BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
33,602 sequences; 51,074,197 total letters
Query= Ahg949342
Length=3449
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
AT5G48940.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat transmembrane pro... 5483 0.0
> AT5G48940.1 | Symbols: | Leucine-rich repeat transmembrane protein
kinase family protein | chr5:19839710-19843807 FORWARD
LENGTH=3546
Length=3546
Score = 5483 bits (2969), Expect = 0.0
Identities = 3305/3465 (95%), Gaps = 32/3465 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 aaa-aaaaaaaCTCTT-TGTCTTTGCAAATGCCGATTCCAAG---AAAAGCCTTAACTGT 55
||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 60 AAAGAAAAAAACTCTTATGTCTTTGCAAATGCCGATTCCAAGAAAAAAAGCCTTAACTGT 119
Query 56 TTCTCATTTTTCCATTACCTTGTCTCTGTTTTTAGCTTTCTTCATCTCCTCGACCTCTGC 115
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TTCTCATTTTTCCATTACATTGTCTCTGTTTTTAGCTTTCTTCATCTCCTCGACCTCTGC 179
Query 116 ATCAACCAATGAAGTCTCAGCTTTGATTTCTTGGCTTCAAAGCTCGAACTCGCCGCCGCC 175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 180 ATCAACCAATGAAGTCTCAGCTTTGATTTCTTGGCTTCACAGCTCGAACTCGCCGCCACC 239
Query 176 GTCAGTCTTCTCCGGCTGGAATCCTTCTGATTCCGACCCGTGTCAATGGCCTTACATTAC 235
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 240 GTCAGTCTTCTCCGGCTGGAATCCTTCTGATTCTGACCCATGTCAATGGCCTTACATTAC 299
Query 236 TTGTTCCTCCTCAGACAACAAACTCGTTACAGAGATCAATGTCGTCTCTGTTCAGTTAGC 295
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TTGTTCCTCCTCAGACAACAAACTCGTTACAGAGATCAATGTCGTCTCTGTTCAGTTAGC 359
Query 296 TTTACCTTTCCCTCCTAACATTTCTTCTTTTACTTCACTTGAGAAACTCGTTATCTCCAA 355
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 360 TTTACCTTTCCCTCCTAACATTTCTTCGTTTACTTCACTTCAGAAACTCGTTATCTCCAA 419
Query 356 CACTAATCTCACCGGAAG-TATATCTTCTGAGATTGGAGATTGTTCTGAACTTAGAGTTA 414
||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||
Sbjct 420 CACTAATCTCACCGG-AGCTATATCTTCTGAGATCGGAGATTGTTCGGAGCTTATAGTTA 478
Query 415 TTGATTTGAGCTCAAATAGTCTTGTTGGTGAAATACCTTCGAGTCTAGGGAAGCTCAAGA 474
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TCGATTTAAGCTCAAATAGTCTTGTTGGTGAAATACCTTCGAGTCTAGGGAAGCTCAAGA 538
Query 475 ATCTTCAAGAACTCAGTTTAAACTCCAATGGCCTCACAGGAAAGATCCCACCGGAACTCG 534
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 ATCTTCAAGAACTTTGTTTAAACTCCAATGGCCTCACAGGAAAGATCCCACCGGAACTCG 598
Query 535 GCGACTGCGTT-GCTCTCAAGAACCTTGAGATTTTCGACAACTACTTATCCGGGAATCTA 593
||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 599 GCGACTGCGTTAGC-CTCAAGAATCTTGAGATTTTCGATAACTACTTATCCGAGAATCTC 657
Query 594 CCGTTGGAGCTCGGAAAGATCCCGACTCTTGAGAGCATAAGAGCCGGAGGAAACTCAGAG 653
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CCGTTGGAGCTCGGAAAGATCTCGACTCTTGAGAGCATAAGAGCCGGAGGAAACTCAGAG 717
Query 654 CTTTCAGGGAAGATCCCGGAGGAGATCGGAAACTGTGGGAATCTCAAGGTTTTAGGGCTC 713
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |
Sbjct 718 CTTTCAGGGAAGATCCCGGAGGAGATCGGAAACTGTAGGAATCTCAAGGTCTTAGGGTTA 777
Query 714 GCCGCCACGAAAATATCCGGTTCTTTACCTGTTTCGTTGGGTAAACTAAGCAAGCTCCAG 773
|| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 778 GCAGCAACGAAAATATCCGGTTCTTTACCTGTTTCGTTGGGTCAACTAAGCAAGCTCCAG 837
Query 774 TCTTTATCTGTCTATTCTACAATGCTCTCTGGTGAGATCCCTAAAGAGCTTGGAAACTGC 833
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCTTTATCTGTCTATTCTACAATGCTCTCAGGTGAGATCCCTAAAGAGCTTGGAAACTGC 897
Query 834 TCTGAACTTATCAATCTGTTTCTATACGACAATGACTTGTCCGGCACGCTTCCAAAAGAA 893
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TCTGAACTTATCAATCTGTTTCTATACGACAATGACTTGTCCGGCACGCTTCCAAAAGAA 957
Query 894 CTAGGAAAGCTTCAAAACCTAGAGAAGATGCTTCTATGGCAGAATAATCTCCACGGACTT 953
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 958 CTAGGAAAGCTTCAAAACCTAGAGAAGATGCTTCTATGGCAGAATAATCTCCACGGACCT 1017
Query 954 ATCCCTGAGGAGATTGGATTTATGAAGAGCTTAAACGCCATTGATCTCTCTATGAACTAT 1013
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 ATCCCTGAGGAGATTGGATTCATGAAAAGCTTAAACGCCATTGATCTCTCTATGAACTAT 1077
Query 1014 TTCTCAGGAACCATCCCTAAATCGTTTGGTAACTTGTCGAATCTACAAGAGCTTATGCTT 1073
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1078 TTCTCAGGAACCATCCCTAAATCGTTCGGTAACTTGTCGAATCTCCAAGAGCTTATGCTT 1137
Query 1074 AGCAGCAACAACATCACCGGGTCAATACCTTC-AGTTCTAAGTAACTGTACACGGCTTGT 1132
|||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1138 AGCAGCAACAACATCACCGGGTCAATACCTTCGA-TTCTAAGTAACTGCACAAAGCTTGT 1196
Query 1133 TCAGTTCCAGATTGATGCCAATCAGATTTCAGGTTTGATTCCGCCAGAGATTGGATTGCT 1192
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1197 TCAGTTCCAGATTGACGCCAATCAGATTTCAGGTTTGATTCCACCAGAGATTGGATTGCT 1256
Query 1193 TAAGGAGCTCAACATCTTCTTGGGATGGCAGAATAAGCTAGAAGGGAATATTCCGGTA-G 1251
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 1257 TAAGGAGCTCAACATCTTCTTGGGATGGCAGAATAAGCTAGAAGGGAATATTCCGG-ACG 1315
Query 1252 AGTTAGCTGGTTGTCAGAATCTTCAAGCTCTTGACTTGTCTCAGAATTATCTCACCGGAG 1311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1316 AGTTAGCTGGTTGTCAGAATCTTCAAGCTCTTGACTTGTCACAGAATTATCTCACCGGAT 1375
Query 1312 CTTTACCTGCTGGTTTGTTTCATCTTCGTAATCTGACTAAGCTCTTGCTTATATCTAATG 1371
| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 CATTACCTGCAGGTTTGTTTCAGCTTCGTAATCTGACTAAGCTCTTGCTTATATCTAATG 1435
Query 1372 CCATCTCCGGTGTTATCCCACCGGAGATCGGAAACTGCACTTCACTTGTCAGATTAAGGC 1431
||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1436 CCATCTCCGGTGTTATCCCACTGGAGATCGGGAACTGCACTTCGCTTGTCAGATTAAGGC 1495
Query 1432 TTGTCAATAACAGAATCACCGGAGAAATCCCTAAAGGAATAGGATTTCTTCAGAACCTTA 1491
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1496 TTGTCAATAACAGAATCACCGGAGAAATCCCTAAAGGTATTGGATTTCTTCAGAACCTTA 1555
Query 1492 GCTTCCTCGACTTGTCTGAGAACAATCTCTCCGGTCCAGTTCCTTTGGAGATAAGCAACT 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1556 GCTTCCTCGACTTGTCTGAGAACAATCTCTCCGGTCCAGTTCCTTTGGAGATAAGTAATT 1615
Query 1552 GCAGACAACTCCAAATGCTAAACTTGAGCAACAACACTCTTCAAGGTTATCTTCCTCTGC 1611
| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616 GTAGACAACTCCAGATGCTTAACTTGAGCAACAACACTCTTCAAGGTTATCTTCCTCTGT 1675
Query 1612 CTTTATCATCTTTAACAAAGCTTCAAGTACTTGATGTCTCTTCAAATGACTTGACTGGCA 1671
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1676 CTTTATCATCGTTAACAAAGCTTCAAGTACTTGATGTCTCTTCCAATGACTTGACTGGCA 1735
Query 1672 AGATTCCTGATAGTCTTGGTCATCTCATTTTGCTCAATCGGCTCGTTCTTAGTAAGAATT 1731
|||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 1736 AGATACCTGATAGTCTAGGTCATCTCATTTCACTCAACCGGCTCATTCTAAGTAAGAATT 1795
Query 1732 CCTTT-AATGGTGAAATCCCTTCGTCTCTCGGTCACTGCACGAATCTTCAGCTTCTTGAT 1790
| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 C-TTTCAATGGAGAAATCCCTTCGTCTCTCGGTCACTGCACGAATCTTCAGCTTCTTGAT 1854
Query 1791 CTCAGCAGTAATAACATCTCTGGAACTATACCAGAGGAACTCTTTGACATTCAAGATCTT 1850
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 1855 CTCAGCAGTAATAACATCTCTGGAACTATACCGGAGGAGCTTTTTGACATCCAAGATCTA 1914
Query 1851 GACATTGCCTTAAACTTGAGCTGGAATTCATTAGATGGCTCTATCCCAGCAAGGATTTCA 1910
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||
Sbjct 1915 GACATTGCGTTAAACTTGAGCTGGAATTCATTAGATGGCTTTATCCCGGAAAGGATTTCC 1974
Query 1911 GCGCTTAACCGATTATCCGTGCTGGATATTTCGCATAACATGCTTTCAGGCGACCTCTT- 1969
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1975 GCGCTTAACCGATTATCCGTGCTCGATATTTCGCATAACATGCTTTCAGGCGACCT-TTC 2033
Query 1970 TGTGCTGTCCGGTCTTGAAAACTTGGTTTCTCTTAACATCTCTCACAACAGATTCTCAGG 2029
|| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2034 TGCGCTGTCCGGTCTAGAAAACTTGGTTTCTCTGAACATCTCTCATAACAGATTCTCAGG 2093
Query 2030 TTATCTTCCAGATAGTAAGGTGTTTAGACAGCTGATAAGAGCAGAGATGGAAGGAAACAA 2089
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2094 TTATCTTCCAGATAGTAAAGTGTTTAGACAGCTGATAGGAGCAGAGATGGAAGGAAACAA 2153
Query 2090 TGGACTCTGTTCCAAAGGTTTCAGGTCTTGTTTTGTAAGTAACAGTACACAGTTAAGTAC 2149
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 2154 TGGACTCTGTTCCAAAGGTTTCAGGTCTTGCTTTGTAAGTAACAGTTCACAGTTAACTAC 2213
Query 2150 ACAGCGCGGTGTGCATTCACAGAGACTCAAGATAGCCATTGGATTGCTTATAAGCGTGAC 2209
|||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2214 ACAGCGTGGTGTGCACTCACATAGACTCAGGATAGCCATTGGATTGCTAATCAGCGTGAC 2273
Query 2210 AGCGGTTCTTGCGGTATTAGGCGTGTTGGCCGTTTTAAGAGCTAAACAAATGATTCGGGA 2269
||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2274 AGCGGTTCTAGCGGTATTAGGCGTGTTGGCGGTTATACGAGCTAAACAAATGATTCGAGA 2333
Query 2270 TGGTAACGATTCAGAGACCGGAGAAAATCTATGGACATGGCAATTCACACCTTTTCAGAA 2329
|| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2334 TGATAACGATTCAGAGACTGGAGAAAATCTATGGACATGGCAATTCACACCTTTTCAGAA 2393
Query 2330 ACTCAACTTCACAGTGGAACATGTACTCAAGTGTTTGGTAGAAGGTAATGTTATAGGGAA 2389
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2394 ACTCAACTTCACAGTCGAACATGTACTCAAGTGTTTGGTAGAAGGTAATGTTATAGGGAA 2453
Query 2390 AGGTTGCTCCGGAATAGTGTACAAAGCTGAAATGCCAAACCA-AGAAGTCATCGCAGTGA 2448
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||
Sbjct 2454 AGGTTGCTCCGGGATAGTGTACAAAGCTGAAATGCCTAAC-AGAGAAGTCATCGCGGTGA 2512
Query 2449 AAAAACTCTGGCCAGTGACAGTGACATTGCCTAATCTGAATGAGAAAACTAAGTCATCAG 2508
|||| ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2513 AAAAGCTCTGGCCAGTGACAGT-AC----C-TAATCTGAATGAGAAAACTAAGTCATCAG 2566
Query 2509 GAGTTCGAGACTCATTCTCAGCTGAAGTAAAAACACTTGGATCGATCAGACACAAGAACA 2568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2567 GAGTTCGAGACTCATTCTCAGCTGAAGTAAAAACACTTGGATCGATCAGACACAAGAACA 2626
Query 2569 TTGTACGGTTCTTGGGATGTTGTTGGAACAAGAACACTAGACTTCTTATGTACGATTATA 2628
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2627 TTGTACGCTTCTTGGGATGTTGTTGGAACAAGAACACTAGACTTCTTATGTATGATTATA 2686
Query 2629 TGTCAAATGGGAGTTTGGGAAGTTTGCTTCACGAAAGGAGCGGTGTATGTAGCTTAGGAT 2688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2687 TGTCAAATGGGAGTTTGGGAAGTTTGCTTCACGAAAGGAGCGGTGTATGTAGCTTAGGAT 2746
Query 2689 GGGAAGTGAGGTACAAGATTATACTCGGTGCAGCTCAGGGTTTGGCTTACTTGCACCATG 2748
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2747 GGGAAGTGAGGTACAAGATTATACTTGGTGCAGCTCAGGGTTTGGCTTACTTGCACCATG 2806
Query 2749 ACTGTGTTCCTCCCATTGTTCATAGAGACATCAAGGCTAATAATATTCTGATTGGCCCTG 2808
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2807 ACTGTGTTCCTCCCATTGTTCATAGAGACATCAAGGCAAATAATATTCTGATTGGCCCTG 2866
Query 2809 ATTTTGAACCTTACATTGGAGATTTCGGGCTCGCTAAGCTTGTCGACGATGGCGACTTTG 2868
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 2867 ATTTTGAACCTTACATTGGAGATTTCGGACTCGCTAAGCTTGTTGATGATGGCGACTTTG 2926
Query 2869 CTCGGTCTTCCAACACCATTGCTGGTTCCTATGGTTATATAGCTCCAGAATACGGATACT 2928
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2927 CTCGTTCTTCCAACACCATTGCTGGTTCCTATGGTTACATAGCTCCAGAATACGGATACT 2986
Query 2929 CAATGAAGATAACAGAGAAAAGCGACGTGTATAGCTATGGAGTCGTAGTGCTCGAGGTAC 2988
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2987 CAATGAAGATAACAGAGAAAAGCGACGTGTACAGCTATGGAGTCGTAGTGCTCGAGGTAC 3046
Query 2989 TAACGGGTAAGCAACCAATCGATCCAACGATACCAGACGGACTCCACATAGTGGACTGGG 3048
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3047 TAACGGGTAAGCAACCAATCGATCCAACGATACCAGATGGACTCCACATAGTGGACTGGG 3106
Query 3049 TCAAGAAAGTCAGAGACATACAAGTAATCGACCAAACATTACAAGCGAGACCAGAGTCAG 3108
|||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3107 TCAAGAAAATCAGAGACATACAAGTAATCGACCAAGGACTACAAGCAAGACCAGAGTCAG 3166
Query 3109 AGGTTGAAGAGATGATGCAAACGCTAGGAGTCGCGCTTCTATGCATTAATCCATTACCCG 3168
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3167 AGGTTGAAGAGATGATGCAAACGCTAGGAGTCGCGCTTTTATGCATTAATCCAATACCCG 3226
Query 3169 AAGACAGGCCTACAATGAAAGATGTGGCTGCTATGCTTAGTGAGATACGTCAAGAAAGAG 3228
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
Sbjct 3227 AAGACAGGCCTACAATGAAAGATGTGGCTGCTATGCTTAGTGAGATATGTCAAGAGAGAG 3286
Query 3229 AGGAATCGATGAAAGTTGATGGTTGCTCGGGAAGTTGTAACAATGGAAGAGAACGTCGCA 3288
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3287 AGGAATCGATGAAAGTTGATGGTTGCTCGGGAAGTTGTAACAATGGAAGAGAACGTGGCA 3346
Query 3289 AAGATGATTCGACGACTTCATCGGTTATGCAACAAACGGCTAAGTATTTGAGAAGTAGTA 3348
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3347 AAGATGATTCGAC---TTCATCGGTTATGCAACAAACGGCTAAGTATTTGAGAAGTAGTA 3403
Query 3349 GCACGAGTTTCTCGGCAtcttctttgctttactcttcttcttcttctgctacttctAATG 3408
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3404 GCACGAGTTTCTCTGCGTCTTCTTTGCTTTACTCTTCTTCTTCTTCTGCTACTTCTAATG 3463
Query 3409 CTAGACCAAATCTTAAATA---G-ATGGTTAATTATGTTTCTAAG 3449
|||||||||||||||||| | |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 3464 TTAGACCAAATCTTAAATAAATGCATGGGTAATTATGTTTTTAAG 3508
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 171671278946
Database: TAIR10_cdna_20110103_representative_gene_model_updated
Posted date: Sep 25, 2014 6:13 PM
Number of letters in database: 51,074,197
Number of sequences in database: 33,602
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5