTT 1736
Query 1751 CTTATACATATGTGTATGAATATA 1774
|||||| |||||| |||||||||
Sbjct 1737 CTTATATATATGT--ATGAATATA 1758
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88553761380
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5