BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg949110
Length=3295
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G42140.1 | Symbols: | Regulator of chromosome condensation ... 5121 0.0
> AT5G42140.1 | Symbols: | Regulator of chromosome condensation
(RCC1) family with FYVE zinc finger domain | chr5:16837340-16841640
REVERSE LENGTH=3429
Length=3429
Score = 5121 bits (2773), Expect = 0.0
Identities = 3080/3229 (95%), Gaps = 17/3229 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 68 GCAGGCTCTAATTGCATTGAAGAAAGGTGCTCAACTGTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 127
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 30 GCAGGCTTTAATTGCTTTGAAGAAAGGTGCTCAACTCTTGAAATATGGTCGGAAAGGAAA 89
Query 128 GCCTAAGTTTTGTCCATTTAGACTCTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 187
||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 90 GCCAAAGTTCTGTCCCTTTAGACTTTCCAATGATGAGACATCTTTGATCTGGATTTCAAA 149
Query 188 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAGCGAAC 247
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 150 TGGTGGAGAAAAACGATTGAAGTTAGCAACTGTATCTAAGATTGTTCCAGGACAAAGAAC 209
Query 248 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTAATATA 307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 210 TGCTGTTTTCCAACGTTACCTTCGCCCGGATAAGGATTATTTATCTTTTTCCCTTATATA 269
Query 308 CTCCAACAGGAAGCGGACTCTTGATTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 367
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 270 CTCTAACAGGAAGCGGACTCTTGACTTGATTTGCAAGGACAAAGTTGAGGCAGAGGTGTG 329
Query 368 GATAGCTGGTCTCAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 427
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 GATAGCTGGCCTAAAAGCTTTGATATCTGGTCAGGCTGGCCGCTCTAAAATTGACGGCTG 389
Query 428 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGCAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 487
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 390 GAGTGATGGAGGCCTTTCTATTGCTGACAGTAGAGACTTGACATTAAGCAGTCCTACCAA 449
Query 488 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTATAACATTGCTGAGACTCCCTACAATTCAACCGC 547
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 450 CAGCTCAGTTTGTGCTTCTCGAGATTTTAACATTGCTGATAGTCCCTACAATTCAACCAA 509
Query 548 TTTTCCCCGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAACGGTCACATGTGGCATC 607
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 510 TTTTCCCAGGACTTCTAGAACTGAGAATTCTGTCAGTTCTGAAAGGTCACATGTGGCATC 569
Query 608 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGACCTGGATCAGACGTGTTCCGGGTTAGTGTTTC 667
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 570 AGATAGCCCAAATATGTTAGTACGAGGAACTGGATCAGACGCGTTCCGGGTTAGTGTCTC 629
Query 668 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 727
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 630 TAGTGTTCAAAGCAGCTCAAGTCATGGTTCTGCTCCAGATGATTGTGATGCTCTAGGTGA 689
Query 728 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGATAATGTTACCAAATTCGGGGCTGATAAGAA 787
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 690 TGTTTATATATGGGGTGAAGTGCTATGTGAGAATGTTACCAAATTCGGAGCTGATAAGAA 749
Query 788 TGCTAGTTGTGTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCGTTAGAATCCAATGT 847
| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||
Sbjct 750 TATTGGTTATCTTGGTTCAAGGTCTGATGTTCTGATTCCAAAGCCATTGGAGTCCAATGT 809
Query 848 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAGGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 907
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 810 AGTTTTGGATGTCCATCACATAGCATGTGGTGTTAAGCATGCTGCTCTAGTCTCTAGGCA 869
Query 908 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 AGGTGAGGTTTTTACATGGGGTGAAGCATCCGGAGGACGTCTTGGCCATGGAATGGGAAA 929
Query 968 AGATGTTACTGGGCCTCAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTGTTGACTTTGTTGC 1027
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 930 AGATGTTACTGGACCACAGCTTATTGAGTCTCTAGCTGCTACTAGTATTGATTTTGTTGC 989
Query 1028 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1087
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 CTGTGGTGAGTTCCATACATGCGCTGTCACAATGACAGGAGAGATTTACACATGGGGTGA 1049
Query 1088 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGCGAGTCACTGGATACCTAA 1147
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1050 TGGAACACACAATGCAGGACTTCTCGGCCATGGTACCGATGTAAGTCACTGGATACCTAA 1109
Query 1148 GAGAATATCAGGTCCTCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1207
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110 GAGAATATCAGGTCCCCTTGAAGGTCTTCAAATTGCTTCCGTATCCTGTGGACCATGGCA 1169
Query 1208 CACCGCTTTGATAACATCAACTGGACAGCTTTTTACATTTGGAGATGGGACTTTTGGTGT 1267
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1170 CACCGCTTTGATAACGTCAACTGGACAGCTTTTTACTTTTGGAGATGGGACGTTTGGTGT 1229
Query 1268 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTATCCAAGAGAAGTTAAATCTTTATCTGG 1327
||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1230 TTTAGGGCATGGTGACAAGGAAACTGTATTTTACCCGAGAGAAGTTGAATCTTTATCTGG 1289
Query 1328 TTTGCGGACTATTGCTGTTGCATGTGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1387
|||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290 TTTGAGGACCATTGCTGTTGCATGCGGTGTATGGCATGCTGCTGCAATAGTAGAAGTCAT 1349
Query 1388 TGTCACTCAGTCAAGTTCAAGTATTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1447
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1350 TGTCACTCACTCAAGTTCAAGTGTTTCATCAGGAAAGCTGTTCACATGGGGTGATGGTGA 1409
Query 1448 CAAAAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGTCTCGGCTTAAACCCACATGTGTATCAGC 1507
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1410 CAAGAGCCGTCTTGGTCATGGAGATAAAGAGCCTCGGCTTAAACCAACATGTGTATCAGC 1469
Query 1508 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1470 TCTAATTGACCATACTTTTCACAGAGTTGCATGTGGACATAGTTTAACAGTTGGTTTGAC 1529
Query 1568 CACATCGGGAAAAGTTTACACGATGGGTAGTACAGTTTATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1627
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1530 AACATCGGGAAAAGTTTACACAATGGGTAGTACAGTATATGGTCAACTAGGGAATCCCAA 1589
Query 1628 TGCTGATGGGAAGCTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACTAAGGATTGTGTTGAAGA 1687
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1590 TGCTGATGGGAAACTTCCTTGCTTAGTAGAGGATAAACTAACAAAGGATTGTGTTGAAGA 1649
Query 1688 AATAGCATGCGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTATTTACATG 1747
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1650 AATAGCATGTGGAGCTTATCATGTAGCAGTTTTAACATCTCGAAATGAAGTGTTTACATG 1709
Query 1748 GGGGAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATATTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1807
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710 GGGCAAGGGTGCCAATGGGAGATTAGGTCATGGAGATGTTGAGGACCGTAAGGCACCAAC 1769
Query 1808 TCTTGTCGATACTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCCTGTGGTTCAAACTTCAC 1867
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1770 TCTTGTTGATGCTTTGAAAGAGAGACATGTAAAAAATATTGCATGCGGTTCAAACTTCAC 1829
Query 1868 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGCACTGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1927
||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1830 AGCAGCAATATGTCTTCATAAATGGGTTTCTGGTACGGAGCAATCTCAATGTTCAGCTTG 1889
Query 1928 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGGCACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1987
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1890 TAGACAGGCTTTCGGATTCACACGAAAAAGACACAATTGTTACAACTGTGGACTTGTCCA 1949
Query 1988 CTGCCATTCATGCAGTTCCAAGAAATCACTAAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2047
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1950 CTGCCATTCATGCAGTTCAAAGAAATCACTGAAAGCTGCTTTGGCCCCTAATCCAGGCAA 2009
Query 2048 GCCTTATCGTGTCTGCGATTCATGTTACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAGTAC 2107
|||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2010 GCCTTACCGTGTCTGCGATTCATGTCACTCTAAACTAAGTAAAGTGTCAGAAGCTAATAT 2069
Query 2108 TGATAGCAGGAAGAATATTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2167
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2070 TGATAGCAGGAAGAATGTTATGCCACGACTTTCCGGTGAGAACAAGGACAGATTGGATAA 2129
Query 2168 AGCCGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCATCAAATATAGATTTGATCAGGCAGCT 2227
| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 2130 AACTGAGATAAGATTGGCTAAATCAGGAATACCGTCAAATATAGATTTGATCAAGCAGTT 2189
Query 2228 GGATAGCAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCGGATACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2287
||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2190 GGATAACAGGGCAGCTAGACAAGGAAAGAAGGCAGACACATTCTCTCTTGTCCGCACTTC 2249
Query 2288 CCAAACACCTCTAACACAACTTAGAGATGCTCTGACTAATGTGGCTGACTTACGGCGTGG 2347
||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2250 CCAAACACCTCTAACACAACTTAAAGATGCTTTGACTAATGTGGCTGACTTACGCCGTGG 2309
Query 2348 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCATCTGGAGCAAGCTCCAGATCTGTGTCACCTTTCTC 2407
|||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2310 GCCACCAAAACCAGCAGTAACTCCGTCT--AGC----TCCAGACCTGTGTCACCTTTCTC 2363
Query 2408 AAGGAGGTCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTGA-CGGCTGGTCTTGGTT 2466
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||
Sbjct 2364 AAGGAGATCTAGTCCTCCTCGTTCAGTCACTCCCATTCCTTTAAACGT-TGGTCTTGGTT 2422
Query 2467 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAACTTCTGAATCAGGAAGTAG 2526
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2423 TTTCAACAAGTATAGCTGAGAGTTTGAAGAAGACAAATGAGCTTCTGAATCAGGAAGTAG 2482
Query 2527 TCAAATTGCGCGCCCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACAGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2586
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 TCAGATTGCGCGCTCAGGCCGAGAGTCTGAGGCACCGATGCGAGGTCCAAGAATTCGAAG 2542
Query 2587 TTCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAACCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2646
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 TCCAGAAATCTGTGAAAAAAGTACAAGAAGCAATGAGCCTGGCAGCAGAGGAATCTGCCA 2602
Query 2647 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTGACAGCTCAGGTCAAGGATATAGCTG 2706
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2603 AATCAGAAGCCGCAAAAGAAGTTATAAAATCTCTAACAGCACAGGTCAAGGATATAGCTG 2662
Query 2707 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2766
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 CGCTGCTACCACCGGGTGCTTACGAAGCTGAGACCACACGGACAGCTAATTTATTGAACG 2722
Query 2767 GGTTTGAGCAAAACGGATTTCACTTCGCTAATGCAAATGGACAGCGTCAATCACGATCTG 2826
||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2723 GGTTTGAGCAAAATGGATTTCACTTTACGAATGCAAATGGACAACGTCAATCAAGATCTG 2782
Query 2827 ATTCAATGAGTGACACCTCACTTGCTTCGCCTATGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2886
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 ATTCAATGAGCGACACCTCACTTGCTTCTCCTTTGGCTATGCCCGCTCGTTCAATGAATG 2842
Query 2887 GACTCTGGCGAAATTCCCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2946
|||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 GACTTTGGCGGAATTCGCAGTCGCCAAGAAACACAGATGCAAGCATGGGCGAACTTCTAA 2902
Query 2947 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGGTGACAACCGCCGAAACTCAA 3006
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||
Sbjct 2903 GTGAGGGGGTCCGAATCAGTAATGGTTTCTCAGAAGATGG--AC----G---AAACTCAA 2953
Query 3007 GAAGCTCAGCAGCCTCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCGGAGTGGATCGAACAGT 3066
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
Sbjct 2954 GAAGCTCAGCAGCATCAGCTTCAAATGCTTCTCAAGTGGAGGCAGAGTGGATTGAACAAT 3013
Query 3067 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTATTGGCCCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3126
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 ATGAACCTGGTGTTTATATAACACTTTTGGCTCTAGGCGATGGAACTAGAGATCTCAAAC 3073
Query 3127 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGAAGATTCAGGGAGCAACAGGCAGAAGCATGGTGGTCAGAGA 3186
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 3074 GTGTGCGCTTTAGCCGGCGACGATTCAGGGAGCAACAAGCAGAAACATGGTGGTCAGAGA 3133
Query 3187 ATCGCGAAAGAGTGTACGAGAAGTACAACATTCGTGGTACCGATAGATCAAGCGTGGCAA 3246
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3134 ATCGCGAAAGAGTATACGAGAAGTACAACATTCGCGGTACCGATAGATCAAGTGTGGCAA 3193
Query 3247 CATCACCTATATCACAATCTCAATTCCAGACATGAACCAAAAACAACGA 3295
||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3194 CATCACCTATATCTCAATCACAATTCTAGACATGAACCGAAAACAACGA 3242
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 163945569724
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5